More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4201 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_4201  regulatory protein, ArsR  100 
 
 
106 aa  212  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.541615  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4302  ArsR family transcriptional regulator  79.25 
 
 
106 aa  176  1e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.372535 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3223  ArsR family transcriptional regulator  76.19 
 
 
123 aa  170  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.675106  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1211  transcriptional regulator, ArsR family  79.41 
 
 
113 aa  168  2e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3721  ArsR family transcriptional regulator  76.77 
 
 
104 aa  157  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0645821  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4701  regulatory protein, ArsR  63.74 
 
 
106 aa  130  6e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.593544  normal  0.304994 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2476  ArsR family transcriptional regulator  54.29 
 
 
110 aa  113  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0234  ArsR family transcriptional regulator  52.08 
 
 
112 aa  101  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3666  ArsR family transcriptional regulator  55.79 
 
 
116 aa  99.8  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0961  regulatory protein, ArsR  47.19 
 
 
135 aa  99.4  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0920  transcriptional regulator HlyU  52.17 
 
 
98 aa  99.4  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000331953  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0333  ArsR family transcriptional regulator  51.65 
 
 
104 aa  98.6  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2615  ArsR family transcriptional regulator  51.65 
 
 
119 aa  97.4  6e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.237547  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2894  transcriptional regulator, ArsR family protein  50 
 
 
98 aa  97.1  8e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0578791  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3538  transcriptional regulator HlyU  51.09 
 
 
98 aa  96.7  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3239  transcriptional regulator, ArsR family  51.09 
 
 
98 aa  96.7  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00078895  normal  0.52452 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1609  regulatory protein ArsR  47.42 
 
 
110 aa  96.7  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.020188  normal  0.119159 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6240  ArsR family transcriptional regulator  48.94 
 
 
94 aa  96.7  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.668362  normal  0.873171 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1151  ArsR family transcriptional regulator  51.09 
 
 
98 aa  96.7  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000355977  normal  0.185077 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2961  ArsR family transcriptional regulator  51.09 
 
 
98 aa  96.7  1e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000318119  normal  0.703465 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3043  ArsR family transcriptional regulator  51.09 
 
 
98 aa  96.7  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000176438  normal  0.676383 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1055  regulatory protein, ArsR  51.09 
 
 
98 aa  96.7  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.584265  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1050  regulatory protein, ArsR  51.09 
 
 
98 aa  96.7  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000242354  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3141  ArsR family transcriptional regulator  51.09 
 
 
98 aa  96.7  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000177762  normal  0.988511 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1117  regulatory protein ArsR  51.09 
 
 
98 aa  96.7  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000362609  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6792  ArsR family transcriptional regulator  57.14 
 
 
108 aa  95.9  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.439051  normal  0.0283932 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1287  ArsR family transcriptional regulator  51.09 
 
 
98 aa  95.9  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000165957  normal  0.329148 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0576  transcriptional activator HlyU  47.25 
 
 
103 aa  95.9  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000103894  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1079  ArsR family transcriptional regulator  51.61 
 
 
104 aa  95.9  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000795282  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1095  ArsR family transcriptional regulator  51.09 
 
 
98 aa  94.4  4e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000620503  normal  0.070685 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2727  regulatory protein, ArsR  47.83 
 
 
98 aa  94.4  5e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000369896  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1190  ArsR family transcriptional regulator  50 
 
 
98 aa  94.4  5e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00010661  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3459  ArsR family transcriptional regulator  48.35 
 
 
112 aa  94  7e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0793  regulatory protein, ArsR  45.05 
 
 
105 aa  94  7e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2367  regulatory protein ArsR  45.65 
 
 
97 aa  92.8  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.74667  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00976  hypothetical protein  49.46 
 
 
101 aa  92.8  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48910  ArsR family regulatory protein  47.25 
 
 
107 aa  93.2  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.316349  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1182  regulatory protein, ArsR  50 
 
 
140 aa  93.2  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4845  ArsR family transcriptional regulator  47.37 
 
 
117 aa  92  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.88306 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4153  transcriptional regulator, ArsR family  52.81 
 
 
119 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.161785  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0205  ArsR family transcriptional regulator  47.25 
 
 
104 aa  92  2e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2896  regulatory protein ArsR  53.85 
 
 
146 aa  91.7  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.669424 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1683  ArsR family transcriptional regulator  47.57 
 
 
113 aa  91.3  4e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3096  transcriptional regulator, ArsR family  55.42 
 
 
105 aa  90.1  9e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.556468  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1877  ArsR family transcriptional regulator  50.63 
 
 
103 aa  90.1  9e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.42284  hitchhiker  0.00584724 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2827  transcriptional regulator, ArsR family  51.61 
 
 
105 aa  90.1  9e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313122  normal  0.191386 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004423  transcriptional activator HlyU  47.83 
 
 
100 aa  89.7  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000188739  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0210  transcriptional activator HlyU  48.78 
 
 
85 aa  89  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000976206  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2719  ArsR family transcriptional regulator  51.85 
 
 
125 aa  88.6  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.567725  normal  0.990238 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1189  transcriptional regulator, ArsR family  51.19 
 
 
142 aa  89  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2994  regulatory protein ArsR  46.24 
 
 
99 aa  88.6  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.566931  normal  0.0250812 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3099  regulatory protein ArsR  46.24 
 
 
99 aa  88.6  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.22781  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1791  ArsR family transcriptional regulator  45.05 
 
 
96 aa  87.8  4e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2435  ArsR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
107 aa  87.8  4e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.285599  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1410  transcriptional regulator, ArsR family  42.86 
 
 
107 aa  87.8  4e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1050  ArsR family transcriptional regulator  50.54 
 
 
141 aa  88.2  4e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2068  ArsR family transcriptional regulator  47.25 
 
 
96 aa  88.2  4e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.887596  normal  0.21575 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5567  transcriptional regulator, ArsR family  45.65 
 
 
109 aa  87.8  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.119267  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1617  ArsR family transcriptional regulator  44.68 
 
 
115 aa  88.2  4e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.755746  normal  0.662554 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1917  regulatory protein, ArsR  49.45 
 
 
117 aa  87.4  5e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.984874 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2977  regulatory protein ArsR  45.16 
 
 
99 aa  87.4  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.623995  normal  0.100497 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2910  regulatory protein, ArsR  45.16 
 
 
99 aa  87.4  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2942  regulatory protein ArsR  45.16 
 
 
99 aa  87  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.130788 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3909  transcriptional regulator, ArsR family  47.31 
 
 
99 aa  87  7e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.305368 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1543  transcription regulator protein  47.73 
 
 
121 aa  87  8e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0436972 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02523  predicted DNA-binding transcriptional regulator  47.31 
 
 
99 aa  86.3  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1016  transcriptional regulator, ArsR family  47.31 
 
 
99 aa  86.3  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2947  ArsR family transcriptional regulator  47.31 
 
 
99 aa  86.3  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3285  transcriptional regulator ArsR family  45.83 
 
 
105 aa  86.3  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02487  hypothetical protein  47.31 
 
 
99 aa  86.3  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2802  ArsR family transcriptional regulator  47.31 
 
 
99 aa  86.3  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2105  ArsR family transcriptional regulator  48.72 
 
 
100 aa  86.3  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1039  ArsR family transcriptional regulator  47.31 
 
 
99 aa  86.3  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5676  ArsR family transcriptional regulator  46.15 
 
 
106 aa  85.5  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0024  ArsR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
101 aa  85.9  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000555304  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0456  ArsR family transcriptional regulator  45.05 
 
 
107 aa  85.1  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0396  ArsR family transcriptional regulator  45.05 
 
 
107 aa  85.1  3e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.892869  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1580  regulatory protein ArsR  47.78 
 
 
115 aa  84.7  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.0014541  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2570  transcriptional regulator, ArsR family  44.05 
 
 
116 aa  85.1  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.525775 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2787  ArsR family transcriptional regulator  47.31 
 
 
99 aa  84.7  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.255483 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4146  regulatory protein, ArsR  48.86 
 
 
113 aa  84.7  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.962591  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1589  ArsR family transcriptional regulator  48.35 
 
 
115 aa  84.7  4e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.000194684  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0854  regulatory protein, ArsR  42.86 
 
 
133 aa  84.3  4e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00229848 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1532  ArsR family transcriptional regulator  48.35 
 
 
115 aa  84.7  4e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3214  transcriptional regulator, ArsR family  46.24 
 
 
99 aa  84.7  4e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2014  transcriptional regulator, ArsR family  43.96 
 
 
121 aa  84  6e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.413816  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0037  ArsR family transcriptional regulator  43.01 
 
 
102 aa  84  6e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.139091 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1106  regulatory protein ArsR  45.05 
 
 
103 aa  84  7e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1706  transcriptional regulator, ArsR family  43.96 
 
 
121 aa  84  7e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.09956  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2606  ArsR family transcriptional regulator  47.25 
 
 
127 aa  83.6  8e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1264  regulatory protein, ArsR  47.25 
 
 
117 aa  83.6  8e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.648865 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0363  regulatory protein, ArsR  46.67 
 
 
111 aa  83.6  9e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000621973 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0026  ArsR family transcriptional regulator  41.76 
 
 
101 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.849172  normal  0.018094 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4718  ArsR family transcriptional regulator  44.57 
 
 
110 aa  83.2  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1286  transcriptional regulator, ArsR family  43.48 
 
 
109 aa  82.4  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0025  ArsR family transcriptional regulator  41.76 
 
 
101 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4378  ArsR family transcriptional regulator  47.31 
 
 
125 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0649635  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4262  ArsR family transcriptional regulator  46.81 
 
 
125 aa  82.8  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203517  normal  0.594903 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0018  transcriptional regulator, ArsR family protein  43.68 
 
 
101 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.591177  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0357  transcriptional regulator, ArsR family  41.3 
 
 
103 aa  81.6  0.000000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.175794 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>