63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0850 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0850  hypothetical protein  100 
 
 		 119 aa  244  2e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1596  hypothetical protein  68.18 
 
 		 136 aa  142  2e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1593  hypothetical protein  52.22 
 
 		 127 aa  99.4  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3734  hypothetical protein  38.02 
 
 		 132 aa  86.7  9e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3661  hypothetical protein  37.61 
 
 		 132 aa  77.8  0.00000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0317  cytochrome c, class I  33.78 
 
 		 285 aa  50.8  0.000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00320646 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4079  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.12 
 
 		 196 aa  49.3  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.254828  normal  0.612683 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1406  hypothetical protein  32.95 
 
 		 291 aa  48.5  0.00003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2349  cytochrome c family protein  29.09 
 
 		 203 aa  48.5  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1587  hypothetical protein  31.82 
 
 		 291 aa  47.8  0.00005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1879  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.33 
 
 		 300 aa  46.6  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2431  cytochrome c family protein  28.43 
 
 		 209 aa  46.6  0.0001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.684089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1050  cytochrome c oxidase, subunit CcoP  37.35 
 
 		 326 aa  45.8  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.26248  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1566  diheme cytochrome c  38.37 
 
 		 324 aa  45.4  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3473  cytochrome c family protein  28.81 
 
 		 207 aa  45.8  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0349058  normal  0.204914 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2041  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  36.47 
 
 		 304 aa  46.2  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1874  cytochrome c class I  28.81 
 
 		 220 aa  46.2  0.0002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0991365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1450  cytochrome d1 heme region  38.27 
 
 		 525 aa  45.4  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.593871 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2638  cytochrome c class I  31.97 
 
 		 154 aa  45.4  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1809  cytochrome c class I  28.24 
 
 		 153 aa  45.4  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0698  cytochrome c class I  34.15 
 
 		 189 aa  45.1  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0634  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  35.58 
 
 		 304 aa  45.4  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0291  cytochrome c, class I  33.06 
 
 		 546 aa  44.7  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.85938 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02058  Cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.83 
 
 		 113 aa  44.7  0.0004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00379379  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3254  cytochrome c family protein  31.53 
 
 		 186 aa  45.1  0.0004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00276753  normal  0.22329 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2038  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  35.29 
 
 		 304 aa  44.7  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0645844  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0148  cytochrome c, class I  28.81 
 
 		 248 aa  44.7  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19980  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.05 
 
 		 306 aa  44.7  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.181448  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1358  cb-type cytochrome c oxidase subunit III  29.07 
 
 		 152 aa  44.3  0.0006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.112598  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5932  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.61 
 
 		 289 aa  43.9  0.0007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322856  normal  0.495001 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6265  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.61 
 
 		 289 aa  43.9  0.0007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.142904 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1140  cytochrome c, mono- and diheme variant  34.48 
 
 		 269 aa  43.5  0.0009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.000421025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1107  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.94 
 
 		 307 aa  43.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.1867  normal  0.890058 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1279  cytochrome C oxidase subunit III  32.94 
 
 		 326 aa  43.5  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.55862 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0632  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.95 
 
 		 311 aa  43.5  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3999  hypothetical protein  28.46 
 
 		 138 aa  43.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0225  quinol:cytochrome c oxidoreductase monoheme cytochrome subunit  29.35 
 
 		 209 aa  42.4  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.416605  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1088  cytochrome c, class I  41.03 
 
 		 143 aa  42.4  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000582284  hitchhiker  0.0000137635 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5965  putative cytochrome c like protein  29.7 
 
 		 112 aa  42.7  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.672072 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2778  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  35.96 
 
 		 305 aa  42.7  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.452004  normal  0.247491 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3780  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  36.56 
 
 		 318 aa  42  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2776  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.9 
 
 		 310 aa  41.6  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000169467 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44400  putative cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36.56 
 
 		 318 aa  42  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2070  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.71 
 
 		 317 aa  42  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.542754  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2513  cytochrome c family protein  32.38 
 
 		 146 aa  41.6  0.004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.42595  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2135  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  28.83 
 
 		 1187 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.270413 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1933  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.69 
 
 		 305 aa  41.6  0.004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0570892  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4332  Isoquinoline 1-oxidoreductase., Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.73 
 
 		 1207 aa  41.2  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0161  cytochrome c class I  30.69 
 
 		 254 aa  41.2  0.005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000207523  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0885  cytochrome c, class I  31.11 
 
 		 156 aa  41.2  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.457158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0663  isoquinoline 1-oxidoreductase  34.52 
 
 		 1202 aa  40.8  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.80425  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3043  cytochrome c class I  30.77 
 
 		 163 aa  40.8  0.006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2419  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.62 
 
 		 298 aa  40.8  0.007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.203271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2346  cytochrome c class I  32.94 
 
 		 187 aa  40.8  0.007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1889  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding  28.83 
 
 		 1187 aa  40.8  0.007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2001  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  36 
 
 		 325 aa  40.8  0.007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.659912  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1415  cytochrome c class I  32.5 
 
 		 123 aa  40.8  0.007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.958192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1280  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.41 
 
 		 296 aa  40.4  0.008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1992  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.26 
 
 		 323 aa  40.4  0.008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02300  hypothetical protein  34.88 
 
 		 324 aa  40.4  0.009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3416  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  36 
 
 		 325 aa  40  0.01  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0306402 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1422  hypothetical protein  26.26 
 
 		 177 aa  40  0.01  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000667886  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1968  cytochrome c class I  33.07 
 
 		 238 aa  40  0.01  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000548419  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>