More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1253 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1253  ABC transporter, permease protein  100 
 
 
315 aa  620  1e-177  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000107069 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.01 
 
 
356 aa  367  1e-100  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.302373 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0617  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.18 
 
 
326 aa  267  2e-70  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.370514  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4431  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.74 
 
 
299 aa  246  3e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.531582  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11308  oligopeptide-transport integral membrane protein ABC transporter oppC  46.1 
 
 
291 aa  243  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3929  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.81 
 
 
307 aa  243  3e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.81 
 
 
307 aa  243  3e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3944  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.81 
 
 
307 aa  243  3e-63  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.100329 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.21 
 
 
319 aa  238  6.999999999999999e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.532842  normal  0.592231 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3807  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.6 
 
 
326 aa  236  5.0000000000000005e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8316  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.57 
 
 
308 aa  231  1e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.717145 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0534  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.36 
 
 
303 aa  229  5e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.854176  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2260  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.91 
 
 
299 aa  228  1e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0874815  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.92 
 
 
338 aa  226  3e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.34 
 
 
312 aa  223  3e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7098  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.06 
 
 
303 aa  223  4e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1952  oligopeptide ABC transporter, permease protein  48.53 
 
 
279 aa  216  5e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.546263  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3277  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.26 
 
 
290 aa  204  2e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00191042  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1118  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.15 
 
 
324 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.588573  decreased coverage  0.00594817 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2292  putative peptide ABC transporter permease protein  41.67 
 
 
296 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00757502  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08470  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  42.44 
 
 
313 aa  196  4.0000000000000005e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1833  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.97 
 
 
299 aa  192  8e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
306 aa  179  4e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.664024  normal  0.640764 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1631  ABC transporter, permease protein  35.51 
 
 
312 aa  177  1e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0718199  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0611  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.53 
 
 
300 aa  178  1e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02947  hypothetical protein  35.42 
 
 
302 aa  176  3e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2825  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.65 
 
 
365 aa  176  4e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.151241  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.13 
 
 
280 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15550  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  35.06 
 
 
396 aa  174  1.9999999999999998e-42  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.409579  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.5 
 
 
305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.238767  normal  0.85069 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002961  oligopeptide transport system permease protein OppC  34.69 
 
 
300 aa  171  1e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.38 
 
 
280 aa  170  3e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.83 
 
 
293 aa  169  4e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.26 
 
 
310 aa  169  6e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7028  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  35.71 
 
 
308 aa  169  6e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
280 aa  168  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0755  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, inner membrane subunit  34.55 
 
 
304 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  35.71 
 
 
282 aa  167  2e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.9 
 
 
310 aa  167  2e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0465132  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7777  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.59 
 
 
350 aa  167  2e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.551458 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1948  oligopeptide transport system permease protein C  34.69 
 
 
300 aa  166  5e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31120  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  38.77 
 
 
323 aa  166  5.9999999999999996e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.06 
 
 
274 aa  165  8e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.89 
 
 
304 aa  165  9e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.673312 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.79 
 
 
307 aa  165  1.0000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1571  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.79 
 
 
307 aa  165  1.0000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.385135  normal  0.0216142 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35 
 
 
284 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.46 
 
 
317 aa  162  5.0000000000000005e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.367551 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0210  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.01 
 
 
307 aa  163  5.0000000000000005e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.51 
 
 
309 aa  162  6e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2836  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.23 
 
 
305 aa  162  8.000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.824973 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5078  oligopeptide ABC transporter, permease protein  32.25 
 
 
306 aa  162  1e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.67 
 
 
299 aa  161  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.499686  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0247  oligopeptide ABC transporter, permease protein  32.25 
 
 
306 aa  162  1e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0546254  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0207  oligopeptide ABC transporter, permease  31.75 
 
 
307 aa  160  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.84 
 
 
308 aa  160  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0268  oligopeptide ABC transporter, permease protein  33.69 
 
 
307 aa  160  3e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.72 
 
 
352 aa  159  4e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0221  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.05 
 
 
307 aa  157  2e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.92 
 
 
319 aa  157  2e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.94 
 
 
285 aa  157  3e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2030  oligopeptide ABC transporter permease protein  35.07 
 
 
293 aa  157  3e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0128641  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003659  oligopeptide transport system permease protein OppC  33.09 
 
 
310 aa  157  3e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.17 
 
 
285 aa  157  3e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.84 
 
 
318 aa  156  4e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.643704  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  34.33 
 
 
288 aa  155  6e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0023  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.77 
 
 
301 aa  155  7e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2241  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.08 
 
 
307 aa  155  7e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0590  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.85 
 
 
302 aa  155  9e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305304  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.99 
 
 
296 aa  155  9e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  34.56 
 
 
301 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1118  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.65 
 
 
354 aa  154  2e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.844451  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.67 
 
 
299 aa  154  2e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
300 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.44 
 
 
301 aa  152  5.9999999999999996e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.69178  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7205  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.27 
 
 
327 aa  152  7e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.345661  normal  0.0760131 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.4 
 
 
302 aa  152  8.999999999999999e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00582583  hitchhiker  0.00187492 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.04 
 
 
300 aa  152  8.999999999999999e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0250  oligopeptide ABC transporter, permease protein  32.62 
 
 
307 aa  152  1e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0211  oligopeptide ABC transporter, permease protein  35.51 
 
 
334 aa  151  1e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5411  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.8 
 
 
300 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.8 
 
 
300 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.07 
 
 
304 aa  151  1e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0064  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.41 
 
 
321 aa  150  2e-35  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1878  oligopeptide ABC transporter permease OppC  34.67 
 
 
302 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.991183  normal  0.695732 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3265  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
300 aa  151  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0286495 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1872  oligopeptide ABC transporter permease protein OppC  34.67 
 
 
302 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.293082  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1077  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.47 
 
 
289 aa  150  2e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1401  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  34.67 
 
 
302 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1935  oligopeptide ABC transporter permease OppC  34.67 
 
 
302 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0740124 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2745  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.97 
 
 
313 aa  150  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1583  oligopeptide ABC transporter permease OppC  34.67 
 
 
302 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.43 
 
 
300 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.474615  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0868  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.22 
 
 
314 aa  151  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.43 
 
 
300 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.988714  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0243  oligopeptide ABC transporter, permease protein  32.62 
 
 
307 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4503  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
296 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.284812 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0211  oligopeptide ABC transporter, permease  32.62 
 
 
307 aa  150  3e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0233  oligopeptide ABC transporter permease protein  32.26 
 
 
307 aa  150  3e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0206  oligopeptide ABC transporter, permease protein  35.51 
 
 
334 aa  150  3e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>