More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1982 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1982  isopropylmalate isomerase large subunit  100 
 
 		 465 aa  964    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.211248  normal  0.733676 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1307  isopropylmalate isomerase large subunit  65.95 
 
 		 464 aa  644    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3742  isopropylmalate isomerase large subunit  69.46 
 
 		 466 aa  697    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3425  isopropylmalate isomerase large subunit  65.59 
 
 		 470 aa  631  1e-180  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.508475  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5902  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  65.44 
 
 		 470 aa  628  1e-179  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.367331 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3675  isopropylmalate isomerase large subunit  66.67 
 
 		 467 aa  629  1e-179  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.17427 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1549  isopropylmalate isomerase large subunit  60.08 
 
 		 472 aa  578  1e-164  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.269438  normal  0.14031 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1961  isopropylmalate isomerase large subunit  59.28 
 
 		 474 aa  574  1.0000000000000001e-163  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4441  isopropylmalate isomerase large subunit  57.54 
 
 		 471 aa  566  1e-160  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00815  isopropylmalate isomerase large subunit  59.57 
 
 		 466 aa  563  1.0000000000000001e-159  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001658  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  59.78 
 
 		 466 aa  564  1.0000000000000001e-159  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2067  isopropylmalate isomerase large subunit  60.91 
 
 		 467 aa  561  1.0000000000000001e-159  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0194  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  59.31 
 
 		 469 aa  555  1e-157  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0630  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  59.57 
 
 		 466 aa  557  1e-157  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0592  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  58.71 
 
 		 466 aa  552  1e-156  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3463  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  59.13 
 
 		 465 aa  550  1e-155  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0762821  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3609  isopropylmalate isomerase large subunit  58.92 
 
 		 466 aa  551  1e-155  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3797  isopropylmalate isomerase large subunit  58.49 
 
 		 466 aa  549  1e-155  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3537  isopropylmalate isomerase large subunit  58.32 
 
 		 476 aa  548  1e-155  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2938  isopropylmalate isomerase large subunit  58.32 
 
 		 476 aa  548  1e-155  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3407  isopropylmalate isomerase large subunit  58.32 
 
 		 476 aa  548  1e-155  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8018  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  58.06 
 
 		 459 aa  545  1e-154  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11100  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  56.87 
 
 		 479 aa  545  1e-154  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0375  isopropylmalate isomerase large subunit  58.32 
 
 		 471 aa  546  1e-154  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00074  isopropylmalate isomerase large subunit  58.49 
 
 		 466 aa  542  1e-153  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3526  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  58.49 
 
 		 466 aa  542  1e-153  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00073  hypothetical protein  58.49 
 
 		 466 aa  542  1e-153  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2357  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  57.51 
 
 		 517 aa  543  1e-153  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0079  isopropylmalate isomerase large subunit  58.49 
 
 		 466 aa  541  1e-153  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0861  isopropylmalate isomerase large subunit  57.45 
 
 		 471 aa  544  1e-153  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0077  isopropylmalate isomerase large subunit  58.49 
 
 		 466 aa  542  1e-153  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.387894 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0336  isopropylmalate isomerase large subunit  57.14 
 
 		 482 aa  541  1e-153  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0066  isopropylmalate isomerase large subunit  58.49 
 
 		 466 aa  542  1e-153  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3585  isopropylmalate isomerase large subunit  58.49 
 
 		 466 aa  542  1e-153  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000478946 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0077  isopropylmalate isomerase large subunit  58.49 
 
 		 466 aa  542  1e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4234  isopropylmalate isomerase large subunit  57.79 
 
 		 474 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0473  isopropylmalate isomerase large subunit  57.11 
 
 		 474 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0120  isopropylmalate isomerase large subunit  58.06 
 
 		 466 aa  539  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0127  isopropylmalate isomerase large subunit  58.06 
 
 		 466 aa  539  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0388  isopropylmalate isomerase large subunit  57.36 
 
 		 468 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0127  isopropylmalate isomerase large subunit  58.06 
 
 		 466 aa  539  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.03719 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0399  isopropylmalate isomerase large subunit  56.93 
 
 		 468 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000573464 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2916  isopropylmalate isomerase large subunit  58.23 
 
 		 470 aa  540  9.999999999999999e-153  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3818  isopropylmalate isomerase large subunit  57.45 
 
 		 470 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0413  isopropylmalate isomerase large subunit  57.14 
 
 		 468 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000169798 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0387  isopropylmalate isomerase large subunit  56.93 
 
 		 468 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3298  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  57.42 
 
 		 471 aa  539  9.999999999999999e-153  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.405916  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4053  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  55.91 
 
 		 474 aa  536  1e-151  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0122  isopropylmalate isomerase large subunit  57.85 
 
 		 466 aa  537  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.924094  normal  0.160243 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0743  isopropylmalate isomerase large subunit  58.06 
 
 		 466 aa  535  1e-151  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0123  isopropylmalate isomerase large subunit  57.85 
 
 		 466 aa  537  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.610682  normal  0.713431 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2316  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  57.51 
 
 		 487 aa  537  1e-151  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000114053 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0075  isopropylmalate isomerase large subunit  58.28 
 
 		 466 aa  538  1e-151  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3586  isopropylmalate isomerase large subunit  57.58 
 
 		 474 aa  538  1e-151  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2519  isopropylmalate isomerase large subunit  55.84 
 
 		 484 aa  537  1e-151  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.252815  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3759  isopropylmalate isomerase large subunit  57.36 
 
 		 474 aa  536  1e-151  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.134544 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2225  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  58.49 
 
 		 471 aa  534  1e-150  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.918253  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0370  isopropylmalate isomerase large subunit  57.39 
 
 		 474 aa  534  1e-150  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1573  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  57.45 
 
 		 493 aa  533  1e-150  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.488131  normal  1 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3567  isopropylmalate isomerase large subunit  55.65 
 
 		 477 aa  528  1e-149  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1245  isopropylmalate isomerase large subunit  60.55 
 
 		 477 aa  528  1e-149  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6006  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  57.39 
 
 		 472 aa  528  1e-149  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0519027  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1358  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  55.44 
 
 		 477 aa  529  1e-149  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.849318 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2256  isopropylmalate isomerase large subunit  54.78 
 
 		 484 aa  531  1e-149  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000783708 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2591  isopropylmalate isomerase large subunit  56.59 
 
 		 471 aa  530  1e-149  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00933091  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3280  isopropylmalate isomerase large subunit  57.54 
 
 		 467 aa  531  1e-149  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.215534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2135  isopropylmalate isomerase large subunit  55.65 
 
 		 481 aa  528  1e-149  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1245  isopropylmalate isomerase large subunit  55.7 
 
 		 470 aa  525  1e-148  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.923179  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03087  isopropylmalate isomerase large subunit  56.68 
 
 		 466 aa  525  1e-148  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18560  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  56.01 
 
 		 479 aa  527  1e-148  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.242112  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0620  isopropylmalate isomerase large subunit  56.77 
 
 		 466 aa  525  1e-148  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.135441 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2802  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  57.51 
 
 		 462 aa  527  1e-148  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0861644  normal  0.228539 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08740  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  55.34 
 
 		 484 aa  528  1e-148  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.000460564  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0390  isopropylmalate isomerase large subunit  57.76 
 
 		 469 aa  525  1e-148  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1591  isopropylmalate isomerase large subunit  57.33 
 
 		 473 aa  525  1e-148  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.777227 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1478  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  55.16 
 
 		 486 aa  525  1e-148  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.333411  normal  0.827202 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13003  isopropylmalate isomerase large subunit  55.91 
 
 		 473 aa  524  1e-147  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0626  isopropylmalate isomerase large subunit  55.7 
 
 		 465 aa  521  1e-147  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3826  isopropylmalate isomerase large subunit  56.03 
 
 		 466 aa  524  1e-147  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1189  isopropylmalate isomerase large subunit  55.72 
 
 		 472 aa  521  1e-147  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.672672  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4227  isopropylmalate isomerase large subunit  55.22 
 
 		 481 aa  524  1e-147  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.888543 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3215  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  56.38 
 
 		 477 aa  524  1e-147  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.056695  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4548  isopropylmalate isomerase large subunit  56.25 
 
 		 466 aa  522  1e-147  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.182173  normal  0.0136159 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1901  isopropylmalate isomerase large subunit  54.8 
 
 		 481 aa  524  1e-147  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.918864 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1921  isopropylmalate isomerase large subunit  54.8 
 
 		 481 aa  523  1e-147  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3470  isopropylmalate isomerase large subunit  55.82 
 
 		 466 aa  521  1e-147  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.510231  normal  0.406012 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0337  isopropylmalate isomerase large subunit  55.94 
 
 		 470 aa  525  1e-147  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.301995  normal  0.508758 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1967  isopropylmalate isomerase large subunit  54.8 
 
 		 481 aa  523  1e-147  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1898  isopropylmalate isomerase large subunit  55.22 
 
 		 480 aa  523  1e-147  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4999  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  55.58 
 
 		 470 aa  520  1e-146  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.653294  normal  0.386887 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2149  isopropylmalate isomerase large subunit  56.13 
 
 		 466 aa  521  1e-146  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.754808  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1983  isopropylmalate isomerase large subunit  55.01 
 
 		 480 aa  520  1e-146  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0395  isopropylmalate isomerase large subunit  55.82 
 
 		 466 aa  518  1e-146  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000243407 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09060  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  55.58 
 
 		 471 aa  518  1e-146  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.918212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1228  isopropylmalate isomerase large subunit  54.86 
 
 		 469 aa  520  1e-146  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0896395 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0764  isopropylmalate isomerase large subunit  56.93 
 
 		 470 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.266094 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1113  isopropylmalate isomerase large subunit  55.05 
 
 		 465 aa  518  1.0000000000000001e-145  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.681996  normal  0.828695 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2173  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  55.01 
 
 		 475 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1980  isopropylmalate isomerase large subunit  54.16 
 
 		 480 aa  515  1.0000000000000001e-145  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2848  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  56.16 
 
 		 481 aa  516  1.0000000000000001e-145  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>