102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msed_2005 on replicon NC_009440
Organism: Metallosphaera sedula DSM 5348



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009440  Msed_2005  CopG family transcriptional regulator  100 
 
 		 128 aa  251  2.0000000000000002e-66  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1718  transcriptional regulator NikR, CopG family  45.31 
 
 		 133 aa  110  8.000000000000001e-24  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1768  putative transcriptional regulator, CopG family  33.07 
 
 		 135 aa  73.2  0.000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.123509  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2980  nickel responsive regulator  33.86 
 
 		 139 aa  71.2  0.000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0494  nickel responsive regulator  32.28 
 
 		 139 aa  70.9  0.000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0355  nickel responsive regulator  32.28 
 
 		 137 aa  69.7  0.00000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000375481  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0772  nickel responsive regulator  32.28 
 
 		 139 aa  67.8  0.00000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1897  nickel responsive regulator  30.71 
 
 		 137 aa  67.8  0.00000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3628  nickel responsive regulator  32.28 
 
 		 139 aa  65.5  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3562  nickel responsive regulator  32.28 
 
 		 139 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1320  nickel responsive regulator  30.65 
 
 		 139 aa  64.3  0.0000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00541993 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0193  nickel responsive regulator  31.07 
 
 		 143 aa  63.2  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0129549  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2090  nickel responsive regulator  29.92 
 
 		 139 aa  62.4  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000414666  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1664  nickel responsive regulator  27.48 
 
 		 141 aa  62  0.000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0929  nickel responsive regulator  26.72 
 
 		 141 aa  61.2  0.000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1017  nickel responsive regulator  26.72 
 
 		 141 aa  60.8  0.000000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0474  nickel responsive regulator  31.45 
 
 		 139 aa  59.7  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0139967 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1182  nickel responsive regulator  28.24 
 
 		 141 aa  59.7  0.00000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1371  transcriptional regulator NikR, CopG family  25.95 
 
 		 135 aa  58.5  0.00000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.551897  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2956  nickel responsive regulator  29.84 
 
 		 139 aa  57.8  0.00000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0649578  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1397  putative transcriptional regulator, CopG family  27.78 
 
 		 139 aa  57.8  0.00000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.640554  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1100  NikR nickel binding protein  26.4 
 
 		 137 aa  57.4  0.00000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1674  nickel-responsive regulator  26.61 
 
 		 136 aa  57  0.00000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.750347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0662  nickel responsive regulator  28.12 
 
 		 140 aa  56.6  0.0000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0229415  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0162  CopG family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 139 aa  56.6  0.0000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1201  nickel responsive regulator  25.19 
 
 		 141 aa  56.2  0.0000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1897  transcriptional regulator NikR, CopG family  30.25 
 
 		 142 aa  56.2  0.0000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.208975 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3075  transcriptional regulator NikR, CopG family  27.07 
 
 		 140 aa  56.6  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.251737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0934  nickel responsive regulator  25.6 
 
 		 140 aa  55.5  0.0000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1135  putative transcriptional regulator, CopG family  27.91 
 
 		 131 aa  55.8  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.548865 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3231  nickel responsive regulator  29.03 
 
 		 139 aa  55.5  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.758254  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1855  CopG family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 156 aa  55.1  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3645  CopG family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 136 aa  55.5  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3104  transcriptional regulator NikR, CopG family  31.75 
 
 		 142 aa  54.3  0.0000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0411  CopG family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 132 aa  54.3  0.0000006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.629331  normal  0.0285278 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00550  predicted transcriptional regulator with CopG/Arc/MetJ DNA-binding domain and metal-binding domain  24.62 
 
 		 172 aa  53.5  0.0000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0327438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1643  CopG family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 140 aa  53.5  0.000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.0000269216 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1344  putative transcriptional regulator, CopG family  28.57 
 
 		 147 aa  53.1  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000723092  unclonable  0.00000108063 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0530  nickel responsive regulator  26.92 
 
 		 139 aa  53.5  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0440783  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0525  nickel responsive regulator  26.92 
 
 		 139 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.317174  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0911  transcriptional regulator NikR, CopG family  30.16 
 
 		 142 aa  52.4  0.000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0497  nickel responsive regulator  26.15 
 
 		 139 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.492849  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0164  transcriptional regulator NikR, CopG family  27.27 
 
 		 172 aa  51.6  0.000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.200645  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2765  nickel responsive regulator  27.69 
 
 		 139 aa  50.8  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.648121  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00610  predicted transcriptional regulator with CopG/Arc/MetJ DNA-binding domain protein and metal-binding domain protein  27.48 
 
 		 140 aa  50.8  0.000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0616517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0193  CopG family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 132 aa  50.8  0.000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.272405 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2239  CopG family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 140 aa  50.4  0.000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.849236  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0124  CopG family transcriptional regulator  25.22 
 
 		 130 aa  50.4  0.000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.647828  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2218  nickel responsive regulator  25 
 
 		 141 aa  50.4  0.000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0455847  hitchhiker  0.00550238 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0210  transcriptional regulator NikR, CopG family  28.36 
 
 		 140 aa  50.4  0.000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.547655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0842  CopG family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 151 aa  49.7  0.00001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.514267  normal  0.251181 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0870  nickel-responsive regulator  23.2 
 
 		 138 aa  49.7  0.00001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2067  putative transcriptional regulator, CopG family  26.05 
 
 		 164 aa  49.7  0.00001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0391455  normal  0.235465 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0795  transcriptional regulator NikR, CopG family  26.98 
 
 		 148 aa  49.7  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0507  nickel responsive regulator  28 
 
 		 140 aa  49.3  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1765  nickel responsive regulator  30.4 
 
 		 138 aa  49.7  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0805  nickel responsive regulator  24.44 
 
 		 132 aa  48.1  0.00004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.822913  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0755  nickel responsive regulator  24.44 
 
 		 132 aa  48.1  0.00004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1236  CopG family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 133 aa  47.8  0.00005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2084  CopG family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 122 aa  47.8  0.00005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.140571 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0606  putative transcriptional regulator, CopG family  26.77 
 
 		 140 aa  47.8  0.00005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1563  CopG family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 130 aa  47.4  0.00007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0269  transcriptional regulator NikR, CopG family  26.96 
 
 		 142 aa  47  0.00008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.38556  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03330  nickel responsive regulator  32.43 
 
 		 133 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0234  putative transcriptional regulator, CopG family  32.43 
 
 		 133 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2008  CopG family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 139 aa  46.2  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3680  nickel responsive regulator  32.43 
 
 		 133 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3965  nickel responsive regulator  32.43 
 
 		 133 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3111  nickel responsive regulator  25.19 
 
 		 164 aa  46.6  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0235  nickel responsive regulator  32.43 
 
 		 133 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3765  nickel responsive regulator  32.43 
 
 		 133 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3840  nickel responsive regulator  32.43 
 
 		 133 aa  46.6  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3853  nickel responsive regulator  32.43 
 
 		 145 aa  46.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3896  nickel responsive regulator  32.43 
 
 		 145 aa  46.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3776  nickel responsive regulator  32.43 
 
 		 133 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.472074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3786  nickel responsive regulator  32.43 
 
 		 145 aa  46.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3956  nickel responsive regulator  32.43 
 
 		 145 aa  46.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4821  nickel responsive regulator  32.43 
 
 		 133 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3086  putative transcriptional regulator, CopG family  28.35 
 
 		 150 aa  46.2  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.817448  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7612  nickel responsive regulator  23.31 
 
 		 132 aa  46.2  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03283  hypothetical protein  32.43 
 
 		 133 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2743  CopG family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 138 aa  45.4  0.0003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00281756  hitchhiker  0.00032337 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1839  nickel responsive regulator  29.36 
 
 		 133 aa  45.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.442629  normal  0.0456101 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0609  CopG family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 158 aa  44.7  0.0004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.396237  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0488  CopG family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 134 aa  45.1  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.632627  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2003  putative transcriptional regulator, CopG family  39.29 
 
 		 134 aa  45.1  0.0004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000417208  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2747  transcriptional regulator NikR, CopG family  30.95 
 
 		 132 aa  45.1  0.0004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2214  transcriptional regulator NikR, CopG family  28.46 
 
 		 136 aa  44.7  0.0004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1284  CopG family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 122 aa  44.7  0.0005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2041  CopG family transcriptional regulator  24 
 
 		 140 aa  44.3  0.0006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000563555  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3543  putative transcriptional regulator, CopG family  24.41 
 
 		 129 aa  44.3  0.0006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0271  transcriptional regulator NikR, CopG family  26.32 
 
 		 135 aa  43.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1234  nickel responsive regulator  30.16 
 
 		 153 aa  42.7  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2805  nickel responsive regulator  24.63 
 
 		 156 aa  42.7  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.20015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6191  CopG family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 167 aa  42.4  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4064  CopG family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 147 aa  42.7  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.516784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0299  transcriptional regulator NikR, CopG family  26.67 
 
 		 136 aa  42.7  0.002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.345818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2616  amino acid adenylation  27.78 
 
 		 13537 aa  41.6  0.004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2250  CopG family transcriptional regulator  23.2 
 
 		 141 aa  41.6  0.004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000647292  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0220  transcriptional regulator NikR, CopG family  25.88 
 
 		 139 aa  41.6  0.004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>