More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_R0045 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_r00010  16S ribosomal RNA  89.17 
 
 		 1542 bp  698    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00367496  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00014  16S ribosomal RNA  89.17 
 
 		 1542 bp  698    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0514001  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00017  16S ribosomal RNA  89.17 
 
 		 1542 bp  698    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0241491  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0078  16S ribosomal RNA  86.36 
 
 		 1530 bp  1092    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000571707  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SA  16S ribosomal RNA  84.01 
 
 		 1548 bp  807    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0695234  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SB  16S ribosomal RNA  84.01 
 
 		 1548 bp  807    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0572203  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SA  16S ribosomal RNA  87.1 
 
 		 1518 bp  1183    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00652559  hitchhiker  0.0000964592 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SB  16S ribosomal RNA  87.1 
 
 		 1518 bp  1183    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SC  16S ribosomal RNA  87.02 
 
 		 1518 bp  1176    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0265668  normal  0.0523023 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SD  16S ribosomal RNA  86.86 
 
 		 1518 bp  1160    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0245595  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SE  16S ribosomal RNA  87.02 
 
 		 1518 bp  1176    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0197165  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SF  16S ribosomal RNA  86.94 
 
 		 1518 bp  1168    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.229046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SG  16S ribosomal RNA  86.94 
 
 		 1518 bp  1168    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0126603 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SA  16S ribosomal RNA  85.82 
 
 		 1473 bp  1057    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00145569  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SB  16S ribosomal RNA  85.82 
 
 		 1473 bp  1057    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000158044  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0034  16S ribosomal RNA  87.05 
 
 		 1514 bp  1166    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0043  16S ribosomal RNA  86.89 
 
 		 1512 bp  1160    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0049  16S ribosomal RNA  86.89 
 
 		 1514 bp  1160    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.464241  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0339  16S ribosomal RNA  86.89 
 
 		 1512 bp  1160    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0345  16S ribosomal RNA  86.89 
 
 		 1514 bp  1160    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0556  16S ribosomal RNA  86.89 
 
 		 1512 bp  1160    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0562  16S ribosomal RNA  86.89 
 
 		 1514 bp  1160    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1609  16S ribosomal RNA  87.05 
 
 		 1512 bp  1166    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.48618  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3907  16S ribosomal RNA  86.89 
 
 		 1512 bp  1160    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r01  16S ribosomal RNA  86.41 
 
 		 1518 bp  1120    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.380261  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r04  16S ribosomal RNA  86.41 
 
 		 1518 bp  1120    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00569348  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r07  16S ribosomal RNA  86.41 
 
 		 1518 bp  1120    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247431  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r12  16S ribosomal RNA  86.41 
 
 		 1518 bp  1120    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.103898  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r15  16S ribosomal RNA  86.41 
 
 		 1518 bp  1120    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.011004  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr01  16S ribosomal RNA  86.31 
 
 		 1509 bp  1088    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr04  16S ribosomal RNA  86.31 
 
 		 1509 bp  1088    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr09  16S ribosomal RNA  86.31 
 
 		 1509 bp  1088    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr01  16S ribosomal RNA  86.39 
 
 		 1509 bp  1096    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr04  16S ribosomal RNA  86.39 
 
 		 1509 bp  1096    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr09  16S ribosomal RNA  86.47 
 
 		 1509 bp  1104    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA13  16S ribosomal RNA  87.1 
 
 		 1538 bp  1183    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000640223  normal  0.0141696 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA4  16S ribosomal RNA  87.1 
 
 		 1538 bp  1183    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0210262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA52  16S ribosomal RNA  87.18 
 
 		 1538 bp  1181    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  0.412954 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA74  16S ribosomal RNA  87.1 
 
 		 1538 bp  1174    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000835671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA83  16S ribosomal RNA  87.02 
 
 		 1538 bp  1176    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000117688  normal  0.027265 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0018  16S ribosomal RNA  84.63 
 
 		 1585 bp  924    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0050  16S ribosomal RNA  84.63 
 
 		 1610 bp  924    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.26753  hitchhiker  0.000883361 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0058  16S ribosomal RNA  84.63 
 
 		 1610 bp  924    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0063  16S ribosomal RNA  84.63 
 
 		 1610 bp  924    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.637645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0010  16S ribosomal RNA  84.31 
 
 		 1491 bp  876    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000216125  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0028  16S ribosomal RNA  84.31 
 
 		 1491 bp  876    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0022269  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R1  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1527 bp  1148    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000539443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R12  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1527 bp  1148    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000170255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R41  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1527 bp  1148    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000365903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R60  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1527 bp  1148    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000806455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R81  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1527 bp  1148    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000231997  normal  0.0102575 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R94  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1527 bp  1148    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000210152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0057  16S ribosomal RNA  84.5 
 
 		 1471 bp  684    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000162206  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0011  16S ribosomal RNA  83.13 
 
 		 1548 bp  692    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0046  16S ribosomal RNA  83.13 
 
 		 1548 bp  692    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000312216  hitchhiker  0.000000195391 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0038  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1491 bp  2956    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000864904  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0045  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1491 bp  2956    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00346464  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0053  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1491 bp  2956    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000201354  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0013  16S ribosomal RNA  86.69 
 
 		 1495 bp  1273    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000161102  normal  0.413867 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0043  16S ribosomal RNA  86.69 
 
 		 1534 bp  1273    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000126976  normal  0.0100443 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0002  16S ribosomal RNA  84.31 
 
 		 1466 bp  880    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000162067  normal  0.428716 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0057  16S ribosomal RNA  84.31 
 
 		 1466 bp  880    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000060523  normal  0.534107 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0001  16S ribosomal RNA  85.98 
 
 		 1474 bp  1039    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00116207  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0011  16S ribosomal RNA  85.98 
 
 		 1474 bp  1039    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000297324  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0055  16S ribosomal RNA  85.98 
 
 		 1474 bp  1039    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000172207  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0079  16S ribosomal RNA  85.98 
 
 		 1474 bp  1039    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000533753  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0087  16S ribosomal RNA  85.98 
 
 		 1474 bp  1039    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00118916  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0019  16S ribosomal RNA  84.55 
 
 		 1586 bp  916    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.469042  normal  0.333729 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0052  16S ribosomal RNA  84.55 
 
 		 1586 bp  916    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.84843  hitchhiker  0.00924984 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0060  16S ribosomal RNA  84.55 
 
 		 1586 bp  916    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0065  16S ribosomal RNA  84.55 
 
 		 1586 bp  916    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.473694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0001  16S ribosomal RNA  88.15 
 
 		 1531 bp  1263    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000169923  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0008  16S ribosomal RNA  88.15 
 
 		 1531 bp  1263    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00208216  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0016  16S ribosomal RNA  87.98 
 
 		 1531 bp  1261    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000811527  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0023  16S ribosomal RNA  87.98 
 
 		 1531 bp  1261    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000872665  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0083  16S ribosomal RNA  87.98 
 
 		 1531 bp  1261    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000766341  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0007  16S ribosomal RNA  89.03 
 
 		 1535 bp  694    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0064778  normal  0.0127919 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0016  16S ribosomal RNA  89.03 
 
 		 1535 bp  694    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00459376  normal  0.131368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0020  16S ribosomal RNA  89.03 
 
 		 1535 bp  694    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000189863  hitchhiker  0.00241785 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0071  16S ribosomal RNA  88.87 
 
 		 1535 bp  686    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00107251  normal  0.159667 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0123  16S ribosomal RNA  89.03 
 
 		 1535 bp  694    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00322133  normal  0.530607 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0141  16S ribosomal RNA  89.03 
 
 		 1535 bp  694    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00125257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0004  16S ribosomal RNA  87.68 
 
 		 1532 bp  1205    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000674395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0009  16S ribosomal RNA  87.68 
 
 		 1532 bp  1205    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0161785  normal  0.0703142 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08570  16S ribosomal RNA  86.35 
 
 		 1526 bp  1072    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0337059  hitchhiker  0.00000000146404 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55637  16S ribosomal RNA  86.35 
 
 		 1526 bp  1072    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00734417  normal  0.40979 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62090  16S ribosomal RNA  86.35 
 
 		 1526 bp  1072    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.116263  normal  0.0197607 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70910  16S ribosomal RNA  86.35 
 
 		 1526 bp  1072    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.135781 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0001  16S ribosomal RNA  89.03 
 
 		 1555 bp  694    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112036  hitchhiker  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0069  16S ribosomal RNA  89.03 
 
 		 1555 bp  694    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00426901  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0120  16S ribosomal RNA  89.03 
 
 		 1555 bp  694    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0520691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0136  16S ribosomal RNA  89.37 
 
 		 1555 bp  696    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000629377  hitchhiker  0.000146985 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0140  16S ribosomal RNA  89.03 
 
 		 1555 bp  694    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00908549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0143  16S ribosomal RNA  89.03 
 
 		 1555 bp  694    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.328707  normal  0.910288 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0021  16S ribosomal RNA  84.79 
 
 		 1551 bp  698    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000868141  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0032  16S ribosomal RNA  84.79 
 
 		 1551 bp  698    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00001675  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0054  16S ribosomal RNA  84.79 
 
 		 1551 bp  698    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000668462  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0064  16S ribosomal RNA  84.79 
 
 		 1551 bp  698    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000106886  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0006  16S ribosomal RNA  86.71 
 
 		 1533 bp  1130    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000147722  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0016  16S ribosomal RNA  86.71 
 
 		 1533 bp  1130    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000272502  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>