More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_2171 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_2171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
287 aa  541  1e-153  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2532  putative ABC transporter  56.32 
 
 
299 aa  293  3e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.803269 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24420  Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.53 
 
 
290 aa  251  9.000000000000001e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.234365  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.6 
 
 
304 aa  224  1e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.182305 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
285 aa  222  6e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.435926 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12200  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  49.81 
 
 
289 aa  208  8e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1601  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  42.7 
 
 
278 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0426  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.3 
 
 
288 aa  194  1e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.538661  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1268  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.8 
 
 
289 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6563  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.8 
 
 
289 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.64 
 
 
287 aa  193  4e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6169  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.4 
 
 
289 aa  192  4e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.496098  normal  0.0365301 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0505  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.43 
 
 
288 aa  191  1e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  40.79 
 
 
288 aa  188  7e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.36 
 
 
287 aa  187  2e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.76 
 
 
296 aa  186  3e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4119  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  40.16 
 
 
282 aa  186  3e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.53 
 
 
310 aa  184  1.0000000000000001e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.63 
 
 
359 aa  184  2.0000000000000003e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  39.38 
 
 
301 aa  183  3e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.12 
 
 
327 aa  182  5.0000000000000004e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5291  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  41.45 
 
 
282 aa  182  5.0000000000000004e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3477  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.64 
 
 
287 aa  181  1e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0280346  normal  0.0383606 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
299 aa  181  1e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.84 
 
 
294 aa  181  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7202  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  39.79 
 
 
290 aa  181  1e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.109242  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.03 
 
 
284 aa  180  2e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0243  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.75 
 
 
268 aa  181  2e-44  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.216437  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.41 
 
 
296 aa  179  7e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
297 aa  178  8e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
309 aa  178  9e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
280 aa  177  1e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
307 aa  177  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.31 
 
 
301 aa  177  2e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.19 
 
 
303 aa  177  2e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.22 
 
 
280 aa  177  2e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  38.25 
 
 
282 aa  176  3e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  34.35 
 
 
299 aa  176  3e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  34.35 
 
 
299 aa  176  3e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  34.35 
 
 
299 aa  176  3e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  34.35 
 
 
299 aa  176  3e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  34.35 
 
 
299 aa  176  3e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.87 
 
 
318 aa  176  4e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0510  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.08 
 
 
270 aa  176  5e-43  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.23 
 
 
300 aa  176  5e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.51 
 
 
295 aa  175  6e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
304 aa  176  6e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.77 
 
 
307 aa  175  9e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.03 
 
 
359 aa  175  9.999999999999999e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2117  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.44 
 
 
286 aa  174  9.999999999999999e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.115712  normal  0.273152 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2385  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  42.74 
 
 
287 aa  174  9.999999999999999e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1688  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  37.4 
 
 
298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.175944  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2097  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  37.4 
 
 
298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 
292 aa  173  1.9999999999999998e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156076  normal  0.42272 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.25 
 
 
298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00686598  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.69 
 
 
285 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  38.78 
 
 
321 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.69344 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.74 
 
 
299 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.66 
 
 
285 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.83 
 
 
300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1570  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  37.4 
 
 
298 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01443  D-ala-D-ala transporter subunit  37.4 
 
 
298 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.45304  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2030  ABC transporter, permease protein  35.82 
 
 
300 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0884139  normal  0.749678 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01455  hypothetical protein  37.4 
 
 
298 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.47297  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1674  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  37.4 
 
 
298 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2172  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  37.4 
 
 
298 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.17 
 
 
285 aa  172  5.999999999999999e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
310 aa  172  7.999999999999999e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
280 aa  171  9e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.63 
 
 
300 aa  171  1e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2349  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  38.04 
 
 
295 aa  170  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 
293 aa  170  2e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.37 
 
 
309 aa  170  2e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.85 
 
 
274 aa  169  3e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  37.94 
 
 
867 aa  169  4e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  36.96 
 
 
301 aa  169  5e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1748  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  38.43 
 
 
294 aa  169  5e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.161109  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.98 
 
 
309 aa  169  6e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.3 
 
 
293 aa  169  6e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6193  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.59 
 
 
283 aa  169  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.843996 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
299 aa  168  8e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.66 
 
 
287 aa  168  9e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.08 
 
 
287 aa  168  9e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.144364 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.66 
 
 
287 aa  168  9e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.15 
 
 
301 aa  168  1e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.76 
 
 
313 aa  168  1e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
304 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.637669  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.3 
 
 
293 aa  168  1e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2848  ABC transporter permease protein  35.4 
 
 
276 aa  168  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4903  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.53 
 
 
262 aa  168  1e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.766345 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.91 
 
 
277 aa  167  2e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.486684  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.54 
 
 
332 aa  166  2.9999999999999998e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0860  oligopeptide ABC transporter permease  37.65 
 
 
283 aa  166  4e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0824  oligopeptide ABC transporter, permease  37.25 
 
 
283 aa  166  4e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.52 
 
 
298 aa  166  4e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0947  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.25 
 
 
283 aa  166  4e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.177412  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0910  oligopeptide ABC transporter permease protein  37.65 
 
 
283 aa  166  4e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.31 
 
 
294 aa  166  4e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4458  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.66 
 
 
286 aa  166  5e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4384  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.25 
 
 
283 aa  166  5e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  9.52955e-23 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>