More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_R0001 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0034  16S ribosomal RNA  89.2 
 
 		 1514 bp  1651    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0043  16S ribosomal RNA  89.26 
 
 		 1512 bp  1681    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0049  16S ribosomal RNA  89.07 
 
 		 1514 bp  1645    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.464241  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0339  16S ribosomal RNA  89.26 
 
 		 1512 bp  1681    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0345  16S ribosomal RNA  89.07 
 
 		 1514 bp  1645    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0556  16S ribosomal RNA  89.26 
 
 		 1512 bp  1681    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0562  16S ribosomal RNA  89.07 
 
 		 1514 bp  1645    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1609  16S ribosomal RNA  89.39 
 
 		 1512 bp  1687    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.48618  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3907  16S ribosomal RNA  89.26 
 
 		 1512 bp  1681    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r001  16S ribosomal RNA  95.89 
 
 		 1529 bp  2520    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r004  16S ribosomal RNA  95.82 
 
 		 1529 bp  2512    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r007  16S ribosomal RNA  95.82 
 
 		 1529 bp  2512    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r012  16S ribosomal RNA  95.82 
 
 		 1529 bp  2512    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r015  16S ribosomal RNA  96.02 
 
 		 1529 bp  2535    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r018  16S ribosomal RNA  95.89 
 
 		 1529 bp  2520    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r021  16S ribosomal RNA  95.82 
 
 		 1529 bp  2512    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r024  16S ribosomal RNA  95.82 
 
 		 1529 bp  2512    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r027  16S ribosomal RNA  95.89 
 
 		 1529 bp  2520    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r01  16S ribosomal RNA  88.61 
 
 		 1518 bp  1622    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.380261  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r04  16S ribosomal RNA  88.61 
 
 		 1518 bp  1622    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00569348  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r07  16S ribosomal RNA  88.61 
 
 		 1518 bp  1622    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247431  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r12  16S ribosomal RNA  88.61 
 
 		 1518 bp  1622    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.103898  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r15  16S ribosomal RNA  88.61 
 
 		 1518 bp  1622    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.011004  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA13  16S ribosomal RNA  88.73 
 
 		 1538 bp  1653    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000640223  normal  0.0141696 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA4  16S ribosomal RNA  88.73 
 
 		 1538 bp  1653    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0210262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA52  16S ribosomal RNA  88.73 
 
 		 1538 bp  1653    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  0.412954 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA74  16S ribosomal RNA  88.66 
 
 		 1538 bp  1645    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000835671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA83  16S ribosomal RNA  88.66 
 
 		 1538 bp  1645    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000117688  normal  0.027265 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R12  16S ribosomal RNA  88.27 
 
 		 1527 bp  1602    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000170255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R41  16S ribosomal RNA  88.27 
 
 		 1527 bp  1602    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000365903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R60  16S ribosomal RNA  88.27 
 
 		 1527 bp  1602    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000806455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R81  16S ribosomal RNA  88.27 
 
 		 1527 bp  1602    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000231997  normal  0.0102575 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R94  16S ribosomal RNA  88.27 
 
 		 1527 bp  1602    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000210152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0043  16S ribosomal RNA  89.06 
 
 		 1534 bp  1604    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000126976  normal  0.0100443 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0001  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1535 bp  3043    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000556781  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0007  16S ribosomal RNA  99.87 
 
 		 1535 bp  3027    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000706702  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0015  16S ribosomal RNA  99.67 
 
 		 1535 bp  3003    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000120948  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0044  16S ribosomal RNA  99.54 
 
 		 1533 bp  2972    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000361532  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0107  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1535 bp  3043    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000137166  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0119  16S ribosomal RNA  99.54 
 
 		 1533 bp  2972    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133633  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0122  16S ribosomal RNA  99.35 
 
 		 1535 bp  2964    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0472105  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0127  16S ribosomal RNA  99.74 
 
 		 1535 bp  3011    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.015081  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0001  16S ribosomal RNA  96.09 
 
 		 1535 bp  2551    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000282718  hitchhiker  0.000910883 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0007  16S ribosomal RNA  95.9 
 
 		 1535 bp  2527    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000150491  normal  0.406366 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0016  16S ribosomal RNA  95.64 
 
 		 1535 bp  2496    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00201681  hitchhiker  0.0000000136741 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0071  16S ribosomal RNA  95.5 
 
 		 1535 bp  2480    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00148247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0123  16S ribosomal RNA  95.5 
 
 		 1535 bp  2480    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0163335  normal  0.34966 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0132  16S ribosomal RNA  95.64 
 
 		 1535 bp  2496    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0261242  normal  0.0671955 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0136  16S ribosomal RNA  95.83 
 
 		 1535 bp  2520    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000885648  hitchhiker  0.000140032 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0140  16S ribosomal RNA  95.64 
 
 		 1535 bp  2496    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00248839  normal  0.547637 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0143  16S ribosomal RNA  95.5 
 
 		 1535 bp  2480    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000577207  normal  0.0309772 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0001  16S ribosomal RNA  95.64 
 
 		 1535 bp  2496    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00134291  hitchhiker  0.00347665 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0007  16S ribosomal RNA  95.9 
 
 		 1535 bp  2527    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0064778  normal  0.0127919 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0016  16S ribosomal RNA  95.83 
 
 		 1535 bp  2520    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00459376  normal  0.131368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0020  16S ribosomal RNA  95.83 
 
 		 1535 bp  2520    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000189863  hitchhiker  0.00241785 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0026  16S ribosomal RNA  95.9 
 
 		 1535 bp  2527    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0396739  normal  0.0702195 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0071  16S ribosomal RNA  95.5 
 
 		 1535 bp  2480    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00107251  normal  0.159667 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0123  16S ribosomal RNA  95.77 
 
 		 1535 bp  2512    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00322133  normal  0.530607 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0141  16S ribosomal RNA  95.7 
 
 		 1535 bp  2504    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00125257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0144  16S ribosomal RNA  95.83 
 
 		 1535 bp  2520    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0816172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0001  16S ribosomal RNA  96.35 
 
 		 1535 bp  2583    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000442431  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0004  16S ribosomal RNA  96.29 
 
 		 1535 bp  2575    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000248814  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0013  16S ribosomal RNA  96.35 
 
 		 1535 bp  2583    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000146432  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0027  16S ribosomal RNA  96.35 
 
 		 1535 bp  2583    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000222685  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0030  16S ribosomal RNA  96.35 
 
 		 1535 bp  2583    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000656968  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0061  16S ribosomal RNA  96.35 
 
 		 1535 bp  2583    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000486947  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0121  16S ribosomal RNA  96.35 
 
 		 1535 bp  2583    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000475957  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0128  16S ribosomal RNA  96.35 
 
 		 1535 bp  2583    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000157224  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0133  16S ribosomal RNA  96.35 
 
 		 1535 bp  2583    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000510938  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0001  16S ribosomal RNA  95.96 
 
 		 1555 bp  2535    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112036  hitchhiker  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0007  16S ribosomal RNA  95.9 
 
 		 1555 bp  2527    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0012678  normal  0.693673 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0016  16S ribosomal RNA  95.7 
 
 		 1555 bp  2504    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0251895  hitchhiker  0.00000000270434 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0069  16S ribosomal RNA  96.03 
 
 		 1555 bp  2543    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00426901  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0120  16S ribosomal RNA  96.03 
 
 		 1555 bp  2543    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0520691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0130  16S ribosomal RNA  95.9 
 
 		 1555 bp  2527    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0100831  normal  0.116315 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0136  16S ribosomal RNA  95.9 
 
 		 1555 bp  2527    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000629377  hitchhiker  0.000146985 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0140  16S ribosomal RNA  95.96 
 
 		 1555 bp  2535    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00908549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0143  16S ribosomal RNA  95.9 
 
 		 1555 bp  2527    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.328707  normal  0.910288 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0001  16S ribosomal RNA  94.08 
 
 		 1537 bp  2307    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00518638  normal  0.485409 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0004  16S ribosomal RNA  94.01 
 
 		 1537 bp  2313    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000279849  hitchhiker  0.00471183 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0014  16S ribosomal RNA  93.94 
 
 		 1537 bp  2305    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000324534  normal  0.0910098 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0019  16S ribosomal RNA  94.01 
 
 		 1537 bp  2313    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000962307  normal  0.557456 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0022  16S ribosomal RNA  94.01 
 
 		 1537 bp  2313    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00001194  unclonable  0.0000109151 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0050  16S ribosomal RNA  94.01 
 
 		 1537 bp  2313    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0125127  normal  0.898769 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0112  16S ribosomal RNA  93.94 
 
 		 1537 bp  2305    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000370609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0132  16S ribosomal RNA  93.94 
 
 		 1537 bp  2305    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000703057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0001  16S ribosomal RNA  91.21 
 
 		 1539 bp  1645    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.144565  normal  0.0385705 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0006  16S ribosomal RNA  91.06 
 
 		 1539 bp  1643    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00603294  normal  0.860525 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0013  16S ribosomal RNA  89.23 
 
 		 1539 bp  1679    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0520018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0030  16S ribosomal RNA  91.13 
 
 		 1539 bp  1641    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000311053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0042  16S ribosomal RNA  91.06 
 
 		 1539 bp  1643    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0730694  normal  0.056387 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0058  16S ribosomal RNA  91.21 
 
 		 1539 bp  1645    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0091  16S ribosomal RNA  91.13 
 
 		 1539 bp  1641    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0103  16S ribosomal RNA  91.51 
 
 		 1537 bp  1679    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0239124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0107  16S ribosomal RNA  91.13 
 
 		 1539 bp  1641    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.275652  normal  0.0239597 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0110  16S ribosomal RNA  89.23 
 
 		 1539 bp  1679    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0155081  normal  0.0596493 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0001  16S ribosomal RNA  96.68 
 
 		 1537 bp  2639    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000407555  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0004  16S ribosomal RNA  97 
 
 		 1537 bp  2678    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000257645  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0008  16S ribosomal RNA  96.55 
 
 		 1537 bp  2623    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000302643  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0022  16S ribosomal RNA  97.2 
 
 		 1537 bp  2702    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000152089  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>