More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_3037 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_3037  ribosomal protein L20  100 
 
 		 127 aa  254  4e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.206291  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2416  ribosomal protein L20  74.6 
 
 		 126 aa  189  9e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5471  ribosomal protein L20  72.87 
 
 		 129 aa  188  2e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3180  50S ribosomal protein L20  78.57 
 
 		 126 aa  187  5.999999999999999e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0268094  normal  0.168846 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14570  LSU ribosomal protein L20P  72.66 
 
 		 128 aa  185  1e-46  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3069  ribosomal protein L20  73.77 
 
 		 123 aa  183  5e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3326  50S ribosomal protein L20  71.43 
 
 		 129 aa  184  5e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.588527  normal  0.356317 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1318  ribosomal protein L20  76.47 
 
 		 128 aa  183  8e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.231483  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21890  LSU ribosomal protein L20P  76.07 
 
 		 126 aa  183  8e-46  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.509644  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2994  50S ribosomal protein L20  71.43 
 
 		 129 aa  181  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.170325  normal  0.0515669 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2979  50S ribosomal protein L20  71.43 
 
 		 129 aa  181  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.265645  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3023  50S ribosomal protein L20  71.43 
 
 		 129 aa  181  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.612405 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25670  LSU ribosomal protein L20P  75.44 
 
 		 125 aa  181  3e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.826175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3167  ribosomal protein L20  78.07 
 
 		 129 aa  181  4.0000000000000006e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.406841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1267  50S ribosomal protein L20  71.9 
 
 		 124 aa  180  5.0000000000000004e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.369057 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12270  LSU ribosomal protein L20P  74.79 
 
 		 163 aa  179  1e-44  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.128357  normal  0.140057 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1877  50S ribosomal protein L20  72.44 
 
 		 130 aa  178  2e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.348784 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1730  50S ribosomal protein L20  80.36 
 
 		 126 aa  179  2e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00695308  hitchhiker  0.00143351 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2040  50S ribosomal protein L20  68.22 
 
 		 129 aa  177  4e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0971505  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4142  ribosomal protein L20  72.5 
 
 		 135 aa  177  5.999999999999999e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000151582  hitchhiker  0.000263316 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0234  50S ribosomal protein L20  72.65 
 
 		 127 aa  176  8e-44  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.163315  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6085  50S ribosomal protein L20  68.5 
 
 		 127 aa  176  8e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2383  ribosomal protein L20  73.5 
 
 		 126 aa  176  9e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.226272  normal  0.273471 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11660  50S ribosomal protein L20  67.46 
 
 		 129 aa  176  1e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2461  50S ribosomal protein L20  72.27 
 
 		 130 aa  176  1e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1105  ribosomal protein L20  75.21 
 
 		 128 aa  175  2e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0771886  normal  0.917158 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3054  50S ribosomal protein L20  71.43 
 
 		 121 aa  175  2e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2141  ribosomal protein L20  72.13 
 
 		 125 aa  175  2e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0032438  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1626  ribosomal protein L20  76.92 
 
 		 128 aa  174  4e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.75849 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1884  50S ribosomal protein L20  76.27 
 
 		 130 aa  174  4e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0962334  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22410  LSU ribosomal protein L20P  73.95 
 
 		 128 aa  174  5e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5481  ribosomal protein L20  71.43 
 
 		 129 aa  172  9.999999999999999e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.402875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2064  50S ribosomal protein L20  70.87 
 
 		 125 aa  170  5e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0330135  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0477  ribosomal protein L20  79.25 
 
 		 127 aa  169  1e-41  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1479  50S ribosomal protein L20  67.2 
 
 		 157 aa  166  8e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0382376  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1482  50S ribosomal protein L20  68.07 
 
 		 153 aa  165  2e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000928711 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3540  50S ribosomal protein L20  77.45 
 
 		 129 aa  163  9e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0376723  normal  0.227701 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2846  ribosomal protein L20  71.2 
 
 		 126 aa  162  1.0000000000000001e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.104952  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15180  LSU ribosomal protein L20P  61.54 
 
 		 117 aa  149  1e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00260509  normal  0.121577 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1235  ribosomal protein L20  59.83 
 
 		 117 aa  144  5e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000439682  normal  0.0943757 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1676  ribosomal protein L20  60 
 
 		 122 aa  140  6e-33  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.021642  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05740  LSU ribosomal protein L20P  65.49 
 
 		 117 aa  137  6e-32  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00000012199  normal  0.0122872 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0524  ribosomal protein L20  56.78 
 
 		 119 aa  136  1e-31  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.0000000408752  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1381  ribosomal protein L20  55.65 
 
 		 120 aa  132  9.999999999999999e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000161333  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0217  50S ribosomal protein L20  51.26 
 
 		 120 aa  131  3e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000274969  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20450  50S ribosomal protein L20  55.08 
 
 		 118 aa  131  3.9999999999999996e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.834025  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2381  ribosomal protein L20  54.24 
 
 		 118 aa  130  6.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153219  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2165  50S ribosomal protein L20  54.24 
 
 		 118 aa  130  6.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000386102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1934  50S ribosomal protein L20  54.24 
 
 		 118 aa  130  6.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000268188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2753  50S ribosomal protein L20  53.78 
 
 		 119 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0178087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1664  50S ribosomal protein L20  53.39 
 
 		 118 aa  129  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2507  50S ribosomal protein L20  53.39 
 
 		 118 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1402  50S ribosomal protein L20  53.78 
 
 		 119 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.274987  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1374  50S ribosomal protein L20  53.78 
 
 		 119 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.107797  normal  0.806931 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1802  50S ribosomal protein L20  53.45 
 
 		 117 aa  129  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0021941  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1362  50S ribosomal protein L20  53.78 
 
 		 119 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.626846  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28680  50S ribosomal protein L20  53.39 
 
 		 118 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000531022 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0200  50S ribosomal protein L20  53.78 
 
 		 119 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00269198  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1715  50S ribosomal protein L20  53.78 
 
 		 119 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179133  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1455  50S ribosomal protein L20  53.78 
 
 		 119 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.324727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1738  50S ribosomal protein L20  53.78 
 
 		 119 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.183281  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1776  50S ribosomal protein L20  53.78 
 
 		 119 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.462713 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1093  50S ribosomal protein L20  53.78 
 
 		 119 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0111531  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1555  50S ribosomal protein L20  53.78 
 
 		 119 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1893  50S ribosomal protein L20  53.78 
 
 		 119 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.292968  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4618  50S ribosomal protein L20  53.78 
 
 		 119 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0133372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2592  50S ribosomal protein L20  53.78 
 
 		 119 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.808755  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1536  50S ribosomal protein L20  53.78 
 
 		 119 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.25728  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0996  50S ribosomal protein L20  53.78 
 
 		 119 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1303  50S ribosomal protein L20  51.24 
 
 		 133 aa  128  2.0000000000000002e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.201739  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1478  50S ribosomal protein L20  53.78 
 
 		 119 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.727027  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2398  ribosomal protein L20  49.15 
 
 		 118 aa  128  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0041866  normal  0.275247 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0966  50S ribosomal protein L20  53.78 
 
 		 119 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.215823  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2468  50S ribosomal protein L20  53.39 
 
 		 118 aa  128  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0164678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3222  50S ribosomal protein L20  53.39 
 
 		 118 aa  128  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.888026 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3478  50S ribosomal protein L20  53.39 
 
 		 118 aa  128  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0800064  hitchhiker  0.00881726 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1970  50S ribosomal protein L20  53.39 
 
 		 118 aa  128  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0648376  hitchhiker  0.00701004 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1313  50S ribosomal protein L20  53.45 
 
 		 117 aa  127  5.0000000000000004e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000242462  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2144  50S ribosomal protein L20  49.58 
 
 		 119 aa  127  5.0000000000000004e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.0000000208623  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1856  50S ribosomal protein L20  49.58 
 
 		 119 aa  127  5.0000000000000004e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000191565  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1821  LSU ribosomal protein L20P  48.72 
 
 		 117 aa  126  8.000000000000001e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00014178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0206  50S ribosomal protein L20  53.39 
 
 		 134 aa  126  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0674  50S ribosomal protein L20  54.7 
 
 		 133 aa  126  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1979  50S ribosomal protein L20  53.39 
 
 		 118 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0347964  normal  0.0774628 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5320  50S ribosomal protein L20  54.1 
 
 		 125 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0625876 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1044  50S ribosomal protein L20  54.55 
 
 		 116 aa  125  2.0000000000000002e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000215802  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2240  50S ribosomal protein L20  52.1 
 
 		 119 aa  125  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00478573  hitchhiker  0.00537539 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2611  50S ribosomal protein L20  52.1 
 
 		 119 aa  125  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0328909  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0046  ribosomal protein L20  52.17 
 
 		 117 aa  125  2.0000000000000002e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3485  50S ribosomal protein L20  51.59 
 
 		 134 aa  125  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.500109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2594  ribosomal protein L20  51.69 
 
 		 118 aa  125  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649926  hitchhiker  0.00570674 
 
 
-
 
NC_004310  BR2120  50S ribosomal protein L20  53.85 
 
 		 134 aa  125  3e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.28003  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1278  50S ribosomal protein L20  51.69 
 
 		 118 aa  124  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144087  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1163  50S ribosomal protein L20  51.69 
 
 		 118 aa  124  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.322945  normal  0.917296 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2035  50S ribosomal protein L20  53.85 
 
 		 134 aa  125  3e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1339  50S ribosomal protein L20  52.1 
 
 		 119 aa  124  4.0000000000000003e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1092  50S ribosomal protein L20  47.86 
 
 		 118 aa  124  4.0000000000000003e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000110509  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0800  50S ribosomal protein L20  53.04 
 
 		 119 aa  124  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2305  50S ribosomal protein L20  48.72 
 
 		 117 aa  124  5e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00881657  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0710  50S ribosomal protein L20  52.17 
 
 		 117 aa  124  5e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000670695  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>