More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mlg_R0004 on replicon NC_008340
Organism: Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  Gs16SA  16S ribosomal RNA  86.32 
 
 		 1548 bp  1142    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0695234  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SB  16S ribosomal RNA  86.32 
 
 		 1548 bp  1142    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0572203  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SA  16S ribosomal RNA  90.09 
 
 		 1518 bp  1513    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00652559  hitchhiker  0.0000964592 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SB  16S ribosomal RNA  90.09 
 
 		 1518 bp  1513    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SC  16S ribosomal RNA  90.02 
 
 		 1518 bp  1505    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0265668  normal  0.0523023 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SD  16S ribosomal RNA  90.02 
 
 		 1518 bp  1505    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0245595  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SE  16S ribosomal RNA  90.02 
 
 		 1518 bp  1505    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0197165  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SF  16S ribosomal RNA  89.94 
 
 		 1518 bp  1497    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.229046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SG  16S ribosomal RNA  89.94 
 
 		 1518 bp  1497    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0126603 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SA  16S ribosomal RNA  91.37 
 
 		 1473 bp  1602    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00145569  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SB  16S ribosomal RNA  91.37 
 
 		 1473 bp  1602    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000158044  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0034  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1514 bp  1189    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0043  16S ribosomal RNA  86.89 
 
 		 1512 bp  1183    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0049  16S ribosomal RNA  86.89 
 
 		 1514 bp  1183    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.464241  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0339  16S ribosomal RNA  86.89 
 
 		 1512 bp  1183    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0345  16S ribosomal RNA  86.89 
 
 		 1514 bp  1183    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0556  16S ribosomal RNA  86.89 
 
 		 1512 bp  1183    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0562  16S ribosomal RNA  86.89 
 
 		 1514 bp  1183    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1609  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1512 bp  1189    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.48618  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3907  16S ribosomal RNA  86.89 
 
 		 1512 bp  1183    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r01  16S ribosomal RNA  89.54 
 
 		 1518 bp  1457    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.380261  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r04  16S ribosomal RNA  89.54 
 
 		 1518 bp  1457    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00569348  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r07  16S ribosomal RNA  89.54 
 
 		 1518 bp  1457    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247431  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r12  16S ribosomal RNA  89.54 
 
 		 1518 bp  1457    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.103898  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r15  16S ribosomal RNA  89.54 
 
 		 1518 bp  1457    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.011004  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_Bm16SC  16S ribosomal RNA  85.76 
 
 		 1488 bp  1070    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000559741  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_Bm16SD  16S ribosomal RNA  85.76 
 
 		 1488 bp  1070    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00000941939  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr01  16S ribosomal RNA  87.74 
 
 		 1509 bp  1263    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr04  16S ribosomal RNA  87.74 
 
 		 1509 bp  1263    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr09  16S ribosomal RNA  87.59 
 
 		 1509 bp  1247    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr01  16S ribosomal RNA  87.66 
 
 		 1509 bp  1255    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr04  16S ribosomal RNA  87.66 
 
 		 1509 bp  1255    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr09  16S ribosomal RNA  87.74 
 
 		 1509 bp  1263    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA13  16S ribosomal RNA  90.05 
 
 		 1538 bp  1516    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000640223  normal  0.0141696 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA4  16S ribosomal RNA  90.05 
 
 		 1538 bp  1516    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0210262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA52  16S ribosomal RNA  90.05 
 
 		 1538 bp  1516    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  0.412954 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA74  16S ribosomal RNA  89.97 
 
 		 1538 bp  1509    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000835671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA83  16S ribosomal RNA  89.97 
 
 		 1538 bp  1509    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000117688  normal  0.027265 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0018  16S ribosomal RNA  86.41 
 
 		 1585 bp  1320    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0050  16S ribosomal RNA  86.41 
 
 		 1610 bp  1320    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.26753  hitchhiker  0.000883361 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0058  16S ribosomal RNA  86.41 
 
 		 1610 bp  1320    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0063  16S ribosomal RNA  86.41 
 
 		 1610 bp  1320    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.637645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0002  16S ribosomal RNA  86.24 
 
 		 1530 bp  1110    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000222771  normal  0.994531 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0018  16S ribosomal RNA  86.24 
 
 		 1530 bp  1110    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.27678e-17  normal  0.639812 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0027  16S ribosomal RNA  86.24 
 
 		 1530 bp  1110    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  6.8382e-16  unclonable  0.000000115774 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0039  16S ribosomal RNA  86.24 
 
 		 1530 bp  1110    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.88908e-17  normal  0.953363 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0009  16S ribosomal RNA  85.9 
 
 		 1503 bp  1116    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  unclonable  0.00000000257641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0041  16S ribosomal RNA  85.95 
 
 		 1510 bp  1126    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000268779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0005  16S ribosomal RNA  85.76 
 
 		 1488 bp  1070    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.00000000129468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1473  16S ribosomal RNA  85.76 
 
 		 1488 bp  1070    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.00000000153483  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3562  16S ribosomal RNA  85.76 
 
 		 1488 bp  1070    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000331816  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1908  16S ribosomal RNA  85.76 
 
 		 1488 bp  1070    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000344763  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0010  16S ribosomal RNA  88.98 
 
 		 1491 bp  1645    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000216125  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0028  16S ribosomal RNA  88.98 
 
 		 1491 bp  1645    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0022269  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R1  16S ribosomal RNA  90.11 
 
 		 1527 bp  1532    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000539443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R12  16S ribosomal RNA  90.11 
 
 		 1527 bp  1532    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000170255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R41  16S ribosomal RNA  90.11 
 
 		 1527 bp  1532    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000365903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R60  16S ribosomal RNA  90.11 
 
 		 1527 bp  1532    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000806455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R81  16S ribosomal RNA  90.11 
 
 		 1527 bp  1532    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000231997  normal  0.0102575 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R94  16S ribosomal RNA  90.11 
 
 		 1527 bp  1532    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000210152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_CR0084  16S ribosomal RNA  85.93 
 
 		 1480 bp  1098    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000351388  normal  0.142421 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0011  16S ribosomal RNA  85.93 
 
 		 1480 bp  1098    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000494672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0015  16S ribosomal RNA  86.16 
 
 		 1480 bp  1112    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000646037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0025  16S ribosomal RNA  86.01 
 
 		 1480 bp  1106    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000404244  normal  0.998912 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0075  16S ribosomal RNA  86.24 
 
 		 1480 bp  1120    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000694489  normal  0.331028 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_BR0001  16S ribosomal RNA  86.16 
 
 		 1480 bp  1112    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000508168  normal  0.804592 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0011  16S ribosomal RNA  87.33 
 
 		 1548 bp  1134    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0046  16S ribosomal RNA  87.33 
 
 		 1548 bp  1134    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000312216  hitchhiker  0.000000195391 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0038  16S ribosomal RNA  87.68 
 
 		 1491 bp  1205    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000864904  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0045  16S ribosomal RNA  87.68 
 
 		 1491 bp  1205    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00346464  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0053  16S ribosomal RNA  87.68 
 
 		 1491 bp  1205    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000201354  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0012  16S ribosomal RNA  87.82 
 
 		 1529 bp  1289    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000403377  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1096  16S ribosomal RNA  85.95 
 
 		 1488 bp  1074    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000000366435  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2898  16S ribosomal RNA  85.95 
 
 		 1488 bp  1074    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000172238  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3095  16S ribosomal RNA  85.95 
 
 		 1488 bp  1074    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000000377181  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0013  16S ribosomal RNA  87.48 
 
 		 1495 bp  1425    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000161102  normal  0.413867 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0043  16S ribosomal RNA  87.61 
 
 		 1534 bp  1471    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000126976  normal  0.0100443 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0001  16S ribosomal RNA  88.52 
 
 		 1535 bp  1324    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000556781  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0007  16S ribosomal RNA  88.52 
 
 		 1535 bp  1324    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000706702  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0015  16S ribosomal RNA  88.6 
 
 		 1535 bp  1332    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000120948  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0044  16S ribosomal RNA  88.6 
 
 		 1533 bp  1332    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000361532  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0107  16S ribosomal RNA  88.52 
 
 		 1535 bp  1324    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000137166  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0119  16S ribosomal RNA  88.6 
 
 		 1533 bp  1332    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133633  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0122  16S ribosomal RNA  88.45 
 
 		 1535 bp  1316    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0472105  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0127  16S ribosomal RNA  88.52 
 
 		 1535 bp  1324    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.015081  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0001  16S ribosomal RNA  88.18 
 
 		 1474 bp  1485    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00116207  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0011  16S ribosomal RNA  88.18 
 
 		 1474 bp  1485    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000297324  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0055  16S ribosomal RNA  88.18 
 
 		 1474 bp  1485    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000172207  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0079  16S ribosomal RNA  88.18 
 
 		 1474 bp  1485    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000533753  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0087  16S ribosomal RNA  88.18 
 
 		 1474 bp  1485    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00118916  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0019  16S ribosomal RNA  86.28 
 
 		 1586 bp  1314    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.469042  normal  0.333729 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0052  16S ribosomal RNA  86.28 
 
 		 1586 bp  1314    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.84843  hitchhiker  0.00924984 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0060  16S ribosomal RNA  86.28 
 
 		 1586 bp  1314    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0065  16S ribosomal RNA  86.28 
 
 		 1586 bp  1314    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.473694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0002  16S ribosomal RNA  86.19 
 
 		 1526 bp  1110    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000139239  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0040  16S ribosomal RNA  86.02 
 
 		 1527 bp  1090    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000422035  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0055  16S ribosomal RNA  86.16 
 
 		 1526 bp  1112    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000262376  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0066  16S ribosomal RNA  86.02 
 
 		 1527 bp  1090    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000961074  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_R0071  16S ribosomal RNA  86.19 
 
 		 1526 bp  1110    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000358619  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0083  16S ribosomal RNA  86.17 
 
 		 1526 bp  1118    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000003607  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>