More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0181 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0181  methionyl-tRNA formyltransferase  100 
 
 		 299 aa  581  1.0000000000000001e-165  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.142178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2577  methionyl-tRNA formyltransferase  73.9 
 
 		 308 aa  436  1e-121  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.4212  hitchhiker  0.000000800769 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0151  methionyl-tRNA formyltransferase  72.54 
 
 		 302 aa  419  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.338305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0875  methionyl-tRNA formyltransferase  72.54 
 
 		 302 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0469  methionyl-tRNA formyltransferase  71.13 
 
 		 301 aa  415  9.999999999999999e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.516302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2535  methionyl-tRNA formyltransferase  72.2 
 
 		 302 aa  414  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.614949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0642  methionyl-tRNA formyltransferase  71.57 
 
 		 297 aa  401  1e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.183207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1345  methionyl-tRNA formyltransferase  61.54 
 
 		 306 aa  340  1e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1034  methionyl-tRNA formyltransferase  61.54 
 
 		 306 aa  339  4e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.79271  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0262  methionyl-tRNA formyltransferase  62.71 
 
 		 310 aa  338  5e-92  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0975  methionyl-tRNA formyltransferase  61.2 
 
 		 306 aa  337  1.9999999999999998e-91  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.569216  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4042  methionyl-tRNA formyltransferase  59.53 
 
 		 308 aa  333  2e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.618576 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0055  methionyl-tRNA formyltransferase  59.2 
 
 		 311 aa  319  3e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000555853 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2894  methionyl-tRNA formyltransferase  57.43 
 
 		 301 aa  319  3.9999999999999996e-86  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0393  methionyl-tRNA formyltransferase  58.61 
 
 		 311 aa  318  9e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0058  methionyl-tRNA formyltransferase  57.24 
 
 		 311 aa  316  3e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.820848  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  57.72 
 
 		 307 aa  311  7.999999999999999e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.402535 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0541  methionyl-tRNA formyltransferase  55.3 
 
 		 320 aa  308  8e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.743734  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0080  methionyl-tRNA formyltransferase  56.44 
 
 		 310 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.450016  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3065  methionyl-tRNA formyltransferase  55.45 
 
 		 314 aa  306  2.0000000000000002e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.38579  normal  0.372111 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0075  methionyl-tRNA formyltransferase  55.92 
 
 		 311 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.716754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0249  methionyl-tRNA formyltransferase  55.22 
 
 		 306 aa  306  2.0000000000000002e-82  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.153512 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4568  methionyl-tRNA formyltransferase  57.65 
 
 		 312 aa  306  3e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4239  methionyl-tRNA formyltransferase  57.14 
 
 		 310 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.856785  decreased coverage  0.00163892 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3351  methionyl-tRNA formyltransferase  59.54 
 
 		 309 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0674  methionyl-tRNA formyltransferase  56.04 
 
 		 312 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1320  methionyl-tRNA formyltransferase  54.43 
 
 		 309 aa  303  3.0000000000000004e-81  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0626  methionyl-tRNA formyltransferase  55.03 
 
 		 310 aa  301  9e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.274146  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3304  methionyl-tRNA formyltransferase  57.81 
 
 		 307 aa  295  6e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0607232  normal  0.664052 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7336  methionyl-tRNA formyltransferase  54.85 
 
 		 311 aa  293  3e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.685492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0446  methionyl-tRNA formyltransferase  53.95 
 
 		 311 aa  293  3e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3147  methionyl-tRNA formyltransferase  55.23 
 
 		 313 aa  292  4e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.222101  normal  0.377579 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1917  methionyl-tRNA formyltransferase  55.26 
 
 		 309 aa  291  9e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.741308  normal  0.233989 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1635  methionyl-tRNA formyltransferase  55.26 
 
 		 309 aa  291  1e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.138536  normal  0.117912 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1599  methionyl-tRNA formyltransferase  54.43 
 
 		 309 aa  290  2e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0493449 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0806  methionyl-tRNA formyltransferase  56.48 
 
 		 310 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.283838 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3694  methionyl-tRNA formyltransferase  55.48 
 
 		 310 aa  289  4e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1129  methionyl-tRNA formyltransferase  56.86 
 
 		 312 aa  288  6e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.158103 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0054  methionyl-tRNA formyltransferase  54.01 
 
 		 314 aa  287  1e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4748  methionyl-tRNA formyltransferase  53.49 
 
 		 310 aa  287  1e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.130868  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04056  methionyl-tRNA formyltransferase  54.52 
 
 		 307 aa  287  2e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0019  methionyl-tRNA formyltransferase  55.05 
 
 		 310 aa  287  2e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107334  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0347  methionyl-tRNA formyltransferase  53.18 
 
 		 305 aa  285  5e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.342124  normal  0.0280325 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  49.5 
 
 		 311 aa  285  5e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  52.03 
 
 		 310 aa  285  7e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417966  decreased coverage  0.00000000000000611556 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  51.69 
 
 		 310 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.217446 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  52.03 
 
 		 319 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000109798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0086  methionyl-tRNA formyltransferase  53.12 
 
 		 310 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2251  hitchhiker  0.0000000986218 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0067  methionyl-tRNA formyltransferase  51.35 
 
 		 310 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.196453  unclonable  0.000000439837 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0410  methionyl-tRNA formyltransferase  54.95 
 
 		 301 aa  280  2e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0178  methionyl-tRNA formyltransferase  50.17 
 
 		 314 aa  278  9e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3584  methionyl-tRNA formyltransferase  54 
 
 		 307 aa  275  5e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00190  methionyl-tRNA formyltransferase  55.75 
 
 		 314 aa  273  3e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.767541  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03138  methionyl-tRNA formyltransferase  48.99 
 
 		 315 aa  272  6e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.511897  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  48.99 
 
 		 315 aa  272  6e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0497  methionyl-tRNA formyltransferase  52.3 
 
 		 317 aa  272  6e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.12463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  48.99 
 
 		 315 aa  272  6e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00147266 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03089  hypothetical protein  48.99 
 
 		 315 aa  272  6e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3481  methionyl-tRNA formyltransferase  48.99 
 
 		 315 aa  272  6e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000745387  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4610  methionyl-tRNA formyltransferase  48.99 
 
 		 315 aa  271  7e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267184  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3583  methionyl-tRNA formyltransferase  48.99 
 
 		 315 aa  271  1e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.291651  normal  0.0987748 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3770  methionyl-tRNA formyltransferase  48.66 
 
 		 315 aa  271  1e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0147386  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3711  methionyl-tRNA formyltransferase  48.66 
 
 		 315 aa  269  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.734888  normal  0.143925 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3603  methionyl-tRNA formyltransferase  48.66 
 
 		 315 aa  269  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.109792  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3676  methionyl-tRNA formyltransferase  48.66 
 
 		 315 aa  269  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3604  methionyl-tRNA formyltransferase  48.66 
 
 		 315 aa  269  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3774  methionyl-tRNA formyltransferase  48.66 
 
 		 315 aa  269  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0094  methionyl-tRNA formyltransferase  52.35 
 
 		 320 aa  269  5e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.922112  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3672  methionyl-tRNA formyltransferase  48.16 
 
 		 315 aa  267  2e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1864  methionyl-tRNA formyltransferase  51.67 
 
 		 307 aa  264  1e-69  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1928  methionyl-tRNA formyltransferase  51.67 
 
 		 307 aa  264  1e-69  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0143  methionyl-tRNA formyltransferase  48.99 
 
 		 312 aa  264  1e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0856282  normal  0.608581 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4053  methionyl-tRNA formyltransferase  51.76 
 
 		 323 aa  261  1e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3877  methionyl-tRNA formyltransferase  50.96 
 
 		 323 aa  261  1e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0018  methionyl-tRNA formyltransferase  49.66 
 
 		 314 aa  260  2e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3398  methionyl-tRNA formyltransferase  51.44 
 
 		 323 aa  259  3e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.726388  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0649  methionyl-tRNA formyltransferase  44.67 
 
 		 318 aa  259  5.0000000000000005e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.95229e-24 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0192  methionyl-tRNA formyltransferase  47.23 
 
 		 312 aa  259  5.0000000000000005e-68  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0635  methionyl-tRNA formyltransferase  44.67 
 
 		 318 aa  258  6e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0157901  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2078  methionyl-tRNA formyltransferase  48 
 
 		 332 aa  258  1e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2322  methionyl-tRNA formyltransferase  50.5 
 
 		 310 aa  257  1e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.103056  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3719  methionyl-tRNA formyltransferase  45.82 
 
 		 315 aa  257  2e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.236435  hitchhiker  0.00730816 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0196  methionyl-tRNA formyltransferase  46.93 
 
 		 318 aa  256  3e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00869838  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00160  methionyl-tRNA formyltransferase  51.7 
 
 		 325 aa  256  3e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2844  methionyl-tRNA formyltransferase  47.84 
 
 		 308 aa  255  5e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2868  methionyl-tRNA formyltransferase  51.29 
 
 		 325 aa  254  9e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00021  methionyl-tRNA formyltransferase  44.26 
 
 		 312 aa  254  1.0000000000000001e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0020  methionyl-tRNA formyltransferase  46.2 
 
 		 322 aa  254  1.0000000000000001e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  47.49 
 
 		 321 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0831  methionyl-tRNA formyltransferase  50.48 
 
 		 327 aa  252  6e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0898  methionyl-tRNA formyltransferase  48.36 
 
 		 311 aa  252  7e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.212157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0284  methionyl-tRNA formyltransferase  51.49 
 
 		 315 aa  251  1e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0176978 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3354  methionyl-tRNA formyltransferase  48.89 
 
 		 327 aa  249  3e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0090  methionyl-tRNA formyltransferase  44.3 
 
 		 314 aa  249  3e-65  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0186427  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2096  methionyl-tRNA formyltransferase  44.3 
 
 		 314 aa  249  3e-65  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.156857  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3859  methionyl-tRNA formyltransferase  49.68 
 
 		 323 aa  249  4e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  44.19 
 
 		 315 aa  249  4e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4638  methionyl-tRNA formyltransferase  49.84 
 
 		 357 aa  249  5e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.857325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0393  methionyl-tRNA formyltransferase  46.03 
 
 		 312 aa  248  6e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.894516  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3677  methionyl-tRNA formyltransferase  48.89 
 
 		 327 aa  248  6e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>