More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0005 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0005  recA protein  100 
 
 		 355 aa  718    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0310986  normal  0.0651314 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5034  recA protein  82.25 
 
 		 364 aa  603  1.0000000000000001e-171  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3045  recombinase A  81.68 
 
 		 355 aa  573  1.0000000000000001e-162  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.398232  normal  0.28908 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1324  recombinase A  79.69 
 
 		 354 aa  542  1e-153  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.427425 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0988  recA protein  76.07 
 
 		 335 aa  523  1e-147  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03480  RecA  78.16 
 
 		 337 aa  517  1.0000000000000001e-145  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3557  recA protein  75.23 
 
 		 337 aa  498  1e-140  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0881  recombinase A  68.58 
 
 		 340 aa  473  1e-132  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0854  recA protein  71.21 
 
 		 336 aa  470  1.0000000000000001e-131  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.61242 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1275  recombinase A  64.55 
 
 		 356 aa  466  9.999999999999999e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.138864  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1730  recombinase A  65.9 
 
 		 363 aa  464  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00591118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1725  recombinase A  64.04 
 
 		 360 aa  467  9.999999999999999e-131  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.971685  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4376  recombinase A  65.61 
 
 		 363 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1202  recombinase A  64.57 
 
 		 361 aa  462  1e-129  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1165  recombinase A  64.57 
 
 		 424 aa  462  1e-129  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.165606  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1267  recA protein  64.86 
 
 		 358 aa  462  1e-129  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.165392  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2819  recombinase A  66.16 
 
 		 366 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.737949  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3741  recombinase A  65.03 
 
 		 364 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.709907 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2403  recA protein  65.22 
 
 		 343 aa  460  9.999999999999999e-129  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.104177  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1567  recombinase A  68.63 
 
 		 363 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000432957 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1958  recombinase A  64.83 
 
 		 362 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.212458 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3103  recA protein  65.15 
 
 		 343 aa  460  9.999999999999999e-129  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000175278  normal  0.820651 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1021  RecA protein  62.87 
 
 		 379 aa  460  9.999999999999999e-129  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1280  recombinase A  67.7 
 
 		 362 aa  457  1e-127  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.118352  normal  0.176518 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1986  recombinase A  67.08 
 
 		 361 aa  455  1e-127  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3524  recA protein  64.04 
 
 		 355 aa  456  1e-127  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00288101 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3161  recombinase A  64.13 
 
 		 336 aa  457  1e-127  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3630  recombinase A  65.57 
 
 		 338 aa  456  1e-127  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0284  recombinase A  66.88 
 
 		 418 aa  457  1e-127  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0864352  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3735  recombinase A  66.36 
 
 		 338 aa  454  1e-127  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1263  recombinase A  67.08 
 
 		 360 aa  455  1e-127  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.778933  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1522  recombinase A  63.85 
 
 		 361 aa  457  1e-127  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2169  recombinase A  65.12 
 
 		 364 aa  457  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423968  normal  0.0596488 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0513  recA protein  65.76 
 
 		 350 aa  455  1e-127  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.213728 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0512  recombinase A  65.53 
 
 		 357 aa  453  1.0000000000000001e-126  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.759794  normal  0.922847 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5453  recombinase A  66.77 
 
 		 362 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.658876  normal  0.17766 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0456  recA protein  65.73 
 
 		 358 aa  454  1.0000000000000001e-126  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1034  recombinase A  63.45 
 
 		 343 aa  452  1.0000000000000001e-126  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0682579  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1592  recA protein  63.31 
 
 		 347 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1616  recombinase A  67.7 
 
 		 362 aa  454  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2558  recombinase A  62.65 
 
 		 362 aa  450  1e-125  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.352201  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0932  recA protein  64.12 
 
 		 345 aa  450  1e-125  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4108  recA protein  65.42 
 
 		 358 aa  450  1e-125  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.633837  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0804  recA protein  63.98 
 
 		 389 aa  451  1e-125  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1050  recA protein  64.12 
 
 		 345 aa  450  1e-125  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0444945 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2179  recA protein  63.66 
 
 		 347 aa  451  1e-125  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.385059  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1785  recA protein  64.55 
 
 		 350 aa  449  1e-125  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3964  RecA protein  65.42 
 
 		 358 aa  449  1e-125  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.122144  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4075  recA protein  65.42 
 
 		 358 aa  451  1e-125  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0386592  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1833  recA protein  66.46 
 
 		 363 aa  451  1e-125  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0352919  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1006  recA protein  62.57 
 
 		 359 aa  450  1e-125  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0676  recA protein  65.62 
 
 		 347 aa  449  1e-125  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00169949  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17690  RecA protein  62.28 
 
 		 367 aa  446  1.0000000000000001e-124  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.72475  normal  0.370795 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1425  recombinase A  63.44 
 
 		 348 aa  444  1.0000000000000001e-124  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.976211  normal  0.0337506 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2405  recombinase A  63.66 
 
 		 341 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1986  recombinase A  64.24 
 
 		 357 aa  445  1.0000000000000001e-124  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.285484  normal  0.795588 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2601  recA protein  65.34 
 
 		 366 aa  444  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.2342 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0671  recombinase A  66.98 
 
 		 358 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.180955 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2824  recA protein  65.34 
 
 		 366 aa  444  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.217843  normal  0.126726 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1616  recA protein  62.73 
 
 		 348 aa  444  1.0000000000000001e-124  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.445296  normal  0.968936 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23200  protein RecA  64.49 
 
 		 359 aa  446  1.0000000000000001e-124  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.930258  normal  0.114189 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1242  recA protein  64.17 
 
 		 376 aa  446  1.0000000000000001e-124  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1549  recA protein  65.22 
 
 		 362 aa  445  1.0000000000000001e-124  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.00000000000205683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2578  recA protein  67.09 
 
 		 365 aa  446  1.0000000000000001e-124  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0869161  normal  0.0795722 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1610  recA protein  64.81 
 
 		 390 aa  446  1.0000000000000001e-124  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651077 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1219  recombinase A  61.22 
 
 		 347 aa  442  1e-123  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0979767  normal  0.281308 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0440  recombinase A  66.67 
 
 		 358 aa  442  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0145  recombinase A  69.18 
 
 		 338 aa  443  1e-123  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3975  recombinase A  63.64 
 
 		 350 aa  443  1e-123  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1041  recA protein  64.06 
 
 		 364 aa  443  1e-123  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1545  recA protein  64.17 
 
 		 346 aa  443  1e-123  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.259692  normal  0.07485 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1389  recombinase A  63.44 
 
 		 348 aa  443  1e-123  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.384565  normal  0.0556082 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2185  recombinase A  65.77 
 
 		 350 aa  441  1e-123  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.019841  normal  0.408823 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2629  recA protein  64.39 
 
 		 366 aa  443  1e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1079  recA protein  63.94 
 
 		 348 aa  442  1e-123  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2448  recA protein  64.17 
 
 		 350 aa  442  1e-123  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.276179  normal  0.953449 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1419  recA protein  62.42 
 
 		 347 aa  441  1e-123  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1927  recombinase A  63.91 
 
 		 352 aa  442  1e-123  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1645  recombinase A  63.91 
 
 		 352 aa  443  1e-123  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3295  recombinase A  66.98 
 
 		 358 aa  442  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.303399  normal  0.877549 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1627  recombinase A  61.95 
 
 		 341 aa  441  1e-123  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00182901  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2420  recombinase A  63.64 
 
 		 350 aa  442  1e-123  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.157742  normal  0.0782537 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1951  recombinase A  67.5 
 
 		 349 aa  442  1e-123  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.971416  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10530  protein RecA  65.82 
 
 		 368 aa  441  1e-123  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.419207  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2681  recombinase A  63.72 
 
 		 356 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.288266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4194  recombinase A  64.22 
 
 		 358 aa  438  9.999999999999999e-123  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0971  recombinase A  66.36 
 
 		 356 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07230  protein RecA  63.75 
 
 		 351 aa  439  9.999999999999999e-123  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.533016  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2672  recombinase A  66.36 
 
 		 356 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.996925  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1462  recombinase A  63.86 
 
 		 352 aa  440  9.999999999999999e-123  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000631927 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0650  recombinase A  66.04 
 
 		 357 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.590321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3525  recombinase A  63.86 
 
 		 345 aa  441  9.999999999999999e-123  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.551254  normal  0.0703421 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2228  recA protein  64.76 
 
 		 363 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.522428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0623  recA protein  59.94 
 
 		 352 aa  440  9.999999999999999e-123  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.306263  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6708  recombinase A  61.42 
 
 		 345 aa  441  9.999999999999999e-123  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.141706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2134  recombinase A  62.57 
 
 		 347 aa  441  9.999999999999999e-123  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00345325 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2652  recombinase A  63.72 
 
 		 356 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1492  recA protein  63.24 
 
 		 345 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.211084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2341  recA protein  64.69 
 
 		 350 aa  439  9.999999999999999e-123  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0017  recombinase A  66.36 
 
 		 356 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>