More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2349 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2349  RNA pseudouridine synthase family protein  100 
 
 		 296 aa  608  1e-173  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189292  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2133  pseudouridine synthase  88.85 
 
 		 313 aa  546  1e-154  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3964  pseudouridine synthase  77.4 
 
 		 297 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1629  pseudouridine synthase  74.91 
 
 		 294 aa  418  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1652  pseudouridine synthase  71.13 
 
 		 294 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.192086  normal  0.562298 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3629  pseudouridine synthase  71.13 
 
 		 301 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38090  putative pseudouridylate synthase  67.45 
 
 		 300 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0112741 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  65.19 
 
 		 301 aa  383  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1453  pseudouridine synthase  66.67 
 
 		 293 aa  381  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3244  RNA pseudouridine synthase family protein  68.5 
 
 		 275 aa  365  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1623  pseudouridine synthase  59.93 
 
 		 292 aa  322  3e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449518  normal  0.260522 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2906  pseudouridine synthase  52.65 
 
 		 303 aa  292  4e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2937  pseudouridine synthase  52.67 
 
 		 302 aa  284  2.0000000000000002e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.519419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1777  pseudouridine synthase  52.67 
 
 		 304 aa  281  1e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2674  pseudouridine synthase  50.18 
 
 		 307 aa  278  1e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0930515 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4251  pseudouridine synthase  51.26 
 
 		 305 aa  275  4e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00270285  normal  0.0267319 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1895  pseudouridine synthase  50.89 
 
 		 302 aa  275  6e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2605  pseudouridine synthase  50.54 
 
 		 314 aa  265  5.999999999999999e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4738  pseudouridine synthase  50.36 
 
 		 303 aa  261  1e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1330  pseudouridine synthase  49.82 
 
 		 293 aa  246  3e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0166738  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2953  pseudouridine synthase  48.38 
 
 		 293 aa  246  4.9999999999999997e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0257  pseudouridine synthase  46.01 
 
 		 293 aa  243  3.9999999999999997e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0319588  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02575  pseudouridylate synthase  62.07 
 
 		 206 aa  239  4e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4309  pseudouridine synthase  45.88 
 
 		 310 aa  229  6e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0745  pseudouridine synthase  41.88 
 
 		 326 aa  227  2e-58  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1531  pseudouridine synthase  45.96 
 
 		 303 aa  219  6e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.216028 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5332  pseudouridine synthase  44.16 
 
 		 302 aa  216  5e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.776192  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1212  pseudouridine synthase  46.29 
 
 		 299 aa  213  2.9999999999999995e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.415796  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0617  pseudouridine synthase  39.6 
 
 		 314 aa  212  7e-54  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0506  pseudouridine synthase  42.42 
 
 		 309 aa  208  1e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  43.11 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.727795 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3348  pseudouridine synthase  40.35 
 
 		 313 aa  204  1e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242654 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0572  pseudouridine synthase  39.74 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0482  pseudouridine synthase  39.53 
 
 		 312 aa  204  2e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03250  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  39.88 
 
 		 348 aa  201  9e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.243016  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0519  pseudouridine synthase  41.11 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0639  pseudouridine synthase  40.21 
 
 		 362 aa  199  5e-50  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.898355 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3557  pseudouridine synthase  40.29 
 
 		 326 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.656396  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3712  pseudouridine synthase  41.16 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13329  hypothetical protein  41.39 
 
 		 305 aa  196  4.0000000000000005e-49  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3881  pseudouridine synthase  40.55 
 
 		 305 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.792189  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0433  pseudouridine synthase  40.55 
 
 		 305 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0445  pseudouridine synthase  40.55 
 
 		 303 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0459  pseudouridine synthase  40.55 
 
 		 305 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0418  pseudouridine synthase  40.81 
 
 		 308 aa  193  4e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4820  pseudouridine synthase  45.23 
 
 		 286 aa  192  6e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0549  pseudouridine synthase  38.26 
 
 		 312 aa  191  1e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3537  pseudouridine synthase  40.07 
 
 		 308 aa  189  4e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.966501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0554  pseudouridine synthase  40 
 
 		 299 aa  187  1e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4073  pseudouridine synthase  39.3 
 
 		 312 aa  185  9e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1621  pseudouridine synthase  39.22 
 
 		 285 aa  181  1e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153149 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0431  pseudouridine synthase  39.07 
 
 		 317 aa  177  2e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.344664  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1278  pseudouridine synthase  40.98 
 
 		 287 aa  173  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175088 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0672  pseudouridine synthase  39.58 
 
 		 309 aa  173  3.9999999999999995e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.526087  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1268  pseudouridine synthase  40.16 
 
 		 287 aa  170  3e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1251  pseudouridine synthase  40.16 
 
 		 287 aa  170  3e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.375028  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4011  pseudouridine synthase  38.4 
 
 		 305 aa  169  3e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0932  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  40.48 
 
 		 254 aa  168  1e-40  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3559  pseudouridine synthase  39.04 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08910  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  37.92 
 
 		 316 aa  136  3.0000000000000003e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.267328  normal  0.027473 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  36.08 
 
 		 305 aa  135  8e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5191  pseudouridine synthase, RluA family  30.3 
 
 		 308 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000721787 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2882  RluA family pseudouridine synthase  28.06 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3242  pseudouridine synthase, RluA family  27.05 
 
 		 303 aa  94.4  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.341693  normal  0.607359 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  36.23 
 
 		 223 aa  90.1  4e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  35.44 
 
 		 223 aa  90.1  4e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  34.43 
 
 		 223 aa  89.7  5e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0261  pseudouridine synthase  27.21 
 
 		 336 aa  89.4  6e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000139633  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2426  pseudouridine synthase  30.74 
 
 		 315 aa  89  9e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.181942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4953  pseudouridine synthase, RluA family  29 
 
 		 369 aa  88.2  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4330  pseudouridine synthase  32.88 
 
 		 245 aa  88.6  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697869 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  35.44 
 
 		 223 aa  89  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4020  pseudouridine synthase, RluA family  27.9 
 
 		 306 aa  87.8  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  33.17 
 
 		 217 aa  87.4  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  31.05 
 
 		 541 aa  87  4e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3978  pseudouridine synthase, RluA family  26.81 
 
 		 306 aa  86.7  4e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.47 
 
 		 296 aa  85.5  9e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2226  pseudouridine synthase, RluD  28.62 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2308  pseudouridine synthase  34.41 
 
 		 237 aa  84.3  0.000000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000393862  normal  0.0433307 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  30.63 
 
 		 218 aa  84.3  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  33.98 
 
 		 219 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  25.99 
 
 		 303 aa  84  0.000000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  32.84 
 
 		 204 aa  83.2  0.000000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4321  RluA family pseudouridine synthase  29.06 
 
 		 350 aa  82.8  0.000000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  27.35 
 
 		 323 aa  82.4  0.000000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0318  RluA  27.06 
 
 		 299 aa  82.4  0.000000000000008  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264747  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1194  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.97 
 
 		 323 aa  81.6  0.00000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0771  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.97 
 
 		 323 aa  81.6  0.00000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.497941  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2435  pseudouridine synthase, RluA family  33.77 
 
 		 319 aa  81.6  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.267395  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  27.35 
 
 		 323 aa  80.1  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  27.35 
 
 		 318 aa  80.1  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  30.1 
 
 		 217 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  32.41 
 
 		 218 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1813  pseudouridine synthase, RluA family  29.11 
 
 		 526 aa  79.7  0.00000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000000964916  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1047  pseudouridine synthase  34.86 
 
 		 222 aa  79.3  0.00000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.703498  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.41 
 
 		 320 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587851  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0726  pseudouridine synthase, RluD  27.04 
 
 		 320 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.72 
 
 		 321 aa  78.6  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  28.28 
 
 		 347 aa  78.2  0.0000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1566  pseudouridine synthase  34.3 
 
 		 223 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.232461  hitchhiker  0.00000912019 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>