More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4146 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4146  regulatory protein, ArsR  100 
 
 		 113 aa  233  9e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.962591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3922  hypothetical protein  73.33 
 
 		 118 aa  133  7.000000000000001e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.63414  normal  0.473928 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2606  ArsR family transcriptional regulator  57.94 
 
 		 127 aa  122  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1264  regulatory protein, ArsR  57.94 
 
 		 117 aa  122  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.648865 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1917  regulatory protein, ArsR  64.44 
 
 		 117 aa  120  6e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.984874 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2812  transcriptional regulator  55.21 
 
 		 111 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.158239 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4153  transcriptional regulator, ArsR family  53.19 
 
 		 119 aa  103  6e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.161785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3666  ArsR family transcriptional regulator  50 
 
 		 116 aa  98.6  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4262  ArsR family transcriptional regulator  48.54 
 
 		 125 aa  92.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203517  normal  0.594903 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4378  ArsR family transcriptional regulator  46.36 
 
 		 125 aa  91.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0649635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1527  regulatory protein ArsR  48.57 
 
 		 124 aa  91.3  4e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4967  transcriptional regulator, ArsR family  47.57 
 
 		 124 aa  90.9  5e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3220  ArsR family transcriptional regulator  48.04 
 
 		 129 aa  89.4  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3640  transcriptional regulator, ArsR family  51.06 
 
 		 113 aa  89  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1211  transcriptional regulator, ArsR family  50 
 
 		 113 aa  89.4  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3223  ArsR family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 123 aa  89  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.675106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4302  ArsR family transcriptional regulator  52.27 
 
 		 106 aa  87.8  4e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.372535 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3929  transcriptional regulator, ArsR family  50 
 
 		 113 aa  87.8  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0961  regulatory protein, ArsR  43 
 
 		 135 aa  87  8e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4845  ArsR family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 117 aa  86.7  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.88306 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2570  transcriptional regulator, ArsR family  47.62 
 
 		 116 aa  86.7  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.525775 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1306  ArsR family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 109 aa  85.5  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.680406  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1189  transcriptional regulator, ArsR family  53.01 
 
 		 142 aa  85.5  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1050  ArsR family transcriptional regulator  53.01 
 
 		 141 aa  84.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4201  regulatory protein, ArsR  48.86 
 
 		 106 aa  84.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.541615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4102  transcriptional regulator ArsR family  52.63 
 
 		 90 aa  84.3  5e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00250446  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0333  ArsR family transcriptional regulator  48.89 
 
 		 104 aa  84  6e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1683  ArsR family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 113 aa  84  6e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2367  regulatory protein ArsR  47.78 
 
 		 97 aa  84  6e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.74667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1182  regulatory protein, ArsR  53.01 
 
 		 140 aa  84  7e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4701  regulatory protein, ArsR  46.81 
 
 		 106 aa  83.6  9e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.593544  normal  0.304994 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2435  ArsR family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 107 aa  83.2  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.285599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1410  transcriptional regulator, ArsR family  44.68 
 
 		 107 aa  83.2  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48910  ArsR family regulatory protein  45.36 
 
 		 107 aa  82.8  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.316349  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1609  regulatory protein ArsR  47.67 
 
 		 110 aa  83.2  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.020188  normal  0.119159 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0234  ArsR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 112 aa  82  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3459  ArsR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 112 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0026  ArsR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 101 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.849172  normal  0.018094 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2615  ArsR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 119 aa  82  0.000000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.237547  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1617  ArsR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 115 aa  81.6  0.000000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.755746  normal  0.662554 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1425  regulatory protein, ArsR  52.7 
 
 		 119 aa  81.3  0.000000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3721  ArsR family transcriptional regulator  48.86 
 
 		 104 aa  80.9  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0645821  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2719  ArsR family transcriptional regulator  47.56 
 
 		 125 aa  80.9  0.000000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.567725  normal  0.990238 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2476  ArsR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 110 aa  80.1  0.000000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4145  transcriptional regulator, ArsR family  43.82 
 
 		 142 aa  80.1  0.000000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5567  transcriptional regulator, ArsR family  40.43 
 
 		 109 aa  79.7  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.119267  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2014  transcriptional regulator, ArsR family  40.4 
 
 		 121 aa  80.1  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.413816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3836  regulatory protein ArsR  43.82 
 
 		 142 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1706  transcriptional regulator, ArsR family  39.39 
 
 		 121 aa  78.2  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.09956  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3674  ArsR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 93 aa  78.6  0.00000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01281  transcriptional regulator, ArsR family protein  45.24 
 
 		 87 aa  78.2  0.00000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000457227  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1543  transcription regulator protein  41.41 
 
 		 121 aa  77.8  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0436972 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4718  ArsR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 110 aa  78.2  0.00000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3751  transcriptional regulator, ArsR family  43.68 
 
 		 110 aa  77.8  0.00000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0028  regulatory protein, ArsR  35.64 
 
 		 102 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000136281  normal  0.0492639 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0240  ArsR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 110 aa  77.8  0.00000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1634  transcriptional regulator, ArsR family  42.17 
 
 		 121 aa  77.4  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0349153 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3406  transcriptional regulator  44.05 
 
 		 117 aa  77  0.00000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.692409  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0020  regulatory protein, ArsR  37 
 
 		 101 aa  77  0.00000000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0742  transcriptional regulator, ArsR family  42.86 
 
 		 111 aa  76.6  0.00000000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.228515  normal  0.244799 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2372  ArsR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 116 aa  76.3  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.133078  normal  0.530435 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0024  ArsR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 101 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000555304  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1236  ArsR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 101 aa  75.5  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.118736  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6240  ArsR family transcriptional regulator  44.32 
 
 		 94 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.668362  normal  0.873171 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0456  ArsR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 107 aa  74.7  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0025  ArsR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 101 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0363  regulatory protein, ArsR  41.94 
 
 		 111 aa  75.5  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621973 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1877  ArsR family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 103 aa  75.1  0.0000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.42284  hitchhiker  0.00584724 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0854  regulatory protein, ArsR  42.55 
 
 		 133 aa  75.1  0.0000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229848 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0205  ArsR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 104 aa  75.1  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0396  ArsR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 107 aa  75.1  0.0000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.892869  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1884  ArsR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 116 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.172075 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2910  regulatory protein, ArsR  41.67 
 
 		 99 aa  74.7  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2977  regulatory protein ArsR  41.67 
 
 		 99 aa  74.7  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.623995  normal  0.100497 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0132  transcriptional regulator, TrmB  41.41 
 
 		 107 aa  74.3  0.0000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.500146  normal  0.0196192 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1286  transcriptional regulator, ArsR family  39 
 
 		 109 aa  73.9  0.0000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3369  ArsR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 116 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.176859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2942  regulatory protein ArsR  40.62 
 
 		 99 aa  73.9  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.130788 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2994  regulatory protein ArsR  40.62 
 
 		 99 aa  73.9  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.566931  normal  0.0250812 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3099  regulatory protein ArsR  40.62 
 
 		 99 aa  73.9  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.22781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0037  ArsR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 102 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.139091 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1106  regulatory protein ArsR  40 
 
 		 103 aa  73.2  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3909  transcriptional regulator, ArsR family  39.58 
 
 		 99 aa  72.4  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.305368 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0439  transcriptional regulator  42.68 
 
 		 117 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000113831  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0018  regulatory protein, ArsR  35.71 
 
 		 102 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.413678  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1580  regulatory protein ArsR  39.8 
 
 		 115 aa  72.8  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.0014541  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4035  ArsR family transcriptional regulator  42.39 
 
 		 116 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.137887 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0793  regulatory protein, ArsR  37.23 
 
 		 105 aa  72  0.000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02523  predicted DNA-binding transcriptional regulator  39.58 
 
 		 99 aa  71.6  0.000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1016  transcriptional regulator, ArsR family  39.58 
 
 		 99 aa  71.6  0.000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1589  ArsR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 115 aa  71.2  0.000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.000194684  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1532  ArsR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 115 aa  71.2  0.000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2802  ArsR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 99 aa  71.6  0.000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2947  ArsR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 99 aa  71.6  0.000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02487  hypothetical protein  39.58 
 
 		 99 aa  71.6  0.000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1039  ArsR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 99 aa  71.6  0.000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0149  ArsR family transcriptional regulator  44 
 
 		 108 aa  70.9  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1569  transcriptional regulator ArsR family  43.02 
 
 		 114 aa  70.9  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1996  ArsR family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 114 aa  70.9  0.000000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.422542  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2074  ArsR family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 114 aa  70.9  0.000000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.362278  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>