More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_0448 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_0743  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  69.88 
 
 
999 aa  1243    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.575824  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2398  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  82.69 
 
 
1015 aa  1477    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.632036  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3719  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  68.8 
 
 
1023 aa  1221    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0448  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  100 
 
 
872 aa  1818    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0363122  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1088  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  64.75 
 
 
1025 aa  1135    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0870888  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2012  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  68.52 
 
 
1032 aa  1210    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0447  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  70.62 
 
 
989 aa  1263    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.926177  hitchhiker  0.0000000581329 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1215  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  70.89 
 
 
990 aa  1245    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0929  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  70.49 
 
 
990 aa  1251    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.379173  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0134  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  75.53 
 
 
1015 aa  1338    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.363012 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3553  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  69.95 
 
 
984 aa  1218    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2381  type I restriction-modification system, R subunit  68.52 
 
 
1032 aa  1210    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0897  HsdR-like, putative type I restriction deoxyribonuclease  40.87 
 
 
1294 aa  533  1e-150  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1841  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  36.59 
 
 
953 aa  513  1e-144  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5242  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  37.46 
 
 
974 aa  511  1e-143  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3349  type I restriction-modification system R subunit  38.3 
 
 
963 aa  499  1e-140  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.531995  normal  0.015033 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2474  type I restriction-modification system, R subunit  37.21 
 
 
930 aa  478  1e-133  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.081777  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0185  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  37.6 
 
 
929 aa  473  1.0000000000000001e-131  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0180  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  37.6 
 
 
929 aa  473  1.0000000000000001e-131  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.634319  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1410  type I restriction enzyme EcoR124II R protein (R.EcoR124II)  36.52 
 
 
1031 aa  443  1e-123  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.643236  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1956  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family protein  35.94 
 
 
1037 aa  424  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.160894  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3473  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  35.95 
 
 
1037 aa  420  1e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2179  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  36.87 
 
 
1007 aa  421  1e-116  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0502  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  34.34 
 
 
1015 aa  422  1e-116  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.840857 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1107  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  37.17 
 
 
1013 aa  420  1e-116  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1501  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  34.04 
 
 
1034 aa  414  1e-114  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.573056  normal  0.735582 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  35.29 
 
 
1016 aa  412  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.831432  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1543  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.66 
 
 
1033 aa  412  1e-113  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1853  type I restriction enzyme EcoR124II R protein  34.61 
 
 
989 aa  411  1e-113  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0775  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  35.38 
 
 
1041 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0082  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  36.59 
 
 
1014 aa  412  1e-113  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0348133  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3053  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  35.1 
 
 
1038 aa  404  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2271  type I restriction-modification system endonuclease  35.65 
 
 
1009 aa  404  1e-111  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4396  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.71 
 
 
1038 aa  370  1e-101  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.806316  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01119  type I restriction enzyme, R subunit  34.73 
 
 
1174 aa  335  1e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2726  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.74 
 
 
1041 aa  329  1.0000000000000001e-88  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3674  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.33 
 
 
1075 aa  328  2.0000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0747  type I restriction-modification system restriction subunit  32.43 
 
 
996 aa  326  9e-88  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4164  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.91 
 
 
1076 aa  326  1e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0160364 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4084  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.91 
 
 
1061 aa  324  6e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3538  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.15 
 
 
1082 aa  320  6e-86  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0228194  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1913  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.68 
 
 
1039 aa  319  2e-85  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0328667 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4384  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.53 
 
 
1061 aa  317  5e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03160  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.7 
 
 
1077 aa  307  6e-82  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000937778 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3955  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.04 
 
 
1042 aa  300  1e-79  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1962  type I site-specific restriction-modification system R subunit  30.16 
 
 
1095 aa  290  6e-77  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0559  type I site-specific deoxyribonuclease, restriction subunit  30.91 
 
 
1066 aa  290  9e-77  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.193671  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3666  Type I site-specific deoxyribonuclease  33.02 
 
 
881 aa  289  1e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.616224  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0616  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.28 
 
 
1024 aa  186  2.0000000000000003e-45  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.945786  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0861  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.88 
 
 
1031 aa  170  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2674  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.33 
 
 
1027 aa  167  5e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0402  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.6 
 
 
1055 aa  166  3e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  26.31 
 
 
1023 aa  161  4e-38  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3081  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.19 
 
 
1027 aa  157  7e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0948  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  25.74 
 
 
1030 aa  157  1e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000221808  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1775  type I restriction-modification system restriction subunit  24.77 
 
 
1041 aa  156  2e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2197  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.78 
 
 
1063 aa  156  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.511328  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4621  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.68 
 
 
1028 aa  155  4e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.250071 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0948  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.26 
 
 
1054 aa  153  1e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  0.0000568458 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0366  type I restriction-modification system, R subunit  25.84 
 
 
1039 aa  152  3e-35  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2793  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.66 
 
 
1012 aa  147  6e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.81193  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1115  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.21 
 
 
1107 aa  145  4e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1156  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  24.7 
 
 
974 aa  144  6e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.159677  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0008  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.64 
 
 
1099 aa  144  7e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3549  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.7 
 
 
1092 aa  144  9e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.276779  normal  0.254191 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7554  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.7 
 
 
1072 aa  144  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0099  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  25.13 
 
 
1089 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.26483  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2281  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.7 
 
 
986 aa  142  3e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000865916 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2218  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.78 
 
 
975 aa  141  6e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0430  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.96 
 
 
1030 aa  140  7e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3755  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.47 
 
 
1029 aa  137  7.000000000000001e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0174443  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0245  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.62 
 
 
1038 aa  136  9.999999999999999e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0157  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.09 
 
 
1096 aa  136  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4202  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.85 
 
 
1034 aa  135  3.9999999999999996e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0288  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.72 
 
 
1003 aa  135  3.9999999999999996e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2687  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.2 
 
 
979 aa  132  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1893  type I restriction-modification system, R subunit  24.09 
 
 
1069 aa  130  1.0000000000000001e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.24 
 
 
1067 aa  130  1.0000000000000001e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2543  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.67 
 
 
1070 aa  130  1.0000000000000001e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.111804  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3150  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.19 
 
 
1000 aa  130  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1213  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.49 
 
 
1074 aa  129  3e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4345  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.41 
 
 
920 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3790  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.15 
 
 
1053 aa  127  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1944  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.52 
 
 
1034 aa  126  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31477 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2923  R (restriction) subunit/helicase  25.04 
 
 
984 aa  125  3e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.04 
 
 
984 aa  125  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3013  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.14 
 
 
1070 aa  125  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.36517  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0101  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.75 
 
 
986 aa  125  4e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2344  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.7 
 
 
1045 aa  124  9e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0184878 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2251  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.99 
 
 
1044 aa  123  9.999999999999999e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0281  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.42 
 
 
1028 aa  123  9.999999999999999e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  0.0000241298 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1854  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.83 
 
 
1026 aa  122  3e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3172  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25 
 
 
995 aa  121  7e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000000957293 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2507  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.91 
 
 
1068 aa  120  7.999999999999999e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.351896  normal  0.319546 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2911  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.6 
 
 
1079 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17680  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  22.53 
 
 
1035 aa  119  1.9999999999999998e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1070  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24 
 
 
1067 aa  119  3e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.558069  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3110  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.09 
 
 
980 aa  117  1.0000000000000001e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0969  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.32 
 
 
973 aa  117  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.301095 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0841  type I restriction-modification system, R subunit  27.32 
 
 
973 aa  117  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>