More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmul_AR0012 on replicon NC_007614
Organism: Nitrosospira multiformis ATCC 25196



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_r00001  16S ribosomal RNA  84.87 
 
 		 1542 bp  997    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.01898  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00006  16S ribosomal RNA  84.87 
 
 		 1542 bp  997    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0446208  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00011  16S ribosomal RNA  84.87 
 
 		 1542 bp  997    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0360816  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00020  16S ribosomal RNA  84.87 
 
 		 1542 bp  997    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0158539  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0003  16S ribosomal RNA  84.9 
 
 		 1530 bp  997    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000874227  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0027  16S ribosomal RNA  84.9 
 
 		 1530 bp  997    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000160494  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0090  16S ribosomal RNA  84.82 
 
 		 1530 bp  989    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000103004  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0098  16S ribosomal RNA  84.82 
 
 		 1530 bp  989    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000143523  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0103  16S ribosomal RNA  84.82 
 
 		 1530 bp  989    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00308735  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0113  16S ribosomal RNA  84.82 
 
 		 1530 bp  989    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000562425  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SA  16S ribosomal RNA  84.17 
 
 		 1548 bp  844    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0695234  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SB  16S ribosomal RNA  84.17 
 
 		 1548 bp  844    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0572203  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SA  16S ribosomal RNA  87.24 
 
 		 1473 bp  1152    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00145569  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SB  16S ribosomal RNA  87.24 
 
 		 1473 bp  1152    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000158044  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS00481  16S ribosomal RNA  89.03 
 
 		 1513 bp  1645    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000211663  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS05580  16S ribosomal RNA  89.14 
 
 		 1534 bp  1675    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.00000356691  normal  0.21036 
 
 
-
 
NC_003295  RS05737  16S ribosomal RNA  89.03 
 
 		 1513 bp  1645    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.00000227304  normal  0.62291 
 
 
-
 
NC_003296  RS05422  ribosomal RNA-16S  89.14 
 
 		 1534 bp  1675    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000685174  normal  0.144485 
 
 
-
 
NC_004347  SO_r001  16S ribosomal RNA  86.03 
 
 		 1529 bp  1086    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r004  16S ribosomal RNA  86.03 
 
 		 1529 bp  1086    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r007  16S ribosomal RNA  86.03 
 
 		 1529 bp  1086    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r012  16S ribosomal RNA  86.03 
 
 		 1529 bp  1086    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r015  16S ribosomal RNA  86.03 
 
 		 1529 bp  1086    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r018  16S ribosomal RNA  86.03 
 
 		 1529 bp  1086    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r021  16S ribosomal RNA  86.03 
 
 		 1529 bp  1086    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r024  16S ribosomal RNA  86.03 
 
 		 1529 bp  1086    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r027  16S ribosomal RNA  86.03 
 
 		 1529 bp  1086    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_16s_rrsA  16S ribosomal RNA  89.21 
 
 		 1488 bp  1655    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000103024  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_16s_rrsB  16S ribosomal RNA  89.14 
 
 		 1488 bp  1647    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  unclonable  0.0000000527918  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_Bm16SC  16S ribosomal RNA  89.21 
 
 		 1488 bp  1655    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000559741  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_Bm16SD  16S ribosomal RNA  89.21 
 
 		 1488 bp  1655    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00000941939  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0018  16S ribosomal RNA  85.13 
 
 		 1585 bp  1007    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0050  16S ribosomal RNA  85.13 
 
 		 1610 bp  1007    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.26753  hitchhiker  0.000883361 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0058  16S ribosomal RNA  85.13 
 
 		 1610 bp  1007    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0063  16S ribosomal RNA  85.13 
 
 		 1610 bp  1007    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.637645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0002  16S ribosomal RNA  91.77 
 
 		 1530 bp  2014    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000222771  normal  0.994531 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0018  16S ribosomal RNA  91.77 
 
 		 1530 bp  2014    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.27678e-17  normal  0.639812 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0027  16S ribosomal RNA  91.77 
 
 		 1530 bp  2014    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  6.8382e-16  unclonable  0.000000115774 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0039  16S ribosomal RNA  91.77 
 
 		 1530 bp  2014    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.88908e-17  normal  0.953363 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0020  16S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 1528 bp  1336    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0174922  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0053  16S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 1528 bp  1336    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0101501  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0063  16S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 1528 bp  1336    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000907216  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0070  16S ribosomal RNA  89.19 
 
 		 1528 bp  1701    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0043837  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0078  16S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 1528 bp  1336    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0108744  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0083  16S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 1528 bp  1336    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0009  16S ribosomal RNA  90.19 
 
 		 1503 bp  1804    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  unclonable  0.00000000257641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0041  16S ribosomal RNA  90.22 
 
 		 1510 bp  1814    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000268779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0005  16S ribosomal RNA  89.28 
 
 		 1488 bp  1663    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.00000000129468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1473  16S ribosomal RNA  89.21 
 
 		 1488 bp  1655    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.00000000153483  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3562  16S ribosomal RNA  89.21 
 
 		 1488 bp  1655    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000331816  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1908  16S ribosomal RNA  89.21 
 
 		 1488 bp  1655    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000344763  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0010  16S ribosomal RNA  83.56 
 
 		 1491 bp  934    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000216125  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0028  16S ribosomal RNA  83.56 
 
 		 1491 bp  934    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0022269  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_CR0084  16S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 1480 bp  1604    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000351388  normal  0.142421 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0011  16S ribosomal RNA  88.61 
 
 		 1480 bp  1596    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000494672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0015  16S ribosomal RNA  88.81 
 
 		 1480 bp  1620    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000646037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0025  16S ribosomal RNA  88.68 
 
 		 1480 bp  1604    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000404244  normal  0.998912 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0075  16S ribosomal RNA  88.88 
 
 		 1480 bp  1628    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000694489  normal  0.331028 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_BR0001  16S ribosomal RNA  88.81 
 
 		 1480 bp  1620    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000508168  normal  0.804592 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0011  16S ribosomal RNA  84.17 
 
 		 1548 bp  844    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0046  16S ribosomal RNA  84.17 
 
 		 1548 bp  844    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000312216  hitchhiker  0.000000195391 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0001  16S ribosomal RNA  82.82 
 
 		 1519 bp  769    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0020  16S ribosomal RNA  83.31 
 
 		 1504 bp  749    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0056  16S ribosomal RNA  83.31 
 
 		 1489 bp  749    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0079  16S ribosomal RNA  83.22 
 
 		 1501 bp  741    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0012  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1529 bp  3031    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000403377  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2047  16S ribosomal RNA  88.87 
 
 		 1489 bp  1624    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000488111  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1096  16S ribosomal RNA  88.93 
 
 		 1488 bp  1637    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000000366435  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2898  16S ribosomal RNA  88.93 
 
 		 1488 bp  1637    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000172238  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3095  16S ribosomal RNA  88.93 
 
 		 1488 bp  1637    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000000377181  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0011  16S ribosomal RNA  83.58 
 
 		 1542 bp  745    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0038  16S ribosomal RNA  83.58 
 
 		 1542 bp  745    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.106997  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0053  16S ribosomal RNA  89.09 
 
 		 1531 bp  1687    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155219  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0058  16S ribosomal RNA  89.09 
 
 		 1531 bp  1687    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0002  16S ribosomal RNA  90.33 
 
 		 1466 bp  1725    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000162067  normal  0.428716 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0057  16S ribosomal RNA  90.33 
 
 		 1466 bp  1725    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000060523  normal  0.534107 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0044  16S ribosomal RNA  89.43 
 
 		 1528 bp  1693    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.256781  normal  0.169307 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0025  16S ribosomal RNA  89.72 
 
 		 1490 bp  1737    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000584226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0074  16S ribosomal RNA  89.72 
 
 		 1490 bp  1737    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000757328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0084  16S ribosomal RNA  89.72 
 
 		 1490 bp  1737    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000010829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0001  16S ribosomal RNA  89.72 
 
 		 1490 bp  1737    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000273638  normal  0.12932 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0007  16S ribosomal RNA  89.72 
 
 		 1490 bp  1737    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000187832  normal  0.20635 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0012  16S ribosomal RNA  89.72 
 
 		 1490 bp  1737    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000135641  normal  0.0289138 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0001  16S ribosomal RNA  86.6 
 
 		 1535 bp  1144    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000556781  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0007  16S ribosomal RNA  86.6 
 
 		 1535 bp  1144    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000706702  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0015  16S ribosomal RNA  86.52 
 
 		 1535 bp  1136    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000120948  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0044  16S ribosomal RNA  86.52 
 
 		 1533 bp  1136    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000361532  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0107  16S ribosomal RNA  86.6 
 
 		 1535 bp  1144    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000137166  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0119  16S ribosomal RNA  86.52 
 
 		 1533 bp  1136    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133633  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0122  16S ribosomal RNA  86.37 
 
 		 1535 bp  1120    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0472105  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0127  16S ribosomal RNA  86.6 
 
 		 1535 bp  1144    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.015081  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0019  16S ribosomal RNA  85.15 
 
 		 1586 bp  993    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.469042  normal  0.333729 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0052  16S ribosomal RNA  85.15 
 
 		 1586 bp  993    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.84843  hitchhiker  0.00924984 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0060  16S ribosomal RNA  85.15 
 
 		 1586 bp  993    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0065  16S ribosomal RNA  85.15 
 
 		 1586 bp  993    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.473694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0054  16S ribosomal RNA  89.35 
 
 		 1527 bp  1727    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00023003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0064  16S ribosomal RNA  89.35 
 
 		 1527 bp  1727    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000114469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0070  16S ribosomal RNA  89.35 
 
 		 1527 bp  1727    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000020982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0075  16S ribosomal RNA  89.35 
 
 		 1527 bp  1727    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000293987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0002  16S ribosomal RNA  89.03 
 
 		 1526 bp  1697    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000139239  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>