More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3220 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3220  ArsR family transcriptional regulator  100 
 
 		 129 aa  265  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4262  ArsR family transcriptional regulator  76.03 
 
 		 125 aa  166  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203517  normal  0.594903 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4967  transcriptional regulator, ArsR family  77.12 
 
 		 124 aa  166  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4378  ArsR family transcriptional regulator  76.67 
 
 		 125 aa  165  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0649635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1527  regulatory protein ArsR  68 
 
 		 124 aa  152  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3666  ArsR family transcriptional regulator  64.95 
 
 		 116 aa  132  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4153  transcriptional regulator, ArsR family  56.52 
 
 		 119 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.161785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2812  transcriptional regulator  55.56 
 
 		 111 aa  119  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.158239 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1917  regulatory protein, ArsR  59.14 
 
 		 117 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.984874 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2606  ArsR family transcriptional regulator  56.99 
 
 		 127 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1264  regulatory protein, ArsR  56.99 
 
 		 117 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.648865 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0961  regulatory protein, ArsR  54.74 
 
 		 135 aa  108  3e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1050  ArsR family transcriptional regulator  57.45 
 
 		 141 aa  105  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1306  ArsR family transcriptional regulator  50 
 
 		 109 aa  103  7e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.680406  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3929  transcriptional regulator, ArsR family  50 
 
 		 113 aa  101  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4146  regulatory protein, ArsR  48.04 
 
 		 113 aa  101  4e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.962591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3640  transcriptional regulator, ArsR family  48.94 
 
 		 113 aa  100  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1543  transcription regulator protein  43.65 
 
 		 121 aa  100  9e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0436972 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3721  ArsR family transcriptional regulator  50 
 
 		 104 aa  98.6  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0645821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3922  hypothetical protein  46.3 
 
 		 118 aa  97.4  6e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.63414  normal  0.473928 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1211  transcriptional regulator, ArsR family  48.04 
 
 		 113 aa  97.1  8e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4102  transcriptional regulator ArsR family  49.41 
 
 		 90 aa  96.7  9e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00250446  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2014  transcriptional regulator, ArsR family  45.63 
 
 		 121 aa  96.3  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.413816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1182  regulatory protein, ArsR  51.58 
 
 		 140 aa  96.7  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2615  ArsR family transcriptional regulator  51.06 
 
 		 119 aa  95.9  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.237547  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3223  ArsR family transcriptional regulator  45.19 
 
 		 123 aa  95.9  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.675106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4845  ArsR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 117 aa  95.9  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.88306 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1706  transcriptional regulator, ArsR family  45.63 
 
 		 121 aa  95.9  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.09956  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1609  regulatory protein ArsR  50 
 
 		 110 aa  94.7  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.020188  normal  0.119159 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1617  ArsR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 115 aa  94.7  4e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.755746  normal  0.662554 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0333  ArsR family transcriptional regulator  50 
 
 		 104 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1791  ArsR family transcriptional regulator  53.26 
 
 		 96 aa  94.4  5e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4701  regulatory protein, ArsR  47.57 
 
 		 106 aa  93.6  8e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.593544  normal  0.304994 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1189  transcriptional regulator, ArsR family  51.09 
 
 		 142 aa  92  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48910  ArsR family regulatory protein  47.37 
 
 		 107 aa  92.8  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.316349  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0234  ArsR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 112 aa  92  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1410  transcriptional regulator, ArsR family  50.56 
 
 		 107 aa  91.7  3e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2435  ArsR family transcriptional regulator  50.56 
 
 		 107 aa  91.7  3e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.285599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4201  regulatory protein, ArsR  48.28 
 
 		 106 aa  91.3  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.541615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3331  regulatory protein ArsR  44.76 
 
 		 116 aa  91.3  4e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.277588  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3459  ArsR family transcriptional regulator  44.66 
 
 		 112 aa  90.9  5e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0205  ArsR family transcriptional regulator  49.43 
 
 		 104 aa  90.9  5e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2068  ArsR family transcriptional regulator  51.09 
 
 		 96 aa  90.9  6e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.887596  normal  0.21575 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4302  ArsR family transcriptional regulator  49.43 
 
 		 106 aa  90.5  7e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.372535 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01281  transcriptional regulator, ArsR family protein  49.41 
 
 		 87 aa  89.7  1e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000457227  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2367  regulatory protein ArsR  41.49 
 
 		 97 aa  89.7  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.74667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0018  regulatory protein, ArsR  39.58 
 
 		 102 aa  89.4  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.413678  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1425  regulatory protein, ArsR  53.85 
 
 		 119 aa  89.4  2e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0854  regulatory protein, ArsR  45.45 
 
 		 133 aa  89  2e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229848 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0026  ArsR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 102 aa  88.6  3e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0023  ArsR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 102 aa  87.8  4e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000124872  hitchhiker  0.000733869 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0021  ArsR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 102 aa  87.8  4e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00000364753  normal  0.0654899 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1569  transcriptional regulator ArsR family  46.67 
 
 		 114 aa  87.8  4e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0396  ArsR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 107 aa  87.8  5e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.892869  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0456  ArsR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 107 aa  87.4  6e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0028  regulatory protein, ArsR  38.54 
 
 		 102 aa  87  7e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000136281  normal  0.0492639 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0029  ArsR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 102 aa  87.4  7e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000481298  hitchhiker  0.000000745632 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3369  ArsR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 116 aa  87  8e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.176859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4718  ArsR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 110 aa  86.7  9e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0025  transcriptional regulator, ArsR family  40.22 
 
 		 102 aa  86.3  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.111257  hitchhiker  0.00000153005 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0021  regulatory protein ArsR  40.22 
 
 		 102 aa  86.3  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00282375  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0026  regulatory protein, ArsR  40.22 
 
 		 102 aa  86.3  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000871967  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1996  ArsR family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 114 aa  86.3  1e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.422542  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0025  ArsR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 102 aa  86.3  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00398711  normal  0.0110166 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1884  ArsR family transcriptional regulator  47.87 
 
 		 116 aa  85.5  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.172075 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2074  ArsR family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 114 aa  85.9  2e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.362278  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4035  ArsR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 116 aa  85.9  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.137887 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0576  transcriptional activator HlyU  39.18 
 
 		 103 aa  85.5  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000103894  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4659  regulatory protein ArsR  43.48 
 
 		 115 aa  85.1  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004423  transcriptional activator HlyU  41.24 
 
 		 100 aa  85.5  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000188739  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5567  transcriptional regulator, ArsR family  45.16 
 
 		 109 aa  85.1  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.119267  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0037  ArsR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 102 aa  85.1  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.139091 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0026  ArsR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 101 aa  85.1  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.849172  normal  0.018094 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1683  ArsR family transcriptional regulator  50 
 
 		 113 aa  84.7  4e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1717  ArsR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 122 aa  84.7  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.805435  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0060  transcription regulator ArsR  48.78 
 
 		 227 aa  84.7  4e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2896  regulatory protein ArsR  49.47 
 
 		 146 aa  84.3  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.669424 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2570  transcriptional regulator, ArsR family  42 
 
 		 116 aa  84.3  5e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.525775 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2292  ArsR family transcriptional regulator  40 
 
 		 99 aa  84.3  5e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.863307  hitchhiker  0.000000172581 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5676  ArsR family transcriptional regulator  45 
 
 		 106 aa  84.3  5e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3554  ArsR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 116 aa  84  6e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00976  hypothetical protein  41.41 
 
 		 101 aa  83.6  9e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2719  ArsR family transcriptional regulator  51.25 
 
 		 125 aa  83.6  9e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.567725  normal  0.990238 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2290  ArsR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 83 aa  82.8  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0018  transcriptional regulator, ArsR family protein  40.22 
 
 		 101 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.591177  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6240  ArsR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 94 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.668362  normal  0.873171 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1106  regulatory protein ArsR  39.36 
 
 		 103 aa  82.8  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1619  regulatory protein ArsR  41.84 
 
 		 103 aa  82  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000554955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4139  transcriptional regulator, ArsR family  47.92 
 
 		 107 aa  81.6  0.000000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.908803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2370  ArsR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 103 aa  82  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000192814  hitchhiker  0.0000168087 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1236  ArsR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 101 aa  81.3  0.000000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.118736  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3726  ArsR family transcriptional regulator  49.38 
 
 		 107 aa  81.6  0.000000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.870281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0020  regulatory protein, ArsR  37.5 
 
 		 101 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2316  transcriptional regulator, TrmB  46.39 
 
 		 107 aa  81.3  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.66279  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0025  ArsR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 101 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3099  regulatory protein ArsR  39.58 
 
 		 99 aa  80.1  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.22781  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2994  regulatory protein ArsR  39.58 
 
 		 99 aa  80.1  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.566931  normal  0.0250812 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2105  ArsR family transcriptional regulator  50 
 
 		 100 aa  80.1  0.000000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1151  ArsR family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 98 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000355977  normal  0.185077 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0923  transcriptional regulator, TrmB  49.37 
 
 		 105 aa  80.1  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>