More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_1060 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_1060  regulatory protein LysR  100 
 
 		 270 aa  540  1e-153  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3664  transcriptional regulator, LysR family  44.44 
 
 		 297 aa  226  4e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3248  regulatory protein LysR  46.04 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.189666  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3569  regulatory protein LysR  34.08 
 
 		 324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 302 aa  82.4  0.000000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7124  transcriptional regulator, LysR family  31.66 
 
 		 288 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.281926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 300 aa  79  0.00000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06880  LysR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 292 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0196299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0242  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 312 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0629  putative transcriptional regulator  31.53 
 
 		 292 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 296 aa  76.3  0.0000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4831  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 307 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.496731  normal  0.988121 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 296 aa  75.5  0.0000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0746  transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 		 298 aa  75.1  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.265691  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04720  Transcriptional regulator, LysR family  28.22 
 
 		 299 aa  75.1  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.245931  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  33.66 
 
 		 295 aa  73.9  0.000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0401  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 307 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709145 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5165  LysR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 298 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.14822 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 297 aa  73.6  0.000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0371  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 307 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.45787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0147  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 296 aa  73.2  0.000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0397  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 307 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.7885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2633  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 305 aa  72.8  0.000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.787388  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2173  transcriptional regulator, LysR family  25.09 
 
 		 308 aa  72.4  0.000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  24.54 
 
 		 292 aa  71.6  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 301 aa  70.9  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0335  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 291 aa  70.9  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.854024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4256  DNA-binding transcriptional activator XapR  25.74 
 
 		 290 aa  70.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00318562 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.46 
 
 		 300 aa  70.5  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2421  LysR substrate-binding  20.82 
 
 		 300 aa  70.5  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 298 aa  70.1  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2782  LysR family regulatory protein  26.21 
 
 		 300 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.105762  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3249  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 297 aa  69.7  0.00000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.332208  normal  0.244414 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4879  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 291 aa  69.7  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2704  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 300 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1756  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 300 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.497412  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3053  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 300 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 300 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2473  LysR, substrate-binding  28.92 
 
 		 345 aa  69.3  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.206697  normal  0.35717 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 300 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3044  LysR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 301 aa  68.9  0.00000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.727695 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3838  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 327 aa  68.9  0.00000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.204635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2649  transcriptional regulator  25.73 
 
 		 300 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  26.79 
 
 		 295 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3494  transcriptional regulator, LysR family  24.53 
 
 		 299 aa  67.4  0.0000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3319  transcriptional regulator, LysR family  25.42 
 
 		 310 aa  67.4  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5074  transcriptional regulator, LysR family  26.98 
 
 		 307 aa  67.4  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.507053 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3076  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 305 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  28.41 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2554  transcriptional regulator, LysR family  28.71 
 
 		 309 aa  66.2  0.0000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0664958  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1072  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 300 aa  66.2  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.304438  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  28.5 
 
 		 294 aa  65.9  0.0000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  28.5 
 
 		 294 aa  65.9  0.0000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 299 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7208  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 293 aa  65.9  0.0000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 295 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 289 aa  65.9  0.0000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1291  transcriptional regulator, LysR family  27.72 
 
 		 305 aa  65.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.64922 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1334  LysR substrate-binding  22.78 
 
 		 307 aa  65.9  0.0000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.622556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4819  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 300 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.58153 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.81 
 
 		 299 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1408  LysR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 323 aa  64.7  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.185298  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  29.81 
 
 		 299 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.33 
 
 		 299 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0691  LysR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 294 aa  65.5  0.000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.780494  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  29.81 
 
 		 299 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 317 aa  65.5  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1374  LysR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 314 aa  64.7  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3441  transcriptional regulator, LysR family  26.87 
 
 		 297 aa  65.1  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3085  LysR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 305 aa  65.1  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 298 aa  64.7  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1778  transcriptional regulator, LysR family  25.12 
 
 		 297 aa  64.3  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4264  transcriptional regulator, LysR family  33.5 
 
 		 306 aa  64.3  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.46776 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 297 aa  64.3  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1939  LysR family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 312 aa  63.9  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000010986  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.33 
 
 		 299 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1392  LysR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 306 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0389535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.33 
 
 		 299 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3228  LysR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 305 aa  64.3  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1831  transcriptional regulator, LysR family  24.88 
 
 		 298 aa  63.5  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5674  transcriptional regulator, LysR family  25.27 
 
 		 294 aa  63.5  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0066  transcriptional regulator, LysR family  31.66 
 
 		 303 aa  63.5  0.000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  28.41 
 
 		 296 aa  63.9  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3299  LysR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 287 aa  63.9  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0793122  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.33 
 
 		 299 aa  63.5  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0927  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 302 aa  63.2  0.000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3122  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 315 aa  63.2  0.000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  28.41 
 
 		 296 aa  63.5  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03179  transcription regulator protein  27.83 
 
 		 310 aa  63.2  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.379949  normal  0.13271 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.33 
 
 		 299 aa  63.2  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 317 aa  62.8  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  26.44 
 
 		 299 aa  62.8  0.000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  26.44 
 
 		 299 aa  62.8  0.000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  25.98 
 
 		 308 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 300 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 305 aa  62.4  0.000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 300 aa  62  0.000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2778  transcriptional regulator, LysR family  28.78 
 
 		 302 aa  62.4  0.000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23055  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 299 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 296 aa  61.6  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>