More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_R0023 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_R0023  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1495 bp  2964    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0003  16S ribosomal RNA  96.19 
 
 		 1494 bp  2504    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000504408  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0008  16S ribosomal RNA  99.93 
 
 		 1495 bp  2956    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00667028  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0008  16S ribosomal RNA  96.19 
 
 		 1494 bp  2504    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00811076  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0049  16S ribosomal RNA  94.87 
 
 		 1363 bp  2141    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000340062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0052  16S ribosomal RNA  94.81 
 
 		 1364 bp  2123    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000418748  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_r1  16S ribosomal RNA  94.65 
 
 		 1509 bp  2321    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0003  16S ribosomal RNA  92.45 
 
 		 1495 bp  2040    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420138 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0008  16S ribosomal RNA  92.45 
 
 		 1495 bp  2040    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.291877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0003  16S ribosomal RNA  92.6 
 
 		 1495 bp  2028    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0003  16S ribosomal RNA  99.93 
 
 		 1495 bp  2956    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000311763  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0048  16S ribosomal RNA  96.45 
 
 		 1494 bp  2535    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000451742  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0053  16S ribosomal RNA  96.45 
 
 		 1494 bp  2535    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000661064  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0011  16S ribosomal RNA  84.38 
 
 		 1548 bp  442  1e-121  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0046  16S ribosomal RNA  84.38 
 
 		 1548 bp  442  1e-121  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000312216  hitchhiker  0.000000195391 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0006  16S ribosomal RNA  83.12 
 
 		 1528 bp  422  9.999999999999999e-116  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000177298  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SA  16S ribosomal RNA  83.81 
 
 		 1548 bp  416  1e-114  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0695234  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SB  16S ribosomal RNA  83.81 
 
 		 1548 bp  416  1e-114  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0572203  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0054  16S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 1543 bp  404  9.999999999999999e-111  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.526981 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0034  16S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 1543 bp  404  9.999999999999999e-111  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0312454  normal  0.359772 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SA  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1518 bp  400  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00652559  hitchhiker  0.0000964592 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SB  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1518 bp  400  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SC  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1518 bp  400  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0265668  normal  0.0523023 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SE  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1518 bp  400  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0197165  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0009  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1549 bp  400  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000805602  hitchhiker  0.000585754 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0001  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1549 bp  400  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000584792  normal  0.761928 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0064  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1538 bp  400  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000160038  normal  0.787377 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0089  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1529 bp  400  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000457884  normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0031  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1549 bp  400  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000143019  normal  0.620108 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0080  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1529 bp  400  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000320741  normal  0.041938 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0018  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1549 bp  400  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000771769  normal  0.359976 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0006  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1529 bp  400  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000203235  hitchhiker  0.00005391 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0056  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1529 bp  400  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000107545  normal  0.412337 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0013  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1529 bp  400  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000882287  hitchhiker  0.00137418 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0001  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1529 bp  400  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000166692  normal  0.414119 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0014  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1529 bp  400  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000281309  normal  0.538779 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0004  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1529 bp  400  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000534371  normal  0.567436 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0021  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1529 bp  400  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000142158  hitchhiker  0.000111868 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0099  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1529 bp  400  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000444541  normal  0.0479849 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0102  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1529 bp  400  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000475362  normal  0.0274728 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0093  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1538 bp  400  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000812377  hitchhiker  0.0037636 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0058  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1529 bp  400  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000207326  normal  0.764569 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0095  16S ribosomal RNA  82.75 
 
 		 1529 bp  400  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000226987  hitchhiker  0.00000501486 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0008  16S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 1530 bp  394  1e-107  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0950518  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0015  16S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 1689 bp  394  1e-107  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.015768  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0020  16S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 1502 bp  394  1e-107  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SD  16S ribosomal RNA  82.61 
 
 		 1518 bp  392  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0245595  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SF  16S ribosomal RNA  82.61 
 
 		 1518 bp  392  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.229046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SG  16S ribosomal RNA  82.61 
 
 		 1518 bp  392  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0126603 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0090  16S ribosomal RNA  82.61 
 
 		 1529 bp  392  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000137166  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0052  16S ribosomal RNA  87.05 
 
 		 1459 bp  377  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000233456  normal  0.528995 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3084  16S ribosomal RNA  87.05 
 
 		 1470 bp  377  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448941  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0384  16S ribosomal RNA  87.05 
 
 		 1470 bp  377  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.40156  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0009  16S ribosomal RNA  87.05 
 
 		 1459 bp  377  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000834644  hitchhiker  0.00771881 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0007  16S ribosomal RNA  82.42 
 
 		 1538 bp  343  9e-92  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0059  16S ribosomal RNA  82.42 
 
 		 1538 bp  343  9e-92  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000147893  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0041  16S ribosomal RNA  82.42 
 
 		 1538 bp  343  9e-92  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0625865  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0012  16S ribosomal RNA  82.15 
 
 		 1555 bp  343  9e-92  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000489495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0016  16S ribosomal RNA  82.5 
 
 		 1440 bp  339  1e-90  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0817625  normal  0.696082 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0051  16S ribosomal RNA  82.5 
 
 		 1440 bp  339  1e-90  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_rrsVIMSS1309392  16S ribosomal RNA  82.69 
 
 		 1465 bp  333  9e-89  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0021  16S ribosomal RNA  87.37 
 
 		 1551 bp  331  3e-88  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.184479  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0005  16S ribosomal RNA  87.37 
 
 		 1551 bp  331  3e-88  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.872751  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0010  16S ribosomal RNA  88.27 
 
 		 1491 bp  327  5e-87  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000216125  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0028  16S ribosomal RNA  88.27 
 
 		 1491 bp  327  5e-87  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0022269  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0046  16S ribosomal RNA  82.18 
 
 		 1479 bp  323  7.999999999999999e-86  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.76597  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0051  16S ribosomal RNA  82.18 
 
 		 1458 bp  323  7.999999999999999e-86  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0152  16S ribosomal RNA  82.8 
 
 		 1461 bp  321  3e-85  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0506  16S ribosomal RNA  82.8 
 
 		 1461 bp  321  3e-85  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.213034  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0592  16S ribosomal RNA  82.8 
 
 		 1461 bp  321  3e-85  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.518963  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_rrsVIMSS1309398  16S ribosomal RNA  84.91 
 
 		 1498 bp  317  4.999999999999999e-84  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_rrsVIMSS1309386  16S ribosomal RNA  84.91 
 
 		 1465 bp  317  4.999999999999999e-84  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0009  16S ribosomal RNA  84.91 
 
 		 1465 bp  317  4.999999999999999e-84  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0007  16S ribosomal RNA  87.94 
 
 		 1528 bp  313  8e-83  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.0000116546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0021  16S ribosomal RNA  86.29 
 
 		 1551 bp  309  1.0000000000000001e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000868141  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0032  16S ribosomal RNA  86.29 
 
 		 1551 bp  309  1.0000000000000001e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00001675  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0054  16S ribosomal RNA  86.29 
 
 		 1551 bp  309  1.0000000000000001e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000668462  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0064  16S ribosomal RNA  86.29 
 
 		 1551 bp  309  1.0000000000000001e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000106886  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0048  16S ribosomal RNA  86.76 
 
 		 1563 bp  301  3e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000038279  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0015  16S ribosomal RNA  86.76 
 
 		 1563 bp  301  3e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00605787  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0004  16S ribosomal RNA  83.74 
 
 		 1532 bp  301  3e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000674395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_rrsVIMSS1309438  16S ribosomal RNA  82.47 
 
 		 1465 bp  297  5e-78  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.227011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0032  16S ribosomal RNA  86.1 
 
 		 1550 bp  297  5e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0577345 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0043  16S ribosomal RNA  86.1 
 
 		 1550 bp  297  5e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_rrsVIMSS1309419  16S ribosomal RNA  84.01 
 
 		 1401 bp  295  2e-77  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_rrsVIMSS1309420  16S ribosomal RNA  84.01 
 
 		 1401 bp  295  2e-77  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.169301 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0009  16S ribosomal RNA  83.54 
 
 		 1532 bp  293  7e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0161785  normal  0.0703142 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5403  16S ribosomal RNA  84.53 
 
 		 1497 bp  291  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00231209  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08570  16S ribosomal RNA  84.53 
 
 		 1526 bp  291  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0337059  hitchhiker  0.00000000146404 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55637  16S ribosomal RNA  84.53 
 
 		 1526 bp  291  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00734417  normal  0.40979 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62090  16S ribosomal RNA  84.53 
 
 		 1526 bp  291  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.116263  normal  0.0197607 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70910  16S ribosomal RNA  84.53 
 
 		 1526 bp  291  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.135781 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4846  16S ribosomal RNA  84.53 
 
 		 1497 bp  291  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0349073  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0811  16S ribosomal RNA  84.53 
 
 		 1497 bp  291  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00289135  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0007  16S ribosomal RNA  80.6 
 
 		 1545 bp  289  1.0000000000000001e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.010889  decreased coverage  0.00540958 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0019  16S ribosomal RNA  80.6 
 
 		 1545 bp  289  1.0000000000000001e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000981314  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0039  16S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 1550 bp  289  1.0000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0011  16S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 1542 bp  289  1.0000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0038  16S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 1542 bp  289  1.0000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.106997  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_r0001  16S ribosomal RNA  86.15 
 
 		 1525 bp  289  1.0000000000000001e-75  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.892874  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>