More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG16SA on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PG16SA  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1475 bp  2924    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00161199 
 
 
-
 
NC_002950  PG16SB  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1475 bp  2924    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG16SC  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1475 bp  2924    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.304262 
 
 
-
 
NC_002950  PG16SD  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1475 bp  2924    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0011  16S ribosomal RNA  84.53 
 
 		 1510 bp  575  1e-161  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.359702  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0049  16S ribosomal RNA  84.53 
 
 		 1510 bp  575  1e-161  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.54781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0055  16S ribosomal RNA  84.53 
 
 		 1510 bp  575  1e-161  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0034  16S ribosomal RNA  81.72 
 
 		 1495 bp  381  1e-103  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0025  16S ribosomal RNA  81.72 
 
 		 1495 bp  381  1e-103  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.643168  normal  0.762156 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0022  16S ribosomal RNA  81.72 
 
 		 1495 bp  381  1e-103  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0009  16S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 1515 bp  375  1e-101  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0057  16S ribosomal RNA  81.78 
 
 		 1519 bp  369  2e-99  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.906516  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0051  16S ribosomal RNA  81.78 
 
 		 1519 bp  369  2e-99  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0045  16S ribosomal RNA  81.78 
 
 		 1519 bp  369  2e-99  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0071  16S ribosomal RNA  81.78 
 
 		 1519 bp  369  2e-99  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.351816  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0019  16S ribosomal RNA  81.78 
 
 		 1519 bp  369  2e-99  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0005  16S ribosomal RNA  81.78 
 
 		 1519 bp  369  2e-99  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0013  16S ribosomal RNA  81.46 
 
 		 1495 bp  365  2e-98  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.204924  normal  0.815446 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0024  16S ribosomal RNA  82.24 
 
 		 1514 bp  357  5.9999999999999994e-96  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.103837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0027  16S ribosomal RNA  82.24 
 
 		 1514 bp  357  5.9999999999999994e-96  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0030  16S ribosomal RNA  82.24 
 
 		 1514 bp  357  5.9999999999999994e-96  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.399957 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0042  16S ribosomal RNA  82.24 
 
 		 1514 bp  357  5.9999999999999994e-96  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0160041 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0035  16S ribosomal RNA  81.89 
 
 		 1514 bp  349  1e-93  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0600859 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0040  16S ribosomal RNA  81.89 
 
 		 1514 bp  349  1e-93  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0677845 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_r07731  16S ribosomal RNA  87.43 
 
 		 1521 bp  345  2e-92  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_r13674  16S ribosomal RNA  87.43 
 
 		 1521 bp  345  2e-92  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0972385  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r16S01  16S ribosomal RNA  83.74 
 
 		 1382 bp  325  1.9999999999999998e-86  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0232245 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r16S02  16S ribosomal RNA  83.74 
 
 		 1382 bp  325  1.9999999999999998e-86  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r16S03  16S ribosomal RNA  83.74 
 
 		 1382 bp  325  1.9999999999999998e-86  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0012  16S ribosomal RNA  85 
 
 		 1509 bp  270  1e-69  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.513424  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0018  16S ribosomal RNA  85 
 
 		 1509 bp  270  1e-69  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.232461  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0034  16S ribosomal RNA  85 
 
 		 1509 bp  270  1e-69  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.449906  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0050  16S ribosomal RNA  85 
 
 		 1509 bp  270  1e-69  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0006  16S ribosomal RNA  83.25 
 
 		 1528 bp  242  2e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000177298  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0053  16S ribosomal RNA  85.53 
 
 		 1495 bp  230  9e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000916534  normal  0.0303457 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0004  16S ribosomal RNA  85.53 
 
 		 1495 bp  230  9e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0000000518712  normal  0.582922 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0020  16S ribosomal RNA  85.53 
 
 		 1495 bp  230  9e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.127613  normal  0.0141426 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0043  16S ribosomal RNA  85.53 
 
 		 1495 bp  230  9e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00000158022  normal  0.338692 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2339  16S ribosomal RNA  82.18 
 
 		 1458 bp  198  3e-48  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.474601  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2342  16S ribosomal RNA  82.18 
 
 		 1458 bp  198  3e-48  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2336  16S ribosomal RNA  82.18 
 
 		 1458 bp  198  3e-48  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0013  16S ribosomal RNA  80.21 
 
 		 1524 bp  192  2e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0026  16S ribosomal RNA  80.21 
 
 		 1524 bp  192  2e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.233276  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0089  16S ribosomal RNA  80.08 
 
 		 1523 bp  186  1e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00770001  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0071  16S ribosomal RNA  80.08 
 
 		 1523 bp  186  1e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.121769  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0008  16S ribosomal RNA  85.84 
 
 		 1495 bp  186  1e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00667028  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0066  16S ribosomal RNA  80.08 
 
 		 1523 bp  186  1e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.043878  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0002  16S ribosomal RNA  80.08 
 
 		 1523 bp  186  1e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.272962  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0023  16S ribosomal RNA  85.84 
 
 		 1495 bp  186  1e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0092  16S ribosomal RNA  80.08 
 
 		 1523 bp  186  1e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00736494  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0003  16S ribosomal RNA  85.84 
 
 		 1495 bp  186  1e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000311763  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0055  16S ribosomal RNA  81.96 
 
 		 1466 bp  186  1e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0831881 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0012  16S ribosomal RNA  81.96 
 
 		 1475 bp  186  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0131794 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0070  16S ribosomal RNA  81.96 
 
 		 1475 bp  186  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0086  16S ribosomal RNA  80.08 
 
 		 1523 bp  186  1e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0165125  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0005  16S ribosomal RNA  93.55 
 
 		 1477 bp  182  2e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.0000146782  normal  0.725323 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0012  16S ribosomal RNA  93.55 
 
 		 1477 bp  182  2e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.579936  normal  0.0913592 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_r1  16S ribosomal RNA  85.41 
 
 		 1509 bp  178  2.9999999999999996e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0058  16S ribosomal RNA  86.34 
 
 		 1521 bp  176  1e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0041  16S ribosomal RNA  86.34 
 
 		 1521 bp  176  1e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0066  16S ribosomal RNA  86.34 
 
 		 1521 bp  176  1e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0054  16S ribosomal RNA  86.34 
 
 		 1521 bp  176  1e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0158667  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0007  16S ribosomal RNA  90.28 
 
 		 1528 bp  174  5e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.0000116546  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0001  16S ribosomal RNA  92.74 
 
 		 1481 bp  174  5e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.0000152569  normal  0.236967 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0013  16S ribosomal RNA  95.54 
 
 		 1555 bp  174  5e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000280692  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0051  16S ribosomal RNA  95.54 
 
 		 1555 bp  174  5e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000203426  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0053  16S ribosomal RNA  92.74 
 
 		 1481 bp  174  5e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.497813  normal  0.0940245 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0003  16S ribosomal RNA  84.98 
 
 		 1494 bp  170  6.9999999999999995e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000504408  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0008  16S ribosomal RNA  84.55 
 
 		 1495 bp  170  6.9999999999999995e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.291877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0033  16S ribosomal RNA  92.62 
 
 		 1538 bp  170  6.9999999999999995e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000378293  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0003  16S ribosomal RNA  84.55 
 
 		 1495 bp  170  6.9999999999999995e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420138 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0009  16S ribosomal RNA  92.62 
 
 		 1538 bp  170  6.9999999999999995e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000955328  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0012  16S ribosomal RNA  88.96 
 
 		 1555 bp  170  6.9999999999999995e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000489495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0008  16S ribosomal RNA  84.98 
 
 		 1494 bp  170  6.9999999999999995e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00811076  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0048  16S ribosomal RNA  84.98 
 
 		 1494 bp  170  6.9999999999999995e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000451742  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0053  16S ribosomal RNA  84.98 
 
 		 1494 bp  170  6.9999999999999995e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000661064  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0049  16S ribosomal RNA  85.27 
 
 		 1363 bp  168  3e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000340062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0052  16S ribosomal RNA  85.27 
 
 		 1364 bp  168  3e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000418748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_r01  16S ribosomal RNA  81.12 
 
 		 1723 bp  167  1e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_r06  16S ribosomal RNA  81.12 
 
 		 1723 bp  167  1e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_r04  16S ribosomal RNA  81.12 
 
 		 1723 bp  167  1e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0048  16S ribosomal RNA  79.5 
 
 		 1559 bp  167  1e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00545182  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0001  16S ribosomal RNA  87.8 
 
 		 1474 bp  167  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00116207  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0011  16S ribosomal RNA  87.8 
 
 		 1474 bp  167  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000297324  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0055  16S ribosomal RNA  87.8 
 
 		 1474 bp  167  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000172207  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0079  16S ribosomal RNA  87.8 
 
 		 1474 bp  167  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000533753  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0087  16S ribosomal RNA  87.8 
 
 		 1474 bp  167  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00118916  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0039  16S ribosomal RNA  79.5 
 
 		 1558 bp  167  1e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000267916 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0061  16S ribosomal RNA  79.5 
 
 		 1559 bp  167  1e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.925308 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0003  16S ribosomal RNA  92.74 
 
 		 1496 bp  167  1e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0041999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0038  16S ribosomal RNA  92.74 
 
 		 1497 bp  167  1e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0565772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0042  16S ribosomal RNA  92.74 
 
 		 1497 bp  167  1e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000393609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0002  16S ribosomal RNA  83.81 
 
 		 1540 bp  165  5e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000153302  normal  0.0205506 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0007  16S ribosomal RNA  83.81 
 
 		 1540 bp  165  5e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  unclonable  0.000000000443158  hitchhiker  0.00339751 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0085  16S ribosomal RNA  83.81 
 
 		 1540 bp  165  5e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000770905  normal  0.127075 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0090  16S ribosomal RNA  83.81 
 
 		 1540 bp  165  5e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000161015  normal  0.0579728 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0038  16S ribosomal RNA  81.75 
 
 		 1491 bp  165  5e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000864904  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0045  16S ribosomal RNA  81.75 
 
 		 1491 bp  165  5e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00346464  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0053  16S ribosomal RNA  81.75 
 
 		 1491 bp  165  5e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000201354  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0056  16S ribosomal RNA  81.17 
 
 		 1482 bp  163  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>