208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daud_R0002 on replicon NC_010424
Organism: Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010424  Daud_R0002  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  188  2e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0008  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 96 bp  135  1.9999999999999998e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000013912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0002  tRNA-Ser  92.63 
 
 		 94 bp  125  2e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00386906  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  90.53 
 
 		 94 bp  109  1e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0011  tRNA-Ser  89.58 
 
 		 96 bp  103  7e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000117466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 93 bp  93.7  7e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0058  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 93 bp  93.7  7e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.325073  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0048  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 93 bp  93.7  7e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000235294  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0007  tRNA-Ser  88.42 
 
 		 94 bp  93.7  7e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.12584  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0004  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 93 bp  93.7  7e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327404  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0043  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 93 bp  93.7  7e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.569209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0068  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 96 bp  87.7  4e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0046  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 94 bp  83.8  0.000000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.506638  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0004  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 95 bp  77.8  0.0000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000366814 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  86.32 
 
 		 94 bp  77.8  0.0000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0100  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 96 bp  71.9  0.00000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.170842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0002  tRNA-Ser  86.32 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000899468  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0005  tRNA-Ser  84.21 
 
 		 95 bp  69.9  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0014  tRNA-Ser  85.57 
 
 		 96 bp  67.9  0.0000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000019033  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0004  tRNA-Ser  86.49 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198819  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0886  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 94 bp  63.9  0.000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000841076  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0003  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 96 bp  63.9  0.000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000368524  hitchhiker  0.00000112362 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0993  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000644963  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0015  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0020  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000716898  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0041  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0253572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  83.16 
 
 		 95 bp  61.9  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0045  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0002  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000353165 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0002  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0038  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 95 bp  61.9  0.00000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000026023  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0006  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 96 bp  60  0.0000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0048  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0798542  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0047  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1751  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.921389  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0343  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00912352  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0054  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 93 bp  56  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000379646  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0007  tRNA-Ser  84.38 
 
 		 95 bp  56  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.025626  hitchhiker  0.00000743472 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer02  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 97 bp  56  0.000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0009  tRNA-Ser  95 
 
 		 89 bp  56  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0496471  hitchhiker  0.00256028 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0897  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 95 bp  56  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000417881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4271  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 95 bp  56  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  9.700030000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0656  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 95 bp  54  0.000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0015  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1587  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.105956  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2146  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.643322  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0053  tRNA-Ser  83.16 
 
 		 94 bp  54  0.000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00121332  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2271  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.199643  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0004  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt18  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt19  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0026  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.548362  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0035  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135088  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0657  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.96086  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1265  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0405383  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0141  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1331  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0308  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0019  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0043  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.793336  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4314  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.650713  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0018  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 94 bp  50.1  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.814887  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0022  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0009  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000326555  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0203  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 93 bp  50.1  0.0001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.829329  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0015  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109725  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0053  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.163245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0053  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0350418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2302  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0031267  hitchhiker  2.33425e-18 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0037  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0034  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0025  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0046  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0004  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.0001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0063  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.6315500000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0056  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00413677  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0005  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.0001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0203622  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0007  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.0001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000625255  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2944  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 95 bp  48.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000934837  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>