More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_R0028 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  Gs16SA  16S ribosomal RNA  86.02 
 
 		 1548 bp  991    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0695234  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SB  16S ribosomal RNA  86.02 
 
 		 1548 bp  991    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0572203  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SA  16S ribosomal RNA  88.51 
 
 		 1518 bp  1346    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00652559  hitchhiker  0.0000964592 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SB  16S ribosomal RNA  88.51 
 
 		 1518 bp  1346    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SC  16S ribosomal RNA  88.43 
 
 		 1518 bp  1338    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0265668  normal  0.0523023 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SD  16S ribosomal RNA  88.36 
 
 		 1518 bp  1330    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0245595  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SE  16S ribosomal RNA  88.43 
 
 		 1518 bp  1338    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0197165  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SF  16S ribosomal RNA  88.36 
 
 		 1518 bp  1330    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.229046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SG  16S ribosomal RNA  88.36 
 
 		 1518 bp  1330    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0126603 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SA  16S ribosomal RNA  89.54 
 
 		 1473 bp  1681    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00145569  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SB  16S ribosomal RNA  89.54 
 
 		 1473 bp  1681    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000158044  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0034  16S ribosomal RNA  85.89 
 
 		 1514 bp  999    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0043  16S ribosomal RNA  85.89 
 
 		 1512 bp  999    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0049  16S ribosomal RNA  85.89 
 
 		 1514 bp  999    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.464241  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0339  16S ribosomal RNA  85.89 
 
 		 1512 bp  999    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0345  16S ribosomal RNA  85.89 
 
 		 1514 bp  999    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0556  16S ribosomal RNA  85.89 
 
 		 1512 bp  999    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0562  16S ribosomal RNA  85.89 
 
 		 1514 bp  999    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1609  16S ribosomal RNA  85.89 
 
 		 1512 bp  999    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.48618  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3907  16S ribosomal RNA  85.89 
 
 		 1512 bp  999    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r01  16S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 1518 bp  1340    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.380261  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r04  16S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 1518 bp  1340    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00569348  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r07  16S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 1518 bp  1340    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247431  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r12  16S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 1518 bp  1340    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.103898  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r15  16S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 1518 bp  1340    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.011004  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr01  16S ribosomal RNA  87.02 
 
 		 1509 bp  1384    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr04  16S ribosomal RNA  87.02 
 
 		 1509 bp  1384    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr09  16S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 1509 bp  1376    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr01  16S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 1509 bp  1376    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr04  16S ribosomal RNA  87.02 
 
 		 1509 bp  1384    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr09  16S ribosomal RNA  87.02 
 
 		 1509 bp  1384    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA13  16S ribosomal RNA  87.13 
 
 		 1538 bp  1392    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000640223  normal  0.0141696 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA4  16S ribosomal RNA  87.13 
 
 		 1538 bp  1392    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0210262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA52  16S ribosomal RNA  87.06 
 
 		 1538 bp  1384    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  0.412954 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA74  16S ribosomal RNA  87 
 
 		 1538 bp  1376    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000835671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA83  16S ribosomal RNA  87.2 
 
 		 1538 bp  1400    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000117688  normal  0.027265 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0018  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 		 1585 bp  1090    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0050  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 		 1610 bp  1090    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.26753  hitchhiker  0.000883361 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0058  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 		 1610 bp  1090    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0063  16S ribosomal RNA  86.42 
 
 		 1610 bp  1090    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.637645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0002  16S ribosomal RNA  85.75 
 
 		 1530 bp  997    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000222771  normal  0.994531 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0018  16S ribosomal RNA  85.75 
 
 		 1530 bp  997    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.27678e-17  normal  0.639812 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0027  16S ribosomal RNA  85.75 
 
 		 1530 bp  997    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  6.8382e-16  unclonable  0.000000115774 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0039  16S ribosomal RNA  85.75 
 
 		 1530 bp  997    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.88908e-17  normal  0.953363 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0009  16S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 1503 bp  969    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  unclonable  0.00000000257641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0041  16S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 1510 bp  969    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000268779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0010  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1491 bp  2956    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000216125  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0028  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1491 bp  2956    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0022269  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R1  16S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 1527 bp  1326    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000539443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R12  16S ribosomal RNA  88.3 
 
 		 1527 bp  1310    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000170255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R41  16S ribosomal RNA  88.3 
 
 		 1527 bp  1310    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000365903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R60  16S ribosomal RNA  88.3 
 
 		 1527 bp  1310    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000806455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R81  16S ribosomal RNA  88.3 
 
 		 1527 bp  1310    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000231997  normal  0.0102575 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R94  16S ribosomal RNA  88.3 
 
 		 1527 bp  1310    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000210152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_CR0084  16S ribosomal RNA  85.57 
 
 		 1480 bp  779    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000351388  normal  0.142421 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0011  16S ribosomal RNA  85.67 
 
 		 1480 bp  787    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000494672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0025  16S ribosomal RNA  85.67 
 
 		 1480 bp  787    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000404244  normal  0.998912 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0011  16S ribosomal RNA  86.37 
 
 		 1548 bp  1029    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0046  16S ribosomal RNA  86.37 
 
 		 1548 bp  1029    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000312216  hitchhiker  0.000000195391 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0001  16S ribosomal RNA  84.17 
 
 		 1519 bp  811    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0020  16S ribosomal RNA  84.17 
 
 		 1504 bp  811    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0056  16S ribosomal RNA  84.17 
 
 		 1489 bp  811    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0079  16S ribosomal RNA  84.09 
 
 		 1501 bp  803    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0038  16S ribosomal RNA  84.31 
 
 		 1491 bp  876    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000864904  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0045  16S ribosomal RNA  84.31 
 
 		 1491 bp  876    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00346464  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0053  16S ribosomal RNA  84.31 
 
 		 1491 bp  876    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000201354  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0012  16S ribosomal RNA  83.56 
 
 		 1529 bp  934    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000403377  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0012  16S ribosomal RNA  84.51 
 
 		 1555 bp  846    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000489495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1096  16S ribosomal RNA  85.57 
 
 		 1488 bp  779    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000000366435  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2898  16S ribosomal RNA  85.57 
 
 		 1488 bp  779    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000172238  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3095  16S ribosomal RNA  85.57 
 
 		 1488 bp  779    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000000377181  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0011  16S ribosomal RNA  85.63 
 
 		 1542 bp  989    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0038  16S ribosomal RNA  85.63 
 
 		 1542 bp  989    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.106997  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0013  16S ribosomal RNA  87.59 
 
 		 1495 bp  1239    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000161102  normal  0.413867 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0043  16S ribosomal RNA  87.59 
 
 		 1534 bp  1239    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000126976  normal  0.0100443 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0002  16S ribosomal RNA  86.99 
 
 		 1466 bp  1104    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000162067  normal  0.428716 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0057  16S ribosomal RNA  86.99 
 
 		 1466 bp  1104    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000060523  normal  0.534107 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0001  16S ribosomal RNA  87.49 
 
 		 1474 bp  957    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00116207  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0011  16S ribosomal RNA  87.49 
 
 		 1474 bp  957    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000297324  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0055  16S ribosomal RNA  87.49 
 
 		 1474 bp  957    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000172207  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0079  16S ribosomal RNA  87.49 
 
 		 1474 bp  957    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000533753  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0087  16S ribosomal RNA  87.49 
 
 		 1474 bp  957    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00118916  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0019  16S ribosomal RNA  85.93 
 
 		 1586 bp  1070    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.469042  normal  0.333729 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0052  16S ribosomal RNA  85.93 
 
 		 1586 bp  1070    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.84843  hitchhiker  0.00924984 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0060  16S ribosomal RNA  85.93 
 
 		 1586 bp  1070    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0065  16S ribosomal RNA  85.93 
 
 		 1586 bp  1070    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.473694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0054  16S ribosomal RNA  85.49 
 
 		 1527 bp  930    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00023003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0064  16S ribosomal RNA  85.49 
 
 		 1527 bp  930    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000114469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0070  16S ribosomal RNA  85.49 
 
 		 1527 bp  930    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000020982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0075  16S ribosomal RNA  85.49 
 
 		 1527 bp  930    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000293987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0002  16S ribosomal RNA  85.67 
 
 		 1526 bp  787    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000139239  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0055  16S ribosomal RNA  85.57 
 
 		 1526 bp  779    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000262376  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_R0071  16S ribosomal RNA  85.67 
 
 		 1526 bp  787    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000358619  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0083  16S ribosomal RNA  85.57 
 
 		 1526 bp  779    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000003607  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0001  16S ribosomal RNA  85.1 
 
 		 1531 bp  989    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000169923  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0008  16S ribosomal RNA  85.1 
 
 		 1531 bp  989    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00208216  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0016  16S ribosomal RNA  85.02 
 
 		 1531 bp  981    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000811527  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0023  16S ribosomal RNA  85.02 
 
 		 1531 bp  981    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000872665  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0083  16S ribosomal RNA  85.02 
 
 		 1531 bp  981    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000766341  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0004  16S ribosomal RNA  88.98 
 
 		 1532 bp  1645    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000674395  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>