More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_R0012 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014230  CA2559_r13674  16S ribosomal RNA  86.12 
 
 		 1521 bp  1314    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0972385  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0012  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1509 bp  2991    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.513424  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0071  16S ribosomal RNA  88.42 
 
 		 1519 bp  1590    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.351816  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0057  16S ribosomal RNA  88.35 
 
 		 1519 bp  1582    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.906516  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0051  16S ribosomal RNA  88.35 
 
 		 1519 bp  1582    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_r07731  16S ribosomal RNA  86.12 
 
 		 1521 bp  1314    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0045  16S ribosomal RNA  88.35 
 
 		 1519 bp  1582    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0018  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1509 bp  2991    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.232461  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0034  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1509 bp  2991    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.449906  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0050  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1509 bp  2991    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0005  16S ribosomal RNA  88.35 
 
 		 1519 bp  1582    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0019  16S ribosomal RNA  88.42 
 
 		 1519 bp  1590    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0011  16S ribosomal RNA  84.01 
 
 		 1510 bp  474  1.0000000000000001e-131  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.359702  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0049  16S ribosomal RNA  84.01 
 
 		 1510 bp  474  1.0000000000000001e-131  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.54781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0055  16S ribosomal RNA  84.01 
 
 		 1510 bp  474  1.0000000000000001e-131  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0042  16S ribosomal RNA  83.01 
 
 		 1514 bp  361  3.9999999999999996e-97  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0160041 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0024  16S ribosomal RNA  83.01 
 
 		 1514 bp  361  3.9999999999999996e-97  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.103837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0027  16S ribosomal RNA  83.01 
 
 		 1514 bp  361  3.9999999999999996e-97  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0030  16S ribosomal RNA  83.01 
 
 		 1514 bp  361  3.9999999999999996e-97  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.399957 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0040  16S ribosomal RNA  82.89 
 
 		 1514 bp  359  2e-96  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0677845 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0035  16S ribosomal RNA  82.89 
 
 		 1514 bp  359  2e-96  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0600859 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0009  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1515 bp  307  5.000000000000001e-81  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG16SA  16S ribosomal RNA  85 
 
 		 1475 bp  270  1e-69  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00161199 
 
 
-
 
NC_002950  PG16SB  16S ribosomal RNA  85 
 
 		 1475 bp  270  1e-69  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG16SC  16S ribosomal RNA  85 
 
 		 1475 bp  270  1e-69  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.304262 
 
 
-
 
NC_002950  PG16SD  16S ribosomal RNA  85 
 
 		 1475 bp  270  1e-69  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0001  16S ribosomal RNA  81.42 
 
 		 1466 bp  268  4e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.5792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0056  16S ribosomal RNA  81.42 
 
 		 1431 bp  268  4e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.046608  normal  0.0392849 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0026  16S ribosomal RNA  81.42 
 
 		 1466 bp  268  4e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.018663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0014  16S ribosomal RNA  81.27 
 
 		 1431 bp  260  1.0000000000000001e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0157988  normal  0.147307 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0022  16S ribosomal RNA  83.42 
 
 		 1495 bp  258  4.0000000000000004e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0025  16S ribosomal RNA  83.42 
 
 		 1495 bp  258  4.0000000000000004e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.643168  normal  0.762156 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0034  16S ribosomal RNA  83.42 
 
 		 1495 bp  258  4.0000000000000004e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0020  16S ribosomal RNA  81.93 
 
 		 1495 bp  256  2e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.127613  normal  0.0141426 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0053  16S ribosomal RNA  81.93 
 
 		 1495 bp  256  2e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000916534  normal  0.0303457 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0043  16S ribosomal RNA  81.93 
 
 		 1495 bp  256  2e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00000158022  normal  0.338692 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0004  16S ribosomal RNA  81.93 
 
 		 1495 bp  256  2e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0000000518712  normal  0.582922 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0013  16S ribosomal RNA  83.16 
 
 		 1495 bp  250  9.999999999999999e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.204924  normal  0.815446 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0006  16S ribosomal RNA  83.51 
 
 		 1528 bp  250  9.999999999999999e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000177298  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0004  16S ribosomal RNA  84.43 
 
 		 1532 bp  242  2e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000674395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0009  16S ribosomal RNA  84.43 
 
 		 1532 bp  242  2e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0161785  normal  0.0703142 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r16S01  16S ribosomal RNA  81.87 
 
 		 1382 bp  230  9e-58  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0232245 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r16S02  16S ribosomal RNA  81.87 
 
 		 1382 bp  230  9e-58  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r16S03  16S ribosomal RNA  81.87 
 
 		 1382 bp  230  9e-58  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0071  16S ribosomal RNA  87.56 
 
 		 1523 bp  224  6e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.121769  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0013  16S ribosomal RNA  87.67 
 
 		 1524 bp  224  6e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0002  16S ribosomal RNA  87.56 
 
 		 1523 bp  224  6e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.272962  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0026  16S ribosomal RNA  87.67 
 
 		 1524 bp  224  6e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.233276  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0089  16S ribosomal RNA  87.56 
 
 		 1523 bp  224  6e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00770001  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0092  16S ribosomal RNA  87.56 
 
 		 1523 bp  224  6e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00736494  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0066  16S ribosomal RNA  87.56 
 
 		 1523 bp  224  6e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.043878  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0086  16S ribosomal RNA  87.56 
 
 		 1523 bp  224  6e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0165125  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0028  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1548 bp  220  9e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000495274  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0063  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1543 bp  220  9e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0074  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1548 bp  220  9e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.147433  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0073  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1543 bp  220  9e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0033  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1548 bp  220  9e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0343433  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0018  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1548 bp  220  9e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00195266  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0018  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1543 bp  220  9e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0058  16S ribosomal RNA  83.88 
 
 		 1543 bp  220  9e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0048  16S ribosomal RNA  88.13 
 
 		 1494 bp  220  9e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000451742  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0053  16S ribosomal RNA  88.13 
 
 		 1494 bp  220  9e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000661064  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0015  16S ribosomal RNA  84.15 
 
 		 1563 bp  218  3.9999999999999995e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00605787  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0048  16S ribosomal RNA  84.15 
 
 		 1563 bp  218  3.9999999999999995e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000038279  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0009  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1538 bp  218  3.9999999999999995e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000955328  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0033  16S ribosomal RNA  83.61 
 
 		 1538 bp  218  3.9999999999999995e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000378293  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_r1  16S ribosomal RNA  86.92 
 
 		 1509 bp  214  6e-53  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0008  16S ribosomal RNA  87.67 
 
 		 1494 bp  212  2e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00811076  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0049  16S ribosomal RNA  87.67 
 
 		 1363 bp  212  2e-52  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000340062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0052  16S ribosomal RNA  87.67 
 
 		 1364 bp  212  2e-52  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000418748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0003  16S ribosomal RNA  87.67 
 
 		 1494 bp  212  2e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000504408  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0003  16S ribosomal RNA  83.01 
 
 		 1496 bp  210  9e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0041999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0038  16S ribosomal RNA  83.01 
 
 		 1497 bp  210  9e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0565772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0042  16S ribosomal RNA  83.01 
 
 		 1497 bp  210  9e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000393609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0432  16S ribosomal RNA  87.73 
 
 		 1538 bp  208  3e-51  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.755149  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0059  16S ribosomal RNA  86.72 
 
 		 1538 bp  208  3e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000147893  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0007  16S ribosomal RNA  86.72 
 
 		 1538 bp  208  3e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0041  16S ribosomal RNA  86.72 
 
 		 1538 bp  208  3e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0625865  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0008  16S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 1495 bp  206  9.999999999999999e-51  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.291877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0003  16S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 1495 bp  206  9.999999999999999e-51  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420138 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0021  16S ribosomal RNA  83.92 
 
 		 1551 bp  206  9.999999999999999e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000868141  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0032  16S ribosomal RNA  83.92 
 
 		 1551 bp  206  9.999999999999999e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00001675  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0054  16S ribosomal RNA  83.92 
 
 		 1551 bp  206  9.999999999999999e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000668462  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0064  16S ribosomal RNA  83.92 
 
 		 1551 bp  206  9.999999999999999e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000106886  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0009  16S ribosomal RNA  85.96 
 
 		 1459 bp  204  5e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000834644  hitchhiker  0.00771881 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0052  16S ribosomal RNA  85.96 
 
 		 1459 bp  204  5e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000233456  normal  0.528995 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0384  16S ribosomal RNA  85.96 
 
 		 1470 bp  204  5e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.40156  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3084  16S ribosomal RNA  85.96 
 
 		 1470 bp  204  5e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448941  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0051  16S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 1555 bp  204  5e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000203426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0003  16S ribosomal RNA  86.94 
 
 		 1495 bp  202  2.0000000000000003e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0012  16S ribosomal RNA  83.06 
 
 		 1555 bp  202  2.0000000000000003e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000489495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0040  16S ribosomal RNA  82.79 
 
 		 1512 bp  202  2.0000000000000003e-49  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.618682  normal  0.154867 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0048  16S ribosomal RNA  82.79 
 
 		 1512 bp  202  2.0000000000000003e-49  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.089973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0007  16S ribosomal RNA  83.06 
 
 		 1528 bp  202  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.0000116546  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0001  16S ribosomal RNA  82.57 
 
 		 1481 bp  200  8.000000000000001e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.0000152569  normal  0.236967 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0053  16S ribosomal RNA  82.57 
 
 		 1481 bp  200  8.000000000000001e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.497813  normal  0.0940245 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0023  16S ribosomal RNA  81.09 
 
 		 1495 bp  198  3e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0008  16S ribosomal RNA  81.09 
 
 		 1495 bp  198  3e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00667028  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0003  16S ribosomal RNA  81.09 
 
 		 1495 bp  198  3e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000311763  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0055  16S ribosomal RNA  78.78 
 
 		 1466 bp  198  3e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0831881 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>