More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4102 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4102  transcriptional regulator ArsR family  100 
 
 		 90 aa  182  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00250446  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1917  regulatory protein, ArsR  59.49 
 
 		 117 aa  103  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.984874 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4153  transcriptional regulator, ArsR family  55.13 
 
 		 119 aa  98.6  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.161785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3666  ArsR family transcriptional regulator  55.7 
 
 		 116 aa  97.8  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2606  ArsR family transcriptional regulator  56.96 
 
 		 127 aa  96.3  1e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1264  regulatory protein, ArsR  56.96 
 
 		 117 aa  96.3  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.648865 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3640  transcriptional regulator, ArsR family  53.66 
 
 		 113 aa  90.1  9e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2812  transcriptional regulator  50.65 
 
 		 111 aa  89  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.158239 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3929  transcriptional regulator, ArsR family  51.19 
 
 		 113 aa  88.6  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2570  transcriptional regulator, ArsR family  48.72 
 
 		 116 aa  89  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.525775 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1527  regulatory protein ArsR  59.74 
 
 		 124 aa  89.4  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3922  hypothetical protein  54.55 
 
 		 118 aa  89.4  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.63414  normal  0.473928 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4378  ArsR family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 125 aa  88.6  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0649635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4967  transcriptional regulator, ArsR family  56.25 
 
 		 124 aa  87.8  5e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4262  ArsR family transcriptional regulator  55 
 
 		 125 aa  87  9e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203517  normal  0.594903 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0333  ArsR family transcriptional regulator  50.65 
 
 		 104 aa  86.7  9e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3223  ArsR family transcriptional regulator  48.24 
 
 		 123 aa  86.3  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.675106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4845  ArsR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 117 aa  85.5  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.88306 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4146  regulatory protein, ArsR  52.63 
 
 		 113 aa  84.3  4e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.962591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1050  ArsR family transcriptional regulator  46.99 
 
 		 141 aa  84.3  5e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1182  regulatory protein, ArsR  45.56 
 
 		 140 aa  83.6  8e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1877  ArsR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 103 aa  83.6  9e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.42284  hitchhiker  0.00584724 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2719  ArsR family transcriptional regulator  48.05 
 
 		 125 aa  83.2  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.567725  normal  0.990238 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1884  ArsR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 116 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.172075 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3220  ArsR family transcriptional regulator  49.41 
 
 		 129 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4035  ArsR family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 116 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.137887 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0961  regulatory protein, ArsR  46.15 
 
 		 135 aa  83.2  0.000000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48910  ArsR family regulatory protein  46.15 
 
 		 107 aa  82.4  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.316349  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3721  ArsR family transcriptional regulator  50 
 
 		 104 aa  82.8  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0645821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2615  ArsR family transcriptional regulator  48.75 
 
 		 119 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.237547  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2068  ArsR family transcriptional regulator  50 
 
 		 96 aa  81.6  0.000000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.887596  normal  0.21575 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3554  ArsR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 116 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0234  ArsR family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 112 aa  81.3  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1791  ArsR family transcriptional regulator  50 
 
 		 96 aa  80.9  0.000000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0793  regulatory protein, ArsR  49.35 
 
 		 105 aa  80.9  0.000000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1425  regulatory protein, ArsR  49.33 
 
 		 119 aa  80.5  0.000000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4718  ArsR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 110 aa  79.7  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4201  regulatory protein, ArsR  43.96 
 
 		 106 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.541615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3369  ArsR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 116 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.176859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1189  transcriptional regulator, ArsR family  48.05 
 
 		 142 aa  79  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1306  ArsR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 109 aa  78.6  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.680406  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3751  transcriptional regulator, ArsR family  39.76 
 
 		 110 aa  78.2  0.00000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4302  ArsR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 106 aa  78.2  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.372535 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3674  ArsR family transcriptional regulator  51.95 
 
 		 93 aa  77.8  0.00000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1236  ArsR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 101 aa  77.4  0.00000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.118736  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2014  transcriptional regulator, ArsR family  47.44 
 
 		 121 aa  77.8  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.413816  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1706  transcriptional regulator, ArsR family  47.44 
 
 		 121 aa  77.8  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.09956  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0205  ArsR family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 104 aa  77.4  0.00000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5567  transcriptional regulator, ArsR family  41.03 
 
 		 109 aa  77  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.119267  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6240  ArsR family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 94 aa  76.6  0.00000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.668362  normal  0.873171 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1211  transcriptional regulator, ArsR family  45.45 
 
 		 113 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1543  transcription regulator protein  46.25 
 
 		 121 aa  76.3  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0436972 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1106  regulatory protein ArsR  46.34 
 
 		 103 aa  76.6  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0357  transcriptional regulator, ArsR family  45.45 
 
 		 103 aa  76.6  0.0000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.175794 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1569  transcriptional regulator ArsR family  42.31 
 
 		 114 aa  76.3  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0456  ArsR family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 107 aa  75.5  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2435  ArsR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 107 aa  75.5  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.285599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1410  transcriptional regulator, ArsR family  42.31 
 
 		 107 aa  75.5  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2308  ArsR family transcriptional regulator  46.75 
 
 		 110 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.126004  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3331  regulatory protein ArsR  43.04 
 
 		 116 aa  75.9  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.277588  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0396  ArsR family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 107 aa  75.9  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.892869  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1609  regulatory protein ArsR  43.21 
 
 		 110 aa  75.1  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.020188  normal  0.119159 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0240  ArsR family transcriptional regulator  45 
 
 		 110 aa  74.7  0.0000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1683  ArsR family transcriptional regulator  45.68 
 
 		 113 aa  74.3  0.0000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2894  transcriptional regulator, ArsR family protein  48.72 
 
 		 98 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0578791  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0854  regulatory protein, ArsR  45.12 
 
 		 133 aa  73.9  0.0000000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229848 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1287  ArsR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 98 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000165957  normal  0.329148 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3631  transcriptional regulator of ArsR family protein  41.77 
 
 		 103 aa  73.6  0.0000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1190  ArsR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 98 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00010661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1079  ArsR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 104 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000795282  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2290  ArsR family transcriptional regulator  45.57 
 
 		 83 aa  73.2  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1095  ArsR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 98 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000620503  normal  0.070685 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00976  hypothetical protein  45 
 
 		 101 aa  72.4  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6792  ArsR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 108 aa  72.8  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.439051  normal  0.0283932 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0576  transcriptional activator HlyU  41.77 
 
 		 103 aa  72  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000103894  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0920  transcriptional regulator HlyU  44.87 
 
 		 98 aa  72  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000331953  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2074  ArsR family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 114 aa  71.6  0.000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.362278  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1996  ArsR family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 114 aa  72  0.000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.422542  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4701  regulatory protein, ArsR  40.74 
 
 		 106 aa  71.6  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.593544  normal  0.304994 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2727  regulatory protein, ArsR  44.87 
 
 		 98 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000369896  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1617  ArsR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 115 aa  71.2  0.000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.755746  normal  0.662554 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004423  transcriptional activator HlyU  41.98 
 
 		 100 aa  71.6  0.000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000188739  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0037  ArsR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 102 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.139091 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4659  regulatory protein ArsR  42.86 
 
 		 115 aa  71.2  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0210  transcriptional activator HlyU  41.56 
 
 		 85 aa  70.9  0.000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000976206  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3239  transcriptional regulator, ArsR family  43.59 
 
 		 98 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00078895  normal  0.52452 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3538  transcriptional regulator HlyU  43.59 
 
 		 98 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1151  ArsR family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 98 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000355977  normal  0.185077 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1050  regulatory protein, ArsR  43.59 
 
 		 98 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000242354  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1286  transcriptional regulator, ArsR family  42.17 
 
 		 109 aa  70.5  0.000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2961  ArsR family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 98 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000318119  normal  0.703465 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3043  ArsR family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 98 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000176438  normal  0.676383 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1055  regulatory protein, ArsR  43.59 
 
 		 98 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.584265  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3141  ArsR family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 98 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000177762  normal  0.988511 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1117  regulatory protein ArsR  43.59 
 
 		 98 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000362609  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3459  ArsR family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 112 aa  70.1  0.000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5676  ArsR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 106 aa  70.1  0.000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1619  regulatory protein ArsR  40.51 
 
 		 103 aa  69.7  0.00000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000554955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1717  ArsR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 122 aa  69.7  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.805435  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2105  ArsR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 100 aa  69.3  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>