More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1221 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_1221  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 
326 aa  660    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.141693  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2070  extracellular solute-binding protein  70.7 
 
 
322 aa  466  9.999999999999999e-131  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2833  extracellular solute-binding protein  57.19 
 
 
320 aa  346  2e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.235826  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1812  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  41.84 
 
 
341 aa  236  4e-61  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.98446  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3590  putative ABC transporter, substrate-binding protein  40.8 
 
 
341 aa  235  8e-61  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1611  extracellular solute-binding protein  42.39 
 
 
341 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.257155  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1753  putative ABC transporter, substrate-binding protein  40.47 
 
 
341 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1866  putative ABC transporter, substrate-binding protein  41.49 
 
 
341 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1563  ABC transporter, substrate-binding protein  41.13 
 
 
341 aa  232  7.000000000000001e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1786  putative ABC transporter, substrate-binding protein  41.49 
 
 
341 aa  222  8e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1611  ABC transporter substrate-binding protein  41.49 
 
 
341 aa  222  8e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.791321  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1572  ABC transporter, substrate-binding protein  41.49 
 
 
341 aa  222  8e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1735  ABC transporter substrate-binding protein  41.49 
 
 
341 aa  222  8e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.313912  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0544  extracellular solute-binding protein  33.23 
 
 
322 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2736  extracellular solute-binding protein family 1  37.01 
 
 
325 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.288744  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0120  extracellular solute-binding protein  33.22 
 
 
340 aa  125  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1948  extracellular solute-binding protein  33.23 
 
 
326 aa  123  5e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.113804  normal  0.383853 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3891  extracellular solute-binding protein  29.11 
 
 
327 aa  122  6e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1463  extracellular solute-binding protein  31.55 
 
 
326 aa  122  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.512158  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1586  extracellular solute-binding protein family 1  30.77 
 
 
333 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1201  extracellular solute-binding protein family 1  28.61 
 
 
320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.941139  normal  0.523727 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2481  extracellular solute-binding protein family 1  36.4 
 
 
330 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.37214  normal  0.635435 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3199  extracellular solute-binding protein  30.97 
 
 
338 aa  113  5e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.680045  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0333  extracellular solute-binding protein  30.71 
 
 
344 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.853179  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3231  extracellular solute-binding protein family 1  32.81 
 
 
325 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.416701  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0386  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.47 
 
 
338 aa  110  4.0000000000000004e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00000551212  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2479  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.15 
 
 
347 aa  109  5e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1107  extracellular solute-binding protein  26.21 
 
 
343 aa  105  8e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.695758  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0435  extracellular solute-binding protein, family 1  27.34 
 
 
343 aa  104  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1282  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  29.25 
 
 
347 aa  104  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1570  extracellular solute-binding protein  25.98 
 
 
350 aa  102  6e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.840173  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0833  extracellular solute-binding protein  26.46 
 
 
343 aa  102  7e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1078  extracellular solute-binding protein  28.75 
 
 
322 aa  102  1e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1554  extracellular solute-binding protein  26.06 
 
 
354 aa  100  3e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.202841  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5874  extracellular solute-binding protein  30.53 
 
 
341 aa  99.8  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2485  extracellular solute-binding protein family 1  28.46 
 
 
343 aa  99  9e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.390798  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1588  extracellular solute-binding protein  27.9 
 
 
368 aa  97.4  3e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0625  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  26.28 
 
 
344 aa  97.1  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0051  extracellular solute-binding protein family 1  26.89 
 
 
378 aa  96.7  5e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.115612  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0501  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.32 
 
 
353 aa  96.7  5e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1419  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.32 
 
 
353 aa  96.7  5e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3071  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.32 
 
 
353 aa  96.7  5e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0652  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.32 
 
 
353 aa  96.7  5e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1412  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.32 
 
 
353 aa  96.7  5e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1215  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.32 
 
 
353 aa  96.7  5e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0399502  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4317  extracellular solute-binding protein  30.98 
 
 
343 aa  96.3  7e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.362014 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1097  extracellular solute-binding protein family 1  28.47 
 
 
337 aa  95.9  8e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0890714  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5525  extracellular solute-binding protein  29.37 
 
 
340 aa  95.5  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.655164  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1545  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.32 
 
 
844 aa  94.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2829  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.08 
 
 
353 aa  94  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1117  extracellular solute-binding protein  29.08 
 
 
361 aa  94  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4343  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  29.08 
 
 
370 aa  93.6  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2074  extracellular solute-binding protein  29.08 
 
 
342 aa  93.2  5e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1116  extracellular solute-binding protein  28.69 
 
 
361 aa  92.8  7e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2648  extracellular solute-binding protein family 1  27.74 
 
 
362 aa  92  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.370022 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1208  extracellular solute-binding protein  28.69 
 
 
342 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.527758  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1468  ABC polyamine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.21 
 
 
349 aa  91.7  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.119305 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0720  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.84 
 
 
341 aa  90.5  4e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0753  extracellular solute-binding protein  28.29 
 
 
365 aa  89.4  8e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1234  extracellular solute-binding protein  28.29 
 
 
365 aa  89.4  8e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4360  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
366 aa  89  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0676  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.52 
 
 
341 aa  88.6  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1501  extracellular solute-binding protein  27.2 
 
 
348 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1366  extracellular solute-binding protein family 1  25.58 
 
 
344 aa  88.2  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.755106  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4695  extracellular solute-binding protein  28.47 
 
 
333 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6494  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  25 
 
 
351 aa  87.8  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000128013  normal  0.750448 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0643  Fe3+ ABC transporter, iron-binding protein  26.64 
 
 
346 aa  88.2  2e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000121089  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4877  extracellular solute-binding protein  28.04 
 
 
340 aa  88.2  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.713524  normal  0.38801 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4140  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 
366 aa  87.4  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0884015  normal  0.2219 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3666  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 
366 aa  87.4  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.818754 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3171  extracellular solute-binding protein  30 
 
 
382 aa  87.4  3e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0311  ABC transporter periplasmic-binding protein  25.9 
 
 
325 aa  87  4e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000568515  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3135  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  24.68 
 
 
351 aa  86.7  5e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000124491 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2476  ABC-type iron(III)-binding periplasmic protein precursor  25.81 
 
 
364 aa  86.7  5e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000339151  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1945  iron ABC transporter, iron-binding protein  26.19 
 
 
345 aa  86.3  6e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0041  extracellular solute-binding protein family 1  28.41 
 
 
336 aa  86.3  6e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4122  extracellular solute-binding protein  27.84 
 
 
366 aa  85.9  8e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0845667  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0545  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.56 
 
 
339 aa  85.9  8e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.001131  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4244  extracellular solute-binding protein  27.84 
 
 
366 aa  85.9  8e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.611623  normal  0.0395193 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04090  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  25.81 
 
 
367 aa  85.1  0.000000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.510256 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1772  extracellular solute-binding protein family 1  24.81 
 
 
344 aa  85.5  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.320595  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3273  extracellular solute-binding protein  27.84 
 
 
366 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.281784  normal  0.946498 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0189  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein  28.97 
 
 
334 aa  85.5  0.000000000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1761  extracellular solute-binding protein family 1  25.6 
 
 
341 aa  85.1  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.893641  normal  0.0475771 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2294  extracellular solute-binding protein  29.12 
 
 
381 aa  85.5  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4473  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  27.31 
 
 
341 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.144148 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4789  2-aminoethylphosphonate ABC transporter, 2-aminoethylphosphonate binding protein  29.35 
 
 
362 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.333603  hitchhiker  0.0000239278 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1875  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  27.54 
 
 
363 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.217985  normal  0.203995 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3752  extracellular solute-binding protein  24.44 
 
 
342 aa  84.7  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.236177  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3454  putative periplasmic solute-binding protein  28.46 
 
 
337 aa  84.3  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.357351  normal  0.433387 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4607  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  27.31 
 
 
341 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.980284  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3495  extracellular solute-binding protein  28.07 
 
 
375 aa  84.7  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0500866  normal  0.246878 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0168  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein  28.22 
 
 
334 aa  84  0.000000000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1767  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  27.11 
 
 
366 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.583626  normal  0.0378604 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4977  extracellular solute-binding protein family 1  27.94 
 
 
347 aa  83.6  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.187207  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1418  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 
343 aa  82.8  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.58033  normal  0.12139 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3159  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  24.68 
 
 
351 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.451295  normal  0.0280644 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1459  extracellular solute-binding protein family 1  25.2 
 
 
343 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0283759 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1807  ABC transporter periplasmic-binding protein  25.18 
 
 
325 aa  82  0.00000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000832712  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0641  Fe3+ ABC transporter, iron-binding protein  24.48 
 
 
343 aa  82.4  0.00000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.147653  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>