107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2490 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2490  Rieske (2Fe-2S) protein  100 
 
 
315 aa  624  1e-178  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.267078  normal  0.625533 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3106  Rieske (2Fe-2S) protein  49.15 
 
 
440 aa  269  5e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.123107  normal  0.358682 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1811  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  49.66 
 
 
441 aa  258  1e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.491365  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4118  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  40 
 
 
364 aa  210  3e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.86033 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16200  Rieske Fe-S protein  40 
 
 
346 aa  207  1e-52  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.434497  normal  0.691399 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1826  Rieske (2Fe-2S) domain protein  41.43 
 
 
300 aa  206  4e-52  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3525  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  44.69 
 
 
361 aa  204  1e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00242186 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2211  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  40.59 
 
 
356 aa  200  1.9999999999999998e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0877373  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1448  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.51 
 
 
338 aa  201  1.9999999999999998e-50  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.12182  normal  0.124456 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1948  Rieske (2Fe-2S) domain protein  40.27 
 
 
356 aa  200  3e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000204427 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0962  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  45.17 
 
 
330 aa  199  5e-50  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0728361 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3293  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  42.86 
 
 
361 aa  199  7e-50  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.714442  normal  0.272111 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1679  Rieske (2Fe-2S) domain protein  41.99 
 
 
359 aa  192  6e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.507963 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14170  Rieske Fe-S protein  37.12 
 
 
354 aa  191  1e-47  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15690  Rieske Fe-S protein  37.5 
 
 
345 aa  191  2e-47  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2010  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35.84 
 
 
349 aa  191  2e-47  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3252  Rieske (2Fe-2S) domain protein  42.86 
 
 
343 aa  189  5e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0766211 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3342  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  39.39 
 
 
370 aa  186  4e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2077  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  37.42 
 
 
349 aa  186  6e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1890  Rieske (2Fe-2S) domain protein  43.57 
 
 
355 aa  181  1e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.199265  hitchhiker  0.00105731 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12140  Rieske Fe-S protein  35.71 
 
 
358 aa  179  7e-44  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.315272  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1375  Rieske (2Fe-2S) domain protein  40.14 
 
 
374 aa  173  3.9999999999999995e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.618481  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2675  Rieske Fe-S protein-like protein  36.73 
 
 
369 aa  164  2.0000000000000002e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.603744 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3136  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.64 
 
 
368 aa  161  1e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10690  Rieske Fe-S protein  36.84 
 
 
392 aa  161  1e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0599647  normal  0.601258 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3250  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35.93 
 
 
370 aa  159  8e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00634277  hitchhiker  0.0000373307 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3293  Rieske (2Fe-2S) region  34.02 
 
 
414 aa  159  9e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.144995  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3355  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.02 
 
 
414 aa  159  9e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.142183  normal  0.0379224 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3304  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.02 
 
 
414 aa  159  9e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.318703  normal  0.260108 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3061  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37.28 
 
 
372 aa  157  2e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00591656  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12223  Rieske iron-sulfur protein qcrA  33.45 
 
 
429 aa  156  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1294  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.91 
 
 
360 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.582599 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2954  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.76 
 
 
406 aa  154  2e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.62346  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3559  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.76 
 
 
402 aa  152  5e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.892758  normal  0.0992213 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3133  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  33.11 
 
 
399 aa  148  9e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3057  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  32.2 
 
 
382 aa  142  9e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.546534  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2694  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  31.42 
 
 
399 aa  134  3e-30  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.415104  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1020  ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit  36.18 
 
 
365 aa  129  6e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00851042  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1332  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35.71 
 
 
233 aa  87.8  2e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.639191 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2473  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37.29 
 
 
215 aa  88.2  2e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.835354 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4950  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.47 
 
 
199 aa  80.1  0.00000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.967902  normal  0.821565 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0021  Rieske (2Fe-2S) domain protein  40.88 
 
 
209 aa  66.2  0.0000000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.581068  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3142  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  31.03 
 
 
206 aa  64.3  0.000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.237905  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0364  Rieske iron-sulfur protein  41.98 
 
 
207 aa  63.5  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0318  Rieske (2Fe-2S) region  31.36 
 
 
220 aa  61.2  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.711833  decreased coverage  0.00329133 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2604  Rieske (2Fe-2S) region  41.18 
 
 
203 aa  60.5  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.455054  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3936  hypothetical protein  39.77 
 
 
192 aa  58.5  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.827287  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5679  arsenite oxidase, small subunit  45.45 
 
 
205 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.158931  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09350  ferredoxin subunit of nitrite reductase and ring-hydroxylating dioxygenase  44.78 
 
 
141 aa  56.2  0.0000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5703  arsenite oxidase, small subunit  37.76 
 
 
168 aa  55.5  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0471  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  26.85 
 
 
210 aa  54.7  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0051  Rieske (2Fe-2S) domain protein  48.15 
 
 
159 aa  55.1  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.782926  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0885  twin-arginine translocation pathway signal  37.5 
 
 
149 aa  53.9  0.000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3864  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  45.31 
 
 
141 aa  53.1  0.000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0332721  normal  0.187556 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1191  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  40.23 
 
 
435 aa  52.8  0.000007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.853402  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6884  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  46.03 
 
 
151 aa  53.1  0.000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.83573  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1251  Rieske (2Fe-2S) region  33.33 
 
 
187 aa  52.8  0.000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.573728  normal  0.754427 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0085  twin-arginine translocation pathway signal  41.79 
 
 
159 aa  52.4  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0970  twin-arginine translocation pathway signal  42.86 
 
 
160 aa  51.2  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3949  arsenite oxidase small subunit  40.91 
 
 
173 aa  51.6  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1544  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.88 
 
 
201 aa  51.2  0.00002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000461965 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0378  arsenite oxidase, small subunit  35.96 
 
 
168 aa  51.2  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0861749  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0244  rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.43 
 
 
214 aa  51.2  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3085  twin-arginine translocation pathway signal  39.66 
 
 
175 aa  50.8  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4253  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.66 
 
 
239 aa  50.8  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000504338  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2192  Rieske (2Fe-2S) domain protein  45.9 
 
 
146 aa  50.4  0.00004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0105099  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0582  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  48.08 
 
 
269 aa  50.1  0.00005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4136  Rieske (2Fe-2S) domain protein  45.16 
 
 
167 aa  50.1  0.00005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.456316 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4426  twin-arginine translocation pathway signal  30.94 
 
 
173 aa  49.3  0.00008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15420  ferredoxin subunit of nitrite reductase and ring-hydroxylating dioxygenase  42.42 
 
 
148 aa  49.3  0.00008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1541  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.47 
 
 
135 aa  49.3  0.00009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0242  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.86 
 
 
179 aa  48.9  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2537  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.3 
 
 
175 aa  48.9  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2525  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  46.43 
 
 
122 aa  48.1  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.348556  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1197  Rieske (2Fe-2S) domain protein  44.26 
 
 
130 aa  48.1  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2364  arsenite oxidase, small subunit  29.41 
 
 
165 aa  47.8  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5615  Rieske (2Fe-2S) domain protein  40 
 
 
159 aa  48.1  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.208156  normal  0.233969 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4687  Rieske (2Fe-2S) domain protein  41.18 
 
 
186 aa  47.8  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4885  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  43.55 
 
 
172 aa  47.4  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1910  Rieske (2Fe-2S) domain protein  46.67 
 
 
171 aa  47  0.0004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0215924  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0383  arsenite oxidase, small subunit  37.93 
 
 
163 aa  46.6  0.0005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000293827  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3146  Rieske Fe-S protein  45 
 
 
269 aa  46.2  0.0007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.237572  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4343  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  41.18 
 
 
155 aa  46.2  0.0007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36363  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2527  Rieske (2Fe-2S) domain protein  44.26 
 
 
232 aa  45.8  0.0009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.513759  normal  0.292651 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0442  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.21 
 
 
166 aa  45.4  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.424816 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0747  Rieske (2Fe-2S) domain protein  45.31 
 
 
136 aa  45.4  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3574  Rieske (2Fe-2S) region  39.66 
 
 
124 aa  44.7  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3577  UDP-galactopyranose mutase  30.99 
 
 
648 aa  44.7  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0482479  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3647  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.66 
 
 
124 aa  44.7  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.316159  normal  0.350025 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3579  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.66 
 
 
124 aa  44.7  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.622671  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0205  Rieske (2Fe-2S) domain protein  43.24 
 
 
148 aa  45.1  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1751  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  41.67 
 
 
155 aa  45.1  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1734  cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit  35.71 
 
 
178 aa  43.9  0.003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.847786  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0628  cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit  35.71 
 
 
178 aa  43.9  0.003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.448712  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2712  Rieske (2Fe-2S) region  32.35 
 
 
206 aa  44.3  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1698  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37.33 
 
 
640 aa  44.3  0.003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3894  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  38.67 
 
 
175 aa  43.9  0.004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.113765  normal  0.605218 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3259  Rieske (2Fe-2S) domain protein  42.31 
 
 
269 aa  43.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.768954  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3337  Rieske (2Fe-2S) domain protein  40.3 
 
 
269 aa  43.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3173  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.67 
 
 
139 aa  43.5  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>