More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0020 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0020  regulatory protein, ArsR  100 
 
 		 101 aa  204  3e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0025  ArsR family transcriptional regulator  82.18 
 
 		 101 aa  177  4e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0018  transcriptional regulator, ArsR family protein  82.18 
 
 		 101 aa  175  2e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.591177  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0037  ArsR family transcriptional regulator  82.18 
 
 		 102 aa  174  5e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.139091 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0018  regulatory protein, ArsR  83.17 
 
 		 102 aa  173  9e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.413678  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0023  ArsR family transcriptional regulator  83.17 
 
 		 102 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000124872  hitchhiker  0.000733869 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0021  ArsR family transcriptional regulator  83.17 
 
 		 102 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00000364753  normal  0.0654899 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0024  ArsR family transcriptional regulator  82 
 
 		 101 aa  171  1.9999999999999998e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000555304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0029  ArsR family transcriptional regulator  82.18 
 
 		 102 aa  171  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000481298  hitchhiker  0.000000745632 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0026  ArsR family transcriptional regulator  78.22 
 
 		 101 aa  170  6.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.849172  normal  0.018094 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0026  ArsR family transcriptional regulator  81.19 
 
 		 102 aa  170  7.999999999999999e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0028  regulatory protein, ArsR  80.2 
 
 		 102 aa  169  7.999999999999999e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000136281  normal  0.0492639 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0026  regulatory protein, ArsR  82.18 
 
 		 102 aa  169  9e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000871967  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0025  transcriptional regulator, ArsR family  82.18 
 
 		 102 aa  169  9e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.111257  hitchhiker  0.00000153005 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0025  ArsR family transcriptional regulator  82.18 
 
 		 102 aa  169  9e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00398711  normal  0.0110166 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0021  regulatory protein ArsR  82.18 
 
 		 102 aa  169  9e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00282375  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2367  regulatory protein ArsR  58.24 
 
 		 97 aa  110  5e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.74667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0576  transcriptional activator HlyU  55.67 
 
 		 103 aa  104  5e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000103894  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1236  ArsR family transcriptional regulator  48.91 
 
 		 101 aa  101  4e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.118736  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0210  transcriptional activator HlyU  61.25 
 
 		 85 aa  97.4  5e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000976206  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1287  ArsR family transcriptional regulator  52.58 
 
 		 98 aa  97.1  8e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000165957  normal  0.329148 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1079  ArsR family transcriptional regulator  52.58 
 
 		 104 aa  95.9  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000795282  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00976  hypothetical protein  53.12 
 
 		 101 aa  96.7  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1190  ArsR family transcriptional regulator  51.55 
 
 		 98 aa  95.9  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00010661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1095  ArsR family transcriptional regulator  51.55 
 
 		 98 aa  95.9  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000620503  normal  0.070685 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2615  ArsR family transcriptional regulator  46.39 
 
 		 119 aa  94.7  3e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.237547  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004423  transcriptional activator HlyU  52.58 
 
 		 100 aa  95.1  3e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000188739  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2292  ArsR family transcriptional regulator  53.19 
 
 		 99 aa  94.7  4e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.863307  hitchhiker  0.000000172581 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0920  transcriptional regulator HlyU  51.55 
 
 		 98 aa  94.7  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000331953  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2894  transcriptional regulator, ArsR family protein  50.52 
 
 		 98 aa  94  6e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0578791  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000101  transcriptional regulator ArsR family  47.96 
 
 		 102 aa  93.6  9e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.344497  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1050  regulatory protein, ArsR  50.52 
 
 		 98 aa  93.2  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000242354  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3538  transcriptional regulator HlyU  50.52 
 
 		 98 aa  93.2  1e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3239  transcriptional regulator, ArsR family  50.52 
 
 		 98 aa  93.2  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00078895  normal  0.52452 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1151  ArsR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 98 aa  93.2  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000355977  normal  0.185077 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1937  ArsR family transcriptional regulator  59.09 
 
 		 107 aa  93.2  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0961  regulatory protein, ArsR  40.82 
 
 		 135 aa  93.2  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2961  ArsR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 98 aa  93.2  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000318119  normal  0.703465 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3043  ArsR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 98 aa  93.2  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000176438  normal  0.676383 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1055  regulatory protein, ArsR  50.52 
 
 		 98 aa  93.2  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.584265  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4153  transcriptional regulator, ArsR family  45.36 
 
 		 119 aa  93.2  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.161785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3141  ArsR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 98 aa  93.2  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000177762  normal  0.988511 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1117  regulatory protein ArsR  50.52 
 
 		 98 aa  93.2  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000362609  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2727  regulatory protein, ArsR  49.48 
 
 		 98 aa  91.3  5e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000369896  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6792  ArsR family transcriptional regulator  52.56 
 
 		 108 aa  88.6  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.439051  normal  0.0283932 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1306  ArsR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 109 aa  88.2  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.680406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0586  ArsR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 105 aa  87.8  4e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3223  ArsR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 123 aa  87  8e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.675106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1050  ArsR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 141 aa  85.5  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2105  ArsR family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 100 aa  84.7  3e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05708  hypothetical protein  43.01 
 
 		 97 aa  85.1  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1617  ArsR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 115 aa  82.8  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.755746  normal  0.662554 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2370  ArsR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 103 aa  82.8  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000192814  hitchhiker  0.0000168087 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01281  transcriptional regulator, ArsR family protein  48.15 
 
 		 87 aa  82.4  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000457227  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1589  ArsR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 115 aa  81.6  0.000000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.000194684  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0234  ArsR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 112 aa  82  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0363  regulatory protein, ArsR  40.59 
 
 		 111 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621973 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1532  ArsR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 115 aa  81.6  0.000000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3631  transcriptional regulator of ArsR family protein  46.07 
 
 		 103 aa  82  0.000000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1543  transcription regulator protein  44.44 
 
 		 121 aa  81.3  0.000000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0436972 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0793  regulatory protein, ArsR  37.62 
 
 		 105 aa  80.9  0.000000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3741  transcriptional regulator, ArsR family  47.92 
 
 		 103 aa  80.5  0.000000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8029  transcriptional regulator ArsR family  50.59 
 
 		 106 aa  80.5  0.000000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2022  transcriptional regulator, ArsR family  40.45 
 
 		 111 aa  80.5  0.000000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0923  transcriptional regulator, TrmB  49.37 
 
 		 105 aa  80.5  0.000000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2476  ArsR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 110 aa  80.1  0.000000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1580  regulatory protein ArsR  46.74 
 
 		 115 aa  80.1  0.000000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.0014541  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3285  transcriptional regulator ArsR family  46.07 
 
 		 105 aa  79.7  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4201  regulatory protein, ArsR  43.68 
 
 		 106 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.541615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1211  transcriptional regulator, ArsR family  39.18 
 
 		 113 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3286  putative transcriptional regulator, ArsR family  41.86 
 
 		 106 aa  79.7  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0132  transcriptional regulator, TrmB  46.67 
 
 		 107 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.500146  normal  0.0196192 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4302  ArsR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 106 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.372535 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6240  ArsR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 94 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.668362  normal  0.873171 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1189  transcriptional regulator, ArsR family  42.71 
 
 		 142 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1527  regulatory protein ArsR  44.55 
 
 		 124 aa  77.8  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2316  transcriptional regulator, TrmB  45.56 
 
 		 107 aa  77.8  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.66279  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2014  transcriptional regulator, ArsR family  42.42 
 
 		 121 aa  78.2  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.413816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0333  ArsR family transcriptional regulator  39 
 
 		 104 aa  77.8  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1742  transcriptional regulator, ArsR family  45.68 
 
 		 106 aa  77.4  0.00000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.11027 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0240  ArsR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 110 aa  77.4  0.00000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2309  regulatory protein ArsR  47.13 
 
 		 114 aa  77.4  0.00000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.374797 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4139  transcriptional regulator, ArsR family  45.56 
 
 		 107 aa  77  0.00000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.908803  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2351  transcriptional regulator, ArsR family  41.67 
 
 		 109 aa  77  0.00000000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000226954  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1619  regulatory protein ArsR  42.27 
 
 		 103 aa  77  0.00000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000554955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4146  regulatory protein, ArsR  37 
 
 		 113 aa  77  0.00000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.962591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1706  transcriptional regulator, ArsR family  41.41 
 
 		 121 aa  76.3  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.09956  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1206  ArsR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 115 aa  76.3  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.233915  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2606  ArsR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 127 aa  76.3  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3096  transcriptional regulator, ArsR family  46.59 
 
 		 105 aa  75.5  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.556468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1264  regulatory protein, ArsR  38.68 
 
 		 117 aa  76.3  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.648865 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1917  regulatory protein, ArsR  38.54 
 
 		 117 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.984874 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4701  regulatory protein, ArsR  34.02 
 
 		 106 aa  75.5  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.593544  normal  0.304994 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5186  transcriptional regulator, ArsR family  48.72 
 
 		 117 aa  75.9  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251574  normal  0.286102 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3459  ArsR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 112 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4845  ArsR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 117 aa  75.1  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.88306 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3721  ArsR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 104 aa  75.5  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0645821  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48910  ArsR family regulatory protein  38.14 
 
 		 107 aa  75.1  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.316349  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2827  transcriptional regulator, ArsR family  46.59 
 
 		 105 aa  75.5  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313122  normal  0.191386 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1717  ArsR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 122 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.805435  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>