More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_R0054 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_R0013  16S ribosomal RNA  87.91 
 
 
1476 bp  926    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0002  16S ribosomal RNA  90.17 
 
 
1460 bp  1322    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.172959  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1086  16S ribosomal RNA  93.34 
 
 
1472 bp  2115    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0042  16S ribosomal RNA  88.38 
 
 
1478 bp  965    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000135437 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0066  16S ribosomal RNA  82.8 
 
 
1521 bp  737    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0058  16S ribosomal RNA  82.72 
 
 
1521 bp  729    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0008  16S ribosomal RNA  88.32 
 
 
1479 bp  944    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1794  16S ribosomal RNA  94.36 
 
 
1454 bp  2206    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00503933  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0050  16S ribosomal RNA  95.89 
 
 
1478 bp  2416    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.487076 
 
 
-
 
NC_002978  Wp16SA  16S ribosomal RNA  86.69 
 
 
1447 bp  724    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r03  16S ribosomal RNA  94.45 
 
 
1491 bp  2250    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.048775  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r06  16S ribosomal RNA  94.45 
 
 
1491 bp  2250    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.083169  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAr03  16S ribosomal RNA  94.36 
 
 
1454 bp  2206    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.148332  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0021  16S ribosomal RNA  90.44 
 
 
1479 bp  1756    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.705337 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0006  16S ribosomal RNA  92.09 
 
 
1478 bp  1211    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.439263  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0040  16S ribosomal RNA  90.28 
 
 
1499 bp  1548    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.509918  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0031  16S ribosomal RNA  90.28 
 
 
1499 bp  1548    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0054  16S ribosomal RNA  95.89 
 
 
1478 bp  2416    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0041  16S ribosomal RNA  95.89 
 
 
1478 bp  2416    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.108984 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0018  16S ribosomal RNA  94.52 
 
 
1476 bp  2242    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0010  16S ribosomal RNA  94.52 
 
 
1476 bp  2242    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0072  16S ribosomal RNA  94.52 
 
 
1476 bp  2242    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.525024  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0054  16S ribosomal RNA  94.52 
 
 
1476 bp  2242    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.7267  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0029  16S ribosomal RNA  87.91 
 
 
1476 bp  926    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.392184  hitchhiker  0.00162521 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0013  16S ribosomal RNA  89.36 
 
 
1490 bp  1027    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0048  16S ribosomal RNA  87.18 
 
 
1493 bp  700    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.296528  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0036  16S ribosomal RNA  87.18 
 
 
1493 bp  700    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.594639  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_rRNA16S2  16S ribosomal RNA  89.91 
 
 
1493 bp  1067    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_rRNA16S1  16S ribosomal RNA  89.91 
 
 
1493 bp  1067    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1586  16S ribosomal RNA  94.36 
 
 
1454 bp  2206    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1022  16S ribosomal RNA  94.36 
 
 
1454 bp  2206    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4294  16S ribosomal RNA  89.9 
 
 
1464 bp  1283    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11503  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4347  16S ribosomal RNA  90.17 
 
 
1466 bp  1322    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0586197  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4352  16S ribosomal RNA  90.17 
 
 
1466 bp  1322    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.276662  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0052  16S ribosomal RNA  87.57 
 
 
1471 bp  900    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0176979  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0057  16S ribosomal RNA  87.67 
 
 
1471 bp  908    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000162206  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0057  16S ribosomal RNA  90.17 
 
 
1460 bp  1322    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.751599  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_r1  16S ribosomal RNA  90.81 
 
 
1475 bp  1140    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00986669  normal  0.431828 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0043  16S ribosomal RNA  90.81 
 
 
1456 bp  1140    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.740548  normal  0.401653 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0258  16S ribosomal RNA  93.34 
 
 
1472 bp  2115    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0034  16S ribosomal RNA  88.38 
 
 
1478 bp  965    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.642748  normal  0.622326 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0050  16S ribosomal RNA  90.17 
 
 
1460 bp  1322    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0063  16S ribosomal RNA  90.17 
 
 
1460 bp  1322    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0048  16S ribosomal RNA  89.99 
 
 
1460 bp  1306    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.211125 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0036  16S ribosomal RNA  89.99 
 
 
1460 bp  1306    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.708988  normal  0.0771921 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0004  16S ribosomal RNA  88.76 
 
 
1477 bp  1405    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0018  16S ribosomal RNA  88.76 
 
 
1477 bp  1405    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0046  16S ribosomal RNA  88.76 
 
 
1477 bp  1405    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0785648  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0064  16S ribosomal RNA  88.76 
 
 
1477 bp  1405    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0055  16S ribosomal RNA  89.03 
 
 
1466 bp  1558    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0831881 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0053  16S ribosomal RNA  90.37 
 
 
1479 bp  1544    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0059  16S ribosomal RNA  90.37 
 
 
1479 bp  1544    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0065  16S ribosomal RNA  90.37 
 
 
1479 bp  1544    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.682455  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0044  16S ribosomal RNA  87.91 
 
 
1476 bp  926    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.418237  normal  0.222343 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0051  16S ribosomal RNA  88.92 
 
 
1461 bp  1247    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.363583 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0018  16S ribosomal RNA  89.14 
 
 
1489 bp  1011    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0369143  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0065  16S ribosomal RNA  89.14 
 
 
1489 bp  1011    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.470185  normal  0.0920811 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0012  16S ribosomal RNA  89.09 
 
 
1475 bp  1576    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0131794 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0070  16S ribosomal RNA  89.09 
 
 
1475 bp  1576    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0013  16S ribosomal RNA  89.14 
 
 
1489 bp  1011    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0086  16S ribosomal RNA  87.53 
 
 
1455 bp  1312    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.306946  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0059  16S ribosomal RNA  87.53 
 
 
1455 bp  1312    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.831402 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0063  16S ribosomal RNA  87.53 
 
 
1455 bp  1312    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0071  16S ribosomal RNA  87.53 
 
 
1455 bp  1312    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.129895 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0002  16S ribosomal RNA  87.53 
 
 
1455 bp  1312    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0087575  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0048  16S ribosomal RNA  90.3 
 
 
1484 bp  1661    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.285234 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0013  16S ribosomal RNA  88.38 
 
 
1478 bp  965    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.90149  normal  0.275981 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0018  16S ribosomal RNA  92.09 
 
 
1478 bp  1211    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.280961  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6006  16SrRNA  87.55 
 
 
1462 bp  1465    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.504592 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0005  16S ribosomal RNA  88.32 
 
 
1479 bp  944    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.258627  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0002  16S ribosomal RNA  90.81 
 
 
1456 bp  1140    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6013  16SrRNA  87.55 
 
 
1462 bp  1465    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0044  16S ribosomal RNA  100 
 
 
1459 bp  2892    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0054  16S ribosomal RNA  100 
 
 
1459 bp  2892    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_R0076  16S ribosomal RNA  87.91 
 
 
1476 bp  926    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0021  16S ribosomal RNA  88.02 
 
 
1487 bp  934    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.779326  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0029  16S ribosomal RNA  87.91 
 
 
1475 bp  926    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.560965  normal  0.615558 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0033  16S ribosomal RNA  88.02 
 
 
1487 bp  934    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00322129 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0051  16S ribosomal RNA  87.91 
 
 
1476 bp  926    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.179513  normal  0.139607 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0051  16S ribosomal RNA  87.91 
 
 
1475 bp  926    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.474002 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0059  16S ribosomal RNA  87.91 
 
 
1475 bp  926    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.66406  normal  0.0747669 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0070  16S ribosomal RNA  88.02 
 
 
1487 bp  934    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.560965  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0005  16S ribosomal RNA  90.84 
 
 
1480 bp  1800    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0053  16S ribosomal RNA  90.91 
 
 
1480 bp  1808    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.223899 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0063  16S ribosomal RNA  90.84 
 
 
1480 bp  1800    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.675179  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0013  16S ribosomal RNA  88.28 
 
 
1478 bp  954    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.290278  normal  0.15645 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0022  16S ribosomal RNA  88.28 
 
 
1478 bp  954    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.247861  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_R0073  16S ribosomal RNA  87.91 
 
 
1476 bp  926    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0620583  hitchhiker  0.00094865 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0029  16S ribosomal RNA  88.28 
 
 
1478 bp  954    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.952441  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0036  16S ribosomal RNA  88.28 
 
 
1478 bp  954    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.61478  normal  0.377738 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0049  16S ribosomal RNA  88.82 
 
 
1482 bp  987    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0042  16S ribosomal RNA  88.28 
 
 
1478 bp  954    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0105388 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0028  16S ribosomal RNA  88.38 
 
 
1478 bp  965    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0021  16S ribosomal RNA  88.38 
 
 
1478 bp  965    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0017  16S ribosomal RNA  88.53 
 
 
1460 bp  1562    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.959999  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0043  16S ribosomal RNA  88.53 
 
 
1460 bp  1562    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.83573  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0055  16S ribosomal RNA  89.99 
 
 
1460 bp  1306    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0054  16S ribosomal RNA  82.87 
 
 
1521 bp  745    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0158667  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0041  16S ribosomal RNA  82.72 
 
 
1521 bp  729    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0063  16S ribosomal RNA  89.99 
 
 
1460 bp  1306    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.29045  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>