82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3734 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3734  hypothetical protein  100 
 
 		 132 aa  273  7e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0850  hypothetical protein  43.33 
 
 		 119 aa  84  7e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3661  hypothetical protein  38.68 
 
 		 132 aa  82.4  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1596  hypothetical protein  42.7 
 
 		 136 aa  75.5  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1593  hypothetical protein  40.86 
 
 		 127 aa  65.1  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3273  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  37.78 
 
 		 293 aa  51.2  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.288519  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0615  cytochrome c, class I  33.64 
 
 		 218 aa  50.4  0.000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1988  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  37.08 
 
 		 323 aa  50.8  0.000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0201798  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0594  cytochrome c class I  33.64 
 
 		 218 aa  49.3  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0205  cytochrome c class I  34.29 
 
 		 647 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844315 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02300  hypothetical protein  35.87 
 
 		 324 aa  48.5  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1956  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  35.96 
 
 		 322 aa  48.5  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003470  cytochrome c oxidase subunit CcoP  36.63 
 
 		 324 aa  48.1  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.204703  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1794  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.83 
 
 		 325 aa  48.1  0.00004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.448855  normal  0.0580758 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2217  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.7 
 
 		 318 aa  47.8  0.00005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.04222  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0180  cytochrome c family protein  32.38 
 
 		 636 aa  47.8  0.00006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.558942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0202  cytochrome c, class I  32.38 
 
 		 647 aa  47  0.00009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5965  putative cytochrome c like protein  37.5 
 
 		 112 aa  47  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.672072 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2214  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.83 
 
 		 322 aa  47  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2013  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.96 
 
 		 324 aa  47  0.00009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00187341  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1566  diheme cytochrome c  40.24 
 
 		 324 aa  47  0.00009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2110  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.96 
 
 		 322 aa  47  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0408813  normal  0.504179 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5322  cytochrome c class I  34 
 
 		 346 aa  46.6  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0021785  normal  0.0885214 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2422  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.78 
 
 		 325 aa  46.6  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000195931  hitchhiker  0.0000802746 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1848  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  39.33 
 
 		 318 aa  46.6  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149886  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1236  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  32.1 
 
 		 286 aa  46.2  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.385578  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1583  cytochrome c class I  31.71 
 
 		 152 aa  47  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.889837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1966  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.96 
 
 		 322 aa  46.6  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00926304  hitchhiker  0.00889683 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2009  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.96 
 
 		 322 aa  46.6  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0902386  hitchhiker  0.0000000272898 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2794  cytochrome-c oxidase fixP chain  42.31 
 
 		 290 aa  45.8  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.40028  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2167  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.96 
 
 		 322 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0262117  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2217  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.96 
 
 		 322 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000127298  normal  0.441817 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2217  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.96 
 
 		 322 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106993  normal  0.268308 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2361  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.71 
 
 		 322 aa  45.4  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2204  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.96 
 
 		 322 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000397613  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4490  hypothetical protein  36.96 
 
 		 322 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1874  cytochrome c class I  33.68 
 
 		 220 aa  45.8  0.0002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0991365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2419  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  39.76 
 
 		 298 aa  45.4  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.203271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2538  cytochrome c, class I  35.87 
 
 		 313 aa  45.1  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.663631  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3041  putative bifunctional cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II/cytochrome c  32.1 
 
 		 286 aa  45.1  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1050  cytochrome c oxidase, subunit CcoP  35.48 
 
 		 326 aa  45.1  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.26248  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1108  hypothetical protein  32.84 
 
 		 248 aa  44.7  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0360  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.91 
 
 		 287 aa  44.7  0.0005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0376  cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit III  29.91 
 
 		 287 aa  44.7  0.0005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5233  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  40.26 
 
 		 293 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.558245  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2114  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  40.26 
 
 		 293 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1992  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  40 
 
 		 323 aa  44.3  0.0006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1234  cytochrome c class I  34.57 
 
 		 163 aa  43.9  0.0008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.5253  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1809  cytochrome c class I  29.76 
 
 		 153 aa  43.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0225  quinol:cytochrome c oxidoreductase monoheme cytochrome subunit  33 
 
 		 209 aa  43.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.416605  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5470  cytochrome c, class I  32.95 
 
 		 631 aa  43.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.343465  normal  0.0783661 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1425  cytochrome c, class I  33.77 
 
 		 97 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0012  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  41.03 
 
 		 293 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0733  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.38 
 
 		 293 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.647452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0017  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  35.42 
 
 		 293 aa  42.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1913  hypothetical protein  29.46 
 
 		 154 aa  43.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000530569  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0317  cytochrome c, class I  35.38 
 
 		 285 aa  43.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00320646 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6249  cytochrome c550  27.55 
 
 		 164 aa  42.4  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0148  cytochrome c, class I  30.23 
 
 		 248 aa  42.4  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2253  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  35.16 
 
 		 298 aa  42  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.168664  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1152  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.48 
 
 		 307 aa  42  0.003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.67748  normal  0.0615842 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69300  hypothetical protein  39.51 
 
 		 633 aa  42  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1358  cb-type cytochrome c oxidase subunit III  31.76 
 
 		 152 aa  41.6  0.003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.112598  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1845  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  38.37 
 
 		 349 aa  42  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3999  hypothetical protein  33.33 
 
 		 138 aa  41.6  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0760  cytochrome c, class I  32.53 
 
 		 101 aa  41.2  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.957716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0632  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.21 
 
 		 311 aa  41.6  0.004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2575  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.76 
 
 		 307 aa  41.2  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.991261  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2435  cytochrome c class I  32.47 
 
 		 97 aa  40.8  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1237  cytochrome c553i  32 
 
 		 176 aa  40.8  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.329607 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0775  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  32.58 
 
 		 374 aa  40.8  0.006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0709529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2579  cytochrome c553i  32 
 
 		 176 aa  40.8  0.006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.811236  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19980  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  37.8 
 
 		 306 aa  40.8  0.006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.181448  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0781  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.58 
 
 		 382 aa  40.8  0.006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.279912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1041  hypothetical protein  35.05 
 
 		 176 aa  40.8  0.006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.24091  normal  0.0488069 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3780  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  33.68 
 
 		 318 aa  40.4  0.007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44400  putative cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.68 
 
 		 318 aa  40.4  0.007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2070  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.71 
 
 		 317 aa  40.4  0.007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.542754  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3841  cytochrome c variant  31.71 
 
 		 230 aa  40.8  0.007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5993  hypothetical protein  37.08 
 
 		 652 aa  40.4  0.008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2222  cytochrome c, class I  29.09 
 
 		 395 aa  40.4  0.009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000427443  normal  0.28108 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1747  cytochrome c, class I  35.96 
 
 		 372 aa  40  0.009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0188659 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>