More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_2084 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_4654  fumarate lyase  87.39 
 
 		 451 aa  662    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.179746  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2084  fumarate lyase  100 
 
 		 451 aa  857    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.252524  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1439  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  47.09 
 
 		 460 aa  319  6e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1483  fumarate lyase  41.78 
 
 		 450 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.151746  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0757  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.84 
 
 		 457 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4598  fumarate lyase  44.55 
 
 		 458 aa  307  2.0000000000000002e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.604906  normal  0.691601 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4557  fumarate lyase  41.65 
 
 		 449 aa  299  9e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0014  fumarate lyase  40.8 
 
 		 450 aa  298  1e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000353189  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3487  fumarate lyase  40.68 
 
 		 450 aa  298  1e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3811  fumarate lyase  41.16 
 
 		 449 aa  297  3e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.647921  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04011  conserved hypothetical protein  41.35 
 
 		 476 aa  290  2e-77  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.981247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3622  fumarate lyase  43.41 
 
 		 456 aa  291  2e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0741551  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2341  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.61 
 
 		 453 aa  290  3e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2125  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.22 
 
 		 453 aa  290  4e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.398562 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1072  adenylosuccinate lyase  44.34 
 
 		 455 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1273  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.64 
 
 		 454 aa  282  1e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.281218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2418  fumarate lyase  40.68 
 
 		 448 aa  281  2e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.259458 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4344  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.33 
 
 		 450 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.339693  normal  0.0393048 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1379  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.33 
 
 		 450 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.449914  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4409  fumarate lyase  41.4 
 
 		 446 aa  278  2e-73  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.816365 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.92 
 
 		 450 aa  276  5e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00531997 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2745  fumarate lyase  40.49 
 
 		 473 aa  276  5e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.632463  normal  0.0578708 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21250  adenylosuccinate lyase  39.23 
 
 		 452 aa  273  5.000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0991556  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1536  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.39 
 
 		 438 aa  266  4e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0157227  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4435  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.15 
 
 		 450 aa  266  7e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.115184  normal  0.0129696 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38190  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.5 
 
 		 450 aa  266  7e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.569484  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02908  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.04 
 
 		 450 aa  265  2e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5023  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.11 
 
 		 462 aa  259  7e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.261629  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2456  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.27 
 
 		 453 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.786558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02830  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.8 
 
 		 459 aa  254  3e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289129 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0645  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.92 
 
 		 459 aa  253  7e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0741414 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2251  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.2 
 
 		 453 aa  250  4e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.001838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0316  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.7 
 
 		 459 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3127  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.03 
 
 		 457 aa  248  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2505  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.38 
 
 		 452 aa  248  2e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7931  3-carboxy-cis,cis-muconate cyclo-isomerase  43.58 
 
 		 452 aa  248  2e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.46399  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4459  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.25 
 
 		 476 aa  248  2e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.484308 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4015  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.27 
 
 		 490 aa  247  4e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0773124  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2695  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.99 
 
 		 453 aa  246  8e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0450627  normal  0.5058 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4314  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.92 
 
 		 459 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.417348  normal  0.728676 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1555  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.27 
 
 		 452 aa  242  7.999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0069  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.03 
 
 		 452 aa  241  2e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.675451  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0056  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.03 
 
 		 452 aa  241  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0457569  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3160  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.03 
 
 		 457 aa  241  2e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0058  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.03 
 
 		 452 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.593603  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.03 
 
 		 452 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1485  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.03 
 
 		 452 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1202  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.03 
 
 		 452 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.03 
 
 		 460 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.646656  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0170  adenylosuccinate lyase  34.94 
 
 		 454 aa  239  6.999999999999999e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00265741  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5286  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.75 
 
 		 451 aa  238  1e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.335784  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0215  adenylosuccinate lyase  34.38 
 
 		 454 aa  239  1e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.314002  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1630  adenylosuccinate lyase  38.35 
 
 		 477 aa  238  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5748  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.28 
 
 		 452 aa  238  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.955684  normal  0.122503 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4374  adenylosuccinate lyase  34.18 
 
 		 451 aa  236  5.0000000000000005e-61  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  6.25048e-22 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2457  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.5 
 
 		 383 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00336692  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3997  adenylosuccinate lyase  33.9 
 
 		 454 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00709346  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4188  adenylosuccinate lyase  33.9 
 
 		 454 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.27 
 
 		 465 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2063  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.23 
 
 		 453 aa  231  2e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.146832  normal  0.884924 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1906  putative lyase  35.02 
 
 		 445 aa  230  4e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0280  adenylosuccinate lyase  35.05 
 
 		 454 aa  229  7e-59  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18830  adenylosuccinate lyase  36.63 
 
 		 477 aa  229  8e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0801563 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1855  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.22 
 
 		 419 aa  228  2e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.354329  normal  0.137347 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5111  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.72 
 
 		 406 aa  228  2e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4654  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.39 
 
 		 464 aa  227  3e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0817649  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4475  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.28 
 
 		 452 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1579  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.23 
 
 		 448 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.13236  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1055  fumarate lyase  41.91 
 
 		 488 aa  224  3e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1393  adenylosuccinate lyase  32.15 
 
 		 455 aa  211  2e-53  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00268576  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1657  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.98 
 
 		 404 aa  211  3e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.919998 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1582  adenylosuccinate lyase  32.15 
 
 		 455 aa  210  5e-53  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3324  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.36 
 
 		 402 aa  207  3e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2385  fumarate lyase  38.07 
 
 		 463 aa  204  2e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.72571  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3210  adenylosuccinate lyase  34.52 
 
 		 452 aa  201  3e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.127423  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2324  fumarate lyase  40.64 
 
 		 500 aa  199  7.999999999999999e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.387168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0005  adenylosuccinate lyase  32.6 
 
 		 454 aa  198  2.0000000000000003e-49  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4874  fumarate lyase  32.6 
 
 		 456 aa  198  2.0000000000000003e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0760075  normal  0.0695852 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2958  adenylosuccinate lyase  33.48 
 
 		 471 aa  197  3e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121926  hitchhiker  0.00625137 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4818  fumarate lyase  35.63 
 
 		 451 aa  196  9e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.327057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4837  fumarate lyase  35.68 
 
 		 450 aa  194  2e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.616525  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2833  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.39 
 
 		 464 aa  193  5e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.23357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5054  fumarate lyase  33.04 
 
 		 456 aa  192  7e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0605282  normal  0.269052 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1014  adenylosuccinate lyase  35.07 
 
 		 437 aa  189  8e-47  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0298  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.95 
 
 		 444 aa  189  1e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0824  adenylosuccinate lyase  32.45 
 
 		 446 aa  187  4e-46  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.116488 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3852  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.81 
 
 		 384 aa  186  7e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0767232  normal  0.573525 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23110  adenylosuccinate lyase  30.19 
 
 		 431 aa  185  1.0000000000000001e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4076  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.53 
 
 		 501 aa  184  2.0000000000000003e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1160  adenylosuccinate lyase  32.19 
 
 		 446 aa  184  4.0000000000000006e-45  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0992  adenylosuccinate lyase  34.94 
 
 		 435 aa  183  7e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0673  adenylosuccinate lyase  32.61 
 
 		 448 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1701  adenylosuccinate lyase  33.17 
 
 		 445 aa  177  4e-43  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.259986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2695  adenylosuccinate lyase  32.09 
 
 		 431 aa  177  5e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0303486  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13030  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.73 
 
 		 462 aa  176  6e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1631  adenylosuccinate lyase  31.55 
 
 		 483 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1145  adenylosuccinate lyase  30.82 
 
 		 431 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0794  adenylosuccinate lyase  30.18 
 
 		 449 aa  173  5e-42  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.652976  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2095  adenylosuccinate lyase  31.75 
 
 		 443 aa  172  1e-41  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1121  adenylosuccinate lyase  31.62 
 
 		 447 aa  172  1e-41  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>