More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_R0003 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_R0003  16S ribosomal RNA  93.11 
 
 		 1495 bp  2125    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420138 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0049  16S ribosomal RNA  96.76 
 
 		 1363 bp  2345    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000340062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0052  16S ribosomal RNA  96.56 
 
 		 1364 bp  2319    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000418748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0003  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1494 bp  2962    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000504408  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_r1  16S ribosomal RNA  94.85 
 
 		 1509 bp  2351    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0008  16S ribosomal RNA  93.11 
 
 		 1495 bp  2125    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.291877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0003  16S ribosomal RNA  93.26 
 
 		 1495 bp  2099    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0003  16S ribosomal RNA  96.25 
 
 		 1495 bp  2512    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000311763  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0023  16S ribosomal RNA  96.19 
 
 		 1495 bp  2504    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0008  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1494 bp  2962    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00811076  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0008  16S ribosomal RNA  96.25 
 
 		 1495 bp  2512    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00667028  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0048  16S ribosomal RNA  96.59 
 
 		 1494 bp  2557    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000451742  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0053  16S ribosomal RNA  96.59 
 
 		 1494 bp  2557    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000661064  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0033  16S ribosomal RNA  84.64 
 
 		 1548 bp  448  1e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0343433  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0028  16S ribosomal RNA  84.64 
 
 		 1548 bp  448  1e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000495274  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0009  16S ribosomal RNA  84.68 
 
 		 1538 bp  446  1e-123  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0000102294  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0018  16S ribosomal RNA  84.64 
 
 		 1543 bp  448  1e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0074  16S ribosomal RNA  84.64 
 
 		 1548 bp  448  1e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.147433  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0003  16S ribosomal RNA  84.68 
 
 		 1537 bp  446  1e-123  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0000000193245  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0058  16S ribosomal RNA  84.64 
 
 		 1543 bp  448  1e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0063  16S ribosomal RNA  84.64 
 
 		 1543 bp  448  1e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0018  16S ribosomal RNA  84.64 
 
 		 1548 bp  448  1e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00195266  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0073  16S ribosomal RNA  84.64 
 
 		 1543 bp  448  1e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SA  16S ribosomal RNA  84.06 
 
 		 1548 bp  440  1e-121  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0695234  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SB  16S ribosomal RNA  84.06 
 
 		 1548 bp  440  1e-121  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0572203  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0003  16S ribosomal RNA  84.53 
 
 		 1538 bp  438  1e-120  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011323  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0009  16S ribosomal RNA  84.53 
 
 		 1538 bp  438  1e-120  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000000361089  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0011  16S ribosomal RNA  84.26 
 
 		 1548 bp  430  1e-118  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0046  16S ribosomal RNA  84.26 
 
 		 1548 bp  430  1e-118  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000312216  hitchhiker  0.000000195391 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0034  16S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 1543 bp  414  1e-113  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0312454  normal  0.359772 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0054  16S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 1543 bp  414  1e-113  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.526981 
 
 
-
 
NC_006368  lppr01  16S ribosomal RNA  82.59 
 
 		 1509 bp  404  9.999999999999999e-111  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr04  16S ribosomal RNA  82.59 
 
 		 1509 bp  404  9.999999999999999e-111  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr09  16S ribosomal RNA  82.59 
 
 		 1509 bp  404  9.999999999999999e-111  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr01  16S ribosomal RNA  82.59 
 
 		 1509 bp  404  9.999999999999999e-111  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr04  16S ribosomal RNA  82.59 
 
 		 1509 bp  404  9.999999999999999e-111  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr09  16S ribosomal RNA  82.59 
 
 		 1509 bp  404  9.999999999999999e-111  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0018  16S ribosomal RNA  80.98 
 
 		 1585 bp  400  1e-109  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0050  16S ribosomal RNA  80.98 
 
 		 1610 bp  400  1e-109  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.26753  hitchhiker  0.000883361 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0058  16S ribosomal RNA  80.98 
 
 		 1610 bp  400  1e-109  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0063  16S ribosomal RNA  80.98 
 
 		 1610 bp  400  1e-109  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.637645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0019  16S ribosomal RNA  80.98 
 
 		 1586 bp  400  1e-109  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.469042  normal  0.333729 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0052  16S ribosomal RNA  80.98 
 
 		 1586 bp  400  1e-109  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.84843  hitchhiker  0.00924984 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0060  16S ribosomal RNA  80.98 
 
 		 1586 bp  400  1e-109  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0065  16S ribosomal RNA  80.98 
 
 		 1586 bp  400  1e-109  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.473694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0020  16S ribosomal RNA  83.89 
 
 		 1502 bp  402  1e-109  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SA  16S ribosomal RNA  82.43 
 
 		 1518 bp  392  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00652559  hitchhiker  0.0000964592 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SB  16S ribosomal RNA  82.43 
 
 		 1518 bp  392  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SC  16S ribosomal RNA  82.43 
 
 		 1518 bp  392  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0265668  normal  0.0523023 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SE  16S ribosomal RNA  82.43 
 
 		 1518 bp  392  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0197165  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0080  16S ribosomal RNA  82.43 
 
 		 1529 bp  392  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000320741  normal  0.041938 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0058  16S ribosomal RNA  82.43 
 
 		 1529 bp  392  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000207326  normal  0.764569 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0021  16S ribosomal RNA  82.43 
 
 		 1529 bp  392  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000142158  hitchhiker  0.000111868 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0004  16S ribosomal RNA  82.43 
 
 		 1529 bp  392  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000534371  normal  0.567436 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0014  16S ribosomal RNA  82.43 
 
 		 1529 bp  392  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000281309  normal  0.538779 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0102  16S ribosomal RNA  82.43 
 
 		 1529 bp  392  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000475362  normal  0.0274728 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0001  16S ribosomal RNA  82.43 
 
 		 1529 bp  392  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000166692  normal  0.414119 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0001  16S ribosomal RNA  82.43 
 
 		 1549 bp  392  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000584792  normal  0.761928 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0018  16S ribosomal RNA  82.43 
 
 		 1549 bp  392  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000771769  normal  0.359976 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0009  16S ribosomal RNA  82.43 
 
 		 1549 bp  392  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000805602  hitchhiker  0.000585754 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0089  16S ribosomal RNA  82.43 
 
 		 1529 bp  392  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000457884  normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0099  16S ribosomal RNA  82.43 
 
 		 1529 bp  392  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000444541  normal  0.0479849 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0064  16S ribosomal RNA  82.43 
 
 		 1538 bp  392  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000160038  normal  0.787377 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0093  16S ribosomal RNA  82.43 
 
 		 1538 bp  392  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000812377  hitchhiker  0.0037636 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0031  16S ribosomal RNA  82.43 
 
 		 1549 bp  392  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000143019  normal  0.620108 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0013  16S ribosomal RNA  82.43 
 
 		 1529 bp  392  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000882287  hitchhiker  0.00137418 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0006  16S ribosomal RNA  82.43 
 
 		 1529 bp  392  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000203235  hitchhiker  0.00005391 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0095  16S ribosomal RNA  82.43 
 
 		 1529 bp  392  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000226987  hitchhiker  0.00000501486 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0056  16S ribosomal RNA  82.43 
 
 		 1529 bp  392  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000107545  normal  0.412337 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r01  16S ribosomal RNA  82.46 
 
 		 1518 bp  389  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.380261  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r04  16S ribosomal RNA  82.46 
 
 		 1518 bp  389  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00569348  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r07  16S ribosomal RNA  82.46 
 
 		 1518 bp  389  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247431  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r12  16S ribosomal RNA  82.46 
 
 		 1518 bp  389  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.103898  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r15  16S ribosomal RNA  82.46 
 
 		 1518 bp  389  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.011004  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0006  16S ribosomal RNA  82.04 
 
 		 1528 bp  389  1e-105  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000177298  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0052  16S ribosomal RNA  82.46 
 
 		 1525 bp  389  1e-105  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00180214  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0016  16S ribosomal RNA  82.46 
 
 		 1525 bp  389  1e-105  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.70161  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SD  16S ribosomal RNA  82.3 
 
 		 1518 bp  385  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0245595  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SF  16S ribosomal RNA  82.3 
 
 		 1518 bp  385  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.229046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SG  16S ribosomal RNA  82.3 
 
 		 1518 bp  385  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0126603 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0090  16S ribosomal RNA  82.3 
 
 		 1529 bp  385  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000137166  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA13  16S ribosomal RNA  82.05 
 
 		 1538 bp  375  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000640223  normal  0.0141696 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA4  16S ribosomal RNA  82.05 
 
 		 1538 bp  375  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0210262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0069  16S ribosomal RNA  82.03 
 
 		 1547 bp  369  2e-99  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000561178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0074  16S ribosomal RNA  82.03 
 
 		 1547 bp  369  2e-99  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.18727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0014  16S ribosomal RNA  82.03 
 
 		 1547 bp  369  2e-99  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0215019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0064  16S ribosomal RNA  82.03 
 
 		 1547 bp  369  2e-99  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000356751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0059  16S ribosomal RNA  82.03 
 
 		 1547 bp  369  2e-99  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00900498  hitchhiker  0.000470771 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA52  16S ribosomal RNA  81.92 
 
 		 1538 bp  367  6e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  0.412954 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R12  16S ribosomal RNA  81.92 
 
 		 1527 bp  367  6e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000170255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R41  16S ribosomal RNA  81.92 
 
 		 1527 bp  367  6e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000365903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R60  16S ribosomal RNA  81.92 
 
 		 1527 bp  367  6e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000806455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R81  16S ribosomal RNA  81.92 
 
 		 1527 bp  367  6e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000231997  normal  0.0102575 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R94  16S ribosomal RNA  81.92 
 
 		 1527 bp  367  6e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000210152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0013  16S ribosomal RNA  82.16 
 
 		 1495 bp  367  6e-99  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000161102  normal  0.413867 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0043  16S ribosomal RNA  82.16 
 
 		 1534 bp  367  6e-99  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000126976  normal  0.0100443 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0009  16S ribosomal RNA  82.83 
 
 		 1465 bp  365  2e-98  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_rrsVIMSS1309398  16S ribosomal RNA  82.83 
 
 		 1498 bp  365  2e-98  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_rrsVIMSS1309386  16S ribosomal RNA  82.83 
 
 		 1465 bp  365  2e-98  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA74  16S ribosomal RNA  81.78 
 
 		 1538 bp  359  2e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000835671  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>