More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BURPS1710b_0005 on replicon NC_007434
Organism: Burkholderia pseudomallei 1710b



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008782  Ajs_R0009  16S ribosomal RNA  89.28 
 
 
1522 bp  1659    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.241924  normal  0.315811 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0026  16S ribosomal RNA  88.25 
 
 
1523 bp  1507    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0175625  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0078  16S ribosomal RNA  86.44 
 
 
1530 bp  668    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000571707  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SA  16S ribosomal RNA  86.89 
 
 
1473 bp  938    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00145569  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SB  16S ribosomal RNA  86.89 
 
 
1473 bp  938    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000158044  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS00481  16S ribosomal RNA  92.38 
 
 
1513 bp  2020    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000211663  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RS05580  16S ribosomal RNA  92.38 
 
 
1534 bp  2020    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.00000356691  normal  0.21036 
 
 
-
 
NC_003295  RS05737  16S ribosomal RNA  92.38 
 
 
1513 bp  2020    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.00000227304  normal  0.62291 
 
 
-
 
NC_003296  RS05422  ribosomal RNA-16S  92.38 
 
 
1534 bp  2020    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000685174  normal  0.144485 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_16s_rrsA  16S ribosomal RNA  99.93 
 
 
1488 bp  2942    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000103024  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_16s_rrsB  16S ribosomal RNA  99.87 
 
 
1488 bp  2934    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  unclonable  0.0000000527918  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_Bm16SC  16S ribosomal RNA  99.93 
 
 
1488 bp  2942    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000559741  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_Bm16SD  16S ribosomal RNA  99.93 
 
 
1488 bp  2942    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00000941939  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0018  16S ribosomal RNA  86.35 
 
 
1585 bp  662    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0050  16S ribosomal RNA  86.35 
 
 
1610 bp  662    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.26753  hitchhiker  0.000883361 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0058  16S ribosomal RNA  86.35 
 
 
1610 bp  662    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0063  16S ribosomal RNA  86.35 
 
 
1610 bp  662    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.637645  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0002  16S ribosomal RNA  89.37 
 
 
1530 bp  1665    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000222771  normal  0.994531 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0018  16S ribosomal RNA  89.37 
 
 
1530 bp  1665    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.27678e-17  normal  0.639812 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0027  16S ribosomal RNA  89.37 
 
 
1530 bp  1665    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  6.8382e-16  unclonable  0.000000115774 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0039  16S ribosomal RNA  89.37 
 
 
1530 bp  1665    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.88908e-17  normal  0.953363 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0020  16S ribosomal RNA  93.49 
 
 
1528 bp  1413    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0174922  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0053  16S ribosomal RNA  93.61 
 
 
1528 bp  1413    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0101501  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0063  16S ribosomal RNA  93.49 
 
 
1528 bp  1413    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000907216  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0070  16S ribosomal RNA  93.6 
 
 
1528 bp  1421    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0043837  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0078  16S ribosomal RNA  92.87 
 
 
1528 bp  1366    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0108744  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0083  16S ribosomal RNA  93.49 
 
 
1528 bp  1413    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0009  16S ribosomal RNA  90.2 
 
 
1503 bp  1756    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  unclonable  0.00000000257641  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0041  16S ribosomal RNA  90.2 
 
 
1510 bp  1756    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000268779  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0005  16S ribosomal RNA  100 
 
 
1488 bp  2950    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.00000000129468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1473  16S ribosomal RNA  99.93 
 
 
1488 bp  2942    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.00000000153483  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3562  16S ribosomal RNA  99.93 
 
 
1488 bp  2942    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000331816  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1908  16S ribosomal RNA  99.93 
 
 
1488 bp  2942    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000344763  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0010  16S ribosomal RNA  85.15 
 
 
1491 bp  747    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000216125  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0028  16S ribosomal RNA  85.15 
 
 
1491 bp  747    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0022269  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_CR0084  16S ribosomal RNA  98.29 
 
 
1480 bp  2692    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000351388  normal  0.142421 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0011  16S ribosomal RNA  98.22 
 
 
1480 bp  2684    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000494672  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0015  16S ribosomal RNA  98.29 
 
 
1480 bp  2692    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000646037  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0025  16S ribosomal RNA  98.15 
 
 
1480 bp  2676    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000404244  normal  0.998912 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0075  16S ribosomal RNA  98.22 
 
 
1480 bp  2684    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000694489  normal  0.331028 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_BR0001  16S ribosomal RNA  98.29 
 
 
1480 bp  2692    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000508168  normal  0.804592 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0011  16S ribosomal RNA  83.57 
 
 
1548 bp  779    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353041  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0046  16S ribosomal RNA  83.57 
 
 
1548 bp  779    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000312216  hitchhiker  0.000000195391 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0012  16S ribosomal RNA  89.28 
 
 
1529 bp  1663    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000403377  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2047  16S ribosomal RNA  99.13 
 
 
1489 bp  2841    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000488111  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1096  16S ribosomal RNA  99.19 
 
 
1488 bp  2855    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000000366435  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2898  16S ribosomal RNA  99.19 
 
 
1488 bp  2855    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000172238  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3095  16S ribosomal RNA  99.19 
 
 
1488 bp  2855    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000000377181  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0053  16S ribosomal RNA  89.1 
 
 
1531 bp  1647    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155219  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0058  16S ribosomal RNA  89.1 
 
 
1531 bp  1647    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna052  16S ribosomal RNA  85.98 
 
 
1546 bp  650    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000100812  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0052  16S ribosomal RNA  89.28 
 
 
1522 bp  1659    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.151906  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0002  16S ribosomal RNA  90.02 
 
 
1466 bp  1130    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000162067  normal  0.428716 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0057  16S ribosomal RNA  90.02 
 
 
1466 bp  1130    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000060523  normal  0.534107 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0044  16S ribosomal RNA  88.55 
 
 
1528 bp  1592    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.256781  normal  0.169307 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0025  16S ribosomal RNA  95.77 
 
 
1490 bp  2401    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000584226  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0074  16S ribosomal RNA  95.77 
 
 
1490 bp  2401    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000757328  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0084  16S ribosomal RNA  95.77 
 
 
1490 bp  2401    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000010829  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0001  16S ribosomal RNA  95.77 
 
 
1490 bp  2401    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000273638  normal  0.12932 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0007  16S ribosomal RNA  95.77 
 
 
1490 bp  2401    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000187832  normal  0.20635 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0012  16S ribosomal RNA  95.77 
 
 
1490 bp  2401    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000135641  normal  0.0289138 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0001  16S ribosomal RNA  83.72 
 
 
1474 bp  955    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00116207  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0011  16S ribosomal RNA  83.72 
 
 
1474 bp  955    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000297324  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0055  16S ribosomal RNA  83.72 
 
 
1474 bp  955    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000172207  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0079  16S ribosomal RNA  83.72 
 
 
1474 bp  955    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000533753  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0087  16S ribosomal RNA  83.72 
 
 
1474 bp  955    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00118916  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0019  16S ribosomal RNA  86.75 
 
 
1586 bp  686    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.469042  normal  0.333729 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0052  16S ribosomal RNA  86.75 
 
 
1586 bp  686    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.84843  hitchhiker  0.00924984 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0060  16S ribosomal RNA  86.75 
 
 
1586 bp  686    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0065  16S ribosomal RNA  86.75 
 
 
1586 bp  686    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.473694  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0054  16S ribosomal RNA  93.37 
 
 
1527 bp  1407    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00023003  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0064  16S ribosomal RNA  93.37 
 
 
1527 bp  1407    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000114469  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0070  16S ribosomal RNA  93.37 
 
 
1527 bp  1407    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000020982  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0075  16S ribosomal RNA  93.37 
 
 
1527 bp  1407    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000293987  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0002  16S ribosomal RNA  98.12 
 
 
1526 bp  2726    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000139239  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0040  16S ribosomal RNA  98.12 
 
 
1527 bp  2720    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000422035  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0055  16S ribosomal RNA  98.19 
 
 
1526 bp  2734    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000262376  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0066  16S ribosomal RNA  98.12 
 
 
1527 bp  2720    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000961074  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_R0071  16S ribosomal RNA  98.19 
 
 
1526 bp  2734    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000358619  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0083  16S ribosomal RNA  98.19 
 
 
1526 bp  2734    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000003607  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0004  16S ribosomal RNA  85.76 
 
 
1532 bp  1070    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000674395  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0009  16S ribosomal RNA  85.76 
 
 
1532 bp  1070    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0161785  normal  0.0703142 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0003  16S ribosomal RNA  98.05 
 
 
1526 bp  2718    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000145483  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0007  16S ribosomal RNA  98.05 
 
 
1526 bp  2718    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.000000074395  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0017  16S ribosomal RNA  98.19 
 
 
1526 bp  2734    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000179112  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0067  16S ribosomal RNA  98.19 
 
 
1526 bp  2734    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.0000000751539  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_R0084  16S ribosomal RNA  98.05 
 
 
1526 bp  2718    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.0000000608912  normal  0.0264011 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_R0090  16S ribosomal RNA  98.05 
 
 
1526 bp  2718    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000114709  normal  0.794618 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0003  16S ribosomal RNA  98.12 
 
 
1536 bp  2726    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000117489  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0007  16S ribosomal RNA  98.26 
 
 
1536 bp  2742    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000560463  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0016  16S ribosomal RNA  98.19 
 
 
1536 bp  2734    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000000390781  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0065  16S ribosomal RNA  98.19 
 
 
1536 bp  2734    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000935197  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_R0081  16S ribosomal RNA  98.15 
 
 
1478 bp  2676    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000115486  normal  0.0218853 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_R0082  16S ribosomal RNA  98.15 
 
 
1478 bp  2676    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000337138  normal  0.0111555 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0004  16S ribosomal RNA  88.25 
 
 
1523 bp  1507    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0476803  hitchhiker  0.00000113287 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0006  16S ribosomal RNA  84.67 
 
 
1533 bp  704    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000147722  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0016  16S ribosomal RNA  84.47 
 
 
1533 bp  688    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000272502  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0059  16S ribosomal RNA  84.45 
 
 
1533 bp  702    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000114912  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0006  16S ribosomal RNA  89.52 
 
 
1522 bp  1683    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000463074  normal  0.838643 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0055  16S ribosomal RNA  89.52 
 
 
1522 bp  1683    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0113649  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>