More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3513 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_3513  pyrroline-5-carboxylate reductase  100 
 
 
267 aa  541  1e-153  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5956  pyrroline-5-carboxylate reductase  71.05 
 
 
267 aa  397  9.999999999999999e-111  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.377479  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0937  pyrroline-5-carboxylate reductase  48.71 
 
 
268 aa  259  3e-68  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12663  pyrroline-5-carboxylate reductase  36.09 
 
 
266 aa  186  4e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.549877  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0193  pyrroline-5-carboxylate reductase  38.43 
 
 
267 aa  182  6e-45  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_181  pyrroline-5-carboxylate reductase  38.81 
 
 
267 aa  182  6e-45  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.136848  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2947  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.45 
 
 
272 aa  179  4.999999999999999e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.810347  hitchhiker  0.0042807 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0390  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.83 
 
 
272 aa  171  1e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.446242 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0160  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.92 
 
 
267 aa  171  2e-41  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4968  pyrroline-5-carboxylate reductase  41.18 
 
 
272 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5095  pyrroline-5-carboxylate reductase  41.18 
 
 
272 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.364055  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1154  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.74 
 
 
272 aa  167  2e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5145  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.2 
 
 
272 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0370  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.87 
 
 
272 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1437  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.72 
 
 
281 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1839  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.17 
 
 
282 aa  162  4.0000000000000004e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3664  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.4 
 
 
273 aa  162  5.0000000000000005e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.078533  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4151  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.39 
 
 
273 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0476  pyrroline-5-carboxylate reductase  39.71 
 
 
272 aa  162  6e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5320  pyrroline-5-carboxylate reductase  38.73 
 
 
272 aa  162  6e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3564  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.98 
 
 
271 aa  161  9e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000486618  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0646  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.97 
 
 
270 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5047  pyrroline-5-carboxylate reductase  39.71 
 
 
272 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.518044  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2708  pyrroline-5-carboxylate reductase  38.35 
 
 
264 aa  160  2e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.702325  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3816  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.59 
 
 
270 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.495016  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2656  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.59 
 
 
270 aa  159  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0469003 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0620  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.97 
 
 
270 aa  159  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3982  pyrroline-5-carboxylate reductase  36.09 
 
 
271 aa  157  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.401857 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05150  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.32 
 
 
273 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.59347  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2920  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.59 
 
 
275 aa  157  2e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.495585  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1287  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.59 
 
 
270 aa  157  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2518  pyrroline-5-carboxylate reductase  36.8 
 
 
271 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.554672  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0493  pyrroline-5-carboxylate reductase  38.05 
 
 
273 aa  155  8e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0716  pyrroline-5-carboxylate reductase  36.47 
 
 
271 aa  154  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.796831  normal  0.766779 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1785  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.5 
 
 
289 aa  154  2e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03070  pyrroline-5-carboxylate reductase  38.24 
 
 
272 aa  154  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0995956  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3334  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.97 
 
 
270 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3347  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.97 
 
 
270 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3300  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.97 
 
 
270 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.249402  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2410  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.97 
 
 
270 aa  152  4e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0327  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.97 
 
 
270 aa  152  4e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1188  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.97 
 
 
270 aa  152  4e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2597  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.97 
 
 
270 aa  152  4e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.483806  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0327  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.4 
 
 
279 aa  151  8.999999999999999e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00667686 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0475  pyrroline-5-carboxylate reductase  39.54 
 
 
278 aa  150  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0929  pyrroline-5-carboxylate reductase  40.59 
 
 
273 aa  149  6e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.117445  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1406  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.36 
 
 
266 aa  148  7e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.257606 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1502  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.83 
 
 
289 aa  148  8e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.829406 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4171  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.71 
 
 
281 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.539807 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0246  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.97 
 
 
270 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0730  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.97 
 
 
270 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.370104  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0698  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.97 
 
 
270 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.362648  normal  0.291858 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0476  pyrroline-5-carboxylate reductase  36.43 
 
 
267 aa  146  3e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3679  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.04 
 
 
271 aa  145  5e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0898  pyrroline-5-carboxylate reductase  36.06 
 
 
270 aa  145  8.000000000000001e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4850  pyrroline-5-carboxylate reductase  37.22 
 
 
277 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5003  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.61 
 
 
264 aa  143  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.102233  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0129  pyrroline-5-carboxylate reductase  36.76 
 
 
280 aa  144  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000153189  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2755  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.6 
 
 
275 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1627  pyrroline-5-carboxylate reductase  36.88 
 
 
271 aa  143  4e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00310738 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3882  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.71 
 
 
281 aa  142  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3642  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.74 
 
 
285 aa  141  9e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3168  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.72 
 
 
273 aa  141  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.624032  n/a   
 
 
-
 
NC_011693  PHATRDRAFT_16375  pyrroline-5-carboxylate reductase  32.96 
 
 
266 aa  140  9.999999999999999e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0601  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.11 
 
 
280 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3106  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.09 
 
 
278 aa  141  9.999999999999999e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3746  pyrroline-5-carboxylate reductase  36.59 
 
 
273 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.891447  normal  0.288204 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0337  pyrroline-5-carboxylate reductase  33.33 
 
 
282 aa  140  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000202087  hitchhiker  0.00000000614659 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0247  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.21 
 
 
276 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0642346  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3002  Delta 1-pyrroline-5-carboxylate reductase  33.09 
 
 
278 aa  140  3e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2249  pyrroline-5-carboxylate reductase  33.71 
 
 
274 aa  139  3.9999999999999997e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02750  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.72 
 
 
270 aa  139  4.999999999999999e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1743  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.85 
 
 
273 aa  139  4.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.126409 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2668  pyrroline-5-carboxylate reductase  33.83 
 
 
259 aa  139  6e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2417  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.61 
 
 
271 aa  138  8.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3018  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.6 
 
 
275 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4590  pyrroline-5-carboxylate reductase  36.98 
 
 
276 aa  138  8.999999999999999e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2684  pyrroline-5-carboxylate reductase  33.21 
 
 
274 aa  138  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.280791 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1680  Delta 1-pyrroline-5-carboxylate reductase  37.86 
 
 
289 aa  137  1e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.185194  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0581  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.59 
 
 
271 aa  137  1e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.948649  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2109  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.6 
 
 
269 aa  137  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.663148  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1412  pyrroline-5-carboxylate reductase  32.96 
 
 
275 aa  137  1e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00064101  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2325  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.46 
 
 
282 aa  138  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.664447 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0165  pyrroline-5-carboxylate reductase  31.16 
 
 
277 aa  137  2e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000543414  hitchhiker  0.0000203969 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2833  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.57 
 
 
278 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2189  pyrroline-5-carboxylate reductase  33.33 
 
 
274 aa  137  3.0000000000000003e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.334092  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2508  pyrroline-5-carboxylate reductase  31.39 
 
 
274 aa  136  4e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24470  pyrroline-5-carboxylate reductase  32.96 
 
 
279 aa  136  4e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03299  pyrroline-5-carboxylate reductase  33.46 
 
 
273 aa  136  5e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1997  hypothetical protein  34.33 
 
 
262 aa  135  5e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2215  pyrroline-5-carboxylate reductase  33.33 
 
 
274 aa  135  5e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000657284  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0546  pyrroline-5-carboxylate reductase  32.69 
 
 
275 aa  135  6.0000000000000005e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4246  pyrroline-5-carboxylate reductase  33.21 
 
 
279 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1387  pyrroline-5-carboxylate reductase  35.32 
 
 
276 aa  135  7.000000000000001e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0150  Delta 1-pyrroline-5-carboxylate reductase  35.04 
 
 
266 aa  135  8e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000260384  normal  0.627515 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0946  pyrroline-5-carboxylate reductase  36.22 
 
 
276 aa  134  9.999999999999999e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0990  pyrroline-5-carboxylate reductase  33.21 
 
 
279 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2416  pyrroline-5-carboxylate reductase  32.96 
 
 
272 aa  134  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2581  pyrroline-5-carboxylate reductase  30.34 
 
 
272 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0897618  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0681  pyrroline-5-carboxylate reductase  34.48 
 
 
294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.128651  normal  0.214546 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>