More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA_Mc16SB on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_r00001  16S ribosomal RNA  86.4 
 
 
1542 bp  1328    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.01898  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00006  16S ribosomal RNA  86.33 
 
 
1542 bp  1320    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0446208  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00010  16S ribosomal RNA  86.2 
 
 
1542 bp  1304    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00367496  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00011  16S ribosomal RNA  86.33 
 
 
1542 bp  1320    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0360816  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00014  16S ribosomal RNA  86.2 
 
 
1542 bp  1304    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0514001  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00017  16S ribosomal RNA  86.2 
 
 
1542 bp  1304    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0241491  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00020  16S ribosomal RNA  86.33 
 
 
1542 bp  1320    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0158539  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0003  16S ribosomal RNA  86.44 
 
 
1530 bp  1330    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000874227  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0027  16S ribosomal RNA  86.5 
 
 
1530 bp  1338    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000160494  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0078  16S ribosomal RNA  86.03 
 
 
1530 bp  1283    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000571707  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0090  16S ribosomal RNA  86.3 
 
 
1530 bp  1314    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000103004  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0098  16S ribosomal RNA  86.3 
 
 
1530 bp  1314    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000143523  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0103  16S ribosomal RNA  86.23 
 
 
1530 bp  1306    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00308735  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0113  16S ribosomal RNA  86.37 
 
 
1530 bp  1322    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000562425  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SA  16S ribosomal RNA  88.71 
 
 
1518 bp  1558    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00652559  hitchhiker  0.0000964592 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SB  16S ribosomal RNA  88.71 
 
 
1518 bp  1558    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SC  16S ribosomal RNA  88.65 
 
 
1518 bp  1550    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0265668  normal  0.0523023 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SD  16S ribosomal RNA  88.72 
 
 
1518 bp  1544    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0245595  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SE  16S ribosomal RNA  88.65 
 
 
1518 bp  1550    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0197165  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SF  16S ribosomal RNA  88.58 
 
 
1518 bp  1542    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.229046  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SG  16S ribosomal RNA  88.58 
 
 
1518 bp  1542    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0126603 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SA  16S ribosomal RNA  100 
 
 
1473 bp  2920    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00145569  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SB  16S ribosomal RNA  100 
 
 
1473 bp  2920    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000158044  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0043  16S ribosomal RNA  86.35 
 
 
1512 bp  1255    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0339  16S ribosomal RNA  86.35 
 
 
1512 bp  1255    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0556  16S ribosomal RNA  86.35 
 
 
1512 bp  1255    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1609  16S ribosomal RNA  86.35 
 
 
1512 bp  1255    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.48618  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3907  16S ribosomal RNA  86.35 
 
 
1512 bp  1255    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r01  16S ribosomal RNA  88.95 
 
 
1518 bp  1588    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.380261  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r04  16S ribosomal RNA  88.95 
 
 
1518 bp  1588    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00569348  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r07  16S ribosomal RNA  88.95 
 
 
1518 bp  1588    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247431  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r12  16S ribosomal RNA  88.95 
 
 
1518 bp  1588    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.103898  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r15  16S ribosomal RNA  88.95 
 
 
1518 bp  1588    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.011004  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr01  16S ribosomal RNA  87.83 
 
 
1509 bp  1459    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr04  16S ribosomal RNA  87.83 
 
 
1509 bp  1459    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr09  16S ribosomal RNA  87.76 
 
 
1509 bp  1451    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr01  16S ribosomal RNA  87.76 
 
 
1509 bp  1451    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr04  16S ribosomal RNA  87.83 
 
 
1509 bp  1459    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr09  16S ribosomal RNA  87.55 
 
 
1509 bp  1459    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA13  16S ribosomal RNA  88.63 
 
 
1538 bp  1580    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000640223  normal  0.0141696 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA4  16S ribosomal RNA  88.63 
 
 
1538 bp  1580    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0210262  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA52  16S ribosomal RNA  88.57 
 
 
1538 bp  1572    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  0.412954 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA74  16S ribosomal RNA  88.5 
 
 
1538 bp  1564    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000835671  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA83  16S ribosomal RNA  88.7 
 
 
1538 bp  1588    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000117688  normal  0.027265 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0018  16S ribosomal RNA  86.83 
 
 
1585 bp  1316    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0050  16S ribosomal RNA  86.83 
 
 
1610 bp  1316    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.26753  hitchhiker  0.000883361 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0058  16S ribosomal RNA  86.83 
 
 
1610 bp  1316    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0063  16S ribosomal RNA  86.83 
 
 
1610 bp  1316    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.637645  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0010  16S ribosomal RNA  89.54 
 
 
1491 bp  1681    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000216125  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0028  16S ribosomal RNA  89.54 
 
 
1491 bp  1681    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0022269  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R1  16S ribosomal RNA  89.13 
 
 
1527 bp  1530    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000539443  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R12  16S ribosomal RNA  88.99 
 
 
1527 bp  1515    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000170255  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R41  16S ribosomal RNA  88.99 
 
 
1527 bp  1515    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000365903  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R60  16S ribosomal RNA  88.99 
 
 
1527 bp  1515    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000806455  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R81  16S ribosomal RNA  88.99 
 
 
1527 bp  1515    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000231997  normal  0.0102575 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R94  16S ribosomal RNA  88.99 
 
 
1527 bp  1515    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000210152  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_CR0084  16S ribosomal RNA  86.53 
 
 
1480 bp  1257    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000351388  normal  0.142421 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0011  16S ribosomal RNA  86.46 
 
 
1480 bp  1249    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000494672  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0015  16S ribosomal RNA  86.6 
 
 
1480 bp  1265    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000646037  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0025  16S ribosomal RNA  86.46 
 
 
1480 bp  1249    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000404244  normal  0.998912 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0075  16S ribosomal RNA  86.46 
 
 
1480 bp  1249    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000694489  normal  0.331028 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_BR0001  16S ribosomal RNA  86.6 
 
 
1480 bp  1265    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000508168  normal  0.804592 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0013  16S ribosomal RNA  89.27 
 
 
1495 bp  1392    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000161102  normal  0.413867 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0043  16S ribosomal RNA  89.27 
 
 
1534 bp  1392    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000126976  normal  0.0100443 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0001  16S ribosomal RNA  88.71 
 
 
1474 bp  1558    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00116207  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0011  16S ribosomal RNA  88.71 
 
 
1474 bp  1558    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000297324  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0055  16S ribosomal RNA  88.71 
 
 
1474 bp  1558    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000172207  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0079  16S ribosomal RNA  88.71 
 
 
1474 bp  1558    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000533753  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0087  16S ribosomal RNA  88.71 
 
 
1474 bp  1558    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00118916  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0019  16S ribosomal RNA  86.86 
 
 
1586 bp  1324    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.469042  normal  0.333729 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0052  16S ribosomal RNA  86.86 
 
 
1586 bp  1324    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.84843  hitchhiker  0.00924984 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0060  16S ribosomal RNA  86.86 
 
 
1586 bp  1324    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0065  16S ribosomal RNA  86.86 
 
 
1586 bp  1324    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.473694  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0002  16S ribosomal RNA  86.37 
 
 
1526 bp  1316    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000139239  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0040  16S ribosomal RNA  86.18 
 
 
1527 bp  1287    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000422035  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0055  16S ribosomal RNA  86.31 
 
 
1526 bp  1308    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000262376  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0066  16S ribosomal RNA  86.18 
 
 
1527 bp  1287    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000961074  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_R0071  16S ribosomal RNA  86.37 
 
 
1526 bp  1316    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000358619  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0083  16S ribosomal RNA  86.31 
 
 
1526 bp  1308    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000003607  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0004  16S ribosomal RNA  91.37 
 
 
1532 bp  1602    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000674395  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0009  16S ribosomal RNA  91.29 
 
 
1532 bp  1594    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0161785  normal  0.0703142 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0003  16S ribosomal RNA  86.17 
 
 
1526 bp  1292    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000145483  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0007  16S ribosomal RNA  86.24 
 
 
1526 bp  1300    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.000000074395  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0017  16S ribosomal RNA  86.24 
 
 
1526 bp  1300    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000179112  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0067  16S ribosomal RNA  86.24 
 
 
1526 bp  1300    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.0000000751539  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_R0084  16S ribosomal RNA  86.17 
 
 
1526 bp  1292    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.0000000608912  normal  0.0264011 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_R0090  16S ribosomal RNA  86.17 
 
 
1526 bp  1292    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000114709  normal  0.794618 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08570  16S ribosomal RNA  89.56 
 
 
1526 bp  1584    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0337059  hitchhiker  0.00000000146404 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55637  16S ribosomal RNA  89.56 
 
 
1526 bp  1584    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00734417  normal  0.40979 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62090  16S ribosomal RNA  89.56 
 
 
1526 bp  1584    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.116263  normal  0.0197607 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70910  16S ribosomal RNA  89.56 
 
 
1526 bp  1584    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.135781 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0003  16S ribosomal RNA  86.43 
 
 
1536 bp  1328    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000117489  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0007  16S ribosomal RNA  86.36 
 
 
1536 bp  1320    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000560463  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0016  16S ribosomal RNA  86.36 
 
 
1536 bp  1320    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000000390781  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0065  16S ribosomal RNA  86.36 
 
 
1536 bp  1320    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000935197  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_R0081  16S ribosomal RNA  86.74 
 
 
1478 bp  1281    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000115486  normal  0.0218853 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_R0082  16S ribosomal RNA  86.67 
 
 
1478 bp  1273    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000337138  normal  0.0111555 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0130  16S ribosomal RNA  86.04 
 
 
1555 bp  1241    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0100831  normal  0.116315 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0006  16S ribosomal RNA  88.69 
 
 
1533 bp  1572    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000147722  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0016  16S ribosomal RNA  88.9 
 
 
1533 bp  1596    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000272502  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>