More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_R0007 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  Gs16SA  16S ribosomal RNA  86.23 
 
 		 1548 bp  1009    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0695234  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SB  16S ribosomal RNA  86.23 
 
 		 1548 bp  1009    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0572203  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SA  16S ribosomal RNA  87.17 
 
 		 1518 bp  1419    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00652559  hitchhiker  0.0000964592 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SB  16S ribosomal RNA  87.17 
 
 		 1518 bp  1419    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SC  16S ribosomal RNA  87.11 
 
 		 1518 bp  1411    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0265668  normal  0.0523023 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SD  16S ribosomal RNA  87.11 
 
 		 1518 bp  1411    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0245595  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SE  16S ribosomal RNA  87.11 
 
 		 1518 bp  1411    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0197165  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SF  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1518 bp  1404    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.229046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SG  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1518 bp  1404    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0126603 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SA  16S ribosomal RNA  88.9 
 
 		 1473 bp  1538    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00145569  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SB  16S ribosomal RNA  88.9 
 
 		 1473 bp  1538    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000158044  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0034  16S ribosomal RNA  87.43 
 
 		 1514 bp  1178    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0043  16S ribosomal RNA  85.76 
 
 		 1512 bp  1179    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0049  16S ribosomal RNA  87.28 
 
 		 1514 bp  1172    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.464241  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0339  16S ribosomal RNA  85.76 
 
 		 1512 bp  1179    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0345  16S ribosomal RNA  87.28 
 
 		 1514 bp  1172    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0556  16S ribosomal RNA  85.76 
 
 		 1512 bp  1179    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0562  16S ribosomal RNA  87.28 
 
 		 1514 bp  1172    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1609  16S ribosomal RNA  85.89 
 
 		 1512 bp  1185    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.48618  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3907  16S ribosomal RNA  85.76 
 
 		 1512 bp  1179    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r01  16S ribosomal RNA  86.65 
 
 		 1518 bp  1376    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.380261  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r04  16S ribosomal RNA  86.65 
 
 		 1518 bp  1376    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00569348  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r07  16S ribosomal RNA  86.65 
 
 		 1518 bp  1376    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247431  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r12  16S ribosomal RNA  86.65 
 
 		 1518 bp  1376    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.103898  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r15  16S ribosomal RNA  86.65 
 
 		 1518 bp  1376    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.011004  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr01  16S ribosomal RNA  86.81 
 
 		 1509 bp  1370    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr04  16S ribosomal RNA  86.81 
 
 		 1509 bp  1370    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr09  16S ribosomal RNA  86.81 
 
 		 1509 bp  1370    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr01  16S ribosomal RNA  86.88 
 
 		 1509 bp  1378    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr04  16S ribosomal RNA  86.88 
 
 		 1509 bp  1378    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr09  16S ribosomal RNA  86.94 
 
 		 1509 bp  1386    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA13  16S ribosomal RNA  87.32 
 
 		 1538 bp  1465    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000640223  normal  0.0141696 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA4  16S ribosomal RNA  87.32 
 
 		 1538 bp  1465    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0210262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA52  16S ribosomal RNA  87.25 
 
 		 1538 bp  1457    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  0.412954 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA74  16S ribosomal RNA  87.19 
 
 		 1538 bp  1449    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000835671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA83  16S ribosomal RNA  87.25 
 
 		 1538 bp  1457    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000117688  normal  0.027265 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0018  16S ribosomal RNA  86.53 
 
 		 1585 bp  1294    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0050  16S ribosomal RNA  86.53 
 
 		 1610 bp  1294    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.26753  hitchhiker  0.000883361 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0058  16S ribosomal RNA  86.53 
 
 		 1610 bp  1294    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0063  16S ribosomal RNA  86.53 
 
 		 1610 bp  1294    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.637645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0009  16S ribosomal RNA  83.73 
 
 		 1503 bp  1003    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  unclonable  0.00000000257641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0041  16S ribosomal RNA  83.73 
 
 		 1510 bp  1003    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000268779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0010  16S ribosomal RNA  89.08 
 
 		 1491 bp  1629    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000216125  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0028  16S ribosomal RNA  89.08 
 
 		 1491 bp  1629    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0022269  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R1  16S ribosomal RNA  87.52 
 
 		 1527 bp  1437    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000539443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R12  16S ribosomal RNA  87.52 
 
 		 1527 bp  1437    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000170255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R41  16S ribosomal RNA  87.52 
 
 		 1527 bp  1437    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000365903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R60  16S ribosomal RNA  87.52 
 
 		 1527 bp  1437    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000806455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R81  16S ribosomal RNA  87.52 
 
 		 1527 bp  1437    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000231997  normal  0.0102575 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R94  16S ribosomal RNA  87.52 
 
 		 1527 bp  1437    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000210152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_CR0084  16S ribosomal RNA  85.09 
 
 		 1480 bp  811    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000351388  normal  0.142421 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0011  16S ribosomal RNA  85.09 
 
 		 1480 bp  811    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000494672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0025  16S ribosomal RNA  85.19 
 
 		 1480 bp  819    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000404244  normal  0.998912 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0011  16S ribosomal RNA  85.73 
 
 		 1548 bp  961    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0046  16S ribosomal RNA  85.73 
 
 		 1548 bp  961    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000312216  hitchhiker  0.000000195391 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0038  16S ribosomal RNA  86.14 
 
 		 1491 bp  1070    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000864904  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0045  16S ribosomal RNA  86.14 
 
 		 1491 bp  1070    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00346464  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0053  16S ribosomal RNA  86.14 
 
 		 1491 bp  1070    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000201354  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0011  16S ribosomal RNA  85.7 
 
 		 1542 bp  850    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0038  16S ribosomal RNA  85.7 
 
 		 1542 bp  850    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.106997  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0013  16S ribosomal RNA  87.66 
 
 		 1495 bp  1263    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000161102  normal  0.413867 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0043  16S ribosomal RNA  87.76 
 
 		 1534 bp  1300    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000126976  normal  0.0100443 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0002  16S ribosomal RNA  84.16 
 
 		 1466 bp  989    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000162067  normal  0.428716 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0057  16S ribosomal RNA  84.16 
 
 		 1466 bp  989    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000060523  normal  0.534107 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0044  16S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 1528 bp  811    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.256781  normal  0.169307 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0001  16S ribosomal RNA  88.19 
 
 		 1474 bp  1479    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00116207  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0011  16S ribosomal RNA  88.19 
 
 		 1474 bp  1479    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000297324  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0055  16S ribosomal RNA  88.19 
 
 		 1474 bp  1479    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000172207  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0079  16S ribosomal RNA  88.19 
 
 		 1474 bp  1479    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000533753  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0087  16S ribosomal RNA  88.19 
 
 		 1474 bp  1479    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00118916  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0019  16S ribosomal RNA  86.59 
 
 		 1586 bp  1296    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.469042  normal  0.333729 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0052  16S ribosomal RNA  86.59 
 
 		 1586 bp  1296    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.84843  hitchhiker  0.00924984 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0060  16S ribosomal RNA  86.59 
 
 		 1586 bp  1296    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0065  16S ribosomal RNA  86.59 
 
 		 1586 bp  1296    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.473694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0054  16S ribosomal RNA  84.85 
 
 		 1527 bp  989    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00023003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0064  16S ribosomal RNA  84.85 
 
 		 1527 bp  989    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000114469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0070  16S ribosomal RNA  84.85 
 
 		 1527 bp  989    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000020982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0075  16S ribosomal RNA  84.85 
 
 		 1527 bp  989    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000293987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0001  16S ribosomal RNA  87.6 
 
 		 1531 bp  1257    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000169923  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0008  16S ribosomal RNA  87.6 
 
 		 1531 bp  1257    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00208216  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0016  16S ribosomal RNA  87.67 
 
 		 1531 bp  1265    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000811527  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0023  16S ribosomal RNA  87.67 
 
 		 1531 bp  1265    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000872665  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0083  16S ribosomal RNA  87.67 
 
 		 1531 bp  1265    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000766341  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0004  16S ribosomal RNA  92.31 
 
 		 1532 bp  1788    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000674395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0009  16S ribosomal RNA  92.39 
 
 		 1532 bp  1796    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0161785  normal  0.0703142 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08570  16S ribosomal RNA  86.79 
 
 		 1526 bp  1390    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0337059  hitchhiker  0.00000000146404 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55637  16S ribosomal RNA  86.79 
 
 		 1526 bp  1390    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00734417  normal  0.40979 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62090  16S ribosomal RNA  86.79 
 
 		 1526 bp  1390    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.116263  normal  0.0197607 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70910  16S ribosomal RNA  86.79 
 
 		 1526 bp  1390    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.135781 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0013  16S ribosomal RNA  83.66 
 
 		 1555 bp  829    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000280692  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0051  16S ribosomal RNA  83.59 
 
 		 1555 bp  821    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000203426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0021  16S ribosomal RNA  85.32 
 
 		 1551 bp  809    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000868141  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0032  16S ribosomal RNA  85.32 
 
 		 1551 bp  809    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00001675  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0054  16S ribosomal RNA  85.32 
 
 		 1551 bp  809    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000668462  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0064  16S ribosomal RNA  85.32 
 
 		 1551 bp  809    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000106886  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0001  16S ribosomal RNA  90.59 
 
 		 1537 bp  825    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00518638  normal  0.485409 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0004  16S ribosomal RNA  90.59 
 
 		 1537 bp  825    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000279849  hitchhiker  0.00471183 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0014  16S ribosomal RNA  90.59 
 
 		 1537 bp  825    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000324534  normal  0.0910098 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0019  16S ribosomal RNA  90.59 
 
 		 1537 bp  825    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000962307  normal  0.557456 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0022  16S ribosomal RNA  90.59 
 
 		 1537 bp  825    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00001194  unclonable  0.0000109151 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>