More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3124 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3124  transcriptional regulatory protein QseB  100 
 
 		 221 aa  439  9.999999999999999e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2733  two component transcriptional regulator  68.64 
 
 		 242 aa  294  7e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00185097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3491  two component transcriptional regulator  65.14 
 
 		 219 aa  274  7e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4163  two component transcriptional regulator  45.21 
 
 		 223 aa  205  6e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7369  two component transcriptional regulator  48.87 
 
 		 219 aa  194  9e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.175011  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3399  two component transcriptional regulator  47.96 
 
 		 223 aa  194  1e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1287  two component transcriptional regulator  48.4 
 
 		 221 aa  192  4e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00449543  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3217  two component transcriptional regulator  48.4 
 
 		 221 aa  192  4e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164246  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4961  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 220 aa  187  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.675974  normal  0.952404 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0057  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.98 
 
 		 225 aa  187  1e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2735  two component transcriptional regulator  45.87 
 
 		 219 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0210  DNA-binding response regulator  45.87 
 
 		 225 aa  186  3e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3088  two component transcriptional regulator  47.25 
 
 		 219 aa  186  3e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3815  two component transcriptional regulator  47.25 
 
 		 219 aa  186  3e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.681737  normal  0.25062 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0224  two component transcriptional regulator  46.12 
 
 		 221 aa  184  7e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0104787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0057  two component transcriptional regulator  48.88 
 
 		 225 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.382743 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02407  two-component system regulatory protein  45.83 
 
 		 230 aa  182  3e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3359  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.29 
 
 		 231 aa  180  1e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1602  two component transcriptional regulator  46.15 
 
 		 223 aa  180  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.389685 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3495  two component transcriptional regulator  44.95 
 
 		 221 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.972301  normal  0.0200045 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0257  two component transcriptional regulator  45.21 
 
 		 231 aa  179  4e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0286  response regulator receiver protein  44.75 
 
 		 231 aa  178  4e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4432  two component transcriptional regulator  44.44 
 
 		 222 aa  179  4e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3094  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.7 
 
 		 223 aa  178  4.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5097  two component transcriptional regulator  44.5 
 
 		 221 aa  178  5.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.361428  normal  0.112132 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5325  two component transcriptional regulator  44.5 
 
 		 221 aa  177  9e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3931  two component transcriptional regulator  44.5 
 
 		 221 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2526  two component transcriptional regulator  44.5 
 
 		 221 aa  177  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.748885 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1802  two component transcriptional regulator  42.13 
 
 		 227 aa  175  4e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3589  two component transcriptional regulator  44.04 
 
 		 221 aa  174  8e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.106176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3284  two component transcriptional regulator  46.61 
 
 		 219 aa  173  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0910618 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6693  two component transcriptional regulator  48.17 
 
 		 221 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3950  two component transcriptional regulator  45.7 
 
 		 224 aa  172  5e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49450  response regulator TctD  44.34 
 
 		 223 aa  171  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.537816  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3349  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.09 
 
 		 224 aa  169  2e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.142225  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3871  two component transcriptional regulator  43.53 
 
 		 230 aa  169  3e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0429  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  43.44 
 
 		 223 aa  169  3e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.199286  decreased coverage  0.000258733 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3999  two component transcriptional regulator  44.09 
 
 		 224 aa  169  3e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.901243 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4687  two component transcriptional regulator  43.18 
 
 		 223 aa  169  4e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000526997  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3120  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 239 aa  168  5e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1459  two component transcriptional regulator  45.25 
 
 		 223 aa  168  5e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3934  DNA-binding response regulator  44.75 
 
 		 223 aa  168  6e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2423  two component transcriptional regulator  43.18 
 
 		 234 aa  168  7e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.265311  normal  0.432431 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1421  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.25 
 
 		 230 aa  168  7e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0283266  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2765  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.75 
 
 		 221 aa  167  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.127646  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1878  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  43.44 
 
 		 229 aa  167  1e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3296  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.29 
 
 		 260 aa  167  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0174877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0876  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 224 aa  167  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.478428 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3958  two component transcriptional regulator  43.18 
 
 		 224 aa  167  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0314218 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5197  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.64 
 
 		 223 aa  166  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.47869  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4950  two component transcriptional regulator  41.36 
 
 		 235 aa  166  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4638  two component transcriptional regulator  44.8 
 
 		 224 aa  167  2e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0465  two component transcriptional regulator  43.38 
 
 		 229 aa  166  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0813  DNA-binding response regulator  44.29 
 
 		 247 aa  166  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0618873  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0809  DNA-binding response regulator  43.84 
 
 		 247 aa  166  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0439  two component transcriptional regulator  43.38 
 
 		 253 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2405  DNA-binding response regulator  44.29 
 
 		 250 aa  165  4e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0552978  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0076  two component transcriptional regulator  43.38 
 
 		 223 aa  166  4e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.225452 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0642  DNA-binding response regulator  44.29 
 
 		 291 aa  165  4e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.743353  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2671  DNA-binding response regulator  44.29 
 
 		 247 aa  165  5e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.84234  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0271  DNA-binding response regulator  44.29 
 
 		 247 aa  165  5e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0018  DNA-binding response regulator  44.29 
 
 		 247 aa  165  5e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0649  two component transcriptional regulator  43.84 
 
 		 252 aa  165  5e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2682  two component transcriptional regulator  43.38 
 
 		 242 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2700  two component transcriptional regulator  43.38 
 
 		 282 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.469389  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2653  two component transcriptional regulator  43.38 
 
 		 242 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2574  two component transcriptional regulator  43.38 
 
 		 242 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0357  two component transcriptional regulator  42.27 
 
 		 226 aa  164  6.9999999999999995e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.369065 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2042  two component transcriptional regulator  43.38 
 
 		 282 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0143055  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0670  two component transcriptional regulator  43.38 
 
 		 266 aa  164  8e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.293028 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3392  response regulator transcription regulator protein  41.74 
 
 		 224 aa  164  9e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1627  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 230 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5980  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 273 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0635726 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1764  two component transcriptional regulator  41.55 
 
 		 226 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.807336  hitchhiker  0.00538862 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0498  two component transcriptional regulator  42.01 
 
 		 223 aa  163  2.0000000000000002e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00313695 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3270  two component transcriptional regulator  42.01 
 
 		 224 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424776  normal  0.538433 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4119  two component transcriptional regulator  42.01 
 
 		 224 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0386662  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4247  two component transcriptional regulator  42.01 
 
 		 224 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29812  normal  0.0988817 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4632  two component transcriptional regulator  42.41 
 
 		 239 aa  162  3e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.920872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4141  two component transcriptional regulator  41.55 
 
 		 224 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0723203  normal  0.19792 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0526  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 229 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0788787  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0470  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.14 
 
 		 236 aa  161  8.000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0454  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.14 
 
 		 235 aa  161  8.000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3669  two component transcriptional regulator  41.1 
 
 		 224 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 		 225 aa  160  1e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0727  two component transcriptional regulator  44.75 
 
 		 222 aa  160  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4036  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.99 
 
 		 225 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6140  two component transcriptional regulator  42.01 
 
 		 221 aa  160  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0752147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4343  two component transcriptional regulator  41.94 
 
 		 222 aa  159  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1307  two component transcriptional regulator  41.18 
 
 		 223 aa  160  2e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0973239 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0496  two component transcriptional regulator  38.99 
 
 		 225 aa  159  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.569564  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3281  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.37 
 
 		 226 aa  159  3e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3337  two component response regulator  40.37 
 
 		 221 aa  159  3e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.986169  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3603  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.37 
 
 		 226 aa  159  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1127  DNA-binding response regulator TctD  42.01 
 
 		 223 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0114  DNA-binding response regulator TctD  42.01 
 
 		 252 aa  158  5e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3958  two component transcriptional regulator  38.99 
 
 		 237 aa  158  5e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1501  DNA-binding response regulator TctD  42.01 
 
 		 252 aa  158  5e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.412982  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0952  DNA-binding response regulator TctD  42.01 
 
 		 252 aa  158  5e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1037  transcriptional regulatory protein TctD  42.01 
 
 		 252 aa  158  5e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>