More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0919 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
356 aa  716    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.302373 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1253  ABC transporter, permease protein  57.01 
 
 
315 aa  367  1e-100  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000107069 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0617  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.43 
 
 
326 aa  268  8e-71  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.370514  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.83 
 
 
319 aa  238  1e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.532842  normal  0.592231 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4431  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.32 
 
 
299 aa  236  5.0000000000000005e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.531582  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3807  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.68 
 
 
326 aa  228  1e-58  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0534  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.82 
 
 
303 aa  227  3e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.854176  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.79 
 
 
338 aa  227  3e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3929  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.88 
 
 
307 aa  223  3e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3944  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.88 
 
 
307 aa  223  3e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.100329 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.88 
 
 
307 aa  223  3e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11308  oligopeptide-transport integral membrane protein ABC transporter oppC  41.67 
 
 
291 aa  223  4e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7098  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.7 
 
 
303 aa  221  9.999999999999999e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2260  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.13 
 
 
299 aa  218  8.999999999999998e-56  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0874815  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.81 
 
 
312 aa  211  1e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2292  putative peptide ABC transporter permease protein  41.43 
 
 
296 aa  211  1e-53  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00757502  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8316  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
308 aa  209  5e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.717145 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1952  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.22 
 
 
279 aa  201  1.9999999999999998e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.546263  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3277  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.48 
 
 
290 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00191042  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08470  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  41.24 
 
 
313 aa  195  8.000000000000001e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1118  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.06 
 
 
324 aa  192  6e-48  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.588573  decreased coverage  0.00594817 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1833  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.59 
 
 
299 aa  192  7e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02947  hypothetical protein  37.29 
 
 
302 aa  191  2e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.42 
 
 
310 aa  190  4e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.11 
 
 
310 aa  188  1e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0465132  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002961  oligopeptide transport system permease protein OppC  36.3 
 
 
300 aa  185  8e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0611  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.4 
 
 
300 aa  185  8e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.18 
 
 
305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.238767  normal  0.85069 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15550  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  35.03 
 
 
396 aa  182  6e-45  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.409579  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.39 
 
 
319 aa  179  4.999999999999999e-44  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0755  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, inner membrane subunit  36 
 
 
304 aa  178  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.64 
 
 
304 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.673312 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1948  oligopeptide transport system permease protein C  36.4 
 
 
300 aa  176  8e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2825  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.4 
 
 
365 aa  173  3.9999999999999995e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.151241  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7777  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.81 
 
 
350 aa  172  6.999999999999999e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.551458 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.68 
 
 
306 aa  172  7.999999999999999e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.664024  normal  0.640764 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
300 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2836  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.85 
 
 
305 aa  170  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.824973 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1631  ABC transporter, permease protein  35.29 
 
 
312 aa  170  4e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0718199  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3265  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.11 
 
 
300 aa  169  7e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0286495 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.89 
 
 
300 aa  169  9e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.474615  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.89 
 
 
300 aa  169  9e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.988714  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0023  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.71 
 
 
301 aa  168  1e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
300 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5411  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
300 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.41 
 
 
308 aa  167  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.73 
 
 
302 aa  166  5e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00582583  hitchhiker  0.00187492 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0638  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  32.81 
 
 
320 aa  165  9e-40  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003659  oligopeptide transport system permease protein OppC  32.73 
 
 
310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1935  oligopeptide ABC transporter permease OppC  34.07 
 
 
302 aa  164  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0740124 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1583  oligopeptide ABC transporter permease OppC  34.07 
 
 
302 aa  164  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1878  oligopeptide ABC transporter permease OppC  34.07 
 
 
302 aa  164  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.991183  normal  0.695732 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1401  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  34.07 
 
 
302 aa  164  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4503  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
296 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.284812 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.82 
 
 
299 aa  162  6e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.499686  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1872  oligopeptide ABC transporter permease protein OppC  34.07 
 
 
302 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.293082  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  33.83 
 
 
282 aa  162  8.000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.93 
 
 
317 aa  162  8.000000000000001e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.367551 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7205  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.27 
 
 
327 aa  162  9e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.345661  normal  0.0760131 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0590  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.55 
 
 
302 aa  162  1e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305304  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.97 
 
 
280 aa  160  2e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0117  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  33.55 
 
 
300 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.697818  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  32.98 
 
 
285 aa  160  4e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
302 aa  160  4e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.83 
 
 
284 aa  159  6e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.78 
 
 
292 aa  159  7e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.56 
 
 
274 aa  159  7e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2193  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.88 
 
 
302 aa  159  7e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0767914  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.46 
 
 
280 aa  159  8e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4684  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.04 
 
 
292 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26190  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  36.39 
 
 
325 aa  158  1e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.16491 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.99 
 
 
307 aa  158  2e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1571  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.99 
 
 
307 aa  158  2e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.385135  normal  0.0216142 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0211  oligopeptide ABC transporter, permease protein  34.63 
 
 
334 aa  157  2e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0230  oligopeptide ABC transporter, permease protein  33.98 
 
 
334 aa  157  3e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0210  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.61 
 
 
307 aa  157  3e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0407  peptide ABC transporter, permease protein  36.4 
 
 
302 aa  156  5.0000000000000005e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0187  oligopeptide ABC transporter permease  34.31 
 
 
334 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0186  oligopeptide ABC transporter permease protein  34.31 
 
 
334 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0268  oligopeptide ABC transporter, permease protein  35.94 
 
 
307 aa  156  6e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0207  oligopeptide ABC transporter, permease  35.59 
 
 
307 aa  156  6e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0206  oligopeptide ABC transporter, permease protein  34.31 
 
 
334 aa  156  6e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2745  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.11 
 
 
313 aa  156  6e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0243  oligopeptide ABC transporter, permease protein  34.77 
 
 
307 aa  155  8e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0211  oligopeptide ABC transporter, permease  34.77 
 
 
307 aa  155  1e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1251  putative oligopeptide transport system permease protein  35.46 
 
 
300 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3017  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  35.46 
 
 
300 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2901  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  35.46 
 
 
300 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00914111  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
280 aa  154  2e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7028  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  32.86 
 
 
308 aa  154  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0350  peptide ABC transporter, permease protein  36.03 
 
 
302 aa  154  2e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1536  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  35.11 
 
 
300 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0206  oligopeptide ABC transporter, permease protein  34.3 
 
 
334 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0247  oligopeptide ABC transporter, permease protein  35.23 
 
 
306 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0546254  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5078  oligopeptide ABC transporter, permease protein  35.33 
 
 
306 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.07 
 
 
300 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1731  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  36.36 
 
 
301 aa  153  4e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.1425  normal  0.136954 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.1 
 
 
318 aa  153  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.7223 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
302 aa  153  5e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0051729  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0353  oligopeptide ABC transporter, permease protein  35.11 
 
 
300 aa  153  5e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>