More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2812 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2812  transcriptional regulator  100 
 
 		 111 aa  225  2e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.158239 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2606  ArsR family transcriptional regulator  59.62 
 
 		 127 aa  130  5e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1264  regulatory protein, ArsR  59.62 
 
 		 117 aa  130  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.648865 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1917  regulatory protein, ArsR  60.64 
 
 		 117 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.984874 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3922  hypothetical protein  59.05 
 
 		 118 aa  127  7.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.63414  normal  0.473928 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3666  ArsR family transcriptional regulator  52.29 
 
 		 116 aa  119  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0961  regulatory protein, ArsR  50.93 
 
 		 135 aa  114  3.9999999999999997e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4146  regulatory protein, ArsR  55.21 
 
 		 113 aa  112  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.962591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3220  ArsR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 129 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1527  regulatory protein ArsR  52.38 
 
 		 124 aa  107  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4967  transcriptional regulator, ArsR family  50 
 
 		 124 aa  107  6e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4262  ArsR family transcriptional regulator  55.79 
 
 		 125 aa  106  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203517  normal  0.594903 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4378  ArsR family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 125 aa  104  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0649635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1306  ArsR family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 109 aa  103  8e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.680406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4153  transcriptional regulator, ArsR family  54.17 
 
 		 119 aa  101  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.161785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1425  regulatory protein, ArsR  58.97 
 
 		 119 aa  97.4  6e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1182  regulatory protein, ArsR  46.08 
 
 		 140 aa  97.1  7e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3929  transcriptional regulator, ArsR family  43.93 
 
 		 113 aa  96.7  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2435  ArsR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 107 aa  95.9  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.285599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1410  transcriptional regulator, ArsR family  43.81 
 
 		 107 aa  95.9  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0333  ArsR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 104 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1050  ArsR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 141 aa  94.4  5e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1189  transcriptional regulator, ArsR family  51.11 
 
 		 142 aa  94.4  5e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3640  transcriptional regulator, ArsR family  42.99 
 
 		 113 aa  94  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48910  ArsR family regulatory protein  42.86 
 
 		 107 aa  92.8  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.316349  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1791  ArsR family transcriptional regulator  50 
 
 		 96 aa  92  3e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2068  ArsR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 96 aa  90.1  9e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.887596  normal  0.21575 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1706  transcriptional regulator, ArsR family  45.71 
 
 		 121 aa  90.1  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.09956  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3674  ArsR family transcriptional regulator  56.52 
 
 		 93 aa  89  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4102  transcriptional regulator ArsR family  50.65 
 
 		 90 aa  89  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00250446  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2367  regulatory protein ArsR  46.81 
 
 		 97 aa  88.2  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.74667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2014  transcriptional regulator, ArsR family  44.86 
 
 		 121 aa  88.6  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.413816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2570  transcriptional regulator, ArsR family  47.62 
 
 		 116 aa  88.6  3e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.525775 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1877  ArsR family transcriptional regulator  48.75 
 
 		 103 aa  88.2  4e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.42284  hitchhiker  0.00584724 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1609  regulatory protein ArsR  47.67 
 
 		 110 aa  87.4  6e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.020188  normal  0.119159 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3721  ArsR family transcriptional regulator  44.94 
 
 		 104 aa  86.7  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0645821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3459  ArsR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 112 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0357  transcriptional regulator, ArsR family  40.59 
 
 		 103 aa  85.5  2e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.175794 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4845  ArsR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 117 aa  85.5  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.88306 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0456  ArsR family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 107 aa  84.3  5e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0234  ArsR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 112 aa  84.3  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2615  ArsR family transcriptional regulator  45.35 
 
 		 119 aa  84.3  5e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.237547  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0396  ArsR family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 107 aa  84.3  5e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.892869  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2719  ArsR family transcriptional regulator  48.78 
 
 		 125 aa  83.6  9e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.567725  normal  0.990238 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1617  ArsR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 115 aa  82.4  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.755746  normal  0.662554 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01281  transcriptional regulator, ArsR family protein  47.06 
 
 		 87 aa  82.8  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000457227  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4701  regulatory protein, ArsR  42.7 
 
 		 106 aa  81.6  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.593544  normal  0.304994 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0854  regulatory protein, ArsR  39 
 
 		 133 aa  81.6  0.000000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229848 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1884  ArsR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 116 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.172075 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5567  transcriptional regulator, ArsR family  42.7 
 
 		 109 aa  80.5  0.000000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.119267  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4302  ArsR family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 106 aa  80.1  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.372535 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4659  regulatory protein ArsR  41.57 
 
 		 115 aa  79.3  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1211  transcriptional regulator, ArsR family  39.78 
 
 		 113 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2476  ArsR family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 110 aa  79.7  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3554  ArsR family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 116 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0024  ArsR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 101 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000555304  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3751  transcriptional regulator, ArsR family  38.32 
 
 		 110 aa  79  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3331  regulatory protein ArsR  41.9 
 
 		 116 aa  79.3  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.277588  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4201  regulatory protein, ArsR  41.57 
 
 		 106 aa  79  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.541615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6240  ArsR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 94 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.668362  normal  0.873171 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3369  ArsR family transcriptional regulator  44.79 
 
 		 116 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.176859  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1543  transcription regulator protein  40.59 
 
 		 121 aa  78.6  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0436972 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1569  transcriptional regulator ArsR family  45.88 
 
 		 114 aa  78.6  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0793  regulatory protein, ArsR  39.8 
 
 		 105 aa  78.2  0.00000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1683  ArsR family transcriptional regulator  44.79 
 
 		 113 aa  78.2  0.00000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3223  ArsR family transcriptional regulator  40 
 
 		 123 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.675106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4035  ArsR family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 116 aa  78.2  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.137887 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5676  ArsR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 106 aa  77.8  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1106  regulatory protein ArsR  42.53 
 
 		 103 aa  77.8  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0576  transcriptional activator HlyU  40.21 
 
 		 103 aa  77.4  0.00000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000103894  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1717  ArsR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 122 aa  77.4  0.00000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.805435  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0060  transcription regulator ArsR  45.68 
 
 		 227 aa  77  0.00000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2372  ArsR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 116 aa  76.3  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.133078  normal  0.530435 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4718  ArsR family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 110 aa  76.6  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004423  transcriptional activator HlyU  43.96 
 
 		 100 aa  76.3  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000188739  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1286  transcriptional regulator, ArsR family  37.5 
 
 		 109 aa  75.9  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0210  transcriptional activator HlyU  45.12 
 
 		 85 aa  76.3  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000976206  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0018  regulatory protein, ArsR  38.78 
 
 		 102 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.413678  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0363  regulatory protein, ArsR  39.8 
 
 		 111 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621973 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0028  regulatory protein, ArsR  38.95 
 
 		 102 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000136281  normal  0.0492639 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0026  ArsR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 102 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0037  ArsR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 102 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.139091 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3836  regulatory protein ArsR  45.12 
 
 		 142 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0020  regulatory protein, ArsR  42.11 
 
 		 101 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0586  ArsR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 105 aa  74.7  0.0000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0240  ArsR family transcriptional regulator  37 
 
 		 110 aa  74.3  0.0000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0029  ArsR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 102 aa  74.3  0.0000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000481298  hitchhiker  0.000000745632 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2308  ArsR family transcriptional regulator  43.04 
 
 		 110 aa  73.9  0.0000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.126004  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0149  ArsR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 108 aa  73.9  0.0000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1996  ArsR family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 114 aa  73.9  0.0000000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.422542  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0026  ArsR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 101 aa  73.6  0.0000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.849172  normal  0.018094 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2074  ArsR family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 114 aa  73.9  0.0000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.362278  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0023  ArsR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 102 aa  73.6  0.0000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000124872  hitchhiker  0.000733869 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0021  ArsR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 102 aa  73.6  0.0000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00000364753  normal  0.0654899 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0920  transcriptional regulator HlyU  43.53 
 
 		 98 aa  73.6  0.0000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000331953  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4145  transcriptional regulator, ArsR family  43.53 
 
 		 142 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000101  transcriptional regulator ArsR family  35.71 
 
 		 102 aa  73.2  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.344497  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2105  ArsR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 100 aa  73.6  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0018  transcriptional regulator, ArsR family protein  38.14 
 
 		 101 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.591177  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0205  ArsR family transcriptional regulator  42.17 
 
 		 104 aa  72.8  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>