More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_R0052 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  Gs16SA  16S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 1548 bp  1304    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0695234  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SB  16S ribosomal RNA  92.92 
 
 		 1548 bp  1304    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0572203  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SA  16S ribosomal RNA  85.33 
 
 		 1518 bp  763    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00652559  hitchhiker  0.0000964592 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SB  16S ribosomal RNA  85.33 
 
 		 1518 bp  763    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SC  16S ribosomal RNA  85.7 
 
 		 1518 bp  759    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0265668  normal  0.0523023 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SD  16S ribosomal RNA  85.59 
 
 		 1518 bp  751    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0245595  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SE  16S ribosomal RNA  85.7 
 
 		 1518 bp  759    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0197165  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SF  16S ribosomal RNA  85.59 
 
 		 1518 bp  751    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.229046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SG  16S ribosomal RNA  85.59 
 
 		 1518 bp  751    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0126603 
 
 
-
 
NC_004310  BR_r03  16S ribosomal RNA  88.29 
 
 		 1491 bp  942    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.048775  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r06  16S ribosomal RNA  88.29 
 
 		 1491 bp  942    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.083169  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAr03  16S ribosomal RNA  88.29 
 
 		 1454 bp  942    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.148332  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA83  16S ribosomal RNA  85.61 
 
 		 1538 bp  785    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000117688  normal  0.027265 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0010  16S ribosomal RNA  85.88 
 
 		 1491 bp  644    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000216125  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0028  16S ribosomal RNA  85.88 
 
 		 1491 bp  644    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0022269  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R1  16S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 1527 bp  793    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000539443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4294  16S ribosomal RNA  86.05 
 
 		 1464 bp  658    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11503  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4347  16S ribosomal RNA  86.05 
 
 		 1466 bp  658    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0586197  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4352  16S ribosomal RNA  86.05 
 
 		 1466 bp  658    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.276662  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0052  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1471 bp  2916    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0176979  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0057  16S ribosomal RNA  99.73 
 
 		 1471 bp  2884    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000162206  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0011  16S ribosomal RNA  92.48 
 
 		 1548 bp  1253    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0046  16S ribosomal RNA  92.59 
 
 		 1548 bp  1281    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000312216  hitchhiker  0.000000195391 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0001  16S ribosomal RNA  85.03 
 
 		 1519 bp  908    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0020  16S ribosomal RNA  85.03 
 
 		 1504 bp  908    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0056  16S ribosomal RNA  85.03 
 
 		 1489 bp  908    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0079  16S ribosomal RNA  84.95 
 
 		 1501 bp  900    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0038  16S ribosomal RNA  84.39 
 
 		 1491 bp  676    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000864904  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0045  16S ribosomal RNA  84.39 
 
 		 1491 bp  676    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00346464  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0053  16S ribosomal RNA  84.39 
 
 		 1491 bp  676    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000201354  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0012  16S ribosomal RNA  87.08 
 
 		 1555 bp  858    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000489495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0064  16S ribosomal RNA  85.7 
 
 		 1538 bp  759    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000160038  normal  0.787377 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0031  16S ribosomal RNA  85.7 
 
 		 1549 bp  759    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000143019  normal  0.620108 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0013  16S ribosomal RNA  85.52 
 
 		 1495 bp  961    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000161102  normal  0.413867 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0043  16S ribosomal RNA  85.52 
 
 		 1534 bp  961    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000126976  normal  0.0100443 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0018  16S ribosomal RNA  87.18 
 
 		 1476 bp  878    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0010  16S ribosomal RNA  87.18 
 
 		 1476 bp  878    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0041  16S ribosomal RNA  87.33 
 
 		 1478 bp  880    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.108984 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0093  16S ribosomal RNA  85.33 
 
 		 1538 bp  763    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000812377  hitchhiker  0.0037636 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0050  16S ribosomal RNA  87.33 
 
 		 1478 bp  880    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.487076 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0054  16S ribosomal RNA  87.33 
 
 		 1478 bp  880    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0054  16S ribosomal RNA  87.18 
 
 		 1476 bp  878    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.7267  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0005  16S ribosomal RNA  84.32 
 
 		 1555 bp  839    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000520718  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0001  16S ribosomal RNA  84.32 
 
 		 1555 bp  839    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000995354  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0063  16S ribosomal RNA  86.18 
 
 		 1460 bp  666    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.29045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0021  16S ribosomal RNA  84.32 
 
 		 1555 bp  839    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267003  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0055  16S ribosomal RNA  86.18 
 
 		 1460 bp  666    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0048  16S ribosomal RNA  87.11 
 
 		 1484 bp  858    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.285234 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0022  16S ribosomal RNA  85.9 
 
 		 1513 bp  646    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00120724  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0044  16S ribosomal RNA  87.57 
 
 		 1459 bp  900    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0054  16S ribosomal RNA  87.57 
 
 		 1459 bp  900    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1586  16S ribosomal RNA  88.29 
 
 		 1454 bp  942    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0004  16S ribosomal RNA  85.95 
 
 		 1532 bp  666    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000674395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0009  16S ribosomal RNA  85.95 
 
 		 1532 bp  666    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0161785  normal  0.0703142 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0017  16S ribosomal RNA  87.01 
 
 		 1460 bp  714    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.959999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0043  16S ribosomal RNA  87.01 
 
 		 1460 bp  714    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.83573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_r0019  16S ribosomal RNA  85.27 
 
 		 1550 bp  718    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_r0079  16S ribosomal RNA  85.27 
 
 		 1550 bp  718    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.940903  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_r0168  16S ribosomal RNA  85.27 
 
 		 1550 bp  718    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_r0181  16S ribosomal RNA  85.27 
 
 		 1550 bp  718    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_r0409  16S ribosomal RNA  85.27 
 
 		 1550 bp  718    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_r1784  16S ribosomal RNA  85.16 
 
 		 1550 bp  710    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0013  16S ribosomal RNA  89.31 
 
 		 1555 bp  844    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000280692  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0051  16S ribosomal RNA  89.31 
 
 		 1555 bp  844    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000203426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0040  16S ribosomal RNA  85.59 
 
 		 1499 bp  741    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.509918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0001  16S ribosomal RNA  85.7 
 
 		 1549 bp  759    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000584792  normal  0.761928 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0031  16S ribosomal RNA  85.59 
 
 		 1499 bp  741    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1794  16S ribosomal RNA  88.29 
 
 		 1454 bp  942    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00503933  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0009  16S ribosomal RNA  85.7 
 
 		 1549 bp  759    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000805602  hitchhiker  0.000585754 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0021  16S ribosomal RNA  91.96 
 
 		 1551 bp  1205    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000868141  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0032  16S ribosomal RNA  91.96 
 
 		 1551 bp  1205    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00001675  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0054  16S ribosomal RNA  91.96 
 
 		 1551 bp  1205    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000668462  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0064  16S ribosomal RNA  91.96 
 
 		 1551 bp  1205    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000106886  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0018  16S ribosomal RNA  85.7 
 
 		 1549 bp  759    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000771769  normal  0.359976 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0130  16S ribosomal RNA  84.32 
 
 		 1555 bp  839    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0256321  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0009  16S ribosomal RNA  84.32 
 
 		 1555 bp  839    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000407076  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0123  16S ribosomal RNA  84.32 
 
 		 1555 bp  839    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0112353  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0115  16S ribosomal RNA  84.32 
 
 		 1555 bp  839    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000362636  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1022  16S ribosomal RNA  88.29 
 
 		 1454 bp  942    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0048  16S ribosomal RNA  91.3 
 
 		 1563 bp  1142    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000038279  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0015  16S ribosomal RNA  91.3 
 
 		 1563 bp  1142    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00605787  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0006  16S ribosomal RNA  84.14 
 
 		 1533 bp  844    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000147722  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0016  16S ribosomal RNA  84.22 
 
 		 1533 bp  852    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000272502  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0059  16S ribosomal RNA  84.22 
 
 		 1533 bp  852    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000114912  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0005  16S ribosomal RNA  87.13 
 
 		 1541 bp  710    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0138974 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0021  16S ribosomal RNA  87.13 
 
 		 1541 bp  710    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.877724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0028  16S ribosomal RNA  87.13 
 
 		 1541 bp  710    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.129294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0078  16S ribosomal RNA  87.13 
 
 		 1541 bp  710    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.202754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0085  16S ribosomal RNA  87.13 
 
 		 1541 bp  710    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.444431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0258  16S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 1472 bp  894    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1086  16S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 1472 bp  894    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0009  16S ribosomal RNA  85.47 
 
 		 1538 bp  944    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000955328  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0033  16S ribosomal RNA  85.47 
 
 		 1538 bp  944    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000378293  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0002  16S ribosomal RNA  86.05 
 
 		 1460 bp  658    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.172959  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0050  16S ribosomal RNA  86.05 
 
 		 1460 bp  658    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0057  16S ribosomal RNA  86.05 
 
 		 1460 bp  658    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.751599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0063  16S ribosomal RNA  86.05 
 
 		 1460 bp  658    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0048  16S ribosomal RNA  86.18 
 
 		 1460 bp  666    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.211125 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0036  16S ribosomal RNA  86.18 
 
 		 1460 bp  666    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.708988  normal  0.0771921 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0104  16S ribosomal RNA  83.92 
 
 		 1557 bp  791    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00262578  normal  0.0215304 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>