More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4907 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_4907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
469 aa  916    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.999323  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1776  CAIB/BAIF family CoA transferase  60.09 
 
 
472 aa  499  1e-140  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1105  CAIB/BAIF family CoA transferase  59.87 
 
 
472 aa  499  1e-140  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.287357  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0257  CAIB/BAIF family CoA transferase  60.09 
 
 
472 aa  499  1e-140  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0320  CAIB/BAIF family CoA transferase  59.87 
 
 
472 aa  499  1e-140  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1273  CAIB/BAIF family CoA transferase  59.87 
 
 
472 aa  499  1e-140  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0104  CAIB/BAIF family CoA transferase  59.87 
 
 
472 aa  499  1e-140  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1688  CAIB/BAIF family CoA transferase  59.87 
 
 
472 aa  497  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1154  CAIB/BAIF family CoA transferase  58.23 
 
 
472 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4383  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.14 
 
 
448 aa  476  1e-133  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0487302 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3047  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.66 
 
 
462 aa  449  1e-125  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1149  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.85 
 
 
477 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0744033  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4866  CoA transferase  58.82 
 
 
482 aa  438  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341254  normal  0.621208 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36470  predicted acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  52.36 
 
 
469 aa  414  1e-114  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.539398  normal  0.557708 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3686  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.45 
 
 
451 aa  396  1e-109  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.355974  normal  0.187253 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3954  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.73 
 
 
478 aa  385  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.104533 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0993  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.66 
 
 
458 aa  262  8e-69  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.566125  normal  0.236668 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3565  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.79 
 
 
465 aa  248  2e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.853167  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3241  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.79 
 
 
477 aa  246  9e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0340  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.85 
 
 
463 aa  244  1.9999999999999999e-63  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3562  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.08 
 
 
465 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0819  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.2 
 
 
483 aa  241  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.108175 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3367  hypothetical protein  41.36 
 
 
482 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0834  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.74 
 
 
479 aa  238  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.302338  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1904  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.53 
 
 
498 aa  233  8.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3260  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.31 
 
 
464 aa  232  9e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.58458  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6475  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.43 
 
 
466 aa  231  1e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0920236 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0782  putative CoA transferase family protein  42.79 
 
 
463 aa  227  3e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3183  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.49 
 
 
466 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.679895  normal  0.0141006 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8350  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.89 
 
 
465 aa  216  5.9999999999999996e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2009  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.47 
 
 
465 aa  216  8e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.408823  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2581  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.48 
 
 
463 aa  209  9e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.122671  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0551  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.32 
 
 
464 aa  206  6e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0649535 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2451  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.83 
 
 
463 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000018113 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5865  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.38 
 
 
463 aa  201  3e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.4469  normal  0.493066 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2557  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.38 
 
 
463 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00106454 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2533  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.38 
 
 
463 aa  197  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0437802  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0762  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.53 
 
 
463 aa  195  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.554982  normal  0.0223549 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25580  predicted acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  42.59 
 
 
416 aa  189  1e-46  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1921  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.35 
 
 
480 aa  189  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0544  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.73 
 
 
448 aa  186  8e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3247  hypothetical protein  39.27 
 
 
463 aa  181  2e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.175754  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2634  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.67 
 
 
528 aa  165  2.0000000000000002e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_86521  predicted protein  27.57 
 
 
549 aa  130  6e-29  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03895  CAIB/BAIF family enzyme (AFU_orthologue; AFUA_1G05360)  29.88 
 
 
570 aa  128  2.0000000000000002e-28  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.0000514991  normal  0.831278 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06798  conserved hypothetical protein  29.53 
 
 
539 aa  125  2e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0320103 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.84 
 
 
487 aa  125  2e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2223  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.14 
 
 
462 aa  117  3.9999999999999997e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0077  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.57 
 
 
409 aa  114  6e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3535  putative L-carnitine dehydratase  33.2 
 
 
427 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.304315 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1135  Formyl-CoA transferase  34.76 
 
 
424 aa  112  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.923521  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4224  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.81 
 
 
384 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0326799  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4272  Formyl-CoA transferase  37.84 
 
 
393 aa  111  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.329604  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4086  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.49 
 
 
390 aa  111  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2368  putative L-carnitine dehydratase/bile acid- inducible protein F  31.95 
 
 
435 aa  110  7.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.891999  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0143  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.55 
 
 
413 aa  109  9.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3771  Formyl-CoA transferase  38.26 
 
 
395 aa  109  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.531066  normal  0.292423 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3050  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.53 
 
 
398 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.682037  normal  0.134859 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6841  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.73 
 
 
417 aa  108  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB03190  expressed protein  30.08 
 
 
450 aa  107  5e-22  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0170398  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5543  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.03 
 
 
421 aa  107  5e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4099  acyl-CoA transferase/L-carnitine dehydratase CaiB  36 
 
 
411 aa  107  6e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0342589  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3480  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.23 
 
 
406 aa  107  6e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2275  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.5 
 
 
401 aa  106  7e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.559073 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3426  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.82 
 
 
403 aa  107  7e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2013  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.62 
 
 
415 aa  106  9e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.226026  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.15 
 
 
419 aa  106  9e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6246  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.17 
 
 
407 aa  106  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5511  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.15 
 
 
406 aa  106  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.91473  normal  0.324907 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33 
 
 
391 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5571  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.83 
 
 
415 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6128  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.63 
 
 
406 aa  105  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3880  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.46 
 
 
400 aa  106  1e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.96055  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  33.01 
 
 
413 aa  106  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5552  putative formyl-coenzyme A transferase  30.34 
 
 
429 aa  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6531  Formyl-CoA transferase  33.17 
 
 
407 aa  106  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.276106  normal  0.830415 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2379  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.78 
 
 
409 aa  106  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1195  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.7 
 
 
389 aa  105  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2770  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.07 
 
 
410 aa  104  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.674174 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5895  Formyl-CoA transferase  33.17 
 
 
406 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.191567  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6404  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.17 
 
 
407 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4879  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.02 
 
 
395 aa  104  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0150  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.48 
 
 
406 aa  105  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.248641 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5362  putative CoA-transferase  34.29 
 
 
403 aa  104  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.360586  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5531  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.17 
 
 
406 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07237  conserved hypothetical protein  30.4 
 
 
584 aa  104  4e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.74024 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0274  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.61 
 
 
408 aa  104  4e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.289486 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3162  Citryl-CoA lyase  36.32 
 
 
395 aa  103  5e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.33357  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1038  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.84 
 
 
394 aa  103  6e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  31.13 
 
 
418 aa  103  7e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.64 
 
 
423 aa  103  7e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0265  Alpha-methylacyl-CoA racemase  30.08 
 
 
408 aa  102  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.125421  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.13 
 
 
418 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0395  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  31.71 
 
 
399 aa  102  1e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000919685 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0403  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.84 
 
 
401 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4764  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.17 
 
 
406 aa  102  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227402  normal  0.488561 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1675  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.66 
 
 
400 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.903252  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5508  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.17 
 
 
406 aa  101  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5353  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.17 
 
 
406 aa  101  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.12 
 
 
409 aa  100  4e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>