More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_0617 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_0617  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
326 aa  643    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.370514  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.43 
 
 
356 aa  268  7e-71  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.302373 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1253  ABC transporter, permease protein  46.18 
 
 
315 aa  267  2e-70  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000107069 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3929  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.39 
 
 
307 aa  256  3e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.39 
 
 
307 aa  256  3e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3944  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.39 
 
 
307 aa  256  3e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.100329 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4431  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.75 
 
 
299 aa  254  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.531582  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11308  oligopeptide-transport integral membrane protein ABC transporter oppC  45.52 
 
 
291 aa  240  2e-62  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7098  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.55 
 
 
303 aa  237  2e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1952  oligopeptide ABC transporter, permease protein  47.84 
 
 
279 aa  235  6e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.546263  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3807  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.65 
 
 
326 aa  235  7e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2260  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.54 
 
 
299 aa  232  6e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0874815  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.89 
 
 
319 aa  230  3e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.532842  normal  0.592231 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.85 
 
 
338 aa  229  4e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8316  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.36 
 
 
308 aa  228  8e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.717145 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0534  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.57 
 
 
303 aa  223  4.9999999999999996e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.854176  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.78 
 
 
312 aa  217  2e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3277  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.53 
 
 
290 aa  216  5e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00191042  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1118  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.38 
 
 
324 aa  212  7.999999999999999e-54  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.588573  decreased coverage  0.00594817 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2292  putative peptide ABC transporter permease protein  41.64 
 
 
296 aa  193  3e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00757502  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08470  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  39.78 
 
 
313 aa  193  3e-48  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7777  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.08 
 
 
350 aa  187  2e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.551458 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.41 
 
 
305 aa  186  6e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.238767  normal  0.85069 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1833  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.43 
 
 
299 aa  183  3e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 
280 aa  181  2e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0611  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.64 
 
 
300 aa  179  4.999999999999999e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2836  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.77 
 
 
305 aa  179  8e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.824973 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02947  hypothetical protein  37.27 
 
 
302 aa  176  6e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.96 
 
 
310 aa  176  7e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.58 
 
 
310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0465132  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.08 
 
 
280 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  38.3 
 
 
282 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0755  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, inner membrane subunit  35.59 
 
 
304 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1631  ABC transporter, permease protein  34.16 
 
 
312 aa  172  9e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0718199  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.59 
 
 
304 aa  172  9e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.673312 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.46 
 
 
284 aa  172  1e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1948  oligopeptide transport system permease protein C  36.53 
 
 
300 aa  170  3e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.68 
 
 
285 aa  168  1e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002961  oligopeptide transport system permease protein OppC  34.33 
 
 
300 aa  166  4e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.61 
 
 
306 aa  166  5e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.664024  normal  0.640764 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2825  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.91 
 
 
365 aa  166  6.9999999999999995e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.151241  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.73 
 
 
280 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.99 
 
 
299 aa  162  6e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.84 
 
 
293 aa  162  7e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31120  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  35.81 
 
 
323 aa  162  7e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7028  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  33.94 
 
 
308 aa  161  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15550  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  32.92 
 
 
396 aa  161  2e-38  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.409579  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
292 aa  161  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.14 
 
 
285 aa  160  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0407  peptide ABC transporter, permease protein  35.53 
 
 
302 aa  159  5e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.57 
 
 
307 aa  159  5e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1571  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.57 
 
 
307 aa  159  5e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.385135  normal  0.0216142 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0187  oligopeptide ABC transporter permease  33.77 
 
 
334 aa  159  7e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0186  oligopeptide ABC transporter permease protein  33.77 
 
 
334 aa  159  7e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0868  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.88 
 
 
314 aa  159  8e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0206  oligopeptide ABC transporter, permease protein  33.11 
 
 
334 aa  159  9e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0064  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.63 
 
 
321 aa  159  9e-38  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  30.45 
 
 
299 aa  158  1e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  30.45 
 
 
299 aa  158  1e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  30.45 
 
 
299 aa  158  1e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4684  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.4 
 
 
292 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  30.45 
 
 
299 aa  158  1e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.53 
 
 
302 aa  157  2e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7205  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.61 
 
 
327 aa  157  2e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.345661  normal  0.0760131 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  30.69 
 
 
299 aa  157  2e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.35 
 
 
300 aa  157  2e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0350  peptide ABC transporter, permease protein  35.16 
 
 
302 aa  157  2e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.61 
 
 
287 aa  157  2e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0230  oligopeptide ABC transporter, permease protein  32.78 
 
 
334 aa  158  2e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.73 
 
 
352 aa  157  3e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4503  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.66 
 
 
296 aa  157  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.284812 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0590  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.37 
 
 
302 aa  156  4e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305304  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0211  oligopeptide ABC transporter, permease protein  32.78 
 
 
334 aa  156  4e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1935  oligopeptide ABC transporter permease OppC  34.32 
 
 
302 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0740124 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1872  oligopeptide ABC transporter permease protein OppC  34.32 
 
 
302 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.293082  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1878  oligopeptide ABC transporter permease OppC  34.32 
 
 
302 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.991183  normal  0.695732 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1583  oligopeptide ABC transporter permease OppC  34.32 
 
 
302 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1401  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  34.32 
 
 
302 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01219  oligopeptide transporter subunit  36.5 
 
 
302 aa  155  6e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.224373  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.5 
 
 
302 aa  155  6e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0051729  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1393  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  36.5 
 
 
302 aa  155  6e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.380796  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2383  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.5 
 
 
302 aa  155  6e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000135484 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01229  hypothetical protein  36.5 
 
 
302 aa  155  6e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.239558  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1414  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  36.5 
 
 
302 aa  155  6e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.585769  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1354  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  36.5 
 
 
302 aa  155  6e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000186421  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1731  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  36.5 
 
 
301 aa  155  7e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.1425  normal  0.136954 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5113  oligopeptide ABC transporter, permease protein  32.78 
 
 
334 aa  155  8e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1895  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  36.5 
 
 
301 aa  155  9e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.213821  normal  0.110744 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0210  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.1 
 
 
307 aa  154  1e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.31 
 
 
302 aa  154  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00582583  hitchhiker  0.00187492 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0247  oligopeptide ABC transporter, permease protein  33.1 
 
 
306 aa  154  2e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0546254  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.8 
 
 
274 aa  154  2e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0807  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.16 
 
 
349 aa  154  2e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5078  oligopeptide ABC transporter, permease protein  33.1 
 
 
306 aa  154  2e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0638  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  31.84 
 
 
320 aa  154  2.9999999999999998e-36  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.9 
 
 
319 aa  153  2.9999999999999998e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.25 
 
 
334 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0250  oligopeptide ABC transporter, permease protein  31.67 
 
 
307 aa  153  4e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0207  oligopeptide ABC transporter, permease  32.74 
 
 
307 aa  153  4e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0874  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.59 
 
 
310 aa  153  5e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>