More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3778 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3778  pyrroline-5-carboxylate reductase  100 
 
 
264 aa  534  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00156911 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7890  pyrroline-5-carboxylate reductase  44.06 
 
 
276 aa  212  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2417  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.97 
 
 
271 aa  142  7e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5320  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.21 
 
 
272 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5145  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.98 
 
 
272 aa  135  5e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5062  pyrroline-5-carboxylate reductase  36.74 
 
 
285 aa  135  9e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.25166  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2518  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.82 
 
 
271 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.554672  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03070  pyrroline-5-carboxylate reductase  36.5 
 
 
272 aa  134  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0995956  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2109  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.22 
 
 
269 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.663148  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4151  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.44 
 
 
273 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5047  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.31 
 
 
272 aa  132  6e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.518044  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_181  pyrroline-5-carboxylate reductase  32.71 
 
 
267 aa  132  6e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.136848  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4968  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.6 
 
 
272 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5095  pyrroline-5-carboxylate reductase  33.96 
 
 
272 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.364055  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1287  pyrroline-5-carboxylate reductase  36.74 
 
 
270 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3816  pyrroline-5-carboxylate reductase  36.47 
 
 
270 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.495016  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05150  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.7 
 
 
273 aa  129  6e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.59347  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3347  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.61 
 
 
270 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3300  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.61 
 
 
270 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.249402  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3334  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.61 
 
 
270 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2597  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.61 
 
 
270 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.483806  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0193  pyrroline-5-carboxylate reductase  32.33 
 
 
267 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0327  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.61 
 
 
270 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2410  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.61 
 
 
270 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0476  pyrroline-5-carboxylate reductase  33.96 
 
 
272 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1188  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.61 
 
 
270 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0493  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.7 
 
 
273 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0620  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.17 
 
 
270 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0646  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.04 
 
 
270 aa  126  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0946  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.47 
 
 
276 aa  126  3e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0581  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.59 
 
 
271 aa  126  4.0000000000000003e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.948649  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2656  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.58 
 
 
270 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0469003 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5956  pyrroline-5-carboxylate reductase  30.45 
 
 
267 aa  125  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.377479  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0370  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.72 
 
 
272 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2416  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.45 
 
 
272 aa  124  2e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3513  pyrroline-5-carboxylate reductase  30.11 
 
 
267 aa  122  4e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0535  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.46 
 
 
277 aa  123  4e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2938  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.29 
 
 
273 aa  122  7e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0160  pyrroline-5-carboxylate reductase  31.97 
 
 
267 aa  122  9e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0475  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.09 
 
 
278 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2684  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.33 
 
 
274 aa  120  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.280791 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2273  pyrroline-5-carboxylate reductase  31.37 
 
 
285 aa  120  3e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.642771  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0716  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.47 
 
 
271 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.796831  normal  0.766779 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0390  pyrroline-5-carboxylate reductase  31.82 
 
 
272 aa  119  4.9999999999999996e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.446242 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0698  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.41 
 
 
270 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.362648  normal  0.291858 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3982  pyrroline-5-carboxylate reductase  33.72 
 
 
271 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.401857 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2947  pyrroline-5-carboxylate reductase  32.2 
 
 
272 aa  118  9.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.810347  hitchhiker  0.0042807 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0327  pyrroline-5-carboxylate reductase  33.46 
 
 
279 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00667686 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0601  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.36 
 
 
280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0340  pyrroline-5-carboxylate reductase  32.47 
 
 
275 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0548  pyrroline-5-carboxylate reductase  32.95 
 
 
269 aa  116  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2189  pyrroline-5-carboxylate reductase  32.22 
 
 
274 aa  117  3e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.334092  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1154  pyrroline-5-carboxylate reductase  33.02 
 
 
272 aa  116  3e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0246  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.41 
 
 
270 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3963  pyrroline-5-carboxylate reductase  36.1 
 
 
280 aa  116  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.93073  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12663  pyrroline-5-carboxylate reductase  28.03 
 
 
266 aa  116  3e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.549877  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0730  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.41 
 
 
270 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.370104  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2920  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.7 
 
 
275 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.495585  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3002  Delta 1-pyrroline-5-carboxylate reductase  31.97 
 
 
278 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0899  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.07 
 
 
270 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000196708 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2901  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.47 
 
 
270 aa  115  5e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000081741  unclonable  0.000000152537 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1839  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.45 
 
 
282 aa  116  5e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1785  pyrroline-5-carboxylate reductase  31.14 
 
 
289 aa  116  5e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2325  pyrroline-5-carboxylate reductase  33.96 
 
 
282 aa  115  6e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.664447 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1502  pyrroline-5-carboxylate reductase  30.86 
 
 
289 aa  115  6e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.829406 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3882  pyrroline-5-carboxylate reductase  36.23 
 
 
281 aa  115  6e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2215  pyrroline-5-carboxylate reductase  32.22 
 
 
274 aa  115  6.9999999999999995e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000657284  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1406  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.09 
 
 
266 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.257606 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0979  pyrroline-5-carboxylate reductase  32.71 
 
 
270 aa  115  8.999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000628805  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2920  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.32 
 
 
289 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.935383  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3701  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.14 
 
 
274 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3383  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.33 
 
 
267 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2508  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.32 
 
 
274 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0782  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.67 
 
 
271 aa  114  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2708  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.21 
 
 
264 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.702325  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3679  pyrroline-5-carboxylate reductase  33.21 
 
 
271 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0732  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.67 
 
 
271 aa  114  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1570  pyrroline-5-carboxylate reductase  32.72 
 
 
281 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0863  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.69 
 
 
267 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3564  pyrroline-5-carboxylate reductase  33.5 
 
 
271 aa  113  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000486618  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0929  pyrroline-5-carboxylate reductase  32.33 
 
 
273 aa  113  4.0000000000000004e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.117445  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0129  pyrroline-5-carboxylate reductase  32.61 
 
 
280 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000153189  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4850  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.96 
 
 
277 aa  112  5e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3885  pyrroline-5-carboxylate reductase  30.47 
 
 
270 aa  112  6e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0846425  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3746  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.5 
 
 
273 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.891447  normal  0.288204 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4171  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.07 
 
 
281 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.539807 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1378  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.08 
 
 
274 aa  112  8.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4472  pyrroline-5-carboxylate reductase  32.18 
 
 
268 aa  112  9e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.432942  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1474  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.08 
 
 
274 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2480  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.08 
 
 
274 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1387  pyrroline-5-carboxylate reductase  32.96 
 
 
276 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0337  pyrroline-5-carboxylate reductase  31.05 
 
 
282 aa  110  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000202087  hitchhiker  0.00000000614659 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2260  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.47 
 
 
293 aa  110  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.423593  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5003  pyrroline-5-carboxylate reductase  32.57 
 
 
264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.102233  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2167  pyrroline-5-carboxylate reductase  32.58 
 
 
284 aa  110  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1439  pyrroline-5-carboxylate reductase  30.57 
 
 
262 aa  109  5e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3168  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.47 
 
 
273 aa  109  5e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.624032  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1755  pyrroline-5-carboxylate reductase  27.78 
 
 
270 aa  109  6e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0955  pyrroline-5-carboxylate reductase  30 
 
 
268 aa  108  7.000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00507177  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1837  pyrroline-5-carboxylate reductase  29.55 
 
 
285 aa  108  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000989753  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>