More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_02575 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_02575  pseudouridylate synthase  100 
 
 		 206 aa  414  9.999999999999999e-116  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3244  RNA pseudouridine synthase family protein  62.75 
 
 		 275 aa  246  1e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2133  pseudouridine synthase  62.25 
 
 		 313 aa  246  2e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112549  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  64.22 
 
 		 301 aa  246  2e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38090  putative pseudouridylate synthase  62.25 
 
 		 300 aa  244  8e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0112741 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1453  pseudouridine synthase  59.8 
 
 		 293 aa  243  9.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1623  pseudouridine synthase  60.68 
 
 		 292 aa  239  2e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449518  normal  0.260522 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2349  RNA pseudouridine synthase family protein  62.07 
 
 		 296 aa  239  2e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189292  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3964  pseudouridine synthase  60.78 
 
 		 297 aa  231  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1629  pseudouridine synthase  61.76 
 
 		 294 aa  228  3e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3629  pseudouridine synthase  61.27 
 
 		 301 aa  226  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1652  pseudouridine synthase  60.29 
 
 		 294 aa  221  6e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.192086  normal  0.562298 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2906  pseudouridine synthase  54.95 
 
 		 303 aa  213  9.999999999999999e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2605  pseudouridine synthase  52.97 
 
 		 314 aa  208  5e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1777  pseudouridine synthase  56.61 
 
 		 304 aa  202  2e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4251  pseudouridine synthase  51.96 
 
 		 305 aa  199  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00270285  normal  0.0267319 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2937  pseudouridine synthase  53.93 
 
 		 302 aa  192  2e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.519419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2674  pseudouridine synthase  55.44 
 
 		 307 aa  193  2e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0930515 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2953  pseudouridine synthase  46.34 
 
 		 293 aa  182  2.0000000000000003e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4738  pseudouridine synthase  52.2 
 
 		 303 aa  182  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1330  pseudouridine synthase  50 
 
 		 293 aa  182  4.0000000000000006e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0166738  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1895  pseudouridine synthase  46.57 
 
 		 302 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0257  pseudouridine synthase  46.12 
 
 		 293 aa  176  1e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0319588  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1531  pseudouridine synthase  47.09 
 
 		 303 aa  176  2e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.216028 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4309  pseudouridine synthase  50.51 
 
 		 310 aa  174  9.999999999999999e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0519  pseudouridine synthase  43.54 
 
 		 305 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1212  pseudouridine synthase  46.63 
 
 		 299 aa  172  2.9999999999999996e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.415796  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0433  pseudouridine synthase  43.54 
 
 		 305 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3881  pseudouridine synthase  42.58 
 
 		 305 aa  171  9e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.792189  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0459  pseudouridine synthase  42.58 
 
 		 305 aa  170  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0445  pseudouridine synthase  42.58 
 
 		 303 aa  169  3e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0745  pseudouridine synthase  44.29 
 
 		 326 aa  164  9e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0482  pseudouridine synthase  42.36 
 
 		 312 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0572  pseudouridine synthase  41.63 
 
 		 306 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3537  pseudouridine synthase  41.15 
 
 		 308 aa  160  9e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.966501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3712  pseudouridine synthase  41.15 
 
 		 305 aa  160  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0418  pseudouridine synthase  41.15 
 
 		 308 aa  159  2e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3557  pseudouridine synthase  38.97 
 
 		 326 aa  159  3e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.656396  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0617  pseudouridine synthase  42.5 
 
 		 314 aa  156  2e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0506  pseudouridine synthase  41.83 
 
 		 309 aa  156  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5332  pseudouridine synthase  44.33 
 
 		 302 aa  155  6e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.776192  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4073  pseudouridine synthase  40.19 
 
 		 312 aa  152  2.9999999999999998e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0639  pseudouridine synthase  40.87 
 
 		 362 aa  151  7e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.898355 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3348  pseudouridine synthase  39.23 
 
 		 313 aa  149  3e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242654 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  43.54 
 
 		 303 aa  148  6e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.727795 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0554  pseudouridine synthase  39.71 
 
 		 299 aa  147  1.0000000000000001e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13329  hypothetical protein  43.92 
 
 		 305 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1621  pseudouridine synthase  43.72 
 
 		 285 aa  144  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153149 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4820  pseudouridine synthase  43.92 
 
 		 286 aa  143  2e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0672  pseudouridine synthase  46.78 
 
 		 309 aa  140  9.999999999999999e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.526087  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0549  pseudouridine synthase  39.09 
 
 		 312 aa  139  3e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4011  pseudouridine synthase  40.61 
 
 		 305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03250  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  38.8 
 
 		 348 aa  137  1e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.243016  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0431  pseudouridine synthase  40.69 
 
 		 317 aa  135  4e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.344664  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1278  pseudouridine synthase  43.39 
 
 		 287 aa  126  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175088 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0932  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  38.68 
 
 		 254 aa  123  2e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1251  pseudouridine synthase  42.33 
 
 		 287 aa  123  2e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.375028  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1268  pseudouridine synthase  42.33 
 
 		 287 aa  123  2e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3559  pseudouridine synthase  36.95 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  38.16 
 
 		 305 aa  116  3e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08910  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  36.1 
 
 		 316 aa  92  5e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.267328  normal  0.027473 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  32.6 
 
 		 225 aa  89.7  3e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5191  pseudouridine synthase, RluA family  29.47 
 
 		 308 aa  89.4  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000721787 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  32.6 
 
 		 225 aa  85.5  5e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3048  pseudouridylate synthase  30.94 
 
 		 225 aa  85.5  5e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0261  pseudouridine synthase  30.3 
 
 		 336 aa  84.7  8e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000139633  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  36.63 
 
 		 219 aa  84.3  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  36.63 
 
 		 219 aa  84  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  36.63 
 
 		 219 aa  84  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472444  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  36.63 
 
 		 219 aa  84  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  36.63 
 
 		 219 aa  84  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  32.22 
 
 		 225 aa  84  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  33.14 
 
 		 217 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0050  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  36.63 
 
 		 219 aa  83.6  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000437271  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  36.63 
 
 		 219 aa  82.8  0.000000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  36.63 
 
 		 219 aa  83.2  0.000000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  36.63 
 
 		 219 aa  82.8  0.000000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  36.63 
 
 		 219 aa  82.8  0.000000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000519589  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3242  pseudouridine synthase, RluA family  27.78 
 
 		 303 aa  82.8  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.341693  normal  0.607359 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.92 
 
 		 217 aa  82.8  0.000000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  36.63 
 
 		 219 aa  82.8  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  36.63 
 
 		 219 aa  82.8  0.000000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  36.63 
 
 		 219 aa  82.8  0.000000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  32.97 
 
 		 225 aa  82.4  0.000000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.71 
 
 		 218 aa  82  0.000000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4321  RluA family pseudouridine synthase  30.46 
 
 		 350 aa  82.4  0.000000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0063  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  36.63 
 
 		 219 aa  81.6  0.000000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  31.12 
 
 		 323 aa  81.3  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  31.12 
 
 		 323 aa  80.1  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  31.12 
 
 		 318 aa  80.1  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  29.78 
 
 		 217 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1276  pseudouridine synthase  36.16 
 
 		 233 aa  79.7  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.220673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  30.39 
 
 		 225 aa  79  0.00000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2882  RluA family pseudouridine synthase  30.35 
 
 		 300 aa  79  0.00000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1047  pseudouridine synthase  34.44 
 
 		 222 aa  78.6  0.00000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.703498  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0607  pseudouridine synthase  34.88 
 
 		 217 aa  78.2  0.00000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4020  pseudouridine synthase, RluA family  29.74 
 
 		 306 aa  78.2  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  25.43 
 
 		 308 aa  78.2  0.00000000000009  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  31.25 
 
 		 219 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2524  pseudouridylate synthase  31.69 
 
 		 230 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.349394  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>