121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4483 on replicon NC_007960
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007960  Nham_4483  ArdC gene in pSa(IncW plasmid)-like  100 
 
 		 308 aa  635    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  decreased coverage  0.00889579  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4322  hypothetical protein  73.38 
 
 		 308 aa  475  1e-133  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0279  putative conjugal transfer antirestriction protein  74.35 
 
 		 308 aa  466  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9564  antirestriction protein  65.58 
 
 		 308 aa  438  9.999999999999999e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.211525  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4757  hypothetical protein  67.21 
 
 		 308 aa  426  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8099  antirestriction protein  66.56 
 
 		 308 aa  414  1e-114  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9173  antirestriction protein  63.96 
 
 		 310 aa  410  1e-113  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.12033  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4973  domain of unknown function DUF1738  62.66 
 
 		 306 aa  392  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6816  domain of unknown function DUF1738  63.4 
 
 		 306 aa  378  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.232152  normal  0.435368 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6561  domain of unknown function DUF1738  62.99 
 
 		 306 aa  380  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0255  antirestriction protein  59.67 
 
 		 299 aa  369  1e-101  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3793  hypothetical protein  63.23 
 
 		 301 aa  370  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.462521  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5543  domain of unknown function DUF1738  62.75 
 
 		 306 aa  370  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234849  hitchhiker  0.00000802915 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4983  hypothetical protein  70.29 
 
 		 241 aa  363  2e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1960  domain of unknown function DUF1738  58.08 
 
 		 299 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0574  antirestriction protein  54.79 
 
 		 304 aa  324  1e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4029  peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site  55.74 
 
 		 301 aa  324  1e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1972  domain of unknown function DUF1738  52.98 
 
 		 362 aa  303  2.0000000000000002e-81  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0738445  normal  0.0525568 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0527  hypothetical protein  60 
 
 		 242 aa  303  3.0000000000000004e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.989296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5261  hypothetical protein  45.62 
 
 		 311 aa  234  1.0000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.798907  normal  1 
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_19  putative antirestriction protein  42.07 
 
 		 328 aa  227  2e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.366429  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9909  antirestriction protein  43.64 
 
 		 285 aa  223  2e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1814  hypothetical protein  44.44 
 
 		 311 aa  221  9.999999999999999e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4545  hypothetical protein  44.22 
 
 		 295 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3779  hypothetical protein  41.98 
 
 		 294 aa  220  3e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.694827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_25  antirestriction protein ArdC  42.91 
 
 		 333 aa  215  7e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5558  domain of unknown function DUF1738  43.2 
 
 		 338 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.476412  normal  0.0470037 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2121  antirestriction protein; ArdC  41.61 
 
 		 317 aa  211  9e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0021  antirestriction protein  41.4 
 
 		 319 aa  211  9e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3814  hypothetical protein  41.27 
 
 		 321 aa  211  1e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0877775  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0427  antirestriction protein  42.81 
 
 		 313 aa  210  2e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.338701 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0128  antirestriction protein  44 
 
 		 321 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7703  putative ardC antirestriction protein  40.13 
 
 		 317 aa  210  3e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.166875 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6049  hypothetical protein  44.22 
 
 		 326 aa  210  3e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0539  hypothetical protein  40 
 
 		 322 aa  208  1e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3921  antirestriction protein; ArdC  42.49 
 
 		 316 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1544  hypothetical protein  39.86 
 
 		 320 aa  206  4e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0398449 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8295  domain of unknown function DUF1738  41 
 
 		 315 aa  205  6e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0399219  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3326  putative ardC antirestriction protein  38.71 
 
 		 318 aa  204  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7394  putative ardC antirestriction protein  41.21 
 
 		 319 aa  203  4e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.615073  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1473  domain of unknown function DUF1738  40.74 
 
 		 314 aa  202  5e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3568  antirestriction protein; ArdC  41.81 
 
 		 316 aa  198  7.999999999999999e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.883646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0381  putative ArdC antirestriction protein  43.06 
 
 		 312 aa  198  1.0000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0801  hypothetical protein  41.69 
 
 		 308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  normal  0.957883 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3149  hypothetical protein  40.26 
 
 		 318 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3932  hypothetical protein  41.69 
 
 		 300 aa  195  7e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3059  protein of unknown function DUF1738  39.74 
 
 		 316 aa  195  9e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0306  antirestriction protein  40.77 
 
 		 288 aa  194  2e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1223  hypothetical protein  39.09 
 
 		 320 aa  193  2e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.909972  normal  0.983 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3512  hypothetical protein  39.09 
 
 		 320 aa  193  2e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.126742  normal  0.925711 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4018  hypothetical protein  39.46 
 
 		 312 aa  193  2e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.366526  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4426  hypothetical protein  41.18 
 
 		 332 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000360955  normal  0.236857 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4610  hypothetical protein  41.18 
 
 		 332 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.939593  normal  0.41393 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3034  hypothetical protein  39 
 
 		 300 aa  193  4e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4401  domain of unknown function DUF1738  40.83 
 
 		 332 aa  192  5e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.505635  normal  0.161946 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2282  antirestriction protein; ArdC  39.93 
 
 		 313 aa  192  8e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.365104 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2959  hypothetical protein  39.94 
 
 		 312 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.409787  normal  0.940796 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3741  hypothetical protein  39.46 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4521  domain of unknown function DUF1738  38.28 
 
 		 326 aa  189  7e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000111703  normal  0.206085 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4417  domain of unknown function DUF1738  38.16 
 
 		 326 aa  189  7e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000308922  normal  0.463356 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4587  hypothetical protein  40.77 
 
 		 434 aa  188  8e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.37704  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1844  protein of unknown function DUF1738  41.55 
 
 		 285 aa  186  5e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.900515  normal  0.779395 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2664  replication primases  39.93 
 
 		 300 aa  183  4.0000000000000006e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.927231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3336  hypothetical protein  38.46 
 
 		 312 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3581  hypothetical protein  40.68 
 
 		 284 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264982  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4058  hypothetical protein  37.27 
 
 		 336 aa  182  6e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0395  hypothetical protein  38.02 
 
 		 344 aa  181  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.877999  normal  0.195519 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6336  domain of unknown function DUF1738  36.75 
 
 		 297 aa  178  1e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4227  antirestriction protein  56.41 
 
 		 184 aa  177  2e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0722776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4138  hypothetical protein  38.8 
 
 		 320 aa  177  2e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4749  domain of unknown function DUF1738  38.74 
 
 		 327 aa  177  3e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.778127  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5920  domain of unknown function DUF1738  36.51 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4123  hypothetical protein  36.45 
 
 		 335 aa  173  2.9999999999999996e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3033  DNA primase  36.54 
 
 		 320 aa  171  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.828057 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4588  hypothetical protein  37.12 
 
 		 304 aa  169  4e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3690  antirestriction protein  31.86 
 
 		 323 aa  166  5.9999999999999996e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1162  domain of unknown function DUF1738  34.27 
 
 		 299 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.287336  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1461  domain of unknown function DUF1738  36.33 
 
 		 297 aa  161  2e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2529  hypothetical protein  33.33 
 
 		 384 aa  157  2e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0713703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0806  hypothetical protein  41.1 
 
 		 247 aa  157  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0270897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1780  antirestriction protein  33.01 
 
 		 322 aa  155  1e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.114291  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3213  antirestriction protein-like  42.86 
 
 		 325 aa  154  2.9999999999999998e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3038  hypothetical protein  38.55 
 
 		 248 aa  151  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.502254 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5409  hypothetical protein  40.39 
 
 		 260 aa  150  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.861263  normal  0.17576 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0020  DNA primase TraC  31.51 
 
 		 986 aa  150  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1648  domain of unknown function DUF1738  32.79 
 
 		 410 aa  148  1.0000000000000001e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5500  domain of unknown function DUF1738  33.22 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.348911 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6717  domain of unknown function DUF1738  33.11 
 
 		 319 aa  143  3e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000323608  normal  0.58549 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2363  domain of unknown function DUF1738  37.02 
 
 		 275 aa  137  2e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6843  domain of unknown function DUF1738  35.2 
 
 		 296 aa  137  3.0000000000000003e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.896751  normal  0.17936 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0034  putative DNA replication primase  32.3 
 
 		 682 aa  135  7.000000000000001e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000123462  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2455  domain of unknown function DUF1738  34.56 
 
 		 280 aa  135  9e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000230581  unclonable  0.000000000352571 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4668  hypothetical protein  33.22 
 
 		 1077 aa  133  5e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2005  hypothetical protein  37.07 
 
 		 258 aa  132  9e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.146058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4248  hypothetical protein  30.42 
 
 		 1580 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00909879  normal  0.515927 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0037  hypothetical protein  33.33 
 
 		 287 aa  130  3e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2244  hypothetical protein  29.68 
 
 		 1495 aa  130  3e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6616  hypothetical protein  30.25 
 
 		 1448 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0777828  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6521  TOPRIM  30.25 
 
 		 1448 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1304  domain of unknown function DUF1738  33.01 
 
 		 1457 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000590213 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>