More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_16SB on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_r00010  16S ribosomal RNA  86.85 
 
 
1542 bp  1366    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00367496  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SA  16S ribosomal RNA  100 
 
 
1518 bp  3009    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00652559  hitchhiker  0.0000964592 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SB  16S ribosomal RNA  100 
 
 
1518 bp  3009    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SC  16S ribosomal RNA  99.93 
 
 
1518 bp  3001    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0265668  normal  0.0523023 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SD  16S ribosomal RNA  99.8 
 
 
1518 bp  2985    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0245595  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SE  16S ribosomal RNA  99.93 
 
 
1518 bp  3001    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0197165  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SF  16S ribosomal RNA  99.87 
 
 
1518 bp  2993    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.229046  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SG  16S ribosomal RNA  99.87 
 
 
1518 bp  2993    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0126603 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SA  16S ribosomal RNA  88.71 
 
 
1473 bp  1558    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00145569  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SB  16S ribosomal RNA  88.71 
 
 
1473 bp  1558    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000158044  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0034  16S ribosomal RNA  89.39 
 
 
1514 bp  1453    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0043  16S ribosomal RNA  88.15 
 
 
1512 bp  1467    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0049  16S ribosomal RNA  89.24 
 
 
1514 bp  1447    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.464241  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0339  16S ribosomal RNA  88.15 
 
 
1512 bp  1467    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0345  16S ribosomal RNA  89.24 
 
 
1514 bp  1447    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0556  16S ribosomal RNA  88.15 
 
 
1512 bp  1467    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0562  16S ribosomal RNA  89.24 
 
 
1514 bp  1447    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1609  16S ribosomal RNA  88.29 
 
 
1512 bp  1473    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.48618  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3907  16S ribosomal RNA  88.15 
 
 
1512 bp  1467    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r007  16S ribosomal RNA  86.66 
 
 
1529 bp  1360    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r012  16S ribosomal RNA  86.66 
 
 
1529 bp  1360    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r015  16S ribosomal RNA  86.85 
 
 
1529 bp  1374    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r018  16S ribosomal RNA  86.66 
 
 
1529 bp  1360    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r024  16S ribosomal RNA  86.66 
 
 
1529 bp  1360    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r01  16S ribosomal RNA  96.7 
 
 
1518 bp  2595    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.380261  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r04  16S ribosomal RNA  96.7 
 
 
1518 bp  2595    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00569348  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r07  16S ribosomal RNA  96.7 
 
 
1518 bp  2595    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247431  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r12  16S ribosomal RNA  96.7 
 
 
1518 bp  2595    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.103898  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r15  16S ribosomal RNA  96.7 
 
 
1518 bp  2595    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.011004  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr01  16S ribosomal RNA  89.03 
 
 
1509 bp  1457    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr04  16S ribosomal RNA  89.03 
 
 
1509 bp  1457    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr09  16S ribosomal RNA  89.11 
 
 
1509 bp  1465    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr01  16S ribosomal RNA  89.11 
 
 
1509 bp  1465    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr04  16S ribosomal RNA  89.11 
 
 
1509 bp  1465    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr09  16S ribosomal RNA  89.18 
 
 
1509 bp  1473    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA13  16S ribosomal RNA  97.43 
 
 
1538 bp  2688    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000640223  normal  0.0141696 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA4  16S ribosomal RNA  97.43 
 
 
1538 bp  2688    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0210262  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA52  16S ribosomal RNA  97.37 
 
 
1538 bp  2680    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  0.412954 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA74  16S ribosomal RNA  97.3 
 
 
1538 bp  2672    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000835671  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA83  16S ribosomal RNA  97.37 
 
 
1538 bp  2680    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000117688  normal  0.027265 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R1  16S ribosomal RNA  98.09 
 
 
1527 bp  2779    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000539443  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R12  16S ribosomal RNA  98.09 
 
 
1527 bp  2779    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000170255  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R41  16S ribosomal RNA  98.09 
 
 
1527 bp  2779    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000365903  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R60  16S ribosomal RNA  98.09 
 
 
1527 bp  2779    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000806455  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R81  16S ribosomal RNA  98.09 
 
 
1527 bp  2779    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000231997  normal  0.0102575 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R94  16S ribosomal RNA  98.09 
 
 
1527 bp  2779    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000210152  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0013  16S ribosomal RNA  90.5 
 
 
1495 bp  1798    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000161102  normal  0.413867 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0043  16S ribosomal RNA  90.54 
 
 
1534 bp  1838    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000126976  normal  0.0100443 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0001  16S ribosomal RNA  88.01 
 
 
1535 bp  1570    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000556781  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0007  16S ribosomal RNA  88.07 
 
 
1535 bp  1578    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000706702  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0015  16S ribosomal RNA  88.28 
 
 
1535 bp  1588    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000120948  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0044  16S ribosomal RNA  88.2 
 
 
1533 bp  1588    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000361532  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0107  16S ribosomal RNA  88.01 
 
 
1535 bp  1570    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000137166  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0119  16S ribosomal RNA  88.2 
 
 
1533 bp  1588    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133633  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0122  16S ribosomal RNA  88.14 
 
 
1535 bp  1586    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0472105  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0127  16S ribosomal RNA  88.21 
 
 
1535 bp  1580    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.015081  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0001  16S ribosomal RNA  87.84 
 
 
1474 bp  1453    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00116207  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0011  16S ribosomal RNA  87.84 
 
 
1474 bp  1453    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000297324  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0055  16S ribosomal RNA  87.84 
 
 
1474 bp  1453    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000172207  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0079  16S ribosomal RNA  87.84 
 
 
1474 bp  1453    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000533753  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0087  16S ribosomal RNA  87.84 
 
 
1474 bp  1453    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00118916  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0001  16S ribosomal RNA  88.33 
 
 
1535 bp  1507    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000282718  hitchhiker  0.000910883 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0007  16S ribosomal RNA  87.71 
 
 
1535 bp  1489    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000150491  normal  0.406366 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0016  16S ribosomal RNA  87.52 
 
 
1535 bp  1465    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00201681  hitchhiker  0.0000000136741 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0071  16S ribosomal RNA  87.67 
 
 
1535 bp  1509    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00148247  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0123  16S ribosomal RNA  87.39 
 
 
1535 bp  1449    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0163335  normal  0.34966 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0132  16S ribosomal RNA  87.52 
 
 
1535 bp  1465    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0261242  normal  0.0671955 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0136  16S ribosomal RNA  87.71 
 
 
1535 bp  1489    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000885648  hitchhiker  0.000140032 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0140  16S ribosomal RNA  87.52 
 
 
1535 bp  1465    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00248839  normal  0.547637 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0143  16S ribosomal RNA  88.26 
 
 
1535 bp  1499    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000577207  normal  0.0309772 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0001  16S ribosomal RNA  87.28 
 
 
1535 bp  1461    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00134291  hitchhiker  0.00347665 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0007  16S ribosomal RNA  87.71 
 
 
1535 bp  1489    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0064778  normal  0.0127919 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0016  16S ribosomal RNA  88 
 
 
1535 bp  1548    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00459376  normal  0.131368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0020  16S ribosomal RNA  88.24 
 
 
1535 bp  1471    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000189863  hitchhiker  0.00241785 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0026  16S ribosomal RNA  87.25 
 
 
1535 bp  1433    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0396739  normal  0.0702195 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0071  16S ribosomal RNA  87.96 
 
 
1535 bp  1439    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00107251  normal  0.159667 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0123  16S ribosomal RNA  87.65 
 
 
1535 bp  1481    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00322133  normal  0.530607 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0141  16S ribosomal RNA  87.58 
 
 
1535 bp  1473    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00125257  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0144  16S ribosomal RNA  87.75 
 
 
1535 bp  1415    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0816172  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0004  16S ribosomal RNA  90.09 
 
 
1532 bp  1513    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000674395  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0009  16S ribosomal RNA  90.09 
 
 
1532 bp  1513    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0161785  normal  0.0703142 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0001  16S ribosomal RNA  87.75 
 
 
1535 bp  1503    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000442431  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0004  16S ribosomal RNA  87.68 
 
 
1535 bp  1495    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000248814  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0013  16S ribosomal RNA  87.75 
 
 
1535 bp  1503    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000146432  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0027  16S ribosomal RNA  87.75 
 
 
1535 bp  1503    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000222685  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0030  16S ribosomal RNA  87.75 
 
 
1535 bp  1503    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000656968  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0061  16S ribosomal RNA  87.75 
 
 
1535 bp  1503    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000486947  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0121  16S ribosomal RNA  87.75 
 
 
1535 bp  1503    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000475957  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0128  16S ribosomal RNA  87.75 
 
 
1535 bp  1503    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000157224  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0133  16S ribosomal RNA  87.75 
 
 
1535 bp  1503    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000510938  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08570  16S ribosomal RNA  96.05 
 
 
1526 bp  2526    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0337059  hitchhiker  0.00000000146404 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55637  16S ribosomal RNA  96.05 
 
 
1526 bp  2526    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00734417  normal  0.40979 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62090  16S ribosomal RNA  96.05 
 
 
1526 bp  2526    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.116263  normal  0.0197607 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70910  16S ribosomal RNA  96.05 
 
 
1526 bp  2526    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.135781 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0001  16S ribosomal RNA  88.13 
 
 
1555 bp  1564    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112036  hitchhiker  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0007  16S ribosomal RNA  88.07 
 
 
1555 bp  1556    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0012678  normal  0.693673 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0016  16S ribosomal RNA  87.87 
 
 
1555 bp  1532    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0251895  hitchhiker  0.00000000270434 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0069  16S ribosomal RNA  88.15 
 
 
1555 bp  1536    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00426901  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0120  16S ribosomal RNA  88.15 
 
 
1555 bp  1536    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0520691  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0130  16S ribosomal RNA  88.02 
 
 
1555 bp  1520    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0100831  normal  0.116315 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>