More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU2607 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU2607  prephenate dehydrogenase  100 
 
 
290 aa  577  1e-164  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535811  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0863  prephenate dehydrogenase  77.62 
 
 
286 aa  456  1e-127  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1463  prephenate dehydrogenase  72.63 
 
 
286 aa  413  1e-114  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000154009  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3259  Prephenate dehydrogenase  69.26 
 
 
286 aa  395  1e-109  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0991  Prephenate dehydrogenase  69.26 
 
 
286 aa  396  1e-109  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2149  Prephenate dehydrogenase  63.76 
 
 
288 aa  362  3e-99  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1346  prephenate dehydrogenase  61.97 
 
 
287 aa  353  2e-96  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1886  cyclohexadienyl/prephenate dehydrogenase  58.45 
 
 
288 aa  334  1e-90  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000040742  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0175  prephenate dehydrogenase  49.47 
 
 
297 aa  277  1e-73  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000165  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1334  Prephenate dehydrogenase  50.17 
 
 
292 aa  270  2.9999999999999997e-71  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.530233  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0566  prephenate dehydrogenase  52.26 
 
 
291 aa  266  2e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2549  cyclohexadienyl dehydrogenase  46.98 
 
 
308 aa  258  1e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.554787  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4928  cyclohexadienyl dehydrogenase  45.33 
 
 
313 aa  255  6e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4033  cyclohexadienyl dehydrogenase  46.45 
 
 
311 aa  254  1.0000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1209  Prephenate dehydrogenase  48.58 
 
 
293 aa  251  7e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0228431  normal  0.063909 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4255  cyclohexadienyl dehydrogenase  46.18 
 
 
313 aa  251  9.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1035  cyclohexadienyl dehydrogenase  45.61 
 
 
310 aa  251  1e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0928  prephenate dehydrogenase  52.43 
 
 
296 aa  250  2e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.582282  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3579  cyclohexadienyl dehydrogenase  45.39 
 
 
308 aa  250  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0656619 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1182  cyclohexadienyl dehydrogenase  46.45 
 
 
311 aa  249  3e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0582  cyclohexadienyl dehydrogenase  46.85 
 
 
311 aa  249  4e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1209  Arogenate dehydrogenase  45.1 
 
 
318 aa  249  4e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0362078 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0673  cyclohexadienyl dehydrogenase  46.15 
 
 
313 aa  249  5e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1874  prephenate dehydrogenase  47.59 
 
 
313 aa  246  3e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0158043 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3872  cyclohexadienyl dehydrogenase  44.68 
 
 
307 aa  245  4.9999999999999997e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402966  normal  0.0868763 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4102  cyclohexadienyl dehydrogenase  47.24 
 
 
314 aa  245  8e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.639306  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3263  cyclohexadienyl dehydrogenase  46.1 
 
 
298 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4284  cyclohexadienyl dehydrogenase  45.17 
 
 
314 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0191786 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1025  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  45.99 
 
 
742 aa  243  3.9999999999999997e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2195  prephenate dehydrogenase  43.54 
 
 
319 aa  242  5e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.598463  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1540  Prephenate dehydrogenase  49.29 
 
 
285 aa  242  5e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5258  prephenate dehydrogenase  47.18 
 
 
307 aa  240  2e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.426217  normal  0.0448039 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6215  cyclohexadienyl dehydrogenase  46.1 
 
 
311 aa  240  2e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.951807  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0960  cyclohexadienyl dehydrogenase  46.1 
 
 
311 aa  240  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0394985  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1988  cyclohexadienyl dehydrogenase  43.26 
 
 
321 aa  239  2.9999999999999997e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1914  cyclohexadienyl dehydrogenase  42.91 
 
 
321 aa  239  4e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1408  cyclohexadienyl dehydrogenase  45.74 
 
 
311 aa  239  4e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.19218  normal  0.384152 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0992  cyclohexadienyl dehydrogenase  42.36 
 
 
312 aa  238  6.999999999999999e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0930  prephenate dehydrogenase  44.21 
 
 
293 aa  238  6.999999999999999e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000476657  normal  0.448551 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1074  prephenate dehydrogenase  44.21 
 
 
293 aa  238  6.999999999999999e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0222409  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1195  prephenate dehydrogenase  40.85 
 
 
286 aa  237  2e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2212  cyclohexadienyl dehydrogenase  44.68 
 
 
311 aa  236  3e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3085  cyclohexadienyl dehydrogenase  44.76 
 
 
319 aa  234  9e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1748  prephenate dehydrogenase/3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase family protein  47.37 
 
 
535 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0692741  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1592  prephenate dehydrogenase  46.83 
 
 
312 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136189  normal  0.110316 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0393  arogenate dehydrogenase  44.06 
 
 
313 aa  233  2.0000000000000002e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0833829  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23310  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  45.86 
 
 
746 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0308529 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1873  Prephenate dehydrogenase  46.48 
 
 
312 aa  233  3e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.114366  normal  0.172447 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3037  Prephenate dehydrogenase  46.1 
 
 
295 aa  232  7.000000000000001e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0470856  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1647  Prephenate dehydrogenase  46.13 
 
 
312 aa  231  8.000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.59901  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0308  arogenate dehydrogenase  41.96 
 
 
320 aa  231  9e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.582436  normal  0.172957 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1416  prephenate dehydrogenase  46.13 
 
 
290 aa  231  1e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0973759  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3644  prephenate dehydrogenase  45.96 
 
 
534 aa  231  1e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0309722  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3944  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  46.15 
 
 
746 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.474784  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1770  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  46.29 
 
 
746 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151149  normal  0.0620649 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0440  prephenate dehydrogenase  42.86 
 
 
301 aa  230  2e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1377  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  45.99 
 
 
746 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1361  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  45.8 
 
 
746 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.290163  normal  0.0329548 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1965  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  45.86 
 
 
746 aa  228  8e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2945  cyclohexadienyl dehydrogenase  42.55 
 
 
313 aa  228  9e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0241407 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1234  prephenate dehydrogenase  44.13 
 
 
289 aa  227  2e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.946096 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4074  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  46.48 
 
 
735 aa  227  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00116499  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5818  Prephenate dehydrogenase  44.72 
 
 
309 aa  226  4e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3229  cyclohexadienyl dehydrogenase  42.46 
 
 
312 aa  226  4e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.303966 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2100  cyclohexadienyl dehydrogenase  41.26 
 
 
310 aa  226  4e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0176  prephenate dehydrogenase  43.62 
 
 
286 aa  224  1e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.327955  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1003  prephenate dehydrogenase  46.34 
 
 
308 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1852  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  44.44 
 
 
746 aa  224  2e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0953  prephenate dehydrogenase  48.58 
 
 
288 aa  222  7e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.02487  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2857  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  41.94 
 
 
748 aa  221  9.999999999999999e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0613537  hitchhiker  0.0000000406549 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1584  prephenate dehydrogenase  43.71 
 
 
317 aa  220  1.9999999999999999e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.406004 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0743  prephenate dehydrogenase  43.4 
 
 
334 aa  219  5e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2165  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  44.21 
 
 
750 aa  218  7.999999999999999e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.166945  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0776  Prephenate dehydrogenase  46.1 
 
 
302 aa  218  8.999999999999998e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00454993 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2146  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  43.55 
 
 
745 aa  215  5e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.470632  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0906  putative prephenate dehydrogenase oxidoreductase protein  47.5 
 
 
298 aa  215  5.9999999999999996e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0565  prephenate dehydrogenase  46.02 
 
 
329 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1044  prephenate dehydrogenase  46.02 
 
 
329 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1009  Prephenate dehydrogenase  40.93 
 
 
364 aa  211  1e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207637 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0847  Prephenate dehydrogenase  45.65 
 
 
292 aa  210  2e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.052924 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1150  Prephenate dehydrogenase  42.35 
 
 
367 aa  209  3e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2573  prephenate dehydrogenase  43.57 
 
 
298 aa  208  8e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.256173  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1311  Prephenate dehydrogenase  38.13 
 
 
293 aa  208  8e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000231 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2260  prephenate dehydrogenase  46.55 
 
 
322 aa  208  8e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.341011  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3007  cyclohexadienyl dehydrogenase  42.51 
 
 
301 aa  206  2e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1832  Prephenate dehydrogenase  43.08 
 
 
302 aa  206  3e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2136  prephenate dehydrogenase  37.05 
 
 
367 aa  205  7e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.535624  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1796  prephenate dehydrogenase  34.4 
 
 
365 aa  205  8e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3004  Prephenate dehydrogenase  43.79 
 
 
313 aa  203  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.548838  normal  0.0491743 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0920  prephenate dehydrogenase  45.3 
 
 
329 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0948545  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0962  prephenate dehydrogenase  41.64 
 
 
293 aa  202  4e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1206  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  36.88 
 
 
780 aa  202  7e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.610993 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15850  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  42.36 
 
 
752 aa  201  9.999999999999999e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1150  prephenate dehydrogenase  37.81 
 
 
299 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0141038  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1184  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  35.69 
 
 
778 aa  200  1.9999999999999998e-50  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.372461 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0497  prephenate dehydrogenase  38.63 
 
 
293 aa  200  1.9999999999999998e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0756332  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2242  prephenate dehydrogenase  39.15 
 
 
294 aa  200  3e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1182  prephenate dehydrogenase  41.7 
 
 
364 aa  199  3e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0979  prephenate dehydrogenase  44.1 
 
 
310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1616  Prephenate dehydrogenase  40.07 
 
 
293 aa  199  6e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>