More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_R0049 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_R0055  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1510 bp  2993    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0049  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1510 bp  2993    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.54781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0004  16S ribosomal RNA  82.92 
 
 		 1495 bp  767    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0000000518712  normal  0.582922 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0020  16S ribosomal RNA  82.92 
 
 		 1495 bp  767    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.127613  normal  0.0141426 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0043  16S ribosomal RNA  82.92 
 
 		 1495 bp  767    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00000158022  normal  0.338692 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0053  16S ribosomal RNA  82.92 
 
 		 1495 bp  767    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000916534  normal  0.0303457 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r16S01  16S ribosomal RNA  86.32 
 
 		 1382 bp  1082    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0232245 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r16S02  16S ribosomal RNA  86.32 
 
 		 1382 bp  1082    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r16S03  16S ribosomal RNA  86.32 
 
 		 1382 bp  1082    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0011  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1510 bp  2993    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.359702  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0025  16S ribosomal RNA  85.38 
 
 		 1495 bp  609  1.0000000000000001e-171  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.643168  normal  0.762156 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0034  16S ribosomal RNA  85.38 
 
 		 1495 bp  609  1.0000000000000001e-171  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0022  16S ribosomal RNA  85.38 
 
 		 1495 bp  609  1.0000000000000001e-171  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG16SA  16S ribosomal RNA  84.53 
 
 		 1475 bp  575  1e-161  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00161199 
 
 
-
 
NC_002950  PG16SB  16S ribosomal RNA  84.53 
 
 		 1475 bp  575  1e-161  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG16SC  16S ribosomal RNA  84.53 
 
 		 1475 bp  575  1e-161  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.304262 
 
 
-
 
NC_002950  PG16SD  16S ribosomal RNA  84.53 
 
 		 1475 bp  575  1e-161  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0013  16S ribosomal RNA  84.58 
 
 		 1495 bp  561  1e-157  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.204924  normal  0.815446 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_r13674  16S ribosomal RNA  84.67 
 
 		 1521 bp  553  1e-155  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0972385  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_r07731  16S ribosomal RNA  84.67 
 
 		 1521 bp  553  1e-155  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0019  16S ribosomal RNA  84.13 
 
 		 1519 bp  504  1e-140  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0071  16S ribosomal RNA  84.13 
 
 		 1519 bp  504  1e-140  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.351816  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0057  16S ribosomal RNA  84.13 
 
 		 1519 bp  504  1e-140  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.906516  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0005  16S ribosomal RNA  84.13 
 
 		 1519 bp  504  1e-140  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0045  16S ribosomal RNA  84.13 
 
 		 1519 bp  504  1e-140  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0051  16S ribosomal RNA  84.13 
 
 		 1519 bp  504  1e-140  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0012  16S ribosomal RNA  84.01 
 
 		 1509 bp  474  1.0000000000000001e-131  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.513424  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0034  16S ribosomal RNA  84.01 
 
 		 1509 bp  474  1.0000000000000001e-131  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.449906  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0018  16S ribosomal RNA  84.01 
 
 		 1509 bp  474  1.0000000000000001e-131  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.232461  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0050  16S ribosomal RNA  84.01 
 
 		 1509 bp  474  1.0000000000000001e-131  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0024  16S ribosomal RNA  87.01 
 
 		 1514 bp  462  1e-127  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.103837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0035  16S ribosomal RNA  87.01 
 
 		 1514 bp  462  1e-127  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0600859 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0030  16S ribosomal RNA  87.01 
 
 		 1514 bp  462  1e-127  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.399957 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0042  16S ribosomal RNA  87.01 
 
 		 1514 bp  462  1e-127  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0160041 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0027  16S ribosomal RNA  87.01 
 
 		 1514 bp  462  1e-127  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0040  16S ribosomal RNA  86.8 
 
 		 1514 bp  454  1e-125  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0677845 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0009  16S ribosomal RNA  82.64 
 
 		 1515 bp  436  1e-120  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0034  16S ribosomal RNA  86.58 
 
 		 1543 bp  327  5e-87  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0312454  normal  0.359772 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0054  16S ribosomal RNA  86.58 
 
 		 1543 bp  327  5e-87  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.526981 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0007  16S ribosomal RNA  86.02 
 
 		 1540 bp  315  2e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  unclonable  0.000000000443158  hitchhiker  0.00339751 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0085  16S ribosomal RNA  86.02 
 
 		 1540 bp  315  2e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000770905  normal  0.127075 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0090  16S ribosomal RNA  86.02 
 
 		 1540 bp  315  2e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000161015  normal  0.0579728 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0002  16S ribosomal RNA  86.02 
 
 		 1540 bp  315  2e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000153302  normal  0.0205506 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0001  16S ribosomal RNA  83.27 
 
 		 1502 bp  311  3e-82  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000922147  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0026  16S ribosomal RNA  83.27 
 
 		 1502 bp  311  3e-82  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000000844222  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0056  16S ribosomal RNA  83.27 
 
 		 1502 bp  311  3e-82  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000000947732  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0029  16S ribosomal RNA  83.27 
 
 		 1502 bp  311  3e-82  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.00000000355338  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0052  16S ribosomal RNA  85.75 
 
 		 1525 bp  307  5.000000000000001e-81  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00180214  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0016  16S ribosomal RNA  85.75 
 
 		 1525 bp  307  5.000000000000001e-81  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.70161  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0052  16S ribosomal RNA  86.34 
 
 		 1471 bp  299  1e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0176979  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0057  16S ribosomal RNA  86.34 
 
 		 1471 bp  299  1e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000162206  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna52  16S ribosomal RNA  85.49 
 
 		 1535 bp  299  1e-78  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00245736  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna59  16S ribosomal RNA  85.49 
 
 		 1535 bp  299  1e-78  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00000514214  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0011  16S ribosomal RNA  85.48 
 
 		 1542 bp  295  2e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0073  16S ribosomal RNA  85.48 
 
 		 1542 bp  295  2e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0018  16S ribosomal RNA  85.53 
 
 		 1585 bp  293  8e-77  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0050  16S ribosomal RNA  85.53 
 
 		 1610 bp  293  8e-77  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.26753  hitchhiker  0.000883361 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0058  16S ribosomal RNA  85.53 
 
 		 1610 bp  293  8e-77  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0063  16S ribosomal RNA  85.53 
 
 		 1610 bp  293  8e-77  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.637645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0019  16S ribosomal RNA  85.53 
 
 		 1586 bp  293  8e-77  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.469042  normal  0.333729 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0052  16S ribosomal RNA  85.53 
 
 		 1586 bp  293  8e-77  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.84843  hitchhiker  0.00924984 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0060  16S ribosomal RNA  85.53 
 
 		 1586 bp  293  8e-77  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0065  16S ribosomal RNA  85.53 
 
 		 1586 bp  293  8e-77  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.473694  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0063  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1543 bp  291  2.9999999999999996e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0058  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1543 bp  291  2.9999999999999996e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0018  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1548 bp  291  2.9999999999999996e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00195266  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0028  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1548 bp  291  2.9999999999999996e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000495274  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0033  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1548 bp  291  2.9999999999999996e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0343433  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0074  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1548 bp  291  2.9999999999999996e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.147433  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0018  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1543 bp  291  2.9999999999999996e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0073  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1543 bp  291  2.9999999999999996e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r01  16S ribosomal RNA  86.1 
 
 		 1518 bp  283  7e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.380261  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r04  16S ribosomal RNA  86.1 
 
 		 1518 bp  283  7e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00569348  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r07  16S ribosomal RNA  86.1 
 
 		 1518 bp  283  7e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247431  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r12  16S ribosomal RNA  86.1 
 
 		 1518 bp  283  7e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.103898  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r15  16S ribosomal RNA  86.1 
 
 		 1518 bp  283  7e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.011004  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0009  16S ribosomal RNA  84.96 
 
 		 1538 bp  283  7e-74  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0000102294  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0003  16S ribosomal RNA  84.96 
 
 		 1537 bp  283  7e-74  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0000000193245  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0099  16S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 1529 bp  276  2e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000444541  normal  0.0479849 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0102  16S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 1529 bp  276  2e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000475362  normal  0.0274728 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SA  16S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 1518 bp  276  2e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00652559  hitchhiker  0.0000964592 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SE  16S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 1518 bp  276  2e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0197165  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0009  16S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 1549 bp  276  2e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000805602  hitchhiker  0.000585754 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0021  16S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 1529 bp  276  2e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000142158  hitchhiker  0.000111868 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0004  16S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 1529 bp  276  2e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000534371  normal  0.567436 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0001  16S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 1529 bp  276  2e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000166692  normal  0.414119 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0095  16S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 1529 bp  276  2e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000226987  hitchhiker  0.00000501486 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0080  16S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 1529 bp  276  2e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000320741  normal  0.041938 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA13  16S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 1538 bp  276  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000640223  normal  0.0141696 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA4  16S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 1538 bp  276  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0210262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA83  16S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 1538 bp  276  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000117688  normal  0.027265 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0031  16S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 1549 bp  276  2e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000143019  normal  0.620108 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0018  16S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 1549 bp  276  2e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000771769  normal  0.359976 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0014  16S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 1529 bp  276  2e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000281309  normal  0.538779 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0013  16S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 1529 bp  276  2e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000882287  hitchhiker  0.00137418 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0006  16S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 1529 bp  276  2e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000203235  hitchhiker  0.00005391 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0058  16S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 1529 bp  276  2e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000207326  normal  0.764569 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0056  16S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 1529 bp  276  2e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000107545  normal  0.412337 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0093  16S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 1538 bp  276  2e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000812377  hitchhiker  0.0037636 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0064  16S ribosomal RNA  85.83 
 
 		 1538 bp  276  2e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000160038  normal  0.787377 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>