More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_R0118 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_r00001  16S ribosomal RNA  89.06 
 
 		 1542 bp  1683    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.01898  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00006  16S ribosomal RNA  88.93 
 
 		 1542 bp  1667    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0446208  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00010  16S ribosomal RNA  89.32 
 
 		 1542 bp  1715    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00367496  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00011  16S ribosomal RNA  88.93 
 
 		 1542 bp  1667    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0360816  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00014  16S ribosomal RNA  89.45 
 
 		 1542 bp  1731    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0514001  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00017  16S ribosomal RNA  89.45 
 
 		 1542 bp  1731    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0241491  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00020  16S ribosomal RNA  88.93 
 
 		 1542 bp  1667    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0158539  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0078  16S ribosomal RNA  89.24 
 
 		 1530 bp  1693    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000571707  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0090  16S ribosomal RNA  89.05 
 
 		 1530 bp  1669    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000103004  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0098  16S ribosomal RNA  89.05 
 
 		 1530 bp  1669    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000143523  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0103  16S ribosomal RNA  89.11 
 
 		 1530 bp  1677    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00308735  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0113  16S ribosomal RNA  88.92 
 
 		 1530 bp  1653    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000562425  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r001  16S ribosomal RNA  93.35 
 
 		 1529 bp  2212    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r004  16S ribosomal RNA  93.35 
 
 		 1529 bp  2212    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r007  16S ribosomal RNA  93.28 
 
 		 1529 bp  2204    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r012  16S ribosomal RNA  93.35 
 
 		 1529 bp  2212    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r015  16S ribosomal RNA  93.28 
 
 		 1529 bp  2204    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r018  16S ribosomal RNA  93.35 
 
 		 1529 bp  2212    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r021  16S ribosomal RNA  93.35 
 
 		 1529 bp  2212    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r024  16S ribosomal RNA  93.35 
 
 		 1529 bp  2212    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r027  16S ribosomal RNA  93.35 
 
 		 1529 bp  2212    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0043  16S ribosomal RNA  91.55 
 
 		 1534 bp  1709    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000126976  normal  0.0100443 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0001  16S ribosomal RNA  93.78 
 
 		 1535 bp  2121    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000556781  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0007  16S ribosomal RNA  93.78 
 
 		 1535 bp  2121    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000706702  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0015  16S ribosomal RNA  93.04 
 
 		 1535 bp  2167    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000120948  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0044  16S ribosomal RNA  93.78 
 
 		 1533 bp  2121    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000361532  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0107  16S ribosomal RNA  93.78 
 
 		 1535 bp  2121    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000137166  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0119  16S ribosomal RNA  93.78 
 
 		 1533 bp  2121    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133633  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0122  16S ribosomal RNA  92.91 
 
 		 1535 bp  2151    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0472105  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0127  16S ribosomal RNA  93.04 
 
 		 1535 bp  2167    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.015081  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0001  16S ribosomal RNA  94.48 
 
 		 1535 bp  2359    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000282718  hitchhiker  0.000910883 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0007  16S ribosomal RNA  94.41 
 
 		 1535 bp  2351    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000150491  normal  0.406366 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0016  16S ribosomal RNA  94.15 
 
 		 1535 bp  2319    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00201681  hitchhiker  0.0000000136741 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0071  16S ribosomal RNA  94.09 
 
 		 1535 bp  2311    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00148247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0123  16S ribosomal RNA  94.15 
 
 		 1535 bp  2319    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0163335  normal  0.34966 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0132  16S ribosomal RNA  94.15 
 
 		 1535 bp  2319    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0261242  normal  0.0671955 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0136  16S ribosomal RNA  94.48 
 
 		 1535 bp  2359    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000885648  hitchhiker  0.000140032 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0140  16S ribosomal RNA  94.15 
 
 		 1535 bp  2319    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00248839  normal  0.547637 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0143  16S ribosomal RNA  94.28 
 
 		 1535 bp  2335    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000577207  normal  0.0309772 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0001  16S ribosomal RNA  94.02 
 
 		 1535 bp  2303    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00134291  hitchhiker  0.00347665 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0007  16S ribosomal RNA  94.35 
 
 		 1535 bp  2343    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0064778  normal  0.0127919 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0016  16S ribosomal RNA  94.02 
 
 		 1535 bp  2303    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00459376  normal  0.131368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0020  16S ribosomal RNA  94.41 
 
 		 1535 bp  2351    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000189863  hitchhiker  0.00241785 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0026  16S ribosomal RNA  94.02 
 
 		 1535 bp  2303    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0396739  normal  0.0702195 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0071  16S ribosomal RNA  94.09 
 
 		 1535 bp  2311    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00107251  normal  0.159667 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0123  16S ribosomal RNA  94.02 
 
 		 1535 bp  2303    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00322133  normal  0.530607 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0141  16S ribosomal RNA  94.09 
 
 		 1535 bp  2311    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00125257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0144  16S ribosomal RNA  94.15 
 
 		 1535 bp  2319    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0816172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0001  16S ribosomal RNA  93.31 
 
 		 1535 bp  2216    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000442431  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0004  16S ribosomal RNA  93.37 
 
 		 1535 bp  2224    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000248814  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0013  16S ribosomal RNA  93.31 
 
 		 1535 bp  2216    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000146432  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0027  16S ribosomal RNA  93.31 
 
 		 1535 bp  2216    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000222685  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0030  16S ribosomal RNA  93.31 
 
 		 1535 bp  2216    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000656968  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0061  16S ribosomal RNA  93.31 
 
 		 1535 bp  2216    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000486947  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0121  16S ribosomal RNA  93.31 
 
 		 1535 bp  2216    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000475957  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0128  16S ribosomal RNA  93.31 
 
 		 1535 bp  2216    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000157224  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0133  16S ribosomal RNA  93.31 
 
 		 1535 bp  2216    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000510938  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0001  16S ribosomal RNA  94.34 
 
 		 1555 bp  2367    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112036  hitchhiker  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0007  16S ribosomal RNA  94.41 
 
 		 1555 bp  2375    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0012678  normal  0.693673 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0016  16S ribosomal RNA  94.21 
 
 		 1555 bp  2351    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0251895  hitchhiker  0.00000000270434 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0069  16S ribosomal RNA  94.53 
 
 		 1555 bp  2391    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00426901  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0120  16S ribosomal RNA  94.54 
 
 		 1555 bp  2395    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0520691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0130  16S ribosomal RNA  94.67 
 
 		 1555 bp  2411    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0100831  normal  0.116315 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0136  16S ribosomal RNA  94.35 
 
 		 1555 bp  2371    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000629377  hitchhiker  0.000146985 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0140  16S ribosomal RNA  94.35 
 
 		 1555 bp  2371    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00908549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0143  16S ribosomal RNA  94.54 
 
 		 1555 bp  2395    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.328707  normal  0.910288 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0001  16S ribosomal RNA  95.12 
 
 		 1537 bp  2452    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00518638  normal  0.485409 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0004  16S ribosomal RNA  95.06 
 
 		 1537 bp  2444    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000279849  hitchhiker  0.00471183 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0014  16S ribosomal RNA  94.99 
 
 		 1537 bp  2436    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000324534  normal  0.0910098 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0019  16S ribosomal RNA  95.06 
 
 		 1537 bp  2444    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000962307  normal  0.557456 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0022  16S ribosomal RNA  95.06 
 
 		 1537 bp  2444    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00001194  unclonable  0.0000109151 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0050  16S ribosomal RNA  95.06 
 
 		 1537 bp  2444    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0125127  normal  0.898769 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0112  16S ribosomal RNA  95.06 
 
 		 1537 bp  2444    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000370609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0132  16S ribosomal RNA  94.99 
 
 		 1537 bp  2436    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000703057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0103  16S ribosomal RNA  91.43 
 
 		 1537 bp  1671    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0239124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0001  16S ribosomal RNA  93.62 
 
 		 1537 bp  2270    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000407555  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0004  16S ribosomal RNA  93.56 
 
 		 1537 bp  2262    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000257645  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0008  16S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 1537 bp  2286    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000302643  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0022  16S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 1537 bp  2286    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000152089  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0073  16S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 1537 bp  2286    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000705466  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0117  16S ribosomal RNA  93.56 
 
 		 1537 bp  2262    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000829511  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0121  16S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 1537 bp  2286    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000422881  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0129  16S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 1537 bp  2286    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000475348  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0138  16S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 1537 bp  2286    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000622632  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0142  16S ribosomal RNA  93.62 
 
 		 1537 bp  2270    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000521528  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0001  16S ribosomal RNA  99.23 
 
 		 1555 bp  2976    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00717512  normal  0.153342 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0009  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1557 bp  3083    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000155519  normal  0.051604 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0085  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1557 bp  3087    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000147539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0104  16S ribosomal RNA  99.87 
 
 		 1557 bp  3071    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00262578  normal  0.0215304 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0111  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1557 bp  3087    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0483873  hitchhiker  0.00158714 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0118  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1557 bp  3087    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00013046  hitchhiker  0.000312087 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0122  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1557 bp  3087    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0113922  normal  0.0328677 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0125  16S ribosomal RNA  99.17 
 
 		 1556 bp  2966    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000165481  normal  0.0694768 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0007  16S ribosomal RNA  89.68 
 
 		 1545 bp  1762    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.010889  decreased coverage  0.00540958 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0019  16S ribosomal RNA  89.61 
 
 		 1545 bp  1754    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000981314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0068  16S ribosomal RNA  89.74 
 
 		 1545 bp  1770    Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000738133  normal  0.0138382 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0088  16S ribosomal RNA  89.68 
 
 		 1545 bp  1762    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00544276  normal  0.065042 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0093  16S ribosomal RNA  89.74 
 
 		 1545 bp  1770    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0247267  decreased coverage  0.00226048 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0104  16S ribosomal RNA  89.74 
 
 		 1545 bp  1770    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000542682  decreased coverage  0.0046973 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0108  16S ribosomal RNA  89.61 
 
 		 1545 bp  1754    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0133586  normal  0.0202407 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>