37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1457 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1457  type III restriction protein res subunit  100 
 
 		 454 aa  935    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0747485 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0347  type III restriction protein res subunit  46.86 
 
 		 865 aa  382  1e-105  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0732  type III restriction-modification enzyme  42.96 
 
 		 853 aa  335  7e-91  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2573  hypothetical protein  38.57 
 
 		 906 aa  268  1e-70  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3802  type III restriction protein res subunit  24.94 
 
 		 894 aa  69.3  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3325  type III restriction enzyme, res subunit  24.62 
 
 		 930 aa  66.6  0.0000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.16803  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1086  type III restriction enzyme, res subunit  23.46 
 
 		 840 aa  57  0.0000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.865892  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4882  type I restriction enzyme EcoEI R protein  25.66 
 
 		 809 aa  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1309  EcoEI R domain-containing protein  25.6 
 
 		 824 aa  50.8  0.00005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1979  type III restriction protein res subunit  45 
 
 		 896 aa  50.4  0.00006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.284653  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1542  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  21.73 
 
 		 1104 aa  50.4  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.546825 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4167  type III restriction protein res subunit  24.05 
 
 		 912 aa  50.4  0.00007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0937  hypothetical protein  26.59 
 
 		 911 aa  50.1  0.00009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000206148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2867  EcoEI R domain-containing protein  27.27 
 
 		 821 aa  49.3  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2618  EcoEI R domain-containing protein  24.8 
 
 		 817 aa  49.3  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0707543 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20230  EcoEI R domain protein  27.23 
 
 		 770 aa  49.7  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.601124  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1193  EcoEI R domain protein  24.8 
 
 		 827 aa  48.9  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.325861  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3655  Type III restriction-modification enzyme helicase subunit  26.14 
 
 		 911 aa  48.1  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00000324142  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2067  type III restriction protein res subunit  21.84 
 
 		 1048 aa  47.8  0.0004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3225  EcoEI R domain-containing protein  27.47 
 
 		 815 aa  47.4  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.376811  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0344  type III restriction protein res subunit  22.52 
 
 		 893 aa  47  0.0007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0824  EcoEI R domain-containing protein  27.43 
 
 		 783 aa  46.6  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1255  DEAD/DEAH box helicase  27.67 
 
 		 811 aa  45.8  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171092  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0026  type III restriction-modification system, R subunit, putative  24.75 
 
 		 882 aa  45.8  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.352538  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5861  type III restriction enzyme domain protein  22.38 
 
 		 810 aa  44.7  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52330  Type III restriction enzyme, res subunit  24.52 
 
 		 923 aa  45.1  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.232434  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2984  type III restriction protein res subunit  23.96 
 
 		 1113 aa  44.3  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135376  normal  0.189592 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0832  EcoEI R domain protein  24.47 
 
 		 784 aa  44.3  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.916446  normal  0.633032 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0683  type I restriction-modification system, R subunit  24.47 
 
 		 784 aa  44.3  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3273  hypothetical protein  24.45 
 
 		 776 aa  44.3  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1416  EcoEI R domain protein  25.78 
 
 		 800 aa  44.3  0.005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1682  putative type III restriction enzyme R protein  23.61 
 
 		 947 aa  44.3  0.005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00043962  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3601  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.57 
 
 		 1137 aa  44.3  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1018  type III restriction enzyme, res subunit  23.35 
 
 		 769 aa  44.3  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06707  DEAD/DEAH box helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G05530)  29.52 
 
 		 643 aa  43.9  0.006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1895  EcoEI R domain-containing protein  26.32 
 
 		 780 aa  43.9  0.006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0749811  hitchhiker  0.00699891 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0897  HsdR-like, putative type I restriction deoxyribonuclease  28.63 
 
 		 1294 aa  43.1  0.009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>