More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_R0020 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_R0022  16S ribosomal RNA  84.63 
 
 		 1495 bp  696    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0004  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1495 bp  2964    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0000000518712  normal  0.582922 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0020  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1495 bp  2964    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.127613  normal  0.0141426 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0011  16S ribosomal RNA  82.92 
 
 		 1510 bp  767    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.359702  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0034  16S ribosomal RNA  84.63 
 
 		 1495 bp  696    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0049  16S ribosomal RNA  82.92 
 
 		 1510 bp  767    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.54781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0055  16S ribosomal RNA  82.92 
 
 		 1510 bp  767    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0043  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1495 bp  2964    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00000158022  normal  0.338692 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0053  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1495 bp  2964    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000916534  normal  0.0303457 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0025  16S ribosomal RNA  84.63 
 
 		 1495 bp  696    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.643168  normal  0.762156 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r16S01  16S ribosomal RNA  85.11 
 
 		 1382 bp  555  1e-155  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0232245 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r16S02  16S ribosomal RNA  85.11 
 
 		 1382 bp  555  1e-155  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_r16S03  16S ribosomal RNA  85.11 
 
 		 1382 bp  555  1e-155  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0040  16S ribosomal RNA  82.77 
 
 		 1514 bp  490  1e-136  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0677845 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0027  16S ribosomal RNA  82.88 
 
 		 1514 bp  488  1e-135  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0024  16S ribosomal RNA  82.65 
 
 		 1514 bp  482  1e-133  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.103837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0030  16S ribosomal RNA  82.77 
 
 		 1514 bp  480  1e-133  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.399957 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0042  16S ribosomal RNA  82.77 
 
 		 1514 bp  480  1e-133  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0160041 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0035  16S ribosomal RNA  82.77 
 
 		 1514 bp  480  1e-133  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0600859 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0013  16S ribosomal RNA  85.36 
 
 		 1495 bp  452  1.0000000000000001e-124  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.204924  normal  0.815446 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0005  16S ribosomal RNA  85.54 
 
 		 1519 bp  391  1e-106  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0019  16S ribosomal RNA  85.54 
 
 		 1519 bp  391  1e-106  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0057  16S ribosomal RNA  85.54 
 
 		 1519 bp  391  1e-106  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.906516  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0051  16S ribosomal RNA  85.54 
 
 		 1519 bp  391  1e-106  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0071  16S ribosomal RNA  85.54 
 
 		 1519 bp  391  1e-106  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.351816  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_r07731  16S ribosomal RNA  85.42 
 
 		 1521 bp  391  1e-106  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_r13674  16S ribosomal RNA  85.42 
 
 		 1521 bp  391  1e-106  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0972385  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0045  16S ribosomal RNA  85.54 
 
 		 1519 bp  391  1e-106  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0006  16S ribosomal RNA  87.2 
 
 		 1528 bp  347  5.999999999999999e-93  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000177298  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0009  16S ribosomal RNA  86.55 
 
 		 1515 bp  345  2e-92  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0001  16S ribosomal RNA  86.13 
 
 		 1481 bp  315  2e-83  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.0000152569  normal  0.236967 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0053  16S ribosomal RNA  86.13 
 
 		 1481 bp  315  2e-83  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.497813  normal  0.0940245 
 
 
-
 
NC_006368  lppr01  16S ribosomal RNA  85.9 
 
 		 1509 bp  301  3e-79  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr04  16S ribosomal RNA  85.9 
 
 		 1509 bp  301  3e-79  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr09  16S ribosomal RNA  85.9 
 
 		 1509 bp  301  3e-79  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr01  16S ribosomal RNA  85.9 
 
 		 1509 bp  301  3e-79  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr04  16S ribosomal RNA  85.9 
 
 		 1509 bp  301  3e-79  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr09  16S ribosomal RNA  85.9 
 
 		 1509 bp  301  3e-79  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0032  16S ribosomal RNA  86.61 
 
 		 1551 bp  297  5e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00001675  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0064  16S ribosomal RNA  86.61 
 
 		 1551 bp  297  5e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000106886  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0015  16S ribosomal RNA  86.61 
 
 		 1563 bp  297  5e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00605787  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0048  16S ribosomal RNA  86.61 
 
 		 1563 bp  297  5e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000038279  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0054  16S ribosomal RNA  86.61 
 
 		 1551 bp  297  5e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000668462  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0021  16S ribosomal RNA  86.61 
 
 		 1551 bp  297  5e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000868141  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0018  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1543 bp  291  2.9999999999999996e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0073  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1543 bp  291  2.9999999999999996e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0058  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1543 bp  291  2.9999999999999996e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0028  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1548 bp  291  2.9999999999999996e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000495274  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0033  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1548 bp  291  2.9999999999999996e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0343433  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0074  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1548 bp  291  2.9999999999999996e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.147433  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0063  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1543 bp  291  2.9999999999999996e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0018  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1548 bp  291  2.9999999999999996e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00195266  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SA  16S ribosomal RNA  85.64 
 
 		 1473 bp  285  2e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00145569  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SB  16S ribosomal RNA  85.64 
 
 		 1473 bp  285  2e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000158044  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0143  16S ribosomal RNA  85.37 
 
 		 1535 bp  285  2e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.248981  hitchhiker  0.000614072 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0052  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1471 bp  281  3e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0176979  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0057  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1471 bp  281  3e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000162206  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0005  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1551 bp  281  3e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.872751  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0021  16S ribosomal RNA  86.07 
 
 		 1551 bp  281  3e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.184479  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0007  16S ribosomal RNA  85.11 
 
 		 1535 bp  278  4.0000000000000004e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0401026  hitchhiker  0.000000722089 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0125  16S ribosomal RNA  85.11 
 
 		 1556 bp  278  4.0000000000000004e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000165481  normal  0.0694768 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0122  16S ribosomal RNA  85.11 
 
 		 1557 bp  278  4.0000000000000004e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0113922  normal  0.0328677 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0111  16S ribosomal RNA  85.11 
 
 		 1557 bp  278  4.0000000000000004e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0483873  hitchhiker  0.00158714 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0099  16S ribosomal RNA  85.11 
 
 		 1535 bp  278  4.0000000000000004e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00481483  normal  0.962166 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0104  16S ribosomal RNA  85.11 
 
 		 1557 bp  278  4.0000000000000004e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00262578  normal  0.0215304 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0118  16S ribosomal RNA  85.11 
 
 		 1557 bp  278  4.0000000000000004e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00013046  hitchhiker  0.000312087 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0085  16S ribosomal RNA  85.11 
 
 		 1557 bp  278  4.0000000000000004e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000147539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0001  16S ribosomal RNA  85.11 
 
 		 1537 bp  278  4.0000000000000004e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00194646  normal  0.199035 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0132  16S ribosomal RNA  85.11 
 
 		 1535 bp  278  4.0000000000000004e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00464665  normal  0.0116098 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0153  16S ribosomal RNA  85.11 
 
 		 1535 bp  278  4.0000000000000004e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000498568  normal  0.055805 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0001  16S ribosomal RNA  85.11 
 
 		 1555 bp  278  4.0000000000000004e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00717512  normal  0.153342 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0009  16S ribosomal RNA  85.11 
 
 		 1557 bp  278  4.0000000000000004e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000155519  normal  0.051604 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0034  16S ribosomal RNA  84.66 
 
 		 1543 bp  272  2.9999999999999995e-70  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0312454  normal  0.359772 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0054  16S ribosomal RNA  84.66 
 
 		 1543 bp  272  2.9999999999999995e-70  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.526981 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0016  16S ribosomal RNA  84.57 
 
 		 1525 bp  270  1e-69  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.70161  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0018  16S ribosomal RNA  84.84 
 
 		 1585 bp  270  1e-69  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0050  16S ribosomal RNA  84.84 
 
 		 1610 bp  270  1e-69  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.26753  hitchhiker  0.000883361 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0058  16S ribosomal RNA  84.84 
 
 		 1610 bp  270  1e-69  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0063  16S ribosomal RNA  84.84 
 
 		 1610 bp  270  1e-69  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.637645  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0052  16S ribosomal RNA  84.57 
 
 		 1525 bp  270  1e-69  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00180214  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0019  16S ribosomal RNA  84.84 
 
 		 1586 bp  270  1e-69  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.469042  normal  0.333729 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0052  16S ribosomal RNA  84.84 
 
 		 1586 bp  270  1e-69  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.84843  hitchhiker  0.00924984 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0060  16S ribosomal RNA  84.84 
 
 		 1586 bp  270  1e-69  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0065  16S ribosomal RNA  84.84 
 
 		 1586 bp  270  1e-69  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.473694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0002  16S ribosomal RNA  84.57 
 
 		 1540 bp  270  1e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000153302  normal  0.0205506 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0007  16S ribosomal RNA  84.57 
 
 		 1540 bp  270  1e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  unclonable  0.000000000443158  hitchhiker  0.00339751 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0085  16S ribosomal RNA  84.57 
 
 		 1540 bp  270  1e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000770905  normal  0.127075 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0090  16S ribosomal RNA  84.57 
 
 		 1540 bp  270  1e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000161015  normal  0.0579728 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0004  16S ribosomal RNA  84.51 
 
 		 1532 bp  264  7e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000674395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0009  16S ribosomal RNA  84.51 
 
 		 1532 bp  264  7e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0161785  normal  0.0703142 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0039  16S ribosomal RNA  85.11 
 
 		 1545 bp  262  3e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0012  16S ribosomal RNA  85.11 
 
 		 1545 bp  262  3e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0011  16S ribosomal RNA  85.11 
 
 		 1542 bp  262  3e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0038  16S ribosomal RNA  85.11 
 
 		 1542 bp  262  3e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.106997  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0012  16S ribosomal RNA  85.11 
 
 		 1550 bp  262  3e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0039  16S ribosomal RNA  85.11 
 
 		 1550 bp  262  3e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0013  16S ribosomal RNA  85.08 
 
 		 1490 bp  260  1.0000000000000001e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0011  16S ribosomal RNA  85.25 
 
 		 1548 bp  258  4.0000000000000004e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0046  16S ribosomal RNA  85.25 
 
 		 1548 bp  258  4.0000000000000004e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000312216  hitchhiker  0.000000195391 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0003  16S ribosomal RNA  85.34 
 
 		 1496 bp  258  4.0000000000000004e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0041999  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>